View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5723-Insertion-4 (Length: 835)

Name: NF5723-Insertion-4
Description: NF5723
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5723-Insertion-4
NF5723-Insertion-4
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (31-835)||(13397118-13397928)
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (39-835)||(3809193-3809994)
chr4 (39-832)||(3919893-3920690)
chr4 (119-833)||(3986257-3986971)
chr4 (35-817)||(3800762-3801546)
chr4 (80-832)||(3816822-3817571)
chr4 (31-817)||(4009166-4009956)
chr4 (119-835)||(4024494-4025204)
chr4 (39-833)||(3933116-3933911)
chr4 (31-752)||(3955723-3956442)
chr4 (115-817)||(4217898-4218603)
chr4 (80-829)||(4001529-4002271)
chr4 (160-553)||(4018020-4018413)
chr4 (120-556)||(3963692-3964128)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 499; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 499; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 835
Target Start/End: Original strand, 13397118 - 13397928
Alignment:
Q  31 caaaatattttttaccaaaatgacaaatgttatctaaaatcgccaaatgtt---accttgtcatttttcaatacatcgtggataaagtcaggatcccata 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||    
T  13397118 caaaatattttttaccaaaatgacaaatgttatctaaaattgccaaatttttttaccttgtcatttttcaatacatcgtagataatatcaggatcccata 13397217  T
Q  128 atcgattgcgttttctaaggtcttcactagaatcttggcgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatcttcaga 227  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  13397218 atcgactgcattttctagggtcttcactagattcttggcgaacaacctcgcgacccatttcctgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttaga 13397317  T
Q  228 aatagttatgagagctttatctttcaacctttctaacccaacagccactgaattatcactttcataatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttc 327  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  13397318 aatagttataagagctttatctttcaacctttctaacccaatagctacagaattatcactttcataatctttcaataaaagtttcatgtactccactttc 13397417  T
Q  328 aaactcaacccattgaaaaaacaagcaatatctaaaaaatactttttctctaaaccatcaagatcatcataacttagtctcattacatcataaacttttt 427  Q
    ||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  13397418 aaactcatcccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttctgctctaaacgatcaagatcatcaaaactgagtctcattacatcatgaacttttt 13397517  T
Q  428 gaattggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcc 527  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  13397518 gaattggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatagttctttattctttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatgggattcc 13397617  T
Q  528 tttggcataatggaccatcctctttgatacatcataaaactgagtttcaagatgactttgtttaaagacattcaaattgaaaagctcaagtgcttcacta 627  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  13397618 tttggcataatcgaccaccctctttgatacatcataaaactcgttttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtgcttcacta 13397717  T
Q  628 gaatccaatacctcaacctca---aacagatcatctttatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctggctgttaaaattattctactatcag 724  Q
    ||||||||||||  |||||||   ||   |||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||    
T  13397718 gaatccaataccctaacctcatataaagcatcatcatcaacaacttcattagcaataagtacttgcttatccctggttgttataattattctactatcag 13397817  T
Q  725 attgaaaccaatcacgacttccaaataacttttccagctgatctctacccttgatgtcatcaagaacgataagaaccttcatgcggccaatccgcctctc 824  Q
    || ||||||||||| || ||||||||||| | ||||||||| ||    || | |  ||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||  ||||     
T  13397818 atcgaaaccaatcaagagttccaaataacatctccagctgaccttcttccgtaacatcatcaagaacaataagaaccttcatatggccaatccttctctg 13397917  T
Q  825 aatatcactag 835  Q
    ||||| |||||    
T  13397918 aatataactag 13397928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 497; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 497; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 39 - 835
Target Start/End: Original strand, 3809193 - 3809994
Alignment:
Q  39 tttttaccaaaatgacaaatgttatctaaaatcgccaaa--tgttaccttgtcatttttcaatacatcgtggataaagtcaggatcccataatcgattgc 136  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||  | || |  | ||||||||||||||||||||||||| |  ||    ||||||| |||||||||| |||    
T  3809193 tttttaacaacatgacaaatgttatctaaaaatgacatactttttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatcaggattccataatcgactgc 3809292  T
Q  137 gttttctaaggtcttcactagaatcttggcgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttat 236  Q
    |||||  | ||| ||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3809293 gtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttat 3809392  T
Q  237 gagagctttatctttcaacctttctaacccaacagccactgaattatcactttcataatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaactcaac 336  Q
     |||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| | | |||||||||||||| || | |||||| ||||| |||||||||||    
T  3809393 aagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactgaattatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccactctcaaactcaac 3809492  T
Q  337 ccattgaaaaaacaagcaatatctaaaaaatactttttctctaaaccatcaagatcatcataacttagtctcattacatcataaactttttgaattggca 436  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||| | || ||||| ||||| |||||    
T  3809493 ccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctctaaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggca 3809592  T
Q  437 gtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcata 536  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3809593 gtcttctaagtttgtctagctgactttcccatacttctttattttttccacgaagcatattagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcata 3809692  T
Q  537 atggaccatcctctttgatacatcataaaactg---agtttcaagatgactttgtttaaagacattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatcc 633  Q
     | |  || |||||||||||||||| |||||||   |  |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | ||    
T  3809693 ttcggtcaccctctttgatacatcacaaaactgatcaacttcaagatcactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagctcaagttcttcagtaggaccc 3809792  T
Q  634 aatacctcaacctcaaacagatcatctttatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctggctgttaaaattattctactatcagattgaaacc 733  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3809793 aataccccaacctcaaacagatcatctttatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctggctgttaaaattattctactatcatattgaaacc 3809892  T
Q  734 aatcacgacttccaaataacttttccagctgatctctacccttgatgtcatcaagaacgataagaaccttcatgcggccaatccgcctctcaatatcact 833  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3809893 aatcacaacttccaaataatttttccagctgatctgtacccttgacgtcatcaagaacgataagaaccttcatgcggccaatccgcctctcaatatcact 3809992  T
Q  834 ag 835  Q
    ||    
T  3809993 ag 3809994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 456; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 39 - 832
Target Start/End: Complemental strand, 3920690 - 3919893
Alignment:
Q  39 tttttaccaaaatgacaaatgttatctaaaatcgcca---aatgtt-accttgtcatttttcaatacatcgtggataaagtcaggatcccataatcgatt 134  Q
    |||||||||||||||| | |||||||| |||  ||||   |||||| |||||||||||||||||||||||    ||    |||  ||||||||||||| |    
T  3920690 tttttaccaaaatgactattgttatctgaaaatgccatataatgtttaccttgtcatttttcaatacatcacaaatgtcatcaacatcccataatcgact 3920591  T
Q  135 gcgttttctaaggtcttcactagaatcttggcgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagtt 234  Q
    |||||||  | ||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3920590 gcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagtt 3920491  T
Q  235 atgagagctttatctttcaacctttctaacccaacagccactgaattatcactttcataatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaactca 334  Q
    || ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||  |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  3920490 ataagagctttatctttcaagctttctaacccaccagccacgtaattatcactatcacaatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattca 3920391  T
Q  335 acccattgaaaaaacaagcaatatctaaaaaatactttttctctaaaccatcaagatcatcataacttagtctcattacatcataaactttttgaattgg 434  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||| |||    
T  3920390 acccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatactttttctctaaacgatcaagatcatcataactgagtttcactacatcatgaactttttgaactgg 3920291  T
Q  435 cagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggca 534  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3920290 cagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttgttttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggca 3920191  T
Q  535 taatggaccatcctctttgatacatcataaaactgagtttcaagatgactttgtttaaagacattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatcca 634  Q
    || | || || |||||||||||  |||||  |||   ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3920190 tattcgatcaccctctttgatagctcatagtactccatttcaggatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatcca 3920091  T
Q  635 atacctcaacctcaaacagatcatctttatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctggctgttaaaattattctactatcagattgaaacca 734  Q
    |||||  ||||||| | ||| |||| | ||||||||||||||   | ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3920090 ataccctaacctcatatagaccatcatgatcaacttcattagtccttagtacttgcttatctctggatgttagaattattctactatcagattgaaacca 3919991  T
Q  735 atcacgacttccaaataacttttccagctgatctctacccttgatgtcatcaagaacgataagaaccttcatgcggccaatccgcctctcaatatcac 832  Q
    |||| || ||||||||||| | || ||||||||| |  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  |||||||    
T  3919990 atcaagagttccaaataacatctcgagctgatctgtctccttgacatcatcaagaacgataagaaccttcatgcggctaatccgtctctttatatcac 3919893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 455; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 119 - 833
Target Start/End: Original strand, 3986257 - 3986971
Alignment:
Q  119 gatcccataatcgattgcgttttctaaggtcttcactagaatcttggcgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacatt 218  Q
    |||||||||||||| |||||||  |  ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  3986257 gatcccataatcgactgcgtttgtttgggtattcactagattcttggcgaacaacctcccgacccatttcttgaagaatgtcatgcatagatataacatt 3986356  T
Q  219 atcttcagaaatagttatgagagctttatctttcaacctttctaacccaacagccactgaattatcactttcataatctttcaataaatgtttcatgtaa 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  3986357 atcttcagaaatagttatgagagctttatctttcaacctttctatcccaacagccactgaattatcaccttcacaatctttcaataaaagtttcatgtaa 3986456  T
Q  319 tccactttcaaactcaacccattgaaaaaacaagcaatatctaaaaaatactttttctctaaaccatcaagatcatcataacttagtctcattacatcat 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||| ||| ||||||||    
T  3986457 tccactttcaaactcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatactttttctctaaacgatcaagatcatcgtaactgagtttcactacatcat 3986556  T
Q  419 aaactttttgaattggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaa 518  Q
     |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3986557 gaacttttttaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttgttttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaa 3986656  T
Q  519 tggaactcctttggcataatggaccatcctctttgatacatcataaaactgagtttcaagatgactttgtttaaagacattcaaattgaaaagctcaagt 618  Q
    ||||  |||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||    
T  3986657 tggatttcctttggcataattgaccaccctctttgatatttcatcaaactcagtttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagtgcaagt 3986756  T
Q  619 gcttcactagaatccaatacctcaacctcaaacagatcatctttatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctggctgttaaaattattctac 718  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||| |  ||||||| |  |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3986757 gcatcactagaatccaataccccaacctcatatcgatcatcatcgtcaacttcattatcaaaaagtacttgcttatctctggctgttagaattattctac 3986856  T
Q  719 tatcagattgaaaccaatcacgacttccaaataacttttccagctgatctctacccttgatgtcatcaagaacgataagaaccttcatgcggccaatccg 818  Q
    |||| ||||||||||| ||| || || | |||||| | || |||||||||    |||| |  |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||    
T  3986857 tatctgattgaaaccagtcaagagtttcgaataacatctctagctgatcttcgtccttaacatcatcaagaatgataagaaccttcatgcgtccaattcg 3986956  T
Q  819 cctctcaatatcact 833  Q
     ||||||||||||||    
T  3986957 tctctcaatatcact 3986971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 447; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 817
Target Start/End: Original strand, 3800762 - 3801546
Alignment:
Q  35 atattttttaccaaaatgacaaatgttatctaaaatcgccaaatgtt----accttgtcatttttcaatacatcgtggataaagtcaggatcccataatc 130  Q
    |||||||| |||||||| ||| ||||||||| |||| ||||||| ||    ||||||||||||||||||||||| | |||||  ||||||||||||||      
T  3800762 atatttttaaccaaaataacatatgttatctgaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaat 3800861  T
Q  131 gattgcgttttctaaggtcttcactagaatcttggcgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaat 230  Q
    || ||| ||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||    
T  3800862 gactgcattttctagggtcttcactatattcttggcgaacaacctcccgacccatttctcatagaatgtcatgcatagatataacattatcg--agaaat 3800959  T
Q  231 agttatgagagctttatctttcaacctttctaacccaacagccactgaattatcactttcataatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaa 330  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||    
T  3800960 agttataagagctttatcttttaacctttctaacccaacagccactgaattatcactttcacaatctttcagtaaaattttcatgtaatccactttcaaa 3801059  T
Q  331 ctcaacccattgaaaaaacaagcaatatctaaaaaatactttttctctaaaccatcaagatcatcataacttagtctcattacatcataaactttttgaa 430  Q
     ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||    
T  3801060 ttcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatactttttctctaaatgatcaagatcatcataactgagtctcattacatcatgaacttcttgaa 3801159  T
Q  431 ttggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactccttt 530  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3801160 ttggcagtcttttaagtttgtctagcagactttcccatacttctttacattttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactccttt 3801259  T
Q  531 ggcataatggaccatcctctttgatacatcataaaactgagtttcaagatgactttgtttaaagacattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaa 630  Q
    |||||| | || || |||||||||||  |||||  |||   ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3801260 ggcatattcgatcaccctctttgatagctcatagtactccatttcaggatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaa 3801359  T
Q  631 tccaatacctcaacctcaaacagatcatctttatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctggctgttaaaattattctactatcagattgaa 730  Q
    ||||||||| |||||||| | |||||||| | ||  |||||||||| |||||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3801360 tccaataccccaacctcatatagatcatcgtcatacacttcattaggaataagtacttgcttatctctacttgttacaattattctactatcagattgaa 3801459  T
Q  731 accaatcacgacttccaaataacttttccagctgatctctacccttgatgtcatcaagaacgataagaaccttcatgcggccaatcc 817  Q
    |||||||| || ||||||||||| | || ||| || ||    |||| || ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||    
T  3801460 accaatcaagagttccaaataacatctctagcagaccttcttccttaatatcatcaagatcaataagaaccttcatacggccaatcc 3801546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 423; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 80 - 832
Target Start/End: Original strand, 3816822 - 3817571
Alignment:
Q  80 ttaccttgtcatttttcaatacatcgtggataaagtcaggatcccataatcgattgcgttttctaaggtcttcactagaatcttggcgaacaacctcccg 179  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |  ||    ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||   |||||| ||||| ||||||| |||||     
T  3816822 ttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatcaggattccataatcgactgcgttttccaaggtc---actagattcttgccgaacaatctccca 3816918  T
Q  180 acccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttatgagagctttatctttcaacctttctaacccaacagccactgaa 279  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||    
T  3816919 acccatttcttgaagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttataagagctttatctttcaacgtttctaacccaccagccacgtaa 3817018  T
Q  280 ttatcactttcataatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaactcaacccattgaaaaaacaagcaatatctaaaaaatactttttctcta 379  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  3817019 ttatcactatcacaatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaatccaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctcta 3817118  T
Q  380 aaccatcaagatcatcataacttagtctcattacatcataaactttttgaattggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttatt 479  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  3817119 aacgatcaagatcatcataactgagtctcattgcatcataaactttttgaactggcagtcttctaagtttgtctagctgactttcccatacttctttctt 3817218  T
Q  480 ttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcataatggaccatcctctttgatacatcataaaactgagtttcaaga 579  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||| |||||  ||||||||||  |||||  |||   ||||||||    
T  3817219 ttttccacgaagcatatgagctaaaaccttaagaactaacggaatccctttggcataattgaccacactctttgatagctcatagtactccatttcaaga 3817318  T
Q  580 tgactttgtttaaagacattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaatacctcaacctcaaacagatcatctttatcaacttcattagcaa 679  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| | | |||||| |  ||||||||||||        
T  3817319 tgactttgtttaaaggcattcgaattgaaaagcacaagtgcttcactagaatccaataccccaacctcatatatatcatcatcttcaacttcattattcc 3817418  T
Q  680 taagtacttgcttatctctggctgttaaaattattctactatcagattgaaaccaatcacgacttccaaataacttttccagctgatctctacccttgat 779  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| | || ||||||||| |  ||||||     
T  3817419 ttagtacttgcttatctctggatgttagaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagttccaaataacatctcgagctgatctgtctccttgac 3817518  T
Q  780 gtcatcaagaacgataagaaccttcatgcggccaatccgcctctcaatatcac 832  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  |||||||    
T  3817519 atcatcaagaacgataagaaccttcatgcggctaatccgtctctttatatcac 3817571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 418; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 817
Target Start/End: Original strand, 4009166 - 4009956
Alignment:
Q  31 caaaatattttttaccaaaatgacaaatgttatctaaaatcgccaaatgt----taccttgtcatttttcaatacatcgtggataaagtcaggatcccat 126  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    ||||||||| |||||||||||||| | |||||  ||||||||||||    
T  4009166 caaaatactttttaccaaaatgacaaatgttatctaaaattgccaaatatattttaccttgtcgtttttcaatacatcatagataatatcaggatcccat 4009265  T
Q  127 aatcgattgcgttttctaaggtcttcactagaatcttggcgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatcttcag 226  Q
    | | || ||| |||| || | ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4009266 agttgactgcattttataggatcttcactagattcttaacgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatattacattatcttcag 4009365  T
Q  227 aaatagttatgagagctttatctttcaacctttctaacccaacagccactgaattatcactttcataatctttcaataaatgtttcatgtaatccacttt 326  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  4009366 aaattgttataagagctttatcttttaacctttctaacccaatagccactgcattatcactttcaaaatctttcaataaaagtttcatgcaatccacttt 4009465  T
Q  327 caaactcaacccattgaaaaaacaagcaatatctaaaaaatactttttctctaaaccatcaagatcatcataacttagtctcattacatcataaactttt 426  Q
    ||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||| | || ||||    
T  4009466 caacctcaacccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataactgagcctcattacatcttgaattttt 4009565  T
Q  427 tgaattggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactc 526  Q
    | | | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || | |||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  4009566 ttattcggcagtcttttaagtttgtccagctgactttcccattcttccttgtcttttccacgaagtagatgagccaaaacttcaagaactaatggaattc 4009665  T
Q  527 ctttggcataatggaccatcctctttgatacatcataaaactgagtttcaagatgactttgtttaaagacattcaaattgaaaagctcaagtgcttcact 626  Q
    |||||||||||| |||||   ||||||||| ||||||  |||   ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4009666 ctttggcataatcgaccactttctttgatagatcatagtactccatttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtgcttcact 4009765  T
Q  627 agaatccaatacctcaacctcaaacagatcatctttatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctggctgttaaaattattctactatcagat 726  Q
    ||||||||||||| |||||| | | |||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||    
T  4009766 agaatccaataccccaacctgatatagatcatcatcttcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctagttgttaaaattattctactatcggat 4009865  T
Q  727 tgaaaccaatcacgacttccaaataacttttccagctgatctctacccttgatgtcatcaagaacgataagaaccttcatgcggccaatcc 817  Q
     ||||||||||| || ||| ||||||| | || |||||| ||    |||| |  ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||    
T  4009866 cgaaaccaatcaagagttctaaataacatctctagctgaccttcttccttaacatcatcaagaacaataagaaccttcatacgaccaatcc 4009956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 410; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 119 - 835
Target Start/End: Original strand, 4024494 - 4025204
Alignment:
Q  119 gatcccataatcgattgcgttttctaaggtcttcactagaatcttggcgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacatt 218  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  4024494 gatcccataatcgactgcgttttctagggtctgcactagattcttggcgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataatatt 4024593  T
Q  219 atcttcagaaatagttatgagagctttatctttcaacctttctaacccaacagccactgaattatcactttcataatctttcaataaatgtttcatgtaa 318  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  4024594 atcttcagaaatagttataagagctttatctctcaacctttctaaaccaacagccactgaattatcgctttcacaatctttcaataaaagtttcatgtaa 4024693  T
Q  319 tccactttcaaactcaacccattgaaaaaacaagcaatatctaaaaaatactttttctctaaaccatcaagatcatcataacttagtctcattacatcat 418  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4024694 tccactttcaaattcaacccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatactttttctctaaacgatcaagatcatcataacttagtctcattacatcat 4024793  T
Q  419 aaactttttgaattggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaa 518  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4024794 gaactttttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaa 4024893  T
Q  519 tggaactcctttggcataatggaccatcctctttgatacatcataaaactgagtttcaagatgactttgtttaaagacattcaaattgaaaagctcaagt 618  Q
    ||||| |||||||||||||| || || | |||||||||  ||| |  ||   ||||||||||||| |||||||||  ||||||| |||||||||||||||    
T  4024894 tggaattcctttggcataatcgatcaccttctttgatagctcaaagtacaccgtttcaagatgacgttgtttaaatgcattcaagttgaaaagctcaagt 4024993  T
Q  619 gcttcactagaatccaatacctcaacctcaaacagatcatctttatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctggctgttaaaattattctac 718  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| | |      | | |||||||||||||  ||||||||||||| | ||||| | ||| | |||||| ||||    
T  4024994 gcttcactagaatccaataccccaacctcatata------catgatcaacttcattacaaataagtacttgcatgtctctagttgtgacaattatcctac 4025087  T
Q  719 tatcagattgaaaccaatcacgacttccaaataacttttccagctgatctctacccttgatgtcatcaagaacgataagaaccttcatgcggccaatccg 818  Q
    |||||||| ||| ||||||| |  ||||||||||| | || | |||| ||    |||| | |||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||     
T  4025088 tatcagatagaagccaatcaagtgttccaaataacatctctatctgaccttcttccttaacgtcatcaagaacaataaggaccttcatacggccaatcct 4025187  T
Q  819 cctctcaatatcactag 835  Q
     |||||||||| |||||    
T  4025188 tctctcaatataactag 4025204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 391; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 39 - 833
Target Start/End: Complemental strand, 3933911 - 3933116
Alignment:
Q  39 tttttaccaaaatgacaaatgttatctaaaatcgcca---aatgtt-accttgtcatttttcaatacatcgtggataaagtcaggatcccataatcgatt 134  Q
    |||||||||||||||| | |||||||| |||  ||||   |||||| |||||||||||||||||||||||    ||    |||  ||||||||||||| |    
T  3933911 tttttaccaaaatgactattgttatctgaaaatgccatataatgtttaccttgtcatttttcaatacatcaaaaatgtcatcaacatcccataatcgact 3933812  T
Q  135 gcgttttctaaggtcttcactagaatcttggcgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagtt 234  Q
    || ||||| ||||||   |||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3933811 gcattttccaaggtc---actagattcttgccgaacaacctcccaacccatttcttgaagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagtt 3933715  T
Q  235 atgagagctttatctttcaacctttctaacccaacagccactgaattatcactttcataatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaactca 334  Q
    || |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||  ||    
T  3933714 ataagagctttatctttcaacgtttctaacccaccagccacgtaattatcactatcacaatctttcaataaatgtttcatgtaatccaattccaaatcca 3933615  T
Q  335 acccattgaaaaaacaagcaatatctaaaaaatactttttctctaaaccatcaagatcatcataacttagtctcattacatcataaactttttgaattgg 434  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  3933614 acccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataactaagcctcattacatcatgaacttttggaattgg 3933515  T
Q  435 cagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggca 534  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3933514 cagtcttttaagtttgtctagcttactttcccatacttctttacattttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggca 3933415  T
Q  535 taatggaccatcctctttgatacatcataaaactgagtttcaagatgactttgtttaaagacattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatcca 634  Q
    || | || || ||||| |||||  |||||  |||   ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3933414 tattcgatcaccctctctgatagctcatagtactccatttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatcca 3933315  T
Q  635 atacctcaacctcaaacagatcatctttatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctggctgttaaaattattctactatcagattgaaacca 734  Q
    |||||  ||||||| | |||||||| |||||||||||||| | || ||| |||||||||| |||    |||| |||||||||||||||  || |||||||    
T  3933314 ataccctaacctcacatagatcatcattatcaacttcattggtaacaagcacttgcttatttctactggttacaattattctactatctaatcgaaacca 3933215  T
Q  735 atcacgacttccaaataacttttccagctgatctctacccttgatgtcatcaagaacgataagaaccttcatgcggccaatccgcctctcaatatcact 833  Q
    |||| ||  |||||||||| | || ||| ||||| |  | ||||  ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| ||||    
T  3933214 atcaagagatccaaataacatctctagcagatctgtttcattgacatcatcaagaacaataagaactttcatgcggccgatccgtctctcaataccact 3933116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 378; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 3956442 - 3955723
Alignment:
Q  31 caaaatattttttaccaaaatgacaaatgttatctaaaatcgccaaatgtt----accttgtcatttttcaatacatcgtggataaagtcaggatcccat 126  Q
    |||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||| ||||||| ||    ||||||||||||||||||||||| | |||||  |||||||   ||    
T  3956442 caaaatatttttcaccagaaagacaaatgttatctaaaattgccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggattggat 3956343  T
Q  127 aatcgattgcgttttctaaggtcttcactagaatcttggcgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatcttcag 226  Q
    |||||| ||| ||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3956342 aatcgactgcattttctagggtcttcactggattcttggcgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatggatataacattatcttcag 3956243  T
Q  227 aaatagttatgagagctttatctttcaacctttctaacccaacagccactgaattatcactttcataatctttcaataaatgtttcatgtaatccacttt 326  Q
    |||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3956242 aaattgttataagagatttatctttcaacctttctaaaccaacagccactgcattatcactttcaaaatctttcaataaaagtttcatgtaatccacttt 3956143  T
Q  327 caaactcaacccattgaaaaaacaagcaatatctaaaaaatactttttctctaaaccatcaagatcatcataacttagtctcattacatcataaactttt 426  Q
    ||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||| | || ||||    
T  3956142 caacctcaacccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataactgagcctcattacatcttgaaatttt 3956043  T
Q  427 tgaattggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactc 526  Q
    | | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  3956042 ttatttggcagtcttttaagtttgtccagctgactttcccattcttccttgtcttttccacgaagcagatgagccaaaactttaagaactaatggaattc 3955943  T
Q  527 ctttggcataatggaccatcctctttgatacatcataaaactgagtttcaagatgactttgtttaaagacattcaaattgaaaagctcaagtgcttcact 626  Q
    |||||||||||| || || | ||||||| |  |||||  |||   |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  3955942 ctttggcataatcgatcaccttctttgaaagctcatagtactccatttcaagatgactttgattaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtgcttcgct 3955843  T
Q  627 agaatccaatacctcaacctcaaacagatcatctttatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctggctgttaaaattattctactatcagat 726  Q
    | ||| || |||| |||| ||| | | |||      |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||   ||||| |||||||||||||||||||    
T  3955842 ataattcagtaccccaacttcatatatatc------atcaacttcattagtaataagtacttgcttgtctctaattgttacaattattctactatcagat 3955749  T
Q  727 tgaaaccaatcacgacttccaaataa 752  Q
     ||||||||||| || ||||||||||    
T  3955748 cgaaaccaatcaagagttccaaataa 3955723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 115 - 817
Target Start/End: Original strand, 4217898 - 4218603
Alignment:
Q  115 tcaggatcccataatcgattgcgttttctaaggtcttcactagaatcttggcgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataa 214  Q
    |||||||||||||| ||| |  |||| ||| |||||| | |||| ||| |||||||||||||||||||||| | |||| ||| ||||||||||||||| |    
T  4217898 tcaggatcccataaccgactttgtttactagggtctttaatagattctaggcgaacaacctcccgacccatcttttgttgaaagtcatgcatagatatta 4217997  T
Q  215 cattatcttcagaaatagttatgagagctttatctttcaacctttctaacccaacagccactgaattatcactttcataatctttcaataaatgtttcat 314  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4217998 cattatcttcagaaatagtaataagagctttatctttcaacctttctaacccaacggccactgaattatcactttcataatctttcaataaaagtttcat 4218097  T
Q  315 gtaatccactttcaaactcaacccattgaaaaaacaagcaatatctaaaaaatactttttctctaaaccatcaagatcatcataacttagtctcattaca 414  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||   |||||||||||||||||| |||||||||||     
T  4218098 gtaatccactttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaagagatcaagatcatcataactgagtctcattact 4218197  T
Q  415 tcataaactttttgaattggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttatt---ttttccacgaagcatatgagccaaaactttaa 511  Q
    | || || || ||||||||||| | |||  ||||| ||||| |||    ||||   ||  |||||   ||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  4218198 ttatcaatttcttgaattggcactttttccagtttttctagttgataaacccacgttttcttattatgttttccacgaaacatatgacccaaaactttaa 4218297  T
Q  512 gaactaatggaactcctttggcataatggaccatcctctttgatacatcataaaactgagtttcaagatgactttgtttaaagacattcaaattgaaaag 611  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||| ||  ||| | ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  4218298 gaactaatggaattcctttggcataatcgaccaccttctttgatagatcgtagtacttaatttcaagatgactttctttaaaggcattcaaattgaaaag 4218397  T
Q  612 ctcaagtgcttcactagaatccaatacctcaacctcaaacagatcatctttatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctggctgttaaaatt 711  Q
    | ||||||| || ||||||| ||||||| |||| ||| | | |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||     
T  4218398 cgcaagtgcatcgctagaattcaataccccaacttcatatacatcatcatcatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctagatgttacaatg 4218497  T
Q  712 attctactatcagattgaaaccaatcacgacttccaaataacttttccagctgatctctacccttgatgtcatcaagaacgataagaaccttcatgcggc 811  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||| || ||||||||||| | || ||| || ||    |||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||     
T  4218498 attctactatcggatcgaaaccaatcaagagttccaaataacatctctagcagaccttcttccttaatatcatcaagaacaataagaaccttcatacggt 4218597  T
Q  812 caatcc 817  Q
    ||||||    
T  4218598 caatcc 4218603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 307; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 80 - 829
Target Start/End: Original strand, 4001529 - 4002271
Alignment:
Q  80 ttaccttgtcatttttcaatacatcgtggataaagtcaggatcccataatcgattgcgttttctaaggtcttcactagaatcttggcgaacaacctcccg 179  Q
    |||||||||||||||||||||||| |   ||    |||||||||||||| ||| | ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4001529 ttaccttgtcatttttcaatacatagcaaatgtcatcaggatcccataaccgacttcgtttactagggtcttcactagattcttggcgaacaacctcccg 4001628  T
Q  180 acccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttatgagagctttatctttcaacctttctaacccaacagccactgaa 279  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  4001629 acccatttcttgtaaaatgtcatgcatagatacaacattatatttcgaaatagttataagagctttatctttcaacctttctaaaccaacaaccactgaa 4001728  T
Q  280 ttatcactttcataatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaactcaacccattgaaaaaacaagcaatatctaaaaaatactttttctcta 379  Q
    || |||||||||   ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  4001729 ttgtcactttcagtctctt--aatagatgtttcatgtaatccactttcaaattcaacccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctcta 4001826  T
Q  380 aaccatcaagatcatcataacttagtctcattacatcataaactttttgaattggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttatt 479  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||| ||| |||||||||| || |||||||||||||||||||| |||      
T  4001827 aacgatcaagatcatcataactgagtctcattacatcataaacttttttacttggaagttttttaagtttatcaagctgactttcccatacttccttaac 4001926  T
Q  480 ttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcataatggaccatcctctttgatacatcataaaactgagtttcaaga 579  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||| | ||||||||| |||||| |||||    |||| |||||||||||  |||||  |||   ||||||||    
T  4001927 ttttccacgaagtaaatgagccaaaactttaacacctaatggaattccttttgcatacgcaaccaccctctttgatagctcatagtactccatttcaaga 4002026  T
Q  580 tgactttgtttaaagacattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaatacctcaacctcaaacagatcatctttatcaacttcattagcaa 679  Q
    ||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||| |||||||  | ||| ||| |||| ||| | | ||||     |||||||||||||| ||    
T  4002027 tgactttgtttaaaggcattcaaatgaaaaagctcaagtgcctcactaggtttcaacaccccaacttcatatatatca-----atcaacttcattagtaa 4002121  T
Q  680 taagtacttgcttatctctggctgttaaaattattctactatcagattgaaaccaatcacgacttccaaataacttttccagctgatctctacccttgat 779  Q
    ||||||||||||| ||||| |  |||| |||||| |||||||| ||| ||||||||||| || ||||||||||| | || |  ||| ||    |||| |     
T  4002122 taagtacttgcttgtctctagtcgttacaattatcctactatcggatcgaaaccaatcaagagttccaaataacatctctatttgaccttcttccttaac 4002221  T
Q  780 gtcatcaagaacgataagaaccttcatgcggccaatccgcctctcaatat 829  Q
     ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||  ||||| |||||    
T  4002222 atcatcaagaacaataagaaccttcatacggccaatcatcctctgaatat 4002271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 170; E-Value: 9e-91
Query Start/End: Original strand, 160 - 553
Target Start/End: Original strand, 4018020 - 4018413
Alignment:
Q  160 tcttggcgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttatgagagctttatctttcaaccttt 259  Q
    |||||||||||||  |||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || ||| ||| ||||||||||||||||||    
T  4018020 tcttggcgaacaatttccctacccatttcttgtataatgtcatgcatggatataacattatctttagaaaaagatataagacctttatctttcaaccttt 4018119  T
Q  260 ctaacccaacagccactgaattatcactttcataatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaactcaacccattgaaaaaacaagcaatatc 359  Q
    ||||||||   || |||||||||||||||||| |||||||||| |||  ||| ||||| |||||||||||| |  | |||||||||||||| |||| |||    
T  4018120 ctaacccactggctactgaattatcactttcagaatctttcaacaaaaattttatgtagtccactttcaaatttgatccattgaaaaaacatgcaagatc 4018219  T
Q  360 taaaaaatactttttctctaaaccatcaagatcatcataacttagtctcattacatcataaactttttgaattggcagtcttttaagtttgtctagctga 459  Q
    | |||||  ||||||||||   | ||| |||||||||||||| | |||| ||||||| | |||||||| | |||||| | ||||||| |||||||| |||    
T  4018220 tgaaaaaatctttttctctttgcgatccagatcatcataactcaatctcgttacatcttgaacttttttacttggcatttttttaagcttgtctagttga 4018319  T
Q  460 ctttcccatacttctttattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcataatggaccatcctctttg 553  Q
    ||||||||||||   |||| |||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  4018320 ctttcccatactagcttatcttttccgcgaagaagatgagccaaaactttaagaactaatggaatgcctttggcataattgaccaccctctttg 4018413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 149; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 120 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 3964128 - 3963692
Alignment:
Q  120 atcccataatcgattgcgttttctaaggtcttcactagaatcttggcgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacatta 219  Q
    ||||||||||||| | ||  ||| | ||||| |||| || ||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| |||  ||||||||||||||||||||    
T  3964128 atcccataatcgactacggcttccagggtctccacttgattcttggcgaacaatctccctacccatgtcttgtataattccatgcatagatataacatta 3964029  T
Q  220 tcttcagaaatagttatgagagctttatctttcaacctttctaacccaacagccactgaattatcactttcataatctttcaataaatgtttcatgtaat 319  Q
    | || ||||| ||  |  ||| ||||||||||||||||||||||||||   || |||||||||||||||||| |||||||| | ||  |||| | ||| |    
T  3964028 tgtttagaaacagaaacaagatctttatctttcaacctttctaacccactggctactgaattatcactttcagaatctttccacaatagttttaggtagt 3963929  T
Q  320 ccactttcaaactcaacccattgaaaaaacaagcaatatctaaaaaatactttttctctaaaccatcaagatcatcataacttagtctcattacatcata 419  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||| ||||   | ||| |||||||||||||| | |||||||||||| |     
T  3963928 ccactttcaaattcgacccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaaatcttttgctcttcgcgatctagatcatcataactcaatctcattacatcttg 3963829  T
Q  420 aactttttgaattggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaat 519  Q
    |||||||| | |||||| | || |||| |||||||| |||||||||||||||   |||| |||||| || |  | ||| |||||||||||||||||||||    
T  3963828 aacttttttacttggcatttttctaagcttgtctagttgactttcccatactagcttatcttttccgcggacaagatgcgccaaaactttaagaactaat 3963729  T
Q  520 ggaactcctttggcataatggaccatcctctttgata 556  Q
    ||||  |||||||||||||  |||| |||||||||||    
T  3963728 ggaatgcctttggcataattcaccaccctctttgata 3963692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University