View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5708_low_4 (Length: 447)

Name: NF5708_low_4
Description: NF5708
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5708_low_4
NF5708_low_4
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (9-429)||(1528960-1529361)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (21-412)||(6343966-6344357)
chr6 (69-374)||(15484096-15484401)
chr6 (35-94)||(34068857-34068916)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (21-412)||(20481801-20482192)
chr2 (21-412)||(28018995-28019386)
chr2 (20-426)||(34977995-34978401)
chr2 (10-280)||(19914330-19914600)
chr2 (39-424)||(13132344-13132729)
chr2 (302-352)||(19914601-19914651)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (21-409)||(16988966-16989354)
chr5 (102-424)||(26491883-26492205)
chr5 (228-306)||(9845296-9845374)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (16-424)||(14040561-14040969)
chr4 (71-421)||(17131350-17131700)
chr4 (9-406)||(19799538-19799935)
chr4 (67-148)||(35089195-35089276)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (39-424)||(8837784-8838169)
chr3 (39-424)||(55311720-55312105)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (254-349)||(9802203-9802298)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (42-109)||(35619659-35619726)
chr8 (254-340)||(19995998-19996084)
chr8 (39-130)||(19996208-19996299)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 351; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 429
Target Start/End: Original strand, 1528960 - 1529361
Alignment:
Q  9 gaagaatatctggatacagtagatttctttttggttctccaagaaataagggattgatcaagaaagaagcaatgtcctgaaatggaatgtctagtatcct 108  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1528960 gaagaaaatctggatacagtagatttctttttggttctccaagaaataagggattgatcaagaaagaagcaatgtcctgaaatggaacgtctagtatcct 1529059  T
Q  109 tacatcctgcccagtcagcatcagtgtaaccttgaatatgtaaacctgaatctctaggaaagaaaacaccacgacctggggaacccttaagatacttaag 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                    
T  1529060 tacatcctgcccagtcagcatcagtgtaaccttgaatatgtaaacctgaatctctaggaaagaaaacaccacgacctggggaac---------------- 1529143  T
Q  209 aacccttagaggagcattttagtgagtttgtgtaggttttctaaaaaattgactgagttgttgagtaatgaaagtaatgtcaggtctagttgtgttcaga 308  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1529144 ---ccttagaggagcattttagtgagtttgtgtaggttttctaaaaaattgactgagttgttgagtaatgaaagtaatgtcaggtctagttgtgttcaga 1529240  T
Q  309 taaatcaatcttcctattaaccttctatatgcagaaacatcagtaaagagaggtgaattatcattgtgtaatttgatggagggatcagaaggtgtagtaa 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1529241 taaatcaatcttcctattaaccttctatatgcagaaacatcagtaaagagaggtgaattatcattgtgtaatttgatggagggatcagaaggtgtagtaa 1529340  T
Q  409 caggtttggaaccaaggatac 429  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  1529341 caggtttggaaccaaggatac 1529361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 160; Significance: 4e-85; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 21 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 6344357 - 6343966
Alignment:
Q  21 gatacagtagatttctttttggttctccaagaaataagggattgatcaagaaagaagcaatgtcctgaaatggaatgtctagtatccttacatcctgccc 120  Q
    ||||||||||  | |||||||||||||||||| |||||||||||  | | |||||| ||||| |||||||| ||| | |||||||||||||| |||||||    
T  6344357 gatacagtaggctgctttttggttctccaagatataagggattgtcctaaaaagaaacaatggcctgaaatcgaacgcctagtatccttacaccctgccc 6344258  T
Q  121 agtcagcatcagtgtaaccttgaatatgtaaacctgaatctctaggaaagaaaacaccacgacctggggaacccttaagatacttaagaacccttagagg 220  Q
    | |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||  ||||||||||| || || |||||||| |||||||| |||||||     
T  6344257 aatcagcatctgtgtaaccttgaatgtgtaatcctgaagctctaggaaagaaaatgccacgacctggagagcctttaagatatttaagaactcttagagc 6344158  T
Q  221 agcattttagtgagtttgtgtaggttttctaaaaaattgactgagttgttgagtaatgaaagtaatgtcaggtctagttgtgttcagataaatcaatctt 320  Q
    |||||| || ||||| ||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||     
T  6344157 agcattgtaatgagtgtgtgttggtttactcaaaaattgactgagctgttgagttatgaatgtaatgtcaggcctagttgtgttgagatagatcaatctc 6344058  T
Q  321 cctattaaccttctatatgcagaaacatcagtaaagagaggtgaattatcattgtgtaatttgatggagggatcagaaggtgtagtaacagg 412  Q
    || |  || ||||| || ||||| |||||||| ||||| |||||| | |||||||| |  || ||||| ||||| |||||||| ||||||||    
T  6344057 ccaaccaatcttctgtaagcagagacatcagtgaagagtggtgaagtgtcattgtgcagcttaatggatggatctgaaggtgtggtaacagg 6343966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 69 - 374
Target Start/End: Original strand, 15484096 - 15484401
Alignment:
Q  69 agaaagaagcaatgtcctgaaatggaatgtctagtatccttacatcctgcccagtcagcatcagtgtaaccttgaatatgtaaacctgaatctctaggaa 168  Q
    ||||||||||||||  || ||||||||  | | ||||||||||| ||| | ||||| |||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  15484096 agaaagaagcaatgagctaaaatggaacatatggtatccttacaccctactcagtcggcatcagtatatccttgaatgtgtaaacctaaatctctaggaa 15484195  T
Q  169 agaaaacaccacgacctggggaacccttaagatacttaagaacccttagaggagcattttagtgagtttgtgtaggttttctaaaaaattgactgagttg 268  Q
    ||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| || |||||  |||| || ||    
T  15484196 agaaaattccacggcctggggaacccttaagatacttgagaacccttagagcagcattgtagtgagtatgtgtaggtttacttaaaaacggactaagctg 15484295  T
Q  269 ttgagtaatgaaagtaatgtcaggtctagttgtgttcagataaatcaatcttcctattaaccttctatatgcagaaacatcagtaaagagaggtgaatta 368  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||| |||||||| ||||| |||| ||| ||||||| |||||||    
T  15484296 ttgagtgatgaatgtaatgtcaggtctagttgtgtttagatagatcaatcttcccactaatcttctataagcagagacataagtgaagagagttgaatta 15484395  T
Q  369 tcattg 374  Q
    ||||||    
T  15484396 tcattg 15484401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 35 - 94
Target Start/End: Complemental strand, 34068916 - 34068857
Alignment:
Q  35 ctttttggttctccaagaaataagggattgatcaagaaagaagcaatgtcctgaaatgga 94  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| || |||||||||||    
T  34068916 ctttttggttctccaagaaataagggatttgccaagaaagaagcactggcctgaaatgga 34068857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 160; Significance: 4e-85; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 21 - 412
Target Start/End: Original strand, 20481801 - 20482192
Alignment:
Q  21 gatacagtagatttctttttggttctccaagaaataagggattgatcaagaaagaagcaatgtcctgaaatggaatgtctagtatccttacatcctgccc 120  Q
    ||||||||||  | |||||||||||||||||| |||||||||||  | | ||| || ||||| |||||||||||| | |||||||||||||| |||||||    
T  20481801 gatacagtaggctgctttttggttctccaagatataagggattgtcctaaaaaaaaacaatggcctgaaatggaacgcctagtatccttacaccctgccc 20481900  T
Q  121 agtcagcatcagtgtaaccttgaatatgtaaacctgaatctctaggaaagaaaacaccacgacctggggaacccttaagatacttaagaacccttagagg 220  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||  ||||||||||| || || |||||||| |||||||| |||||||     
T  20481901 aatcagcatctgtgtaaccttgaatatgtaatcctgaagctctaggaaagaaaatgccacgacctggagagcctttaagatatttaagaactcttagagc 20482000  T
Q  221 agcattttagtgagtttgtgtaggttttctaaaaaattgactgagttgttgagtaatgaaagtaatgtcaggtctagttgtgttcagataaatcaatctt 320  Q
    |||||| || ||||| || || ||||| || ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||     
T  20482001 agcattgtaatgagtgtgggttggtttactcaaaaattgactaagctgttgagttatgaatgtaatgtcaggcctagttgtgttgagatagatcaatctc 20482100  T
Q  321 cctattaaccttctatatgcagaaacatcagtaaagagaggtgaattatcattgtgtaatttgatggagggatcagaaggtgtagtaacagg 412  Q
    || |  || ||||| || ||||| |||||||| ||||| |||||| | |||||||| || || ||||| ||||| |||||||| ||||||||    
T  20482101 ccaaccaatcttctgtaagcagagacatcagtgaagagtggtgaagtgtcattgtgcaacttaatggatggatctgaaggtgtggtaacagg 20482192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 21 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 28019386 - 28018995
Alignment:
Q  21 gatacagtagatttctttttggttctccaagaaataagggattgatcaagaaagaagcaatgtcctgaaatggaatgtctagtatccttacatcctgccc 120  Q
    ||||||||||  | |||||||||||||||||| |||||||||||  | | |||||| ||||| |||||||| ||| | |||||||||||||| |||||||    
T  28019386 gatacagtaggctgctttttggttctccaagatataagggattgtcctaaaaagaaacaatggcctgaaatcgaacgcctagtatccttacaccctgccc 28019287  T
Q  121 agtcagcatcagtgtaaccttgaatatgtaaacctgaatctctaggaaagaaaacaccacgacctggggaacccttaagatacttaagaacccttagagg 220  Q
    | |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||  ||||||||||| || || |||||||| |||||||| |||||||     
T  28019286 aatcagcatctgtgtaaccttgaatgtgtaatcctgaagctctaggaaagaaaatgccacgacctggagagcctttaagatatttaagaactcttagagc 28019187  T
Q  221 agcattttagtgagtttgtgtaggttttctaaaaaattgactgagttgttgagtaatgaaagtaatgtcaggtctagttgtgttcagataaatcaatctt 320  Q
    |||||| || ||||| ||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||     
T  28019186 agcattgtaatgagtgtgtgttggtttactcaaaaattgactgagctgttgagttatgaatgtaatgtcaggcctagttgtgttgagatagatcaatctc 28019087  T
Q  321 cctattaaccttctatatgcagaaacatcagtaaagagaggtgaattatcattgtgtaatttgatggagggatcagaaggtgtagtaacagg 412  Q
    || |  || ||||| || ||||| |||||||| ||||| |||||| | |||||||| |  || ||||| ||||| |||||||| ||||||||    
T  28019086 ccaaccaatcttctgtaagcagagacatcagtgaagagtggtgaagtgtcattgtgcagcttaatggatggatctgaaggtgtggtaacagg 28018995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 20 - 426
Target Start/End: Original strand, 34977995 - 34978401
Alignment:
Q  20 ggatacagtagatttctttttggttctccaagaaataagggattgatcaagaaagaagcaatgtcctgaaatggaatgtctagtatccttacatcctgcc 119  Q
    ||||||||||| ||  || || |||||||| || || |||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| | ||||    
T  34977995 ggatacagtaggttgtttctttgttctccatgatatgagggattgttctagaaagaaacaatgtcctgaaattgaacgtctagtatctttacaacttgcc 34978094  T
Q  120 cagtcagcatcagtgtaaccttgaatatgtaaacctgaatctctaggaaagaaaacaccacgacctggggaacccttaagatacttaagaacccttagag 219  Q
    |||||||||||| | || ||||||| |||||||||||||||||| || |||||||  ||||||| |||  |||| || ||||| |||||||| |||||||    
T  34978095 cagtcagcatcattatagccttgaagatgtaaacctgaatctctggggaagaaaatgccacgacttggtaaaccattgagatatttaagaactcttagag 34978194  T
Q  220 gagcattttagtgagtttgtgtaggttttctaaaaaattgactgagttgttgagtaatgaaagtaatgtcaggtctagttgtgttcagataaatcaatct 319  Q
     |  ||| ||||||||||| |||||||| || ||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||   | || ||||| |||||||||||||| ||    
T  34978195 cattattgtagtgagtttgagtaggtttactcaaaaactggctgagttgttgagttatgaaagtgatgtatcggcttgttgtattcagataaatcaacct 34978294  T
Q  320 tcctattaaccttctatatgcagaaacatcagtaaagagaggtgaattatcattgtgtaatttgatggagggatcagaaggtgtagtaacaggtttggaa 419  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||   |  | |||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| |  ||||| |||    
T  34978295 tcctattaaccttctataagcagaaacatcagtgaatgcattttaattatcattatgtaacttgatagatggatcagaaggtgtagtgattggtttagaa 34978394  T
Q  420 ccaagga 426  Q
    |||||||    
T  34978395 ccaagga 34978401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 10 - 280
Target Start/End: Original strand, 19914330 - 19914600
Alignment:
Q  10 aagaatatctggatacagtagatttctttttggttctccaagaaataagggattgatcaagaaagaagcaatgtcctgaaatggaatgtctagtatcctt 109  Q
    ||||| ||||||||||| ||| || ||| || ||||||||||| |||||||||||  | |||||||||||||||||||| || |||   |||||||||||    
T  19914330 aagaagatctggatacaataggttgcttctttgttctccaagatataagggattgtcccagaaagaagcaatgtcctgatatagaacacctagtatcctt 19914429  T
Q  110 acatcctgcccagtcagcatcagtgtaaccttgaatatgtaaacctgaatctctaggaaagaaaacaccacgacctggggaacccttaagatacttaaga 209  Q
    ||| |||||||||||| ||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||  | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19914430 acaccctgcccagtcaacatcagtatagacttgaatatgtaaacctgaatctctaggggacaaaataccacgacctggggaacccttaagatacttaaga 19914529  T
Q  210 acccttagaggagcattttagtgagtttgtgtaggttttctaaaaaattgactgagttgttgagtaatgaa 280  Q
    |||||||||| | |||| || |||||||| |||||||| || ||||||| ||| || |||||||| |||||    
T  19914530 acccttagagcaacattgtaatgagtttgagtaggtttactcaaaaatttacttagctgttgagttatgaa 19914600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 39 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 13132729 - 13132344
Alignment:
Q  39 ttggttctccaagaaataagggattgatcaagaaagaagcaatgtcctgaaatggaatgtctagtatccttacatcctgcccagtcagcatcagtgtaac 138  Q
    |||||||||||  | ||||| |||||  |||||||||| ||||||||||| || ||| | || ||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||||| |    
T  13132729 ttggttctccagcatataagagattgtccaagaaagaaacaatgtcctgagatagaacgccttgtatctttacagcctacccagtctgcatcagtgtatc 13132630  T
Q  139 cttgaatatgtaaacctgaatctctaggaaagaaaacaccacgacctggggaacccttaagatacttaagaacccttagaggagcattttagtgagtttg 238  Q
    | ||||| ||||| |||||| | |  || |||||||  ||    ||||| ||||| || || || || ||||| || |||| |||||  || ||||||||    
T  13132629 cctgaatgtgtaatcctgaagcgcgtgggaagaaaattcctttgcctggtgaaccttttaggtattttagaactctaagagtagcatgataatgagtttg 13132530  T
Q  239 tgtaggttttctaaaaaattgactgagttgttgagtaatgaaagtaatgtcaggtctagttgtgttcagataaatcaatcttcctattaaccttctatat 338  Q
     || ||||| |||| ||| ||||| | ||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  ||||||||||| || || |  ||||||||     
T  13132529 agttggtttgctaagaaactgactcaattgctgggtaatgaaagtaatgtcaggtctggttgtattcaagtaaatcaatctgccaatgagtcttctataa 13132430  T
Q  339 gcagaaacatcagtaaagagaggtgaattatcattgtgtaatttgatggagggatcagaaggtgtagtaacaggtttggaaccaag 424  Q
    || ||||  ||||  || ||| ||||| | ||||| || | |||||| ||||||||||| ||||||| |||||| || ||||||||    
T  13132429 gctgaaatgtcagggaaaagaagtgaagtgtcattatgaagtttgatagagggatcagagggtgtagaaacaggcttagaaccaag 13132344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 302 - 352
Target Start/End: Original strand, 19914601 - 19914651
Alignment:
Q  302 gttcagataaatcaatcttcctattaaccttctatatgcagaaacatcagt 352  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||    
T  19914601 gttccgataaatcaatcttcctatcaaccttctataagcataaacatcagt 19914651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 153; Significance: 6e-81; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 21 - 409
Target Start/End: Original strand, 16988966 - 16989354
Alignment:
Q  21 gatacagtagatttctttttggttctccaagaaataagggattgatcaagaaagaagcaatgtcctgaaatggaatgtctagtatccttacatcctgccc 120  Q
    ||||||||||  | |||||||||||||||||| || ||||||||  | | |||||| ||||| |||||||||||| | |||||||||||||| |||||||    
T  16988966 gatacagtaggctgctttttggttctccaagatatgagggattgtcctaaaaagaaacaatggcctgaaatggaacgcctagtatccttacaccctgccc 16989065  T
Q  121 agtcagcatcagtgtaaccttgaatatgtaaacctgaatctctaggaaagaaaacaccacgacctggggaacccttaagatacttaagaacccttagagg 220  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||  ||||||||||| || || |||||||| |||||||| |||||||     
T  16989066 aatcagcatctgtgtaaccttgaatatgtaatcctgaagctctaggaaaaaaaatgccacgacctggagagcctttaagatatttaagaactcttagagc 16989165  T
Q  221 agcattttagtgagtttgtgtaggttttctaaaaaattgactgagttgttgagtaatgaaagtaatgtcaggtctagttgtgttcagataaatcaatctt 320  Q
    |||||| || ||||| || || ||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||     
T  16989166 agcattgtaatgagtgtgggttggtttactcaaaaattgactgagctgttgagttatgaatgtaatgtcaggcctagttgtgttgagatagatcaatctc 16989265  T
Q  321 cctattaaccttctatatgcagaaacatcagtaaagagaggtgaattatcattgtgtaatttgatggagggatcagaaggtgtagtaac 409  Q
    || |  || ||||| || ||||| |||||||| ||||| |||||| | |||||||| |  || ||||| ||||| |||||||| |||||    
T  16989266 ccaaccaatcttctgtaagcagagacatcagtgaagagtggtgaagtgtcattgtgcagcttaatggatggatctgaaggtgtggtaac 16989354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 102 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 26492205 - 26491883
Alignment:
Q  102 gtatccttacatcctgcccagtcagcatcagtgtaaccttgaatatgtaaacctgaatctctaggaaagaaaacaccacgacctggggaacccttaagat 201  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| |||||| |||  || |||||||  ||    ||||| ||||| || || |    
T  26492205 gtatctttacatcctgcccagtctgcatcagtgtatccctgaatgtgtaatcctgaagctcatgggaagaaaattcctttgcctggtgaaccttttaggt 26492106  T
Q  202 acttaagaacccttagaggagcattttagtgagtttgtgtaggttttctaaaaaattgactgagttgttgagtaatgaaagtaatgtcaggtctagttgt 301  Q
    | || ||||  || | || |||||  || |||||||| || ||||| |||| ||| ||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26492105 attttagaaatctaatagcagcatgataatgagtttgagttggtttgctaagaaactgactcaattgttgggtaatgaaagtaatgtcaggtctggttgt 26492006  T
Q  302 gttcagataaatcaatcttcctattaaccttctatatgcagaaacatcagtaaagagaggtgaattatcattgtgtaatttgatggagggatcagaaggt 401  Q
     ||||  ||||||||||| || || |  |||||||| |  ||||||||||  ||  |||||||  ||||||| || | |||||| ||||||||||| |||    
T  26492005 attcaagtaaatcaatctgccaataagtcttctataggttgaaacatcagagaaaggaggtgaggtatcattatggagtttgatagagggatcagagggt 26491906  T
Q  402 gtagtaacaggtttggaaccaag 424  Q
    |||| |||||| || ||||||||    
T  26491905 gtagaaacaggcttagaaccaag 26491883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 228 - 306
Target Start/End: Original strand, 9845296 - 9845374
Alignment:
Q  228 tagtgagtttgtgtaggttttctaaaaaattgactgagttgttgagtaatgaaagtaatgtcaggtctagttgtgttca 306  Q
    |||||||  |||||||||||  | | ||| ||||||||||||||  ||||||||||||| || ||||||||||| ||||    
T  9845296 tagtgagcatgtgtaggtttggtgagaaactgactgagttgttggataatgaaagtaatatctggtctagttgtattca 9845374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 145; Significance: 4e-76; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 16 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 14040969 - 14040561
Alignment:
Q  16 atctggatacagtagatttctttttggttctccaagaaataagggattgatcaagaaagaagcaatgtcctgaaatggaatgtctagtatccttacatcc 115  Q
    ||||||||| ||||| || ||| || || |||||||| || ||||||||| | | |||||||||  | | |||||| ||  | |||||||||||||| ||    
T  14040969 atctggatatagtaggttacttctttgtcctccaagagatgagggattgacccaaaaagaagcagcgacatgaaatagagcgcctagtatccttacaccc 14040870  T
Q  116 tgcccagtcagcatcagtgtaaccttgaatatgtaaacctgaatctctaggaaagaaaacaccacgacctggggaacccttaagatacttaagaaccctt 215  Q
    |||||| ||||||| ||| |||||||||||||| |||| |||   |||||||||||| |  ||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||     
T  14040869 tgcccaatcagcattagtataaccttgaatatgcaaacttgaggatctaggaaagaagatgccacgacctggagaacccttaagatacttgataactctc 14040770  T
Q  216 agaggagcattttagtgagtttgtgtaggttttctaaaaaattgactgagttgttgagtaatgaaagtaatgtcaggtctagttgtgttcagataaatca 315  Q
    |||| |||||| || || || ||||||||||| || | ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||    
T  14040769 agagcagcattgtaatgggtatgtgtaggtttactgagaaattgactaagttgttgagtgatgaatgtaatatcaggtctagtggtgttcaaatatatca 14040670  T
Q  316 atcttcctattaaccttctatatgcagaaacatcagtaaagagaggtgaattatcattgtgtaatttgatggagggatcagaaggtgtagtaacaggttt 415  Q
     |||||| | ||  |||||||| |||||||||||||  || || |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14040669 gtcttcccactagtcttctataagcagaaacatcagcgaaaagtggtgaactatcattgtgtaacttgattgagggatcagaaggtgtagtaacaggttt 14040570  T
Q  416 ggaaccaag 424  Q
     || |||||    
T  14040569 tgagccaag 14040561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 71 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 17131700 - 17131350
Alignment:
Q  71 aaagaagcaatgtcctgaaatggaatgtctagtatccttacatcctgcccagtcagcatcagtgtaaccttgaatatgtaaacctgaatctctaggaaag 170  Q
    ||||||| |||| |||||||||||| |||| || || ||||||| |||||| ||  ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||    
T  17131700 aaagaagtaatgacctgaaatggaacgtcttgtgtctttacatcttgcccaatctacatcagtgtaaccttgaagttgtaaacctgaatctctagggaag 17131601  T
Q  171 aaaacaccacgacctggggaacccttaagatacttaagaacccttagaggagcattttagtgagtttgtgtaggttttctaaaaaattgactgagttgtt 270  Q
    ||||  ||||||||||| || || || |||||||| ||||| ||||||| |||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| |    
T  17131600 aaaatgccacgacctggagaccctttgagatacttgagaactcttagagcagcattatagtgagtttgagtaggtttactcaaaaattgactgagttgat 17131501  T
Q  271 gagtaatgaaagtaatgtcaggtctagttgtgttcagataaatcaatcttcctattaaccttctatatgcagaaacatcagtaaagagaggtgaattatc 370  Q
    | || || || || ||||| ||||| ||||| ||||  || |||||||| ||||| || |||||||| ||||||| |||||  || |||| |||| ||||    
T  17131500 gggtgataaaggtgatgtctggtctggttgtattcaagtagatcaatctccctatcaatcttctataagcagaaatatcagggaaaagagttgaactatc 17131401  T
Q  371 attgtgtaatttgatggagggatcagaaggtgtagtaacaggtttggaacc 421  Q
    |||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||    
T  17131400 attgtgtaatttgatggaaggatctgatggtgtagtaaccggtttggaacc 17131350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 9 - 406
Target Start/End: Original strand, 19799538 - 19799935
Alignment:
Q  9 gaagaatatctggatacagtagatttctttttggttctccaagaaataagggattgatcaagaaagaagcaatgtcctgaaatggaatgtctagtatcct 108  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||  || || |||||||| || || ||||||||    | |||||| |||||  ||||||| |||  |||||||||||    
T  19799538 gaagaagatctggatacagtaggttgtttctttgttctccatgatatgagggattgtctcacaaagaaacaatggtctgaaattgaacatctagtatcct 19799637  T
Q  109 tacatcctgcccagtcagcatcagtgtaaccttgaatatgtaaacctgaatctctaggaaagaaaacaccacgacctggggaacccttaagatacttaag 208  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| | |||| ||||||| |||||||  ||||||||| |||| || || || ||||||||    
T  19799638 tacatcctgcccagtctgcatcagtgtaaccttgaagatgtaagcatgaacctctagggaagaaaatgccacgaccttgggaccctttgaggtacttaag 19799737  T
Q  209 aacccttagaggagcattttagtgagtttgtgtaggttttctaaaaaattgactgagttgttgagtaatgaaagtaatgtcaggtctagttgtgttcaga 308  Q
    |||  |||||| |||||| ||||| ||||| |||||||| || |||| |||||| | |||||| || |||||||| ||||  ||||| ||||| |||| |    
T  19799738 aactgttagagcagcattgtagtgggtttgagtaggtttactcaaaagttgacttaattgttgtgttatgaaagtgatgtatggtcttgttgtattcaaa 19799837  T
Q  309 taaatcaatcttcctattaaccttctatatgcagaaacatcagtaaagagaggtgaattatcattgtgtaatttgatggagggatcagaaggtgtagt 406  Q
    |  |||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||  ||   |  |||| |||||||||||||  |||| || |||||||||||||||||    
T  19799838 ttgatcaatcttcctatcaaccttctacaagcagaaacatcagggaaagcatttgaactatcattgtgtaacctgatagatggatcagaaggtgtagt 19799935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 67 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 35089276 - 35089195
Alignment:
Q  67 caagaaagaagcaatgtcctgaaatggaatgtctagtatccttacatcctgcccagtcagcatcagtgtaaccttgaatatg 148  Q
    |||||||||| ||||| || ||||||||   |||||||||   ||| |||||||| |||||||| ||| |||||||||||||    
T  35089276 caagaaagaaacaatgaccagaaatggatcttctagtatctaaacaacctgcccaatcagcatctgtgaaaccttgaatatg 35089195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 98; Significance: 4e-48; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 39 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 8838169 - 8837784
Alignment:
Q  39 ttggttctccaagaaataagggattgatcaagaaagaagcaatgtcctgaaatggaatgtctagtatccttacatcctgcccagtcagcatcagtgtaac 138  Q
    |||||||||||| | ||||| |||||  |||||||||| ||||||||||| || ||  | || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  8838169 ttggttctccaacatataagagattgtccaagaaagaaacaatgtcctgagatagagcgccttgtatctttacatcctgcccagtctgcatcagtgtatc 8838070  T
Q  139 cttgaatatgtaaacctgaatctctaggaaagaaaacaccacgacctggggaacccttaagatacttaagaacccttagaggagcattttagtgagtttg 238  Q
    | ||||| ||||| |||||| |||  || |||||||  ||    ||||| ||||| || || || || ||||| || |||| |||||  || ||||||||    
T  8838069 cctgaatgtgtaaccctgaagctcgtgggaagaaaattcctttgcctggtgaaccttttaggtatttgagaactctaagagcagcatgataatgagtttg 8837970  T
Q  239 tgtaggttttctaaaaaattgactgagttgttgagtaatgaaagtaatgtcaggtctagttgtgttcagataaatcaatcttcctattaaccttctatat 338  Q
     || ||||| |||| ||| ||||| | |||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||  ||||||||||| || || |  |||||||||    
T  8837969 agttggtttgctaagaaactgactcaattgttgggtaataaaagtaatgtcaggtctggttgtattcaagtaaatcaatctgccaataagtcttctatat 8837870  T
Q  339 gcagaaacatcagtaaagagaggtgaattatcattgtgtaatttgatggagggatcagaaggtgtagtaacaggtttggaaccaag 424  Q
    || |||||||||| |||  |||||||  ||||||| || | |||||| ||||||||||| ||||||| |||||| || ||||||||    
T  8837869 gctgaaacatcagaaaaaggaggtgaggtatcattatggagtttgatagagggatcagagggtgtagaaacaggcttagaaccaag 8837784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 39 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 55312105 - 55311720
Alignment:
Q  39 ttggttctccaagaaataagggattgatcaagaaagaagcaatgtcctgaaatggaatgtctagtatccttacatcctgcccagtcagcatcagtgtaac 138  Q
    |||||||||||| | ||||| |||||  |||||||||| ||||| ||||| || ||| | || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  55312105 ttggttctccaacatataagagattgtccaagaaagaaacaatggcctgagatagaacgccttgtatctttacatcctgcccagtctgcatcagtgtatc 55312006  T
Q  139 cttgaatatgtaaacctgaatctctaggaaagaaaacaccacgacctggggaacccttaagatacttaagaacccttagaggagcattttagtgagtttg 238  Q
    | ||||| ||||| |||||| |||  || |||||||  ||    ||||| ||||| || || || || ||||| || |||| |||||  || ||||||||    
T  55312005 cctgaatgtgtaatcctgaagctcgtgggaagaaaattcctttgcctggtgaaccttttaggtattttagaactctaagagcagcatgataatgagtttg 55311906  T
Q  239 tgtaggttttctaaaaaattgactgagttgttgagtaatgaaagtaatgtcaggtctagttgtgttcagataaatcaatcttcctattaaccttctatat 338  Q
     || ||||| |||| |||  |||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  ||||||||||| || || |  ||||||||     
T  55311905 agttggtttgctaagaaacagactcaattgttgggtaatgaaagtaatgtcaggtctggttgtattcaagtaaatcaatctgccaataagtcttctatag 55311806  T
Q  339 gcagaaacatcagtaaagagaggtgaattatcattgtgtaatttgatggagggatcagaaggtgtagtaacaggtttggaaccaag 424  Q
    || ||||||||||  ||  |||||||  ||||||| || | |||||| ||||||||||| ||||||| |||||| || ||||||||    
T  55311805 gctgaaacatcagagaaaggaggtgaggtatcattatggagtttgatagagggatcagagggtgtagaaacaggcttagaaccaag 55311720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 254 - 349
Target Start/End: Original strand, 9802203 - 9802298
Alignment:
Q  254 aaattgactgagttgttgagtaatgaaagtaatgtcaggtctagttgtgttcagataaatcaatcttcctattaaccttctatatgcagaaacatc 349  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||  || || || || ||||||||||| | |||||||||    
T  9802203 aaattgactcaattgttgagtaatgaaagtaatatcaggtcttgttgtattgagataaagtaacctgccaatcaaccttctataggaagaaacatc 9802298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000004; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 42 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 35619726 - 35619659
Alignment:
Q  42 gttctccaagaaataagggattgatcaagaaagaagcaatgtcctgaaatggaatgtctagtatcctt 109  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||| || |||| ||||||| |||| ||||||||    
T  35619726 gttctccaagaaataagtgattgaccaaggaagaagcattggcctggaatggaacgtcttgtatcctt 35619659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 254 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 19996084 - 19995998
Alignment:
Q  254 aaattgactgagttgttgagtaatgaaagtaatgtcaggtctagttgtgttcagataaatcaatcttcctattaaccttctatatgc 340  Q
    ||||| ||| ||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| || ||||  ||||| || || |||||| |||||||    
T  19996084 aaattaactaagttgttgagtgatgtaagtgatgtcaggtctagttgtgttgaggtaaagtaatctaccaatcaaccttttatatgc 19995998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 39 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 19996299 - 19996208
Alignment:
Q  39 ttggttctccaagaaataagggattgatcaagaaagaagcaatgtcctgaaatggaatgtctagtatccttacatcctgcccagtcagcatc 130  Q
    |||||||||||  |||| ||||| | | |||||||||| || ||||| ||||| ||   ||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  19996299 ttggttctccattaaatgagggagtcaccaagaaagaaacattgtccagaaattgaccttctagtatctttgcatcctgcccagtcagcatc 19996208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University