View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5720_low_7 (Length: 270)

Name: NF5720_low_7
Description: NF5720
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5720_low_7
NF5720_low_7
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (1-254)||(16403495-16403748)
chr5 (5-236)||(16396921-16397152)
chr5 (7-219)||(15335898-15336110)
chr5 (5-254)||(15347236-15347485)
chr5 (5-254)||(15453062-15453311)
chr5 (5-254)||(15357505-15357754)
chr5 (5-254)||(15083184-15083433)
chr5 (1-223)||(15331442-15331664)
chr5 (18-224)||(16414258-16414464)
chr5 (13-223)||(15429228-15429439)
chr5 (4-125)||(17927955-17928076)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (6-222)||(8187368-8187584)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 16403748 - 16403495
Alignment:
Q  1 atactaaaaaagtgtgtgggagtccctcttgcggcaatagcactaggaagtcttttgcggtttaaaagagaagaaaaagagtggctctatgtgaaggaaa 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16403748 atactaaaaaagtgtgtgtgagtccctcttgcggcaatagcactaggaagtcttttgcggtttaaaagagaagaaaaagagtggctctatgtgaaggaaa 16403649  T
Q  101 gtaagctatggagtttagaaggtgaagattacgtcaagtctgccttaaaactaagttacctcaatttgccagtaaaattgaggcagtgtttttccttttg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16403648 gtaagctatggagtttagaaggtgaagattacgtcaagtctgccttaaaactaagttacctcaatttgccagtaaaattgagacagtgtttttccttttg 16403549  T
Q  201 tgcattatttcccaaagatgaaattatgagcaagcacttcatgattgagctttg 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16403548 tgcattatttcccaaagatgaaattatgagcaagcacttcatgattgagctttg 16403495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 5 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 16397152 - 16396921
Alignment:
Q  5 taaaaaagtgtgtgggagtccctcttgcggcaatagcactaggaagtcttttgcggtttaaaagagaagaaaaagagtggctctatgtgaaggaaagtaa 104  Q
    |||| ||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||    
T  16397152 taaagaagtgtgggggattccctcttgcagcaatagcactaggaagtctcttgcggtttaaaagagaagaaaaggaatggctatatgtcaaggaaagcaa 16397053  T
Q  105 gctatggagtttagaaggtgaagattacgtcaagtctgccttaaaactaagttacctcaatttgccagtaaaattgaggcagtgtttttccttttgtgca 204  Q
    |||||||| |||| ||||||||| ||| |||| | ||||||| | | |||||||| |  |||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||    
T  16397052 gctatggaatttacaaggtgaagcttatgtcatgcctgccttgagattaagttacttgcatttgccagtaaaattaaggcaatgcttttccttctgtgca 16396953  T
Q  205 ttatttcccaaagatgaaattatgagcaagca 236  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16396952 ttatttcccaaagatgaaattataagcaagca 16396921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 7 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 15336110 - 15335898
Alignment:
Q  7 aaaaagtgtgtgggagtccctcttgcggcaatagcactaggaagtcttttgcggtttaaaagagaagaaaaagagtggctctatgtgaaggaaagtaagc 106  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| | || |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||    
T  15336110 aaaaagtgtgtgggagtgcctcttgcggcaatagcactaggaagtctcttgtgtttcaaaagagacgaaaatgagtggctctatgtcaaggaaagcaagc 15336011  T
Q  107 tatggagtttagaaggtgaagattacgtcaagtctgccttaaaactaagttacctcaatttgccagtaaaattgaggcagtgtttttccttttgtgcatt 206  Q
    ||||||||||| |||||||  |||  |||| | ||||||| | |||||||||  | ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |||||| |    
T  15336010 tatggagtttacaaggtgataattcagtcatgcctgccttgagactaagttatttgaatttaccagtaaaattgagacagtgttttgccttgtgtgcact 15335911  T
Q  207 atttcccaaagat 219  Q
     ||||||||||||    
T  15335910 ctttcccaaagat 15335898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 5 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 15347485 - 15347236
Alignment:
Q  5 taaaaaagtgtgtgggagtccctcttgcggcaatagcactaggaagtcttttgcggtttaaaagagaagaaaaagagtggctctatgtgaaggaaagtaa 104  Q
    |||||||||||  |||||||||||| || |||| |||||| |||||| | |||||||||||| |||||||||| || |||| |||||| |||||||||||    
T  15347485 taaaaaagtgtaggggagtccctctcgcagcaaaagcactgggaagtttattgcggtttaaacgagaagaaaaggaatggcgctatgtcaaggaaagtaa 15347386  T
Q  105 gctatggagtttagaaggtgaagattacgtcaagtctgccttaaaactaagttacctcaatttgccagtaaaattgaggcagtgtttttccttttgtgca 204  Q
    |||||||| |||| |||||||  |||  |||| | |||| || | | |||||||| | |||||||| ||||||||||| || |||||| |||||||||||    
T  15347385 gctatggaatttacaaggtgagaattctgtcatgcctgcgttgagattaagttacttgaatttgccggtaaaattgagacaatgttttgccttttgtgca 15347286  T
Q  205 ttatttcccaaagatgaaattatgagcaagcacttcatgattgagctttg 254  Q
     |||||||||| ||||||||||| ||||| || ||  | |||||||||||    
T  15347285 ctatttcccaaggatgaaattataagcaaacagtttgtaattgagctttg 15347236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 5 - 254
Target Start/End: Original strand, 15453062 - 15453311
Alignment:
Q  5 taaaaaagtgtgtgggagtccctcttgcggcaatagcactaggaagtcttttgcggtttaaaagagaagaaaaagagtggctctatgtgaaggaaagtaa 104  Q
    |||| |||||||  ||||| ||| | || ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||    
T  15453062 taaataagtgtggaggagttcctttggcagcaattgcactaggaagtctcttgcgttttaaaagagaagaaaaagagtggctctatgtcaagaaaagcaa 15453161  T
Q  105 gctatggagtttagaaggtgaagattacgtcaagtctgccttaaaactaagttacctcaatttgccagtaaaattgaggcagtgtttttccttttgtgca 204  Q
     || ||||||||| |||| ||| |||  |||| | ||||||| | | |||| ||| ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||| ||||||    
T  15453162 actttggagtttacaaggcgaaaattctgtcatgcctgccttgagattaagctacttcaatttgccaataaaattgagacaatgtttttccttctgtgca 15453261  T
Q  205 ttatttcccaaagatgaaattatgagcaagcacttcatgattgagctttg 254  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| |||||| |  | || |||||||||||    
T  15453262 ttatttcccaaaggtgaaactataagcaagaagatgataattgagctttg 15453311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 5 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 15357754 - 15357505
Alignment:
Q  5 taaaaaagtgtgtgggagtccctcttgcggcaatagcactaggaagtcttttgcggtttaaaagagaagaaaaagagtggctctatgtgaaggaaagtaa 104  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| | || || |||||| |||||||||| || |||| |||||| |||||||| ||    
T  15357754 taaaaaagtgtgggggagttcctcttgcggcaaaagcactaggaagtttcttacgttttaaacgagaagaaaaggaatggcgctatgtcaaggaaagcaa 15357655  T
Q  105 gctatggagtttagaaggtgaagattacgtcaagtctgccttaaaactaagttacctcaatttgccagtaaaattgaggcagtgtttttccttttgtgca 204  Q
     |||||||||||| |||||||  |||  |||| |||| |||| |   |||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  15357654 tctatggagtttacaaggtgagaattcagtcatgtcttccttgaggttaagttacttgaatttgccggtaaaattgaggcagtgctttgccttttgtgca 15357555  T
Q  205 ttatttcccaaagatgaaattatgagcaagcacttcatgattgagctttg 254  Q
     | ||| |||| ||| ||||||| || ||||| ||  |||||||||||||    
T  15357554 cttttttccaaggatcaaattataagtaagcagtttttgattgagctttg 15357505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 5 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 15083433 - 15083184
Alignment:
Q  5 taaaaaagtgtgtgggagtccctcttgcggcaatagcactaggaagtcttttgcggtttaaaagagaagaaaaagagtggctctatgtgaaggaaagtaa 104  Q
    |||| ||||||| |||||  |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  15083433 taaagaagtgtgggggagcgcctcttgctgcaatagcactaggaagtctcttgcgctttaaaacagaggaaaaagagtggcactatgtgaaggaaagcaa 15083334  T
Q  105 gctatggagtttagaaggtgaagattacgtcaagtctgccttaaaactaagttacctcaatttgccagtaaaattgaggcagtgtttttccttttgtgca 204  Q
     |||||||||||| ||| ||||||||| | || | |||| || | | |||||||| | ||||||||  | ||| |||| || |||||| |||| ||||||    
T  15083333 actatggagtttacaagatgaagattatgccatgcctgcgttgagattaagttacttgaatttgccgcttaaactgagacaatgttttgccttctgtgca 15083234  T
Q  205 ttatttcccaaagatgaaattatgagcaagcacttcatgattgagctttg 254  Q
     ||||||||||||||| ||| || || ||||| ||  | |||||||||||    
T  15083233 ctatttcccaaagatgcaataataaggaagcagtttctaattgagctttg 15083184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 15331664 - 15331442
Alignment:
Q  1 atactaaaaaagtgtgtgggagtccctcttgcggcaatagcactaggaagtcttttgcggtttaaaagagaagaaaaagagtggctctatgtgaaggaaa 100  Q
    |||||||| |||||||  ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||| ||||||| |||||| |||||||    
T  15331664 atactaaagaagtgtggcggagtacctcttgcagcaatagcactaggaagtctcttgcgttttaaaagagaggtaaatgagtggcactatgtcaaggaaa 15331565  T
Q  101 gtaagctatggagtttagaaggtgaagattacgtcaagtctgccttaaaactaagttacctcaatttgccagtaaaattgaggcagtgtttttccttttg 200  Q
    | ||  ||||||||||| ||| ||||||||| |||| | || |||| | | |||||||| | |||||||||||||||||||| || || ||| |||| ||    
T  15331564 gcaaattatggagtttacaagatgaagattatgtcatgcctaccttgagattaagttacttgaatttgccagtaaaattgagacaatgctttgccttctg 15331465  T
Q  201 tgcattatttcccaaagatgaaa 223  Q
    |||  |||||  |||||||||||    
T  15331464 tgctctatttatcaaagatgaaa 15331442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 18 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 16414464 - 16414258
Alignment:
Q  18 gggagtccctcttgcggcaatagcactaggaagtcttttgcggtttaaaagagaagaaaaagagtggctctatgtgaaggaaagtaagctatggagttta 117  Q
    |||||| |||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||| || |||||||| |||| |||||||||| |||| |||||||| |||||||||  ||||    
T  16414464 gggagtacctcttgccgcaatggcattaggaagtctcttgcgtttcaaaagagaggaaatagagtggctcaatgtcaaggaaagcaagctatgggattta 16414365  T
Q  118 gaaggtgaagattacgtcaagtctgccttaaaactaagttacctcaatttgccagtaaaattgaggcagtgtttttccttttgtgcattatttcccaaag 217  Q
     |||||||  | | ||||| | |||||||||   |||||||| | ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  16414364 caaggtgagaactgcgtcatgcctgccttaaggttaagttacttgaatttaccagttaaattgagacaatgtttttccttctgtgcactatttcccaaag 16414265  T
Q  218 atgaaat 224  Q
    |||||||    
T  16414264 atgaaat 16414258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 13 - 223
Target Start/End: Original strand, 15429228 - 15429439
Alignment:
Q  13 tgtgtgggagtccctcttgcggcaatagcactaggaagtcttttgcggtttaaaagagaagaaaaagagtggctctatgtgaaggaaagtaagctatgga 112  Q
    |||| |||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||| |||| | |||||||| ||  ||||||    
T  15429228 tgtgggggagtacctcttgcagcaaaagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagagaggaaaaggagtggcgctatatcaaggaaagcaaaatatgga 15429327  T
Q  113 gtttagaaggtgaagattacgtcaagtctgccttaaaactaag-ttacctcaatttgccagtaaaattgaggcagtgtttttccttttgtgcattatttc 211  Q
     |||| ||| ||||||  | |||| | |||| || | | |||| |||| | ||||||||||| ||| |||| || |||||| |||| |||||||||||||    
T  15429328 atttacaagatgaagaaaatgtcatgcctgcattgagattaagtttacttgaatttgccagttaaactgagacaatgttttgccttctgtgcattatttc 15429427  T
Q  212 ccaaagatgaaa 223  Q
    ||||||||||||    
T  15429428 ccaaagatgaaa 15429439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 4 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 17928076 - 17927955
Alignment:
Q  4 ctaaaaaagtgtgtgggagtccctcttgcggcaatagcactaggaagtcttttgcggtttaaaagagaagaaaaagagtggctctatgtgaaggaaagta 103  Q
    ||||| ||||||  |||||| |||||||| |||||| || |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| || |    
T  17928076 ctaaagaagtgtaggggagtgcctcttgcagcaataacattaggaagtctgttgcgctttaaaagagaagaaaaagaatggatctatgtcaaggacagca 17927977  T
Q  104 agctatggagtttagaaggtga 125  Q
    || | ||||| ||| |||||||    
T  17927976 agttgtggagcttacaaggtga 17927955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 90; Significance: 1e-43; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 6 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 8187584 - 8187368
Alignment:
Q  6 aaaaaagtgtgtgggagtccctcttgcggcaatagcactaggaagtcttttgcggtttaaaagagaagaaaaagagtggctctatgtgaaggaaagtaag 105  Q
    ||||||||||| ||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||   |||||||||     
T  8187584 aaaaaagtgtgggggtgtacctcttgcagcaatagcactaggaagtctcttgcgttttaaaagagaggaaaaggagtggctctatgtcttggaaagtaat 8187485  T
Q  106 ctatggagtttagaaggtgaagattac-gtcaagtctgccttaaaactaagttacctcaatttgccagtaaaattgaggcagtgtttttccttttgtgca 204  Q
    |||||||||||| |||||| ||| ||| |||| | ||||||| | | |||||||| | ||||||||| |||||||||| || |||||| |||||||||||    
T  8187484 ctatggagtttacaaggtg-agaatacagtcatgcctgccttgagattaagttacttgaatttgccaataaaattgagacaatgttttgccttttgtgca 8187386  T
Q  205 ttatttcccaaagatgaa 222  Q
     | ||||| |||||||||    
T  8187385 ctttttccaaaagatgaa 8187368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University