View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5717_low_121 (Length: 236)

Name: NF5717_low_121
Description: NF5717
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5717_low_121
NF5717_low_121
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (1-230)||(4783735-4783964)
chr7 (1-217)||(4816164-4816380)
chr7 (1-201)||(4636852-4637052)
chr7 (6-152)||(4630971-4631117)
chr7 (7-217)||(4666917-4667127)
chr7 (7-153)||(4845921-4846067)
chr7 (6-215)||(4863903-4864112)
chr7 (6-205)||(4662982-4663181)
chr7 (6-218)||(4711980-4712192)
chr7 (6-165)||(4697095-4697254)
chr7 (7-164)||(4653552-4653709)
chr7 (76-153)||(4643714-4643791)
chr7 (82-152)||(4672720-4672790)
chr7 (97-161)||(4647561-4647623)
chr7 (6-62)||(4672837-4672893)
chr7 (1-55)||(4643848-4643902)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (6-217)||(18925647-18925858)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 206; Significance: 1e-113; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 230
Target Start/End: Original strand, 4783735 - 4783964
Alignment:
Q  1 aatgtcattccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacaaaggattacaatgtaacttggaactttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4783735 aatgtcattccaaattacattgcaccagaaggtgtttacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacagaggattacaatgtaacttggaactttg 4783834  T
Q  101 aagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaagatttcagattttcataga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  4783835 aagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaatttttcagattttcataga 4783934  T
Q  201 tgatagtttggctgaacatgctgatgatgt 230  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4783935 tgatagtttggctgaacatgctgctgatgt 4783964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 217
Target Start/End: Original strand, 4816164 - 4816380
Alignment:
Q  1 aatgtcattccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacaaaggattacaatgtaacttggaactttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4816164 aatgtcattccaaattacattgcaccagaaggtgtttacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacagaggattacaatgtaacttggaactttg 4816263  T
Q  101 aagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaagatttcagattttcataga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  4816264 aagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaatttttcagattttcataga 4816363  T
Q  201 tgatagtttggctgaac 217  Q
    |||||||||||||||||    
T  4816364 tgatagtttggctgaac 4816380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 4637052 - 4636852
Alignment:
Q  1 aatgtcattccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacaaaggattacaatgtaacttggaactttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4637052 aatgtcattccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggaatgtatgagacaaaggattataatgtaacttggaactttg 4636953  T
Q  101 aagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaagatttcagattttcataga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  | |||||||||   |||||||| ||||||||    
T  4636952 aagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaactataaaggtgatagagtctttcagatattcataga 4636853  T
Q  201 t 201  Q
    |    
T  4636852 t 4636852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 6 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 4631117 - 4630971
Alignment:
Q  6 cattccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacaaaggattacaatgtaacttggaactttgaagtt 105  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4631117 catttcaaattacactgcaccagaagctgtttacttaactgcgagaagttatggaatggatgcaacaaaggattacaatgtaacttggaattttgaagtt 4631018  T
Q  106 gattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttga 152  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4631017 gattcttcttttacttatatggtaagattacatttttgtgagtttga 4630971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 7 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 4667127 - 4666917
Alignment:
Q  7 attccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacaaaggattacaatgtaacttggaactttgaagttg 106  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  | | || |||| ||||| || ||||| ||| ||||||    
T  4667127 attccaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttatggaatggatgccaaagagaattataatgtgacatggaattttaaagttg 4667028  T
Q  107 attctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaagatttcagattttcatagatgatag 206  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |    |||||||||   ||||||||||| ||||||||||     
T  4667027 attctatttttacttatatggtaaggttgcatttttgtgagtttgattggcatatcaagaatccaggtgatagagtttttcagatttttatagatgatat 4666928  T
Q  207 tttggctgaac 217  Q
    | |||||||||    
T  4666927 tatggctgaac 4666917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 7 - 153
Target Start/End: Original strand, 4845921 - 4846067
Alignment:
Q  7 attccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacaaaggattacaatgtaacttggaactttgaagttg 106  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||    
T  4845921 attccaaattacactgcaccagaagctgtatacttaactgcaagaagttatggaaagtatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcgaagttg 4846020  T
Q  107 attctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgat 153  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4846021 attctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgat 4846067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 4864112 - 4863903
Alignment:
Q  6 cattccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacaaaggattacaatgtaacttggaactttgaagtt 105  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||  ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  4864112 cattcaaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaacttggaattttgaagtt 4864013  T
Q  106 gattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaagatttcagattttcatagatgata 205  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||| | | |  | |||||||||   |||||||||||||||| | |||    
T  4864012 gattctaattttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccgaatataacaaataaaggtgatagagcctttcagattttcatagttaata 4863913  T
Q  206 gtttggctga 215  Q
    || |||||||    
T  4863912 gtatggctga 4863903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 6 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 4663181 - 4662982
Alignment:
Q  6 cattccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacaaaggattacaatgtaacttggaactttgaagtt 105  Q
    |||||||||||||| ||||||||||  ||| |||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| ||||||| |||||||||||||| ||||| |||    
T  4663181 cattccaaattacactgcaccagaaactgtatacttaactgcaagaaattatggaaagtatgtgacagaggattataatgtaacttggaattttgaggtt 4663082  T
Q  106 gattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaagatttcagattttcatagatgata 205  Q
    |||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||| | |  | ||||||||||  ||||||||||| ||||||||||    
T  4663081 gattcttcttttacatacatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccgaatatcataaataaaggtgatagaatgtttcagatttttatagatgata 4662982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 6 - 218
Target Start/End: Original strand, 4711980 - 4712192
Alignment:
Q  6 cattccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacaaaggattacaatgtaacttggaactttgaagtt 105  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| |||||||||||||| ||  |||||    
T  4711980 cattcccaattacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagtt 4712079  T
Q  106 gattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaagatttcagattttcatagatgata 205  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||  |  | |||||||||   |||||||| || ||  ||||||    
T  4712080 gattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgata 4712179  T
Q  206 gtttggctgaaca 218  Q
     ||||||||||||    
T  4712180 ttttggctgaaca 4712192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 6 - 165
Target Start/End: Original strand, 4697095 - 4697254
Alignment:
Q  6 cattccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacaaaggattacaatgtaacttggaactttgaagtt 105  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||| || |||||||| |||||| ||||||||||||||| || ||||||    
T  4697095 cattcaaaattacactgcaccagaagctgtgtacttaactgcaagaagtcgtggattggatgagacagaggatttcaatgtaacttggaatttcgaagtt 4697194  T
Q  106 gattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaa 165  Q
    |||  || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  4697195 gatgttggttttacttatatggtaaggttgcatttttgtgagtttgatcagcatatcaaa 4697254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 7 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 4653709 - 4653552
Alignment:
Q  7 attccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacaaaggattacaatgtaacttggaactttgaagttg 106  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||| ||| ||||||| ||||||||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  4653709 attccaaattacatcgcaccagaagctgtatacctaactgcgagaagttatggaatgaatgtcacagaggattacaatgtaacttggaatttcgaagttg 4653610  T
Q  107 attctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaa 164  Q
    | ||  | |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  4653609 actcaacatttacttatatggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaa 4653552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 76 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 4643791 - 4643714
Alignment:
Q  76 gattacaatgtaacttggaactttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgat 153  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4643791 gatttcaatgtaacttggaattttgaggttgattctggttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgat 4643714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 82 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 4672790 - 4672720
Alignment:
Q  82 aatgtaacttggaactttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttga 152  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4672790 aatgtaacttggaattttgaggttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttga 4672720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 97 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 4647623 - 4647561
Alignment:
Q  97 tttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatat 161  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||    
T  4647623 tttgaagttgattctggttttacttatatggtaaggttac--ttttgtgagtttgattgacatat 4647561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 6 - 62
Target Start/End: Complemental strand, 4672893 - 4672837
Alignment:
Q  6 cattccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttatggaat 62  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  4672893 cattccaaattacactgcaccagaagctgtttacgtaactgcaagaagttatggaat 4672837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 55
Target Start/End: Complemental strand, 4643902 - 4643848
Alignment:
Q  1 aatgtcattccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagtt 55  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| || ||||||||||||||||    
T  4643902 aatgccattccaaattacactgcaccagaagctgtttatttaactgcaagaagtt 4643848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 116; Significance: 4e-59; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 6 - 217
Target Start/End: Original strand, 18925647 - 18925858
Alignment:
Q  6 cattccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacaaaggattacaatgtaacttggaactttgaagtt 105  Q
    ||||||||| ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  18925647 cattccaaactacacggcaccagaagttgtatacttaactgcaagaagttatggaatggatgcgacaaaggattataatgtaacttggaattttgaagtt 18925746  T
Q  106 gattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaagatttcagattttcatagatgata 205  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||  |  | |||||||||   ||||||||||| ||||||||||    
T  18925747 gattctgcctttacttatttggtaagattgcatttttgcgagtttgattggcatataaagaatcaaggtgatagagtttttcagatttttatagatgata 18925846  T
Q  206 gtttggctgaac 217  Q
     |||||||||||    
T  18925847 atttggctgaac 18925858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University