View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5718_high_2 (Length: 746)

Name: NF5718_high_2
Description: NF5718
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5718_high_2
NF5718_high_2
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (18-740)||(2350913-2351637)
chr2 (132-738)||(2303339-2303945)
chr2 (130-739)||(2326893-2327502)
chr2 (130-721)||(2293743-2294334)
chr2 (130-738)||(2321040-2321649)
chr2 (143-738)||(2330609-2331204)
chr2 (130-714)||(2310081-2310665)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (143-609)||(41127050-41127519)
chr8 (385-522)||(26506746-26506883)
chr8 (385-497)||(26494726-26494838)
chr8 (143-218)||(26507056-26507131)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (236-358)||(15176287-15176409)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 633; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 633; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 2351637 - 2350913
Alignment:
Q  18 gaagtgacctataaggagcgagcgaatcgaagaagggtaaggattaactatgagtgatcaattgattaactatgtatttttcgtttgagggannnnnnnn 117  Q
    |||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||              
T  2351637 gaagtgacctataaggagcga----atcgaagaagggtaaggattaactatgagtgattaattgattaactatgtatttttcgtttgaggtttttttttt 2351542  T
Q  118 gttttagttacaa------cacataaactatatcctaggagaaatacgaacttgcaatggatttttcatcaccacagtgaattcttgtttttccgacaaa 211  Q
    ||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2351541 gttttagttacacataaaccacataaactatatcctaggagaaatacgaacttgcaatggatttttcatcaccacagtgaattcttgtttttccgacaaa 2351442  T
Q  212 tcaacatgcccaccttctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaagtgaagcaaagctaaattatatccgggacaga 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2351441 tcaacatgcccaccttctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaagtgaagcaaagctaaattatatccgggacaga 2351342  T
Q  312 ttctcctaccaacaccaaatggcatcatctttatctctttactccccgtaatgtcaaatgtttcatccttcaaaaacctctctggcttaaactccattgg 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2351341 ttctcctaccaacaccaaatggcatcatctttatctctttactccccgtaatgtcaaatgtttcatccttcaaaaacctctctggcttaaactccattgg 2351242  T
Q  412 atcctcccaaacacgaggatcccaccccatctctgccaccataaaattgaccgtcccatttttaggcaccaaataaccattaaaaagcacatcctctgtc 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2351241 atcctcccaaacacgaggatcccaccccatctctgccaccataaaattgaccgtcccatttttaggcaccaaataaccgttaaaaagcacatcctctgtc 2351142  T
Q  512 accgcgtgtggtaacacattatgccccggtggatgacgcctcaacccttccaaaaccacacatttcagatacaaaagtttctgcaaatcttcctctttca 611  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2351141 accgcgtgtggcaacacattatgccccggtggatgacgcctcaacccttccaaaaccacacatttcagatacaaaagtttctgcaaatcttcctctttca 2351042  T
Q  612 cttccaccttctctccatttccatcatgacccatcacctccctaatctcgtccacaagcctcccttgcacgtcggggtacttcaccaaatttgccataat 711  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2351041 cttccaccttctctccatttccatcacgacccatcacctccctaatctcgtccacaagcctcccttgcacgtcggggtacttcaccaaatttgccataat 2350942  T
Q  712 ccattgcaaagccgtggaagtattatcta 740  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2350941 ccattgcaaagccgtggaagtagtatcta 2350913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 132 - 738
Target Start/End: Complemental strand, 2303945 - 2303339
Alignment:
Q  132 acataaactatatcctaggagaaatacgaacttgcaatggatttttcatcaccacagtgaattcttgtttttccgacaaatcaacatgcccaccttctgg 231  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||  || || |||||    
T  2303945 acataatctatatcctaggagaaatatgaacttgcaatggatttttcatcaccatattgaattcttgtttttccgacaaatcaacatagccgccctctgg 2303846  T
Q  232 aaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaagtgaagcaaagctaaattatatccgggacagattctcctaccaacaccaaat 331  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||  | | ||||| ||||||||  || |  ||||     
T  2303845 aagcttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattctaaatggagcaaagctaaattaagtgcaggacaaattctcctttcagcttcaaac 2303746  T
Q  332 ggcatcatctttatctctttactccccgtaatgtcaaatgtttcatccttcaaaaacctctctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggat 431  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  | ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2303745 ggcatcatctttatctccttactccctgtaatgtcaaaattctcatccttccaaaacctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggat 2303646  T
Q  432 cccaccccatctctgccaccataaaattgaccgtcccatttttaggcaccaaataaccattaaaaagcacatcctctgtcaccgcgtgtggtaacacatt 531  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||| ||||||||||||| |||| |      
T  2303645 cccaccccatctccgccagcatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaataaccgttcaaaaccacatcctctttcaccgcgtgtggcaacagaaa 2303546  T
Q  532 atgccccggtggatgacgcctcaacccttccaaaaccacacatttcagatacaaaagtttctgcaaatcttcctctttcacttccaccttctctccattt 631  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  2303545 atgccccggtggatgacgcctcaacccttccaaaacaacacatttcaaataccgaagtttctgcaattcttcctctttcacttcctccttctctccattc 2303446  T
Q  632 ccatcatgacccatcacctccctaatctcgtccacaagcctcccttgcacgtcggggtacttcaccaaatttgccataatccattgcaaagccgtggaag 731  Q
     |||||  |||||||||||||| |||||| |||||||||||||  ||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  |||||||    
T  2303445 tcatcaccacccatcacctcccgaatctcctccacaagcctcctctgcacttctgggtacttaaccaaattcgccataatccattgcaaagtagtggaag 2303346  T
Q  732 tattatc 738  Q
    || ||||    
T  2303345 tagtatc 2303339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 130 - 739
Target Start/End: Complemental strand, 2327502 - 2326893
Alignment:
Q  130 acacataaactatatcctaggagaaatacgaacttgcaatggatttttcatcaccacagtgaattcttgtttttccgacaaatcaacatgcccaccttct 229  Q
    |||||||| |||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||| |||||||| ||||| ||||| ||     
T  2327502 acacataatctatattctatgagaaatatgaacttgcaatggatttttcatcaccacggtgaattcaaatttttctgacaaatcgacatggccaccctcc 2327403  T
Q  230 ggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaagtgaagcaaagctaaattatatccgggacagattctcctaccaacaccaa 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| | ||||    
T  2327402 ggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagtaaagctaaattatatcccggacaaattctcctaccagctccaa 2327303  T
Q  330 atggcatcatctttatctctttactccccgtaatgtcaaatgtttcatccttcaaaaacctctctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgagg 429  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2327302 acggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgagg 2327203  T
Q  430 atcccaccccatctctgccaccataaaattgaccgtcccatttttaggcaccaaataaccattaaaaagcacatcctctgtcaccgcgtgtggtaacaca 529  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||  |||| || || || ||||||    
T  2327202 atccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaataaccattcaaaaccacatcatcgctcactgcatgaggcaacaca 2327103  T
Q  530 ttatgccccggtggatgacgcctcaacccttccaaaaccacacatttcagatacaaaagtttctgcaaatcttcctctttcacttccaccttctctccat 629  Q
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  |||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||     
T  2327102 aaatgccctggtggatgacgcctcaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttatgcaagtcttcctctttcacttcctccttctctacaa 2327003  T
Q  630 ttccatcatgacccatcacctccctaatctcgtccacaagcctcccttgcacgtcggggtacttcaccaaatttgccataatccattgcaaagccgtgga 729  Q
      ||||||  |||||| | |||||||||||| | ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  2327002 caccatcaccacccatgaactccctaatctcctgcacaagcctcctttgaacgtccgggtacttcaccaaattcgccataatccaatgcaaagcggtgga 2326903  T
Q  730 agtattatct 739  Q
    |||| |||||    
T  2326902 agtagtatct 2326893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 130 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 2294334 - 2293743
Alignment:
Q  130 acacataaactatatcctaggagaaatacgaacttgcaatggatttttcatcaccacagtgaattcttgtttttccgacaaatcaacatgcccaccttct 229  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| || |||    
T  2294334 acacataatctatatcctaggagaaatatgaacttgcaatggatttttcatcaccatggtgaattcttgtatttccgtcaaatcaacatgcccgccctct 2294235  T
Q  230 ggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaagtgaagcaaagctaaattatatccgggacagattctcctaccaacaccaa 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||  ||||||||| ||||| || ||| | ||||    
T  2294234 ggaaccttccaatcgaaattccaaaccaagttagccacaaaatattccaaatggagcaaagctaaattaagtccgggacaaattcttcttccagctccaa 2294135  T
Q  330 atggcatcatctttatctctttactccccgtaatgtcaaatgtttcatccttcaaaaacctctctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgagg 429  Q
    | ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  || |||||||||||||||||    
T  2294134 acggcatcatctttatctctttacttcctgtaatgtcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggcttaaactccaacgggtcctcccaaacacgagg 2294035  T
Q  430 atcccaccccatctctgccaccataaaattgaccgtcccatttttaggcaccaaataaccattaaaaagcacatcctctgtcaccgcgtgtggtaacaca 529  Q
    |||| || ||||||| |||| ||  ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |  |||| |||||||||| ||||||||||||| |||  |    
T  2294034 atccaacgccatctccgccagcaagaaattcaccgtcccgtttttaggcaccaaataaccgtccaaaaccacatcctctttcaccgcgtgtggcaacgga 2293935  T
Q  530 ttatgccccggtggatgacgcctcaacccttccaaaaccacacatttcagatacaaaagtttctgcaaatcttcctctttcacttccaccttctctccat 629  Q
       | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2293934 aatttccccggtggatgacgcctcaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttctgcaagtcttcctctttcacttcctccttctctccat 2293835  T
Q  630 ttccatcatgacccatcacctccctaatctcgtccacaagcctcccttgcacgtcggggtacttcaccaaatttgccataatccattgcaaa 721  Q
    || |||||  |||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||    
T  2293834 tttcatcaccacccatcacctcccgaatctcctccacaagcctcccctgcacttctgggtacttcactacattcgccataatccactgcaaa 2293743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 130 - 738
Target Start/End: Complemental strand, 2321649 - 2321040
Alignment:
Q  130 acacataaactatatcctaggagaaatacgaacttgcaatggatttttcatcaccacagtgaattcttgtttttccgacaaatcaacatgcccaccttct 229  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| ||     
T  2321649 acacataatctataccctaggagaaatatgaacttgcaatggatttttcatcaccatagtgaattcatctttttccgacaaatcaacatggccaccctcc 2321550  T
Q  230 ggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaagtgaagcaaagctaaattatatccgggacagattctcctaccaacaccaa 329  Q
    |||| || ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||  ||||||||| |||||||| ||| | ||||    
T  2321549 ggaagctgccaattgaaattccaaaccaagttagccacaaaatattccaaatggagcaaagctaaattaagtccgggacaaattctccttccagctccaa 2321450  T
Q  330 atggcatcatctttatctctttactccccgtaatgtcaaatgtttcatccttcaaaaacctctctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgagg 429  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2321449 acggcatcatctttatctctttactccctataatatcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgagg 2321350  T
Q  430 atcccaccccatctctgccaccataaaattgaccgtcccatttttaggcaccaaataaccattaaaaagcacatcctctgtcaccgcgtgtggtaacaca 529  Q
    ||||||| ||||||| | || ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||| |||||| |||||  ||||||    
T  2321349 atcccacgccatctccgacagcatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaataaccgttcaaaaccacatcctctttcaccgtgtgtgccaacaca 2321250  T
Q  530 ttatgcccc-ggtggatgacgcctcaacccttccaaaaccacacatttcagatacaaaagtttctgcaaatcttcctctttcacttccaccttctctcca 628  Q
      ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||| |||   |||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||    
T  2321249 aaatgcccctggtggatgacgcctcatcccttccaaaaccacgcacttcaaatatcgaagtttctgcaagttttcctctttcacttcctccttctctcca 2321150  T
Q  629 tttccatcatgacccatcacctccctaatctcgtccacaagcctcccttgcacgtcggggtacttcaccaaatttgccataatccattgcaaagccgtgg 728  Q
    ||  |||||  | |||||||||| | |||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||    
T  2321149 ttgtcatcactaaccatcacctcacgaatctcctccacaagcctcccctgcacttccgggtacttcaccaaattcgccataatccactgcaaagcagtgg 2321050  T
Q  729 aagtattatc 738  Q
    ||||| ||||    
T  2321049 aagtagtatc 2321040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 143 - 738
Target Start/End: Complemental strand, 2331204 - 2330609
Alignment:
Q  143 atcctaggagaaatacgaacttgcaatggatttttcatcaccacagtgaattcttgtttttccgacaaatcaacatgcccaccttctggaaccttccaat 242  Q
    ||||| ||||||||| || | ||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| || |||||||||||  | ||||| || |||||||||||||    
T  2331204 atccttggagaaatatgagcctgcaatggatttttcatgaccatagtgaattcctgtttctctgacaaatcaacgcgaccaccctcgggaaccttccaat 2331105  T
Q  243 cgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaagtgaagcaaagctaaattatatccgggacagattctcctaccaacaccaaatggcatcatctt 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| | |||||||||||||||||    
T  2331104 cgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatgaagcaaagctaaattatatccaggacaaattctcctcccagctccaaatggcatcatctt 2331005  T
Q  343 tatctctttactccccgtaatgtcaaatgtttcatccttcaaaaacctctctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatcccaccccatc 442  Q
    |||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  2331004 tatctctttacttcctgtaatgtcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggcttaaattccattggatcctcccaaacacgagggtccaaccccatc 2330905  T
Q  443 tctgccaccataaaattgaccgtcccatttttaggcaccaaataaccattaaaaagcacatcctctgtcaccgcgtgtggtaacacattatgccccggtg 542  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||  |||| ||||| || |||||   |||||| ||||    
T  2330904 tctgcaaccataaaattcaccgtcccatctttaggcaccaaataaccattcaaaaccacatcctcgctcactgcgtgaggcaacacgaaatgccctggtg 2330805  T
Q  543 gatgacgcctcaacccttccaaaaccacacatttcagatacaaaagtttctgcaaatcttcctctttcacttccaccttctctccatttccatcatgacc 642  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||  |||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    ||||   |||    
T  2330804 gatgacgcctcaacccttccaaaaccacgcacttcaaataccgaagtttatgcaagtcttcctctttcacttcctccttctctccagcatcatcgccacc 2330705  T
Q  643 catcacctccctaatctcgtccacaagcctcccttgcacgtcggggtacttcaccaaatttgccataatccattgcaaagccgtggaagtattatc 738  Q
    |||||||||  ||||||| ||||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  2330704 catcacctctgtaatctcctccacaagcttcccctgaacgtccgggtacttcaccaaattcgccataatccattgcaaagcggtggaagtagtatc 2330609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 130 - 714
Target Start/End: Complemental strand, 2310665 - 2310081
Alignment:
Q  130 acacataaactatatcctaggagaaatacgaacttgcaatggatttttcatcaccacagtgaattcttgtttttccgacaaatcaacatgcccaccttct 229  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| || |||    
T  2310665 acacataatctatatcctaggagaaatatgaacttgcactggatttttcatcaccatagtgaattcttgtatttccgtcaaatcaacatgcccgccctct 2310566  T
Q  230 ggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaagtgaagcaaagctaaattatatccgggacagattctcctaccaacaccaa 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||  ||||||||| ||||| || ||| | ||||    
T  2310565 ggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagcaaagctaaattaagtccgggacaaattcttcttccagctccaa 2310466  T
Q  330 atggcatcatctttatctctttactccccgtaatgtcaaatgtttcatccttcaaaaacctctctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgagg 429  Q
    | ||||||||||||||||||||||| || | |||| |||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |    
T  2310465 acggcatcatctttatctctttacttcctggaatgacaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggcttaaactccaatgggtcctcccaaacacgacg 2310366  T
Q  430 atcccaccccatctctgccaccataaaattgaccgtcccatttttaggcaccaaataaccattaaaaagcacatcctctgtcaccgcgtgtggtaacaca 529  Q
    |||| || ||||||| ||||  |  ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |  |||| |||||||||| ||||||||||||| |||  |    
T  2310365 atccaacgccatctccgccagaaagaaattcaccgtcccgtttttaggcaccaaataaccgtccaaaaccacatcctctttcaccgcgtgtggcaacgga 2310266  T
Q  530 ttatgccccggtggatgacgcctcaacccttccaaaaccacacatttcagatacaaaagtttctgcaaatcttcctctttcacttccaccttctctccat 629  Q
       | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2310265 aatttccccgatggatgacgcctcaacccttccaaaaccacacacttcaaataccaaagtttctgcaagtcttcctctttcacttcctccttctctccat 2310166  T
Q  630 ttccatcatgacccatcacctccctaatctcgtccacaagcctcccttgcacgtcggggtacttcaccaaatttgccataatcca 714  Q
    || |||||  |||||||||||||| |||||| |||||||||||||| | ||| || ||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  2310165 tttcatcaccacccatcacctcccgaatctcctccacaagcctccccttcacttctgggtacttcaccacattcgccataatcca 2310081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 176; Significance: 2e-94; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 143 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 41127519 - 41127050
Alignment:
Q  143 atcctaggagaaatacgaacttgcaatggatttttcatcaccacagtgaattcttgtttttccgacaaatcaacatgcccacct---tctggaaccttcc 239  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||   ||||||||||||||||||||  ||| ||   ||| ||| |||||    
T  41127519 atcctaggagaaatatgaacttgcagtggatttttcataaccacggtgaattcagttttttccgacaaatcaacataaccagctccctctagaatcttcc 41127420  T
Q  240 aatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaagtgaagcaaagctaaattatatccgggacagattctcctaccaacaccaaatggcatcat 339  Q
    |||  |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  41127419 aattaaaattccagaccaaattagccacaaagtattccaaatggagcaaagctaaattatatccaggacaaattctcctcccaactccaaacggcatcat 41127320  T
Q  340 ctttatctctttactccccgtaatgtcaaatgtttcatccttcaaaaacctctctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatcccacccc 439  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| ||||| |  ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||| |||| |||     
T  41127319 ctttatctctttagtcccggtaatatcaaaagcctcatccttcaaaaacctttctggtttaaactccaatggatcttcccaaacactagggtccctccct 41127220  T
Q  440 atctctgccaccataaaattgaccgtcccatttttaggcaccaaataaccattaaaaagcacatcctctgtcaccgcgtgtggtaacacattatgccccg 539  Q
    || ||||||||||| ||||| ||   | |||||||||||| ||| ||||| |  |||| |||||||||  ||||||| || || ||||||   |||||||    
T  41127219 atgtctgccaccatgaaattcactaccacatttttaggcagcaagtaaccgtcgaaaaccacatcctccttcaccgcatggggcaacacaaagtgccccg 41127120  T
Q  540 gtggatgacgcctcaacccttccaaaaccacacatttcagatacaaaagtttctgcaaatcttcctcttt 609  Q
    |||| |||| ||||| ||||||||||| |||||| || |||||    || |||||||| |||||||||||    
T  41127119 gtgggtgacacctcagcccttccaaaatcacacactttagatatggtaggttctgcaagtcttcctcttt 41127050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 385 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 26506883 - 26506746
Alignment:
Q  385 aaacctctctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatcccaccccatctctgccaccataaaattgaccgtcccatttttaggcaccaaa 484  Q
    |||||| |||||||| ||  |||| ||||||||||||||||  ||||||||||| | |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||     
T  26506883 aaacctatctggcttgaatgccatgggatcctcccaaacacttggatcccacccaacctctgccaccataaaattaactgtcccatttttaggcaccaag 26506784  T
Q  485 taaccattaaaaagcacatcctctgtcaccgcgtgtgg 522  Q
    ||||| ||||||| ||||||||| ||||| || |||||    
T  26506783 taaccgttaaaaatcacatcctcggtcactgcatgtgg 26506746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 385 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 26494838 - 26494726
Alignment:
Q  385 aaacctctctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatcccaccccatctctgccaccataaaattgaccgtcccatttttaggcaccaaa 484  Q
    ||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||    |||||  | || || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||     
T  26494838 aaacctctctggcttaaacaccgtaggatcctcccaaaccgttggatctaatcctatatctgccaccataaaattcacagtcccatttttaggcaccaag 26494739  T
Q  485 taaccattaaaaa 497  Q
    |||||||| ||||    
T  26494738 taaccattcaaaa 26494726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 143 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 26507131 - 26507056
Alignment:
Q  143 atcctaggagaaatacgaacttgcaatggatttttcatcaccacagtgaattcttgtttttccgacaaatcaacat 218  Q
    ||||||||||| ||  || ||| |||||||| ||||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||||    
T  26507131 atcctaggagatatttgagcttccaatggatatttcatcaccatagtaaattcctgtttttctgacaaatcaacat 26507056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 47; Significance: 2e-17; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 236 - 358
Target Start/End: Original strand, 15176287 - 15176409
Alignment:
Q  236 ttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaagtgaagcaaagctaaattatatccgggacagattctcctaccaacaccaaatggca 335  Q
    ||||| || |||||| |||| ||||| || ||||| ||||||||||| | ||| ||||||  ||| || ||||| |||||||| ||  | ||||||||||    
T  15176287 ttccactcaaaattcaaaacaaaattggcaacaaagtattccaagtgcaacaatgctaaaccatagccaggacacattctcctccctgctccaaatggca 15176386  T
Q  336 tcatctttatctctttactcccc 358  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  15176387 tcatctttatctctttactcccc 15176409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University