View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5713-Insertion-1 (Length: 1080)

Name: NF5713-Insertion-1
Description: NF5713
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5713-Insertion-1
NF5713-Insertion-1
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (492-1017)||(18781470-18782002)
chr6 (492-784)||(30518189-30518480)
chr6 (507-784)||(20419557-20419833)
chr6 (507-784)||(20414824-20415100)
chr6 (492-784)||(18553296-18553586)
chr6 (655-965)||(20417683-20417993)
chr6 (492-718)||(20417455-20417682)
chr6 (561-763)||(6230608-6230808)
chr6 (737-965)||(2147966-2148194)
chr6 (634-694)||(2147847-2147908)
chr6 (586-630)||(21299398-21299442)
chr6 (586-627)||(12639527-12639568)
chr6 (432-492)||(34940912-34940973)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (492-1017)||(22062047-22062578)
chr1 (492-824)||(20126987-20127318)
chr1 (492-748)||(6473766-6474022)
chr1 (492-748)||(20190330-20190590)
chr1 (492-748)||(24156956-24157215)
chr1 (737-965)||(6473160-6473389)
chr1 (634-697)||(40554445-40554509)
chr1 (586-630)||(37260438-37260482)
chr1 (634-692)||(48463137-48463195)
chr1 (637-692)||(48463719-48463774)
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (492-965)||(17266600-17267078)
chr4 (492-951)||(34098509-34098967)
chr4 (491-749)||(9167176-9167434)
chr4 (492-746)||(15017546-15017800)
chr4 (492-748)||(39488053-39488309)
chr4 (492-746)||(15019186-15019440)
chr4 (490-790)||(17780664-17780971)
chr4 (598-768)||(23090830-23090998)
chr4 (492-575)||(20264941-20265024)
chr4 (650-716)||(19460135-19460201)
chr4 (635-694)||(11099045-11099105)
chr4 (589-630)||(11475673-11475714)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (492-925)||(33030-33465)
[»] scaffold0010 (2 HSPs)
scaffold0010 (492-824)||(136673-137004)
scaffold0010 (869-972)||(136460-136565)
[»] scaffold0076 (1 HSPs)
scaffold0076 (492-836)||(54676-55019)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (492-784)||(20730831-20731122)
chr8 (560-629)||(18446237-18446306)
chr8 (634-694)||(23015809-23015870)
chr8 (586-630)||(16417556-16417600)
chr8 (586-630)||(18774305-18774349)
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (492-746)||(5553466-5553720)
chr3 (713-1017)||(16345391-16345702)
chr3 (521-782)||(17236774-17237030)
chr3 (492-715)||(22271157-22271383)
chr3 (495-620)||(23433138-23433262)
chr3 (560-651)||(16019425-16019516)
chr3 (634-694)||(16347198-16347259)
chr3 (634-694)||(47418036-47418097)
chr3 (586-630)||(13179891-13179935)
chr3 (586-630)||(13184549-13184593)
chr3 (586-627)||(33757970-33758011)
chr3 (598-693)||(13956976-13957070)
chr3 (598-693)||(15381933-15382027)
chr3 (598-693)||(15387669-15387763)
chr3 (598-672)||(13962709-13962782)
[»] scaffold0075 (2 HSPs)
scaffold0075 (548-825)||(25720-25997)
scaffold0075 (885-958)||(26122-26195)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (492-749)||(9595340-9595597)
chr7 (492-749)||(9646303-9646560)
chr7 (491-784)||(32706295-32706589)
chr7 (96-491)||(3703867-3704264)
chr7 (260-491)||(3696490-3696729)
chr7 (634-786)||(5247437-5247589)
chr7 (142-204)||(3695351-3695413)
chr7 (586-630)||(16157057-16157101)
chr7 (586-630)||(21368645-21368689)
chr7 (598-693)||(14575569-14575663)
chr7 (598-693)||(14578845-14578939)
chr7 (97-131)||(3675975-3676009)
[»] scaffold0017 (3 HSPs)
scaffold0017 (492-784)||(4497-4788)
scaffold0017 (898-996)||(4893-4994)
scaffold0017 (898-996)||(93-194)
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (495-746)||(15409793-15410043)
chr2 (492-784)||(6050127-6050419)
chr2 (492-784)||(33809331-33809625)
chr2 (496-610)||(23732354-23732468)
chr2 (898-996)||(15409006-15409106)
chr2 (634-697)||(44792884-44792948)
chr2 (634-694)||(24808197-24808258)
chr2 (853-893)||(15725140-15725180)
chr2 (586-630)||(44794775-44794819)
chr2 (754-859)||(1003138-1003243)
chr2 (634-694)||(18535362-18535423)
chr2 (634-692)||(24806340-24806399)
chr2 (634-673)||(31939075-31939114)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (492-746)||(244345-244598)
chr5 (492-754)||(29950103-29950365)
chr5 (492-784)||(4568208-4568498)
chr5 (492-754)||(29951741-29952003)
chr5 (551-651)||(11126378-11126478)
chr5 (802-861)||(34596705-34596764)
chr5 (655-700)||(34597760-34597804)
[»] scaffold0585 (1 HSPs)
scaffold0585 (492-783)||(776-1065)
[»] scaffold0146 (3 HSPs)
scaffold0146 (492-782)||(6576-6863)
scaffold0146 (494-782)||(9471-9756)
scaffold0146 (494-782)||(17138-17423)
[»] scaffold0096 (1 HSPs)
scaffold0096 (492-704)||(22519-22730)
[»] scaffold0254 (2 HSPs)
scaffold0254 (737-965)||(24429-24657)
scaffold0254 (634-694)||(24311-24372)
[»] scaffold0269 (1 HSPs)
scaffold0269 (677-747)||(1491-1561)
[»] scaffold0180 (1 HSPs)
scaffold0180 (634-694)||(10850-10911)
[»] scaffold0139 (1 HSPs)
scaffold0139 (634-694)||(6465-6526)
[»] scaffold0018 (1 HSPs)
scaffold0018 (634-694)||(141-202)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (634-694)||(374790-374851)
[»] scaffold0671 (1 HSPs)
scaffold0671 (586-630)||(2155-2199)
[»] scaffold0359 (1 HSPs)
scaffold0359 (586-630)||(8768-8812)
[»] scaffold0065 (1 HSPs)
scaffold0065 (586-630)||(33780-33824)
[»] scaffold0062 (1 HSPs)
scaffold0062 (853-893)||(73693-73733)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (586-630)||(288993-289037)
[»] scaffold0025 (1 HSPs)
scaffold0025 (634-694)||(55425-55486)
[»] scaffold0013 (1 HSPs)
scaffold0013 (634-694)||(241614-241675)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 426; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 426; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 492 - 1017
Target Start/End: Complemental strand, 18782002 - 18781470
Alignment:
Q  492 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaa-gaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacaggga 590  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  18782002 tgatgagtgccacagagccgtcggaagcaaattaatgaatattgttggtggaaatggtgaaaagactaaaagatgaagaaatggaatggatagacaggga 18781903  T
Q  591 cgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccaga 690  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  18781902 cgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccaga 18781803  T
Q  691 accacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttccttttatttcatagagaaacttacaatttatagagcacttg 790  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18781802 accacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataatattcaacttttttctatttcatagagaaacttacaatttatagagcacttg 18781703  T
Q  791 ttgcaagtatctcaatggacactaataaattaaaagacacctaatattattctaaagaaaagaaataaatgacatactagccttacaattattct-aaaa 889  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  18781702 ttgcaagtatctcaatggacactaataaattaaaatacacctaatattattctaaagaaaagaaataaatgacatactagccttacaattattctaaaaa 18781603  T
Q  890 taaatcactaaaattattctttgagaattaacgtgacttatttgttatcttcattttcaattgataaaaactgctccaaac-aattcc-aaagcgttgca 987  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||    
T  18781602 taaatcactaaaattattctttgagaattaacgtgacttatttgttatcttcattttcaattgataaaaactgctccaaacaaattccaaaaccgttgca 18781503  T
Q  988 agctgccac--ttaagtgtagt-attactatca 1017  Q
    |||||||||  ||||||||||| ||||||||||    
T  18781502 agctgccacctttaagtgtagtaattactatca 18781470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 492 - 784
Target Start/End: Original strand, 30518189 - 30518480
Alignment:
Q  492 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacagggac 591  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||    
T  30518189 tgatgagtgccacgaagccgtcggaagcaaattatgaatattgttggtgaaaatggtgaaaagactaaaaa-tgaagaaatgaaatggatagacagggac 30518287  T
Q  592 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 691  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30518288 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 30518387  T
Q  692 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttccttttatttcatagagaaacttacaatttatagag 784  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |  |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30518388 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataatattcaacctttttttatttcatagagaaagttacaatttatagag 30518480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 507 - 784
Target Start/End: Original strand, 20419557 - 20419833
Alignment:
Q  507 agccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacagggacgccacactttctaat 606  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20419557 agccgtcggaagcaaattatgaatattgttggtggaaatggtgagaagactaaaagatgaagaaatggaatggatagacagggacgccacactttctaat 20419656  T
Q  607 ccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaaccacaagagacaaag 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||      
T  20419657 ccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaaccacaagagacaaga 20419756  T
Q  707 ctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttccttttatttcatagagaaacttacaatttatagag 784  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20419757 ctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaac-tccctttatttcatagagaaacttacaatttatagag 20419833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 507 - 784
Target Start/End: Original strand, 20414824 - 20415100
Alignment:
Q  507 agccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacagggacgccacactttctaat 606  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20414824 agccgtcggaagcaaattatgaatattgttggtggaaatggtgagaagactaaaagatgaagaaattgaatggatagacagggacgccacactttctaat 20414923  T
Q  607 ccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaaccacaagagacaaag 706  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  20414924 ctaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaaccacaagagacaagg 20415023  T
Q  707 ctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttccttttatttcatagagaaacttacaatttatagag 784  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20415024 ctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaac-tccctttatttcatagagaaacttacaatttatagag 20415100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 492 - 784
Target Start/End: Complemental strand, 18553586 - 18553296
Alignment:
Q  492 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaa-tgaaggaatggaatggatagacaggga 590  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||    
T  18553586 tgatgagtgtcatggagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgagaagactaaaaaaatgaagaaatggaattgatagacaggga 18553487  T
Q  591 cgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccaga 690  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  18553486 cgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccaga 18553387  T
Q  691 accacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttccttttatttcatagagaaacttacaatttatagag 784  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18553386 accacaagagacaaggctctcaatacac--atgtgtaaaattctataaaattcaactt-atcttatttcatagagaaagttacaatttatagag 18553296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 655 - 965
Target Start/End: Original strand, 20417683 - 20417993
Alignment:
Q  655 gatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaaccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttcctttt 754  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |    
T  20417683 gatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaaccacaagagacaaggctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaactt-tttct 20417781  T
Q  755 atttcatagagaaacttacaatttatagagcacttgttgcaagtatctcaatggacactaataaattaaaagacacctaatattattctaaagaaaagaa 854  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| |  ||  | ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  20417782 atttcataatgaaacttacaatttatagagctcttgctctaatgaactcaaaggacactaataaattaaaatacacctaatattattctaaagaaaagaa 20417881  T
Q  855 ataaatgacatactagccttacaattattct-aaaataaatcactaaaattattctttgagaattaacgtgacttatttgttatcttcattttcaattga 953  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||   | |||| ||||||| |||||||    
T  20417882 ataaatgacatactagccttacaattattctaaaaataaaacactaaaattattctttgaaaattagcgtgagttgcatattattttcatttccaattga 20417981  T
Q  954 taaaaactgctc 965  Q
    | ||| ||||||    
T  20417982 tgaaagctgctc 20417993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 184; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 492 - 718
Target Start/End: Original strand, 20417455 - 20417682
Alignment:
Q  492 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaa-aatgaaggaatggaatggatagacaggga 590  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  20417455 tgatgagtgccacggagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgagaagactaaaaaaatgaagaaatggaattgatagacaggga 20417554  T
Q  591 cgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccaga 690  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  20417555 cgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccaga 20417654  T
Q  691 accacaagagacaaagctctcaatacac 718  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||    
T  20417655 accacaagagacaaggctctcaatacac 20417682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 561 - 763
Target Start/End: Original strand, 6230608 - 6230808
Alignment:
Q  561 aaatgaaggaatggaatggatagacagggacgccacactttctaatccaagaaag--tgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatt 658  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||  |  ||| ||||  ||||||| ||||  ||||||| | |||||||  | |||||||| ||||||| |||||    
T  6230608 aaatgaagaaatggaatggatagacaggcgccacactcttttcaatccaaaaaagaatgataagccgatggatg--aagatcgccataagaaatgtgatt 6230705  T
Q  659 tcttgataagatcaaggatggttcaatccagaaccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttccttttattt 758  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||    
T  6230706 tcttgataagatcaaggatggttcaatccagaaccacaagagtcaaaactctcaatacacatatgtgtaaaattctacaaaattcaactt--ttttattt 6230803  T
Q  759 catag 763  Q
    |||||    
T  6230804 catag 6230808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 737 - 965
Target Start/End: Original strand, 2147966 - 2148194
Alignment:
Q  737 aaaattcaacttccttttatttcatagagaaacttacaatttatagagcacttgttgcaagtatctcaatggacactaataaattaaaagacacctaata 836  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||||| |||| |  ||  | ||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  2147966 aaaattctacttccttt-atttcataatgaaacttacaattcatagagctcttgctctaatgaactcaaaggacactaataaattaaaatacacctagta 2148064  T
Q  837 ttattctaaagaaaagaaataaatgacatactagccttacaattattctaaaa-taaatcactaaaattattctttgagaattaacgtgacttatttgtt 935  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||| ||||| ||||| ||   | ||    
T  2148065 ttattctaaagaaaagaaataaatgacatactaaccttacaattattctaaaattaaaacattaaaattattctttgaaaattagcgtgaattgcatatt 2148164  T
Q  936 atcttcattttcaattgataaaaactgctc 965  Q
    || ||||||| |||||||| ||| ||||||    
T  2148165 attttcatttccaattgatgaaagctgctc 2148194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 634 - 694
Target Start/End: Original strand, 2147847 - 2147908
Alignment:
Q  634 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaa-ggatggttcaatccagaacca 694  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  2147847 gaggatcgccacaagaaacgtggtttcttgataagatcaatgcatggttcaatccagaacca 2147908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 586 - 630
Target Start/End: Original strand, 21299398 - 21299442
Alignment:
Q  586 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 630  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  21299398 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 21299442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 586 - 627
Target Start/End: Complemental strand, 12639568 - 12639527
Alignment:
Q  586 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctat 627  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  12639568 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctat 12639527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 432 - 492
Target Start/End: Original strand, 34940912 - 34940973
Alignment:
Q  432 aatcgaaatattgcatcagatcgaaa-gatatagcaaaattgtaaaacataagatcacaact 492  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |  || |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  34940912 aatcgaaatcttgcatcagatcgaaaggggatggcaagattgtaaaacataagatcgcaact 34940973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 346; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 492 - 1017
Target Start/End: Original strand, 22062047 - 22062578
Alignment:
Q  492 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaa-aatgaaggaatggaatggatagacaggga 590  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  22062047 tgatgagtgtcactgagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaaatgaagaaatggaatggatagacaggga 22062146  T
Q  591 cgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccaga 690  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22062147 cgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccaga 22062246  T
Q  691 accacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttccttttatttcatagagaaacttacaatttatagagcacttg 790  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||    
T  22062247 accacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttcc-tttatttcataatgaaacttacaatttatagagctcttg 22062345  T
Q  791 ttgcaagtatctcaatggacactaataaattaaaagacacctaatattattctaaagaaaagaaataaatgacatactagccttacaattattct-aaaa 889  Q
     |  ||  | ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||    
T  22062346 ctctaatgaactcaaaggacactaataaattaaaatacacctaatattattctaaagaaaagaaataaatgacatactagcctttaaattattctaaaaa 22062445  T
Q  890 taaatcactaaaattattctttgagaattaacgtgacttatttgttatcttcattttcaattgataaaaactgctccaaac-aattcc-aaagcgttgca 987  Q
    |||| ||||||||||||||||||  ||||| ||||| ||   | |||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||| |||||| ||| |||||||    
T  22062446 taaaacactaaaattattctttggaaattagcgtgagttgcatattatcttcatttccaattgatgaaagctgctccaaacaaattccaaaaccgttgca 22062545  T
Q  988 agctgccac--ttaagtgtagt-attactatca 1017  Q
    |||||||||  ||||||||||| ||||||||||    
T  22062546 agctgccacctttaagtgtagtaattactatca 22062578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 492 - 824
Target Start/End: Complemental strand, 20127318 - 20126987
Alignment:
Q  492 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacagggac 591  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  20127318 tgatgagtgccacggagccgtcggaagcaaattatgaatattgttggtgaaaatggtgaaaagactaaaac-tgaagaaatggaatggatagacagggac 20127220  T
Q  592 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 691  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20127219 gccacactttctaatccaagaaagcgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 20127120  T
Q  692 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttccttttatttcatagagaaacttacaatttatagagcacttgt 791  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20127119 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataatattcaactttttttcatttcatagagaaacttacaatttatagagcacttgt 20127020  T
Q  792 tgcaagtatctcaatggacactaataaattaaa 824  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  20127019 tgcaagtatctcaatggaccctaataaattaaa 20126987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 492 - 748
Target Start/End: Complemental strand, 6474022 - 6473766
Alignment:
Q  492 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacagggac 591  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6474022 tgatgagtgccacggagccgtcggaagcaaattatgattaatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaaatggaatggatagacagggac 6473923  T
Q  592 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 691  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6473922 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgtcacaagaaatgtgatttcttgataagatcaaggatgattcaatccagaa 6473823  T
Q  692 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaactt 748  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6473822 ccacaagagacaaggctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaactt 6473766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 174; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 492 - 748
Target Start/End: Original strand, 20190330 - 20190590
Alignment:
Q  492 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaa-----atgaaggaatggaatggatagaca 586  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||     |||||| |||||||||||||||||    
T  20190330 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaacttatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaattaaaatgaagaaatggaatggatagaca 20190429  T
Q  587 gggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatc 686  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  || || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  20190430 aggacgccacactttctaatccaagaaactgataagtctatggaagcgaggattgccacaagaac-ataatgtcttgataagatcaaggatggttcaatc 20190528  T
Q  687 cagaaccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaactt 748  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||    
T  20190529 cagaaccacaagagacaaagctctcaatacacataagtgtaaaattctacaaagttcaactt 20190590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 154; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 492 - 748
Target Start/End: Original strand, 24156956 - 24157215
Alignment:
Q  492 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaa-----atgaaggaatggaatggatagaca 586  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| | | |||||||  || |||||| | ||||| |||| ||||     |||||| |||||||||||||||||    
T  24156956 tgatgagtgtcgcggagccgtcggaagcaact-atgaataattatggtggaaaaggtgaaatgactcaaaattaaaatgaagaaatggaatggatagaca 24157054  T
Q  587 gggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatc 686  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  24157055 gggacgccgcactttctaattcaagaaagtgataagtcaatggatgcgaggatcaccacaagaaa-atgatttcttgataagatcaaggatggttcgatc 24157153  T
Q  687 cagaaccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaactt 748  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24157154 cataaccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattctactt 24157215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 737 - 965
Target Start/End: Complemental strand, 6473389 - 6473160
Alignment:
Q  737 aaaattcaacttccttttatttcatagagaaacttacaatttatagagcacttgttgcaa-gtatctcaatggacactaataaattaaaagacacctaat 835  Q
    ||||||| ||||  ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| |  || ||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  6473389 aaaattctacttttttttatttcataatgaaacttacaatttatagagctcttgctctaatgta-ctcaaaggacactaataaattaaaatacacctaat 6473291  T
Q  836 attattctaaagaaaagaaataaatgacatactagccttacaattattct-aaaataaatcactaaaattattctttgagaattaacgtgacttatttgt 934  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||   | |    
T  6473290 attagtctaaagaaaagaaataaatgacatactagccttacaattattctaaaaataaaacactaaaattattctttgaaaattagcgtgagttgcatat 6473191  T
Q  935 tatcttcattttcaattgataaaaactgctc 965  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  6473190 tatcttcattttcaattgatgaaagctgctc 6473160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 634 - 697
Target Start/End: Complemental strand, 40554509 - 40554445
Alignment:
Q  634 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaa-ggatggttcaatccagaaccacaa 697  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  40554509 gaggatcgccacaagaaacgtggtttcttgataagatcaatgcatggttcaatccagaaccacaa 40554445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 586 - 630
Target Start/End: Complemental strand, 37260482 - 37260438
Alignment:
Q  586 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 630  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  37260482 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 37260438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 634 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 48463195 - 48463137
Alignment:
Q  634 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaac 692  Q
    |||||||| |||||||||  || |||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  48463195 gaggatcgtcacaagaaacgtggtttcttgataagatcaataatggttcaatccagaac 48463137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 637 - 692
Target Start/End: Original strand, 48463719 - 48463774
Alignment:
Q  637 gatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaac 692  Q
    ||||| |||||||||  || ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  48463719 gatcgacacaagaaacgtggtttcttgataagatcaatgatggttcaatcgagaac 48463774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 312; Significance: 1e-175; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 312; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 492 - 965
Target Start/End: Original strand, 17266600 - 17267078
Alignment:
Q  492 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaa-tgaaggaatggaatggatagacaggga 590  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  17266600 tgatgagtgccacggagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaaatgaagaaatggaatggatagacaggga 17266699  T
Q  591 cgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaa-tatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccag 689  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17266700 cgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcaccacaagaaaatctgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccag 17266799  T
Q  690 aaccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaact--tccttttatttcatagagaaacttacaatttatagagcac 787  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  || ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |    
T  17266800 aaccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctacaaaattcaacttctctttttatttcataatgaaacttacaatttatagagctc 17266899  T
Q  788 ttgttgcaagtatctcaatggacactaataaattaaaagacacctaatattattctaaagaaaagaaataaatgacatactagccttacaattattct-a 886  Q
    ||| |  ||  | ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |    
T  17266900 ttgctctaatgaactcaaaggacactaataaattaaaatacacctaatattattctaaagaaaagaaataaatgacatactagcctttaaattattctaa 17266999  T
Q  887 aaataaatcactaaaattattctttgagaattaacgtgacttatttgttatcttcattttcaattgataaaaactgctc 965  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||   | |||||||||||| |||||||| ||| ||||||    
T  17267000 aaataaaacactaaaattattctttgaaaattagcgtgaattgcatattatcttcatttccaattgatgaaagctgctc 17267078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 492 - 951
Target Start/End: Complemental strand, 34098967 - 34098509
Alignment:
Q  492 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacagggac 591  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  34098967 tgatgagtgtcactgagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaatgactaaaaaatgaagaaatgaaatggatagacagggac 34098868  T
Q  592 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 691  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34098867 gccacactttctaatccaataaagtgataagtctatagatgcgaggatcgccacaagaaa-ataatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 34098769  T
Q  692 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttccttttatttcatagagaaacttacaatttatagagcacttgt 791  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||     
T  34098768 ccacaagagacaaagttctcaatacacataagtgtaaaattctataaaattcaactttc-tttatttcataatgaaacttacaatttatagagctcttgc 34098670  T
Q  792 tgcaagtatctcaatggacactaataaattaaaagacacctaatattattctaaagaaaagaaataaatgacatactagccttacaattattct-aaaat 890  Q
    |  ||  | ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  34098669 tctaatgaactcaaaggacactaataaattaaaatacacctaatattgttctaaagaaaagaaataaatgacatactagccttacaattattctaaaaat 34098570  T
Q  891 aaatcactaaaattattctttgagaattaacgtgacttatttgttatcttcattttcaatt 951  Q
    ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||   | |||||||||||| |||||    
T  34098569 aaaacactaaaattattctttgaaaattagcgtgaattgcatattatcttcatttccaatt 34098509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 235; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 491 - 749
Target Start/End: Complemental strand, 9167434 - 9167176
Alignment:
Q  491 ctgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacaggga 590  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||    
T  9167434 ctgatgagtgtcacgaagccgtcggaagtaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaagaaatgaaattgatagacaggga 9167335  T
Q  591 cgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccaga 690  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9167334 cgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccaga 9167235  T
Q  691 accacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttc 749  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9167234 accacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttc 9167176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 492 - 746
Target Start/End: Original strand, 15017546 - 15017800
Alignment:
Q  492 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacagggac 591  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15017546 tgatgagtgccacggagccgtcggaagcaaattatgaatattgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacagggac 15017645  T
Q  592 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 691  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15017646 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccataagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 15017745  T
Q  692 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaac 746  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15017746 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataatattcaac 15017800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 492 - 748
Target Start/End: Original strand, 39488053 - 39488309
Alignment:
Q  492 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacagggac 591  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  39488053 tgatgagtgccacggagccgtcggaagcaaattatgaatattgttggtggaattggtgaaaatactaaaaaatgaagaaatggaatggatagacagggac 39488152  T
Q  592 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 691  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39488153 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatgattcaatccagaa 39488252  T
Q  692 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaactt 748  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39488253 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattccactt 39488309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 215; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 492 - 746
Target Start/End: Original strand, 15019186 - 15019440
Alignment:
Q  492 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacagggac 591  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  15019186 tgatgagtgctacggagccgtcggaagcaaattatgaatattgttggtggaaatggtgagaagactaaaagatgaagaaatggaatggatagacagggac 15019285  T
Q  592 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 691  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15019286 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 15019385  T
Q  692 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaac 746  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15019386 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataatattcaac 15019440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 490 - 790
Target Start/End: Complemental strand, 17780971 - 17780664
Alignment:
Q  490 actgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagact---aaaaaatgaaggaatggaatggatagaca 586  Q
    ||||||||||||| | || |||||  |||| ||||| ||||| | |||||||||| | |||||||| |   ||||||||| | |||| | |||  |||||    
T  17780971 actgatgagtgtcgcagaaccgtcataagcgaattaggaatatttttgatggaaaaggtgaaaagattttaaaaaaatgatgaaatgaactgg--agaca 17780874  T
Q  587 gggacgccacac--tttctaatccaagaaag--tgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggt-- 680  Q
    ||| |||| |||  |||||||||||||||||  ||||||| |  |  |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| ||      
T  17780873 ggggcgccgcactttttctaatccaagaaagattgataagccggtacatgcaaggatcgccacaagaaatgtgatttcttgataaaatcaaagatagttc 17780774  T
Q  681 --tcaatccagaaccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttccttttatttcatagagaaacttacaattt 778  Q
      |||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||| |    
T  17780773 gatcaatccataaccacaagaga-agagctctcaatacacatatgtgtaaaattgtataaaattcaacttcc-ttcatttcattgagaaacttacaatat 17780676  T
Q  779 atagagcacttg 790  Q
    ||||||| ||||    
T  17780675 atagagctcttg 17780664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 598 - 768
Target Start/End: Original strand, 23090830 - 23090998
Alignment:
Q  598 ctttctaatccaagaaag--tgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaaccac 695  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||| | ||||||   | ||||||||||||||| |  |||| |||||||||||||||||| ||||||| | |||| |    
T  23090830 ctttctaatccaagaaagaatgataagccgatggata--aagatcgccacaagaaa-agaatttattgataagatcaaggatgattcaatctaaaaccgc 23090926  T
Q  696 aagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttccttttatttcatagagaaa 768  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||    
T  23090927 aagagacaaagctatcaatacacatatgtataaaattctataaaatttaactt-attttatttcatagagaaa 23090998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 492 - 575
Target Start/End: Original strand, 20264941 - 20265024
Alignment:
Q  492 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaaggaatgga 575  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||| ||||||| |||| ||||||    
T  20264941 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattatgaataatgtttgtggaaatggtgaaaagattaaaaaaagaagaaatgga 20265024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 650 - 716
Target Start/End: Complemental strand, 19460201 - 19460135
Alignment:
Q  650 aatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaaccacaagagacaaagctctcaatac 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||| || ||||||||| |||||| |||| |||||    
T  19460201 aatatgatttcttgataagatcaagaatagttcaattcataaccacaagggacaaaactcttaatac 19460135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 635 - 694
Target Start/End: Complemental strand, 11099105 - 11099045
Alignment:
Q  635 aggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaa-ggatggttcaatccagaacca 694  Q
    ||||| |||||||||||  || ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  11099105 aggattgccacaagaaacgtggtttcttgataagatcaatgcatggttcaatccagaacca 11099045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 589 - 630
Target Start/End: Complemental strand, 11475714 - 11475673
Alignment:
Q  589 gacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 630  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||    
T  11475714 gacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtccatgga 11475673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 492 - 925
Target Start/End: Complemental strand, 33465 - 33030
Alignment:
Q  492 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacagggac 591  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||  ||||| | |||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  33465 tgatgagtgtcacggagccgtcggaaacaaattatgaattttgttggtagaaatggtgaaaagactagaaaatgaagaaatggaattgatagacagggac 33366  T
Q  592 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 691  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33365 gccacactttctaatccaagaaattgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaa-ataatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 33267  T
Q  692 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaact--tccttttatttcatagagaaacttacaatttatagagcactt 789  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  || ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||    
T  33266 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctacaaaattcaacttctctttttatttcataatgaaacttacaatttatagagctctt 33167  T
Q  790 gttgcaagtatctcaatggacactaataaattaaaagacacctaatattattctaaagaaaagaaataaatgacatactagccttacaattattct-aaa 888  Q
    | |  ||  | ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  33166 gctctaatgaactcaaaggacactaataaattaaaatacacctaatattattctaaagaaaagaaataaatgacatactagccttacaattattctaaaa 33067  T
Q  889 ataaatcactaaaattattctttgagaattaacgtga 925  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  33066 ataaaacactaaaattattctttgaaaattagcgtga 33030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0010 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 2)
Name: scaffold0010
Description:

Target: scaffold0010; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 492 - 824
Target Start/End: Complemental strand, 137004 - 136673
Alignment:
Q  492 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacagggac 591  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  137004 tgatgagtgccacgaagccgtcggaaggaaattaagaataatgttgatggaaatggtgaaaagactaaaaa-tgaagaaatggattggatagacagggac 136906  T
Q  592 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 691  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  136905 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggtttaatccagaa 136806  T
Q  692 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttccttttatttcatagagaaacttacaatttatagagcacttgt 791  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  136805 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataatattcaacttttttttatttcatagagaaacttacaatttatagagcacttgt 136706  T
Q  792 tgcaagtatctcaatggacactaataaattaaa 824  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  136705 tgcaagtatctcaatggaccctaataaattaaa 136673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0010; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 869 - 972
Target Start/End: Complemental strand, 136565 - 136460
Alignment:
Q  869 agccttacaattattc--taaaataaatcactaaaattattctttgagaattaacgtgacttatttgttatcttcattttcaattgataaaaactgctcc 966  Q
    |||||||||||||||   ||||||||| || ||||||| ||||||| || |||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||| |||  ||    
T  136565 agccttacaattattaattaaaataaagcaataaaattgttctttgggatttaacgtgactagcttgttatcttcattttcaattgataaaagctggccc 136466  T
Q  967 aaacaa 972  Q
    ||||||    
T  136465 aaacaa 136460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0076 (Bit Score: 257; Significance: 1e-142; HSPs: 1)
Name: scaffold0076
Description:

Target: scaffold0076; HSP #1
Raw Score: 257; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 492 - 836
Target Start/End: Complemental strand, 55019 - 54676
Alignment:
Q  492 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacagggac 591  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| | ||||||    
T  55019 tgatgaatgccacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaagatgaagaaatggaatggatatatagggac 54920  T
Q  592 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 691  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  54919 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgagtatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaa 54820  T
Q  692 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttccttttatttcatagagaaacttacaatttatagagcacttgt 791  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||     
T  54819 ccacaagagacaaggctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttcc-tttatttcataatgaaacttacaatttatagagctcttgc 54721  T
Q  792 tgcaagtatctcaatggacactaataaattaaaagacacctaata 836  Q
    |  ||  | ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  54720 tctaatgaactcaaaggacactaataaattaaaatacacctaata 54676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 492 - 784
Target Start/End: Complemental strand, 20731122 - 20730831
Alignment:
Q  492 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacagggac 591  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  20731122 tgatgagtgccacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatggtgaaaagactaaagattgaagaaattgaatggatagacagggac 20731023  T
Q  592 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 691  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  20731022 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaa 20730923  T
Q  692 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttccttttatttcatagagaaacttacaatttatagag 784  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  20730922 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacct-atcttatttcatagagaaagttacaatttatagag 20730831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 560 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 18446306 - 18446237
Alignment:
Q  560 aaaatgaaggaatggaatggatagacagggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgg 629  Q
    |||||| || ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18446306 aaaatggagaaatggaatggaaagaaagggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgg 18446237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 634 - 694
Target Start/End: Original strand, 23015809 - 23015870
Alignment:
Q  634 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaa-ggatggttcaatccagaacca 694  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  23015809 gaggatcgccacaagaaacgtggtttcttgataagatcaatgcatggttcaatccagaacca 23015870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 586 - 630
Target Start/End: Original strand, 16417556 - 16417600
Alignment:
Q  586 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 630  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  16417556 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 16417600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 586 - 630
Target Start/End: Original strand, 18774305 - 18774349
Alignment:
Q  586 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 630  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  18774305 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 18774349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 239; Significance: 1e-132; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 492 - 746
Target Start/End: Complemental strand, 5553720 - 5553466
Alignment:
Q  492 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacagggac 591  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5553720 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaagaaatggaatggatagacagggac 5553621  T
Q  592 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 691  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5553620 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgtatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaatgatggttcaatccagaa 5553521  T
Q  692 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaac 746  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5553520 ccacaagagataaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaac 5553466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 713 - 1017
Target Start/End: Original strand, 16345391 - 16345702
Alignment:
Q  713 atacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttcctttt-atttcatagagaaacttacaatttatagagcacttgttgcaagtatctcaatggaca 811  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  16345391 atacacatatgtgtaaaattctataaaattcaactttttttttatttcatagagaaacttacaatttatagagcacttgttgcaagtatctcaatggacc 16345490  T
Q  812 ctaataaattaaaagacacctaatattattctaaagaaaagaaataaatgacatactagccttacaattattct-aaaataaatcactaaaattattctt 910  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  16345491 ctaataaattaaaatacacctaatattattctaaagaaaagaaataaatgacatactaaccttacaattattctaaaaataaaacactaaaattattctt 16345590  T
Q  911 tgagaattaacgtgacttatttgttatcttcattttcaattgataaaaactgctccaaac-aattcc-aaagcgttgcaagctgccac--ttaagtgtag 1006  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  16345591 tgagaattaacgtgacttatttgttatcttcattttcaattgataaaaactgctccaaacaaattccaaaaccgttgcaagctgccacctttaagtgtag 16345690  T
Q  1007 t-attactatca 1017  Q
    | ||||||||||    
T  16345691 taattactatca 16345702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 521 - 782
Target Start/End: Original strand, 17236774 - 17237030
Alignment:
Q  521 aattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaa--aatgaaggaatggaatggatagacagggacgccacactttctaatccaagaaagtga 618  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  17236774 aattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaaaatgaagaaatggaatggacagacagggatgccacactttttaatccaagaaagtga 17236873  T
Q  619 taagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaaccacaagagacaaagctctcaatacac 718  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||      ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  17236874 taagtttatcgatgcgaggatcgccacaagaaatgtgattttttgataaga------atggttcaaaccagaaccacaagagacaaaactctcgatacac 17236967  T
Q  719 atatgtgtaaaattctataaaattcaacttccttttatttcatagagaaacttacaatttatag 782  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  17236968 ataagtgtaaaattctacaaaattcaactt-gttttatttcataaagaaacttacaatatatag 17237030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 492 - 715
Target Start/End: Complemental strand, 22271383 - 22271157
Alignment:
Q  492 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaa-ttaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagact-aaaaaatgaaggaatggaatggatagacaggg 589  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| ||||| | ||| || ||| | | |||||||| |||||||| || ||| ||||||||| ||   |    
T  22271383 tgatgagtgtcgcggagcc-tcggaagcaaaattaggaatatttttggtgtaaaaggtaaaaagactgaaaaaatgtagaaatagaatggataaactcag 22271285  T
Q  590 acgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgag--gatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatcc 687  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22271284 acgccacactttctaatcccagaaagtgataagtctatggatgcgagatgatcgccacaagaaatgtgatttcttgataagatcaatgatggttcaatcc 22271185  T
Q  688 agaaccacaagagacaaagctctcaata 715  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||    
T  22271184 agaaccacaagagacaaaactctcaata 22271157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 495 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 23433262 - 23433138
Alignment:
Q  495 tgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacagggacgcc 594  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  23433262 tgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattctgaataatgttggtgaaaatggtgaaaagactaaaaa-tgaagaaatggaatggatagacatggacgcc 23433164  T
Q  595 acactttctaatccaagaaagtgata 620  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  23433163 acactttctaatccaagaaagtgata 23433138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 560 - 651
Target Start/End: Original strand, 16019425 - 16019516
Alignment:
Q  560 aaaatgaaggaatggaatggatagacagggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaa 651  Q
    |||||| || ||||||||||| ||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    ||||||| ||||||||||    
T  16019425 aaaatggagaaatggaatggaaagaaagggacactacactttctaatccaagaaagtgataagtctctgggattgaggatcaccacaagaaa 16019516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 634 - 694
Target Start/End: Complemental strand, 16347259 - 16347198
Alignment:
Q  634 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaa-ggatggttcaatccagaacca 694  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  16347259 gaggatcgccacaagaaacgtggtttcttgataagatcaatgcatggttcaatccagaacca 16347198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 634 - 694
Target Start/End: Original strand, 47418036 - 47418097
Alignment:
Q  634 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaa-ggatggttcaatccagaacca 694  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  47418036 gaggatcgccacaagaaacgtggtttcttgataagatcaatgcatggttcaatccagaacca 47418097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 586 - 630
Target Start/End: Original strand, 13179891 - 13179935
Alignment:
Q  586 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 630  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  13179891 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 13179935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 586 - 630
Target Start/End: Original strand, 13184549 - 13184593
Alignment:
Q  586 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 630  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  13184549 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 13184593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 586 - 627
Target Start/End: Original strand, 33757970 - 33758011
Alignment:
Q  586 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctat 627  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  33757970 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctat 33758011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 598 - 693
Target Start/End: Original strand, 13956976 - 13957070
Alignment:
Q  598 ctttctaatccaagaaag--tgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaacc 693  Q
    ||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||  |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||    |||| ||||||||||||    
T  13956976 ctttctaatccaagagagaatgataagcctatggatg--aggatcaccacaagaaa-aggatttcttgataagatcagttttggtccaatccagaacc 13957070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 598 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 15382027 - 15381933
Alignment:
Q  598 ctttctaatccaagaaag--tgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaacc 693  Q
    ||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||  |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||    |||| ||||||||||||    
T  15382027 ctttctaatccaagagagaatgataagcctatggatg--aggatcaccacaagaaa-aggatttcttgataagatcagttttggtccaatccagaacc 15381933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 598 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 15387763 - 15387669
Alignment:
Q  598 ctttctaatccaagaaag--tgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaacc 693  Q
    ||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||  |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||    |||| ||||||||||||    
T  15387763 ctttctaatccaagagagaatgataagcctatggatg--aggatcaccacaagaaa-aggatttcttgataagatcagttttggtccaatccagaacc 15387669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 598 - 672
Target Start/End: Original strand, 13962709 - 13962782
Alignment:
Q  598 ctttctaatccaagaaag--tgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatca 672  Q
    ||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||  |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  13962709 ctttctaatccaagagagaatgataagcctatggatg--aggatcaccacaagaaa-aggatttcttgataagatca 13962782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0075 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 2)
Name: scaffold0075
Description:

Target: scaffold0075; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 548 - 825
Target Start/End: Original strand, 25720 - 25997
Alignment:
Q  548 tgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacagggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaa 647  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  25720 tgaaaagactaaaaaatgaagaaatggaatggatagacagggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtatatggatgcgaggatcgccacaa 25819  T
Q  648 gaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaaccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaact 747  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25820 gaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaactacaagagacaaagctctcactacacatatgtgtaaaattctataaaattcaact 25919  T
Q  748 tccttttatttcatagagaaacttacaatttatagagcacttgttgcaagtatctcaatggacactaataaattaaaa 825  Q
    || ||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  25920 tctttttatttcataataaaacttacaatttatagagtacttgttgcaagtatctcaatggaccctaataaattaaaa 25997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0075; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 885 - 958
Target Start/End: Original strand, 26122 - 26195
Alignment:
Q  885 taaaataaatcactaaaattattctttgagaattaacgtgacttatttgttatcttcattttcaattgataaaa 958  Q
    ||||||||| || ||||||| ||||||| || |||||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26122 taaaataaagcaataaaattgttctttgggatttaacgtgactagcttgttatcttcatttccaattgataaaa 26195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 230; Significance: 1e-126; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 492 - 749
Target Start/End: Original strand, 9595340 - 9595597
Alignment:
Q  492 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacagggac 591  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  9595340 tgatgagtgccacggagccgtcggaagcaaattatgaatattgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaaatgaaatggatagacagggac 9595439  T
Q  592 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 691  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9595440 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 9595539  T
Q  692 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttc 749  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9595540 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttc 9595597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 492 - 749
Target Start/End: Original strand, 9646303 - 9646560
Alignment:
Q  492 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacagggac 591  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  9646303 tgatgagtgccacggagccgtcggaagcaaattatgaatattgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaaatgaaatggatagacagggac 9646402  T
Q  592 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 691  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9646403 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 9646502  T
Q  692 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttc 749  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9646503 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttc 9646560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 491 - 784
Target Start/End: Complemental strand, 32706589 - 32706295
Alignment:
Q  491 ctgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagacta-aaaaatgaaggaatggaatggatagacaggg 589  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||| |||||||||| |||| ||| |||||| ||||    
T  32706589 ctgatgagtgccacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttggtggaaatggtgaaaaaactagaaaaatgaagaaatgaaatagatagagaggg 32706490  T
Q  590 acgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccag 689  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32706489 acaccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatagatgcgaggattgccacaagaaatgtgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccag 32706390  T
Q  690 aaccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttccttttatttcatagagaaacttacaatttatagag 784  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  32706389 aaccacaagagacaaagctcttaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttctttttatttcatagagaaagttacaatttatagag 32706295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 210; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 96 - 491
Target Start/End: Original strand, 3703867 - 3704264
Alignment:
Q  96 tataagtagaatgttcaagtttgagtttaacttttacaagttatttgttaaaaaactcatagtcaacatataagtccacttcaaaatttctataggttct 195  Q
    |||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  3703867 tataagtagaatgtcctagtttgaatttaacttttacaagttatttgttaaaaaactcatagtcaatatataagtccacttcaaaatttctataagttct 3703966  T
Q  196 agttgcaaaatctctnnnnnnnnttatccctgtannnnnnnnagcccaaaatcttttttaagctaaaataaacccaccctttacccaatttctaatgtct 295  Q
    |||||||||||||||        | |||| ||||        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  3703967 agttgcaaaatctcttaaaaaagt-atccatgtattttttt-agcccaaaatcttttttaagctaaaataaacgcaccctt-acccaatttctaatgtct 3704063  T
Q  296 gatacatgcctttat-taggcatcattgcatataata---caaaacaaaatcctttgatgttaagtacttaacaaacaccaaagctttagaaacttaata 391  Q
    | ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||| |||||| |||||| |||||    
T  3704064 gctacatgcctttatataggcatcattacatataataagacgaaacaaaatccttagatgttaagtaattcacaaacaccgaagcttgagaaacataata 3704163  T
Q  392 gccaaatcataaccataaatatgctaatgaatgtagtcaaaatcgaaatattgcatcagatcgaaaga-tatagcaaaattgtaaaacataagatcacaa 490  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3704164 gttaaatcataaccataaatatgctaatcaaggtagtcaaaatcgaaatattgcatcagattgaaagaggatagcaagattgtaaaacataagatcacaa 3704263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 260 - 491
Target Start/End: Original strand, 3696490 - 3696729
Alignment:
Q  260 aaaataaacccaccctttacccaatttctaatgtctgatacat----gcctttat-taggcatcattgcatataataca---aaacaaaatcctttgatg 351  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||  ||    |||||||| ||||||||||| |||||||||     |||||||||| || ||||    
T  3696490 aaaaaaaacccaccatttacccaatttttaatgtctgattgatatgtgcctttatataggcatcattacatataataaggtgaaacaaaatc-ttagatg 3696588  T
Q  352 ttaagtacttaacaaacaccaaagctttagaaacttaatagccaaatcataaccataaatatgctaatgaatgtagtcaaaatcgaaatattgcatcaga 451  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| || ||||||| ||| || |||||| || |||    
T  3696589 ttaagtaattcacaaacaccaaagctttagaaacttaatagccaaatcataactataaataggctaatcaaggtagtcagaatagagatattgaattaga 3696688  T
Q  452 tcgaaaga-tatagcaaaattgtaaaacataagatcacaac 491  Q
    ||||||||  ||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  3696689 tcgaaagaggatagcaagatcgtaaaacataagatcacaac 3696729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 634 - 786
Target Start/End: Original strand, 5247437 - 5247589
Alignment:
Q  634 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaaccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattc 733  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  5247437 gaggatctccacaaaaaatatgatttcttgataagatcaaggatgattcaatccagaaccataagagacaaagctctcaacactcatacgtgtaaaattc 5247536  T
Q  734 tataaaattcaacttccttttatttc-atagagaaacttacaatttatagagca 786  Q
    || | ||||||||||  |||||||||  |||  |||||||||||||||||||||    
T  5247537 tacacaattcaactt-gttttatttctttaggaaaacttacaatttatagagca 5247589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 142 - 204
Target Start/End: Original strand, 3695351 - 3695413
Alignment:
Q  142 gttaaaaaactcatagtcaacatataagtccacttcaaaatttctataggttctagttgcaaa 204  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  3695351 gttaaaaaactcatagttaatatataagtccatttcaaaatatctataagttctagttgcaaa 3695413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 586 - 630
Target Start/End: Complemental strand, 16157101 - 16157057
Alignment:
Q  586 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 630  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  16157101 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 16157057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 586 - 630
Target Start/End: Original strand, 21368645 - 21368689
Alignment:
Q  586 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 630  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  21368645 agggatgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 21368689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 598 - 693
Target Start/End: Original strand, 14575569 - 14575663
Alignment:
Q  598 ctttctaatccaagaaag--tgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaacc 693  Q
    ||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||  |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||    |||| ||||||||||||    
T  14575569 ctttctaatccaagagagaatgataagcctatggatg--aggatcaccacaagaaa-aggatttcttgataagatcagttttggtccaatccagaacc 14575663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 598 - 693
Target Start/End: Original strand, 14578845 - 14578939
Alignment:
Q  598 ctttctaatccaagaaag--tgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaacc 693  Q
    ||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||  |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||    |||| ||||||||||||    
T  14578845 ctttctaatccaagagagaatgataagcctatggatg--aggatcaccacaagaaa-aggatttcttgataagatcagttttggtccaatccagaacc 14578939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 97 - 131
Target Start/End: Original strand, 3675975 - 3676009
Alignment:
Q  97 ataagtagaatgttcaagtttgagtttaactttta 131  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3675975 ataagtagaatgtccaagtttgagtttaactttta 3676009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 225; Significance: 1e-123; HSPs: 3)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 492 - 784
Target Start/End: Original strand, 4497 - 4788
Alignment:
Q  492 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacagggac 591  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||     
T  4497 tgatgagtatcacggagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatgatgaaaagactaaaaaatgtagaaatggaatggatagacagggat 4596  T
Q  592 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 691  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4597 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcaaggatcgccgcaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaa 4696  T
Q  692 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttccttttatttcatagagaaacttacaatttatagag 784  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  | |||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  4697 ccacaagagacaaggctctcaatacacatatgtgtaaaattctataatattcaactt-atcttatttcatagaaaaagttacaatttatagag 4788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 898 - 996
Target Start/End: Original strand, 4893 - 4994
Alignment:
Q  898 taaaattattctttgagaattaacgtgac-ttatttgttatcttcattttcaattgataaaaactgctccaaac-aattcc-aaagcgttgcaagctgcc 994  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||| ||  ||||||||||| ||| ||||||||| || |||||||| || |||||| ||| || |||||||||||    
T  4893 taaaattattctttgataattcacgtgactttgcttgttatcttcttttccaattgatagaatctgctccatacaaattccaaaaccgctgcaagctgcc 4992  T
Q  995 ac 996  Q
    ||    
T  4993 ac 4994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 898 - 996
Target Start/End: Original strand, 93 - 194
Alignment:
Q  898 taaaattattctttgagaattaacgtgac-ttatttgttatcttcattttcaattgataaaaactgctccaaac-aattccaaagc-gttgcaagctgcc 994  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||| ||  ||||| ||||| ||| ||||||||| || |||||||| || ||||||||| | | |||||||||||    
T  93 taaaattattctttgataattcacgtgactttgcttgttttcttcttttccaattgatagaatctgctccatacaaattccaaaactgctgcaagctgcc 192  T
Q  995 ac 996  Q
    ||    
T  193 ac 194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 495 - 746
Target Start/End: Complemental strand, 15410043 - 15409793
Alignment:
Q  495 tgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacagggacgcc 594  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  15410043 tgagtgccacgaagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatggtgaaaagactaaaaa-tgaagaaatggaatggatagacagggacgcc 15409945  T
Q  595 acactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaacca 694  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15409944 acactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaacca 15409845  T
Q  695 caagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaac 746  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15409844 caagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataatattcaac 15409793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 492 - 784
Target Start/End: Original strand, 6050127 - 6050419
Alignment:
Q  492 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacagggac 591  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6050127 tgatgagtgccacgaagccgtcggaagcaaattatgaatattgttggtgaaaatggtgaaaagactaaaaa-tgaagaaatggaatggatagacagggac 6050225  T
Q  592 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 691  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6050226 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 6050325  T
Q  692 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaac-ttccttttatttcatagagaaacttacaatttatagag 784  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||  |||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  6050326 ccacaagagacaaagctcttaatacacatatgtgtaaaattctataatattcaactttttttttatttcatagaaaaagttacaatttatagag 6050419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 492 - 784
Target Start/End: Complemental strand, 33809625 - 33809331
Alignment:
Q  492 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgtt--gatggaaatgatgaaaagactaaaaaat----gaaggaatggaatggatagac 585  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||| | ||  | |||||||| |||||||| | ||||||    |||| |||||||| |||||||    
T  33809625 tgatgagtgtcgtggagccgtcggaagcaaatta-gaatatttttttggtggaaatggtgaaaagattcaaaaataagtgaagaaatggaatcgatagac 33809527  T
Q  586 agggacgccacact--ttctaatccaagaaag--tgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggtt 681  Q
    | || |||||||||  ||| ||||||||||||  ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    ||||      ||||| ||||||||||    
T  33809526 aagggcgccacactctttccaatccaagaaagaatgataagccgatggatgcgaggatcgccacaagaaaagaaattt------aagattaaggatggtt 33809433  T
Q  682 caatccagaaccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttccttttatttcatagagaaacttacaatttata 781  Q
      ||||| |||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  33809432 tgatccaaaaccacaagagacaagactctcaacacacatatgtgtaaaattctataaaattcaactt-attttatttcatagaaaaacttacgatttata 33809334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 496 - 610
Target Start/End: Original strand, 23732354 - 23732468
Alignment:
Q  496 gagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacagggacgcca 595  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||| |||  |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||    
T  23732354 gagtgtcacggagccgtcggaagcaaattatgaatattgttggttgaaatggtgaggagactaaaaaatgaagaaatagaacggatagacagggacgcca 23732453  T
Q  596 cactttctaatccaa 610  Q
    ||||||| |||||||    
T  23732454 cactttcaaatccaa 23732468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 898 - 996
Target Start/End: Complemental strand, 15409106 - 15409006
Alignment:
Q  898 taaaattattctttgagaattaacgtgacttatttgttatcttcattttcaattgataaaaactgctccaaac-aattccaaagc-gttgcaagctgcca 995  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||||  ||||||||||| ||| ||||||||| || |||||||| || ||||||||| | | ||||||||||||    
T  15409106 taaaattattctttgataattcacgtgacttgcttgttatcttcttttccaattgatagaatctgctccatacaaattccaaaactgctgcaagctgcca 15409007  T
Q  996 c 996  Q
    |    
T  15409006 c 15409006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 634 - 697
Target Start/End: Original strand, 44792884 - 44792948
Alignment:
Q  634 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaa-ggatggttcaatccagaaccacaa 697  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  44792884 gaggatcgccacaagaaacgtggtttcttgataagatcaatgcatggttcaatccagaaccacaa 44792948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 634 - 694
Target Start/End: Original strand, 24808197 - 24808258
Alignment:
Q  634 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaa-ggatggttcaatccagaacca 694  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  24808197 gaggatcgccacaagaaacgtggtttcttgataagatcaatgcatggttcaatccagaacca 24808258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 853 - 893
Target Start/End: Original strand, 15725140 - 15725180
Alignment:
Q  853 aaataaatgacatactagccttacaattattctaaaataaa 893  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15725140 aaataaatgacatattagccttacaattattctaaaataaa 15725180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 586 - 630
Target Start/End: Complemental strand, 44794819 - 44794775
Alignment:
Q  586 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 630  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  44794819 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 44794775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 754 - 859
Target Start/End: Complemental strand, 1003243 - 1003138
Alignment:
Q  754 tatttcatagagaaacttacaatttatagagcacttgttgcaagtatctcaatggacactaataaattaaaagacacctaatattattctaaagaaaaga 853  Q
    ||||||| | ||||| ||| |||||||||||| |||| |  ||  | ||||| |||| ||||||||| |||| |||| |||||||| ||||||||||| |    
T  1003243 tatttcacaaagaaatttataatttatagagctcttgctctaatgaactcaaaggaccctaataaataaaaacacacttaatattaatctaaagaaaaca 1003144  T
Q  854 aataaa 859  Q
    ||||||    
T  1003143 aataaa 1003138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 634 - 694
Target Start/End: Original strand, 18535362 - 18535423
Alignment:
Q  634 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaa-ggatggttcaatccagaacca 694  Q
    ||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  18535362 gaggatcgccacaagaaacgtggtttcttgataagatcaatacatggttcaatccagaacca 18535423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 634 - 692
Target Start/End: Original strand, 24806340 - 24806399
Alignment:
Q  634 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaa-ggatggttcaatccagaac 692  Q
    ||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  24806340 gaggatcaccacaagaaacgtggtttcttgataagatcaatgcatggttcaatccagaac 24806399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 634 - 673
Target Start/End: Complemental strand, 31939114 - 31939075
Alignment:
Q  634 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaa 673  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  31939114 gaggatcgccacaagaaacatggtttcttgataagatcaa 31939075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 492 - 746
Target Start/End: Original strand, 244345 - 244598
Alignment:
Q  492 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacagggac 591  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  244345 tgatgagtgccacggagccgtcggaagcaaattatgaatattgttggtgaaaatggtgaaaagactaaaaa-tgaagaaatggaatggatagacagggac 244443  T
Q  592 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 691  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  244444 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 244543  T
Q  692 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaac 746  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  244544 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaac 244598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 492 - 754
Target Start/End: Complemental strand, 29950365 - 29950103
Alignment:
Q  492 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacagggac 591  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  29950365 tgatgaatgtcacggagccgtcggaagtgaattatgaatattgttggtggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaagaaatgtaatggatagacagggac 29950266  T
Q  592 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 691  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  29950265 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaa 29950166  T
Q  692 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttcctttt 754  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  29950165 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataatattcaacttcttttt 29950103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 492 - 784
Target Start/End: Complemental strand, 4568498 - 4568208
Alignment:
Q  492 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacagggac 591  Q
    ||||||||  ||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  4568498 tgatgagtaccactgagccgtcggaagcaaattatgaatattgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaaatg-aatggatagacagggac 4568400  T
Q  592 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 691  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4568399 gccacactttctaatccaaaaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgattttttgataagatcaagaatggttcaatccagaa 4568300  T
Q  692 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttccttttatttcatagagaaacttacaatttatagag 784  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4568299 ccacaagagacaaagctctcaatacacataagtataaaattctataaaattcaactt-tttttatttcatagagaaagttacaatttatagag 4568208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 215; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 492 - 754
Target Start/End: Complemental strand, 29952003 - 29951741
Alignment:
Q  492 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacagggac 591  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  29952003 tgatgaatgtcacggagccgtcggaagtgaattatgaatattgttggtggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaagaaatgtaatggatagacagggac 29951904  T
Q  592 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 691  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  29951903 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcaccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaa 29951804  T
Q  692 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttcctttt 754  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  29951803 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataatattcaacttcttttt 29951741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 551 - 651
Target Start/End: Original strand, 11126378 - 11126478
Alignment:
Q  551 aaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacagggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaa 650  Q
    ||||||| ||||||  || ||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    ||||||| |||||||||    
T  11126378 aaagactcaaaaattgagaaatggaatggaaatacagggatgccacactttctaatccaagaaagtggtaagtctatgggattgaggatcaccacaagaa 11126477  T
Q  651 a 651  Q
    |    
T  11126478 a 11126478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 802 - 861
Target Start/End: Complemental strand, 34596764 - 34596705
Alignment:
Q  802 tcaatggacactaataaattaaaagacacctaatattattctaaagaaaagaaataaatg 861  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  34596764 tcaaaggaccctaataaattaaaagacacctaatattactctaaggaaaacaaataaatg 34596705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 655 - 700
Target Start/End: Complemental strand, 34597804 - 34597760
Alignment:
Q  655 gatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaaccacaagag 700  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34597804 gatttcttgataagat-aaggatggttcaatccagaaccacaagag 34597760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0585 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 1)
Name: scaffold0585
Description:

Target: scaffold0585; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 492 - 783
Target Start/End: Original strand, 776 - 1065
Alignment:
Q  492 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacagggac 591  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| | ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  776 tgatgagtgccacggagccgtcggaagaaaattaagaataatgttgatggaaatggtgaaaagaataaagattgaagaaatggaatggatagacagggac 875  T
Q  592 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 691  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  876 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgagaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 975  T
Q  692 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttccttttatttcatagagaaacttacaatttataga 783  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  ||||  ||||| | |||||||||||| ||||||    
T  976 ccacaagagacaaagttctcaatacacatatgtgtaaaattctataatattccactt--tttttattcattgtgaaacttacaatatataga 1065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0146 (Bit Score: 216; Significance: 1e-118; HSPs: 3)
Name: scaffold0146
Description:

Target: scaffold0146; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 492 - 782
Target Start/End: Complemental strand, 6863 - 6576
Alignment:
Q  492 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacagggac 591  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6863 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaagaatgttggtggaaatggtgaaaagactagaaaatgaagaaatggaatggatagacagggac 6764  T
Q  592 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 691  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  6763 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaa-aaaaattcttgataagatcaagaatggttcaatccaaaa 6665  T
Q  692 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttccttttatttcatagagaaacttacaatttatag 782  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  6664 ccacaagagacaaagctctcaatacacataagtgtaaaattctataaaattcaactt--gtttatttcataaagaaacttacaatatatag 6576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0146; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 494 - 782
Target Start/End: Complemental strand, 9756 - 9471
Alignment:
Q  494 atgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacagggacgc 593  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||| |    
T  9756 atgagtgtcacggagtcgtcggaagcaaattaagaataatgttggtggaaatggtgaaaagactagaaaatgaagatatggaatggatagacagggacac 9657  T
Q  594 cacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaacc 693  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| |  | |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  9656 cacactttctaatccaagaaagtgataagtcggtggatgcgaggatccccacaagaaa-agaaattcttgataagaacaagaatggttcaatccagaacc 9558  T
Q  694 acaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttccttttatttcatagagaaacttacaatttatag 782  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||   ||||||||||| ||||||||| ||| |||||    
T  9557 acaagagacaaagctctcaatacacataagtgtaaaattctatcaaattcaactt--gtttatttcataaagaaacttaaaatatatag 9471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0146; HSP #3
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 494 - 782
Target Start/End: Complemental strand, 17423 - 17138
Alignment:
Q  494 atgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacagggacgc 593  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||| |    
T  17423 atgagtgtcacggagtcgtcggaagcaaattaagaataatgttggtggaaatggtgaaaagactagaaaatgaagatatggaatggatagacagggacac 17324  T
Q  594 cacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaacc 693  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| |  | |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  17323 cacactttctaatccaagaaagtgataagtcggtggatgcgaggatccccacaagaaa-agaaattcttgataagaacaagaatggttcaatccagaacc 17225  T
Q  694 acaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttccttttatttcatagagaaacttacaatttatag 782  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||   ||||||||||| ||||||||| ||| |||||    
T  17224 acaagagacaaagctctcaatacacataagtgtaaaattctatcaaattcaactt--gtttatttcataaagaaacttaaaatatatag 17138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0096 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 1)
Name: scaffold0096
Description:

Target: scaffold0096; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 492 - 704
Target Start/End: Original strand, 22519 - 22730
Alignment:
Q  492 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacagggac 591  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22519 tgatgagtgccacgaagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatggtgaaaagactaaaaa-tgaagaaatggaatggatagacagggac 22617  T
Q  592 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 691  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22618 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 22717  T
Q  692 ccacaagagacaa 704  Q
    |||||||||||||    
T  22718 ccacaagagacaa 22730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0254 (Bit Score: 102; Significance: 4e-50; HSPs: 2)
Name: scaffold0254
Description:

Target: scaffold0254; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 737 - 965
Target Start/End: Original strand, 24429 - 24657
Alignment:
Q  737 aaaattcaacttccttttatttcatagagaaacttacaatttatagagcacttgttgcaagtatctcaatggacactaataaattaaaagacacctaata 836  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||||| |||| |  ||  | ||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  24429 aaaattctacttccttt-atttcataatgaaacttacaattcatagagctcttgctctaatgaactcaaaggacactaataaattaaaatacacctagta 24527  T
Q  837 ttattctaaagaaaagaaataaatgacatactagccttacaattattctaaaa-taaatcactaaaattattctttgagaattaacgtgacttatttgtt 935  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||| ||||| ||||| ||   | ||    
T  24528 ttattctaaagaaaagaaataaatgacatactaaccttacaattattctaaaattaaaacattaaaattattctttgaaaattagcgtgaattgcatatt 24627  T
Q  936 atcttcattttcaattgataaaaactgctc 965  Q
    || ||||||| |||||||| ||| ||||||    
T  24628 attttcatttccaattgatgaaagctgctc 24657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0254; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 634 - 694
Target Start/End: Original strand, 24311 - 24372
Alignment:
Q  634 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaa-ggatggttcaatccagaacca 694  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  24311 gaggatcgccacaagaaacgtggtttcttgataagatcaatgcatggttcaatccagaacca 24372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0269 (Bit Score: 63; Significance: 7e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0269
Description:

Target: scaffold0269; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 677 - 747
Target Start/End: Original strand, 1491 - 1561
Alignment:
Q  677 tggttcaatccagaaccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaact 747  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1491 tggttcaatccagaaccataagagacaaagctctcaatacacataagtgtaaaattctataaaattcaact 1561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0180 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0180
Description:

Target: scaffold0180; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 634 - 694
Target Start/End: Original strand, 10850 - 10911
Alignment:
Q  634 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaa-ggatggttcaatccagaacca 694  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  10850 gaggatcgccacaagaaacgtggtttcttgataagatcaatgcatggttcaatccagaacca 10911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0139 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0139
Description:

Target: scaffold0139; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 634 - 694
Target Start/End: Complemental strand, 6526 - 6465
Alignment:
Q  634 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaa-ggatggttcaatccagaacca 694  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  6526 gaggatcgccacaagaaacgtggtttcttgataagatcaatgcatggttcaatccagaacca 6465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0018 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0018
Description:

Target: scaffold0018; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 634 - 694
Target Start/End: Original strand, 141 - 202
Alignment:
Q  634 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaa-ggatggttcaatccagaacca 694  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  141 gaggatcgccacaagaaacgtggtttcttgataagatcaatgcatggttcaatccagaacca 202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 634 - 694
Target Start/End: Original strand, 374790 - 374851
Alignment:
Q  634 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaa-ggatggttcaatccagaacca 694  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  374790 gaggatcgccacaagaaacgtggtttcttgataagatcaatgcatggttcaatccagaacca 374851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0671 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0671
Description:

Target: scaffold0671; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 586 - 630
Target Start/End: Complemental strand, 2199 - 2155
Alignment:
Q  586 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 630  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  2199 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 2155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0359 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0359
Description:

Target: scaffold0359; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 586 - 630
Target Start/End: Original strand, 8768 - 8812
Alignment:
Q  586 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 630  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  8768 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 8812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0065 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0065
Description:

Target: scaffold0065; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 586 - 630
Target Start/End: Original strand, 33780 - 33824
Alignment:
Q  586 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 630  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  33780 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 33824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0062 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0062
Description:

Target: scaffold0062; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 853 - 893
Target Start/End: Original strand, 73693 - 73733
Alignment:
Q  853 aaataaatgacatactagccttacaattattctaaaataaa 893  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  73693 aaataaatgacatattagccttacaattattctaaaataaa 73733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 586 - 630
Target Start/End: Complemental strand, 289037 - 288993
Alignment:
Q  586 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 630  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  289037 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 288993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0025 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0025
Description:

Target: scaffold0025; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 634 - 694
Target Start/End: Complemental strand, 55486 - 55425
Alignment:
Q  634 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaa-ggatggttcaatccagaacca 694  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||    
T  55486 gaggatcgccacaagaaacgtggtttcttgatgagatcaatgcatggttcaatccagaacca 55425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0013 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0013
Description:

Target: scaffold0013; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 634 - 694
Target Start/End: Complemental strand, 241675 - 241614
Alignment:
Q  634 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaa-ggatggttcaatccagaacca 694  Q
    ||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  241675 gaggatcaccacaagaaacgtggtttcttgataagatcaacgcatggttcaatccagaacca 241614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University