View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5709-Insertion-5 (Length: 683)

Name: NF5709-Insertion-5
Description: NF5709
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5709-Insertion-5
NF5709-Insertion-5
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-683)||(26508348-26509025)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 591; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 591; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 26509025 - 26508348
Alignment:
Q  8 ccacttgataagtacaagaacagctcctattgcgagtcttgaatcctaaacctcagatttcttatttggatttgggaagattttgccgtggtgagtgtct 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26509025 ccacttgataagtacaagaacagctcctattgcgagtcttgaatcctaaacctcagatttctgatttggatttgggaagattttgccgtggtgagtgtct 26508926  T
Q  108 tggcctatgannnnnnnncatatttaaatcagtttatttcaaataaactaatttgcctcgtagtctcatacaacatttaaattgtaattatgcgctatga 207  Q
    ||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26508925 tggcctatgattttttt-catatttaaatcagtttatttcaaataaactaatttgcctcgtagtctcatacaacatttaaattgtaattatgcgctatga 26508827  T
Q  208 atacaccatgattttcttggtttggccaagtaaatgaccaatgcatttgattcacatttcagctcttaatt-acactg--gttgttgcattctgtataca 304  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||| ||||||||    
T  26508826 atacacgatgattttctttgtttggccaagtaaatgaccaatgcatttgattcacatttcagctcttaatttacactgtggttgttgcattttgtataca 26508727  T
Q  305 taatgagcactaacatcacttaacagttaatcaaaatttgttcataatagacatcgagcataatgtgtattaaaagttacatagtatcaaaattacagaa 404  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26508726 taatgtgcactaacatcacttaacagttaatcaaaatttgttcataatagacatcgagcaaaatgtgtattaaaagttacatagtatcaaaattatagaa 26508627  T
Q  405 catattagtaatgtttacagaggcattgcgaatccataatatgatgtgtcaaaactgagttatgataggcttggaacaaacttttcctaagcagatccac 504  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26508626 catattagtagtgtttacagaggcattgcgaatccataatatgatgtgtcaaaactgagttatgatatgcttggaacaaacttttcctaagcagatccac 26508527  T
Q  505 attgaatagttggccacattcaaaactcttaatcattgtcaaattgttcttgccaacaggttggaatgtagtttctccatgcagttacggtccacggaga 604  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26508526 attgaatagttggccacattcaaaactcttaatcattgtcaaattgttcttgccaacaggttggaatgtagtttctccatgcagttacggtccacggaga 26508427  T
Q  605 tggttgttaagtgttttcagtcatcctattcctacagtatttggatagattgtatcagtatttggatagattattcaca 683  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26508426 tggttgttaaatgttttcagtcatcctattcctacagtatttggatagattgtatcagtatttggatagattattcaca 26508348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University