View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5725-Insertion-10 (Length: 607)

Name: NF5725-Insertion-10
Description: NF5725
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5725-Insertion-10
NF5725-Insertion-10
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (8-607)||(9853554-9854153)
chr5 (8-607)||(9819827-9820426)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (71-480)||(44870755-44871182)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (8-501)||(47523247-47523752)
chr3 (188-500)||(47528596-47528908)
chr3 (217-452)||(47550362-47550597)
chr3 (64-190)||(47528924-47529050)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (226-501)||(21061931-21062203)
chr6 (226-501)||(21081324-21081596)
chr6 (206-457)||(21080663-21080912)
chr6 (291-457)||(21061353-21061519)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 540; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 540; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 607
Target Start/End: Complemental strand, 9854153 - 9853554
Alignment:
8 catacaatacaccaagagccatattcaacttactctccttttgattaaactccttttcatcaacactacttacattcttcaccaatgtccatgttagatt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
9854153 catacaatacaccaagagccatattcaacttactctccttttgattaaactccttgtcatcaacactactcacattcttcaccaatgtccatgttaaatt 9854054  T
108 atctgcaaccttgattggttttcctgacaacttctttagacatacgaacatgttcccacaaaccacactgcaaaaccaattctccatgtgattaaattca 207  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
9854053 atctgcaaccttaattggttttcctaacaacttctttagacataagaacatgttcccacaaaccacactgcaaaaccaattctccatgtgattaaattca 9853954  T
208 attcctatagcctttacgcacccaaagtgatatttttgctcacattgaacgcaaacaagaatattgttatccttgtgatctttacattcttgtttgcatt 307  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
9853953 attcctacagcctttacgcatccaaagtgatatttttgctcacattgaacacaaacaagaatattgttatccttgtgatctttacattcttgtttgcatt 9853854  T
308 tgggtcgataacatattttgcaacaacaagttggacagaaccattcaccaatcggaactcgattgagacctaaacaaccgaggtggaatgcagaaggaca 407  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
9853853 tgggtcgatagcatattttgcaacaacaagttggacagaaccattcaccaattggaactcgattgagacctaaacaaccgaggtggaatgcagaagggca 9853754  T
408 tcgatcacatagtgctaagtcacctccaaaaccacaaatagaacaaacattatcattctttgcttcagaattttctttgacaacacaatgattcttcttt 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
9853753 tcgatcacatagtgctaagtcacctccaaaaccacaaatagaacaaacattatcattctttgcttcagaattttctttgacaacacaatgattcttcttt 9853654  T
508 cggttttctttgacaatagaatgattcttcttttgattttcgttgacaacagaataattccctttatgatcactcgaactcagagcttccctttgacaat 607  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
9853653 cgattttctttgacaatggaatgattcttcttttgattttcgttgacaacagaatgattccctttatgatcactcgaactcagagcttccctttgacaat 9853554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 528; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 607
Target Start/End: Original strand, 9819827 - 9820426
Alignment:
8 catacaatacaccaagagccatattcaacttactctccttttgattaaactccttttcatcaacactacttacattcttcaccaatgtccatgttagatt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
9819827 catacaatacaccaagagccatattcaacttactctccttttgattaaactccttgtcatcaacactactcacattcttcaccaatgtccatgttaaatt 9819926  T
108 atctgcaaccttgattggttttcctgacaacttctttagacatacgaacatgttcccacaaaccacactgcaaaaccaattctccatgtgattaaattca 207  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
9819927 atctgcaaccttaattggttttcctaacaacttctttagacataagaacatgttcccacaaaccacactgcaaaaccaattctccatgtgattaaattca 9820026  T
208 attcctatagcctttacgcacccaaagtgatatttttgctcacattgaacgcaaacaagaatattgttatccttgtgatctttacattcttgtttgcatt 307  Q
    ||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
9820027 attcctacagcctttacacatccaaagtgatatttttgctcacattgaacacaaacaagaatattgttatccttgtgatctttacattcttgtttgcatt 9820126  T
308 tgggtcgataacatattttgcaacaacaagttggacagaaccattcaccaatcggaactcgattgagacctaaacaaccgaggtggaatgcagaaggaca 407  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
9820127 tgggtcgatagcatattttgcaacaacaagttggacagaaccattcaccaattggaactcgattgagacctaaacaacctaggtggaatgcagaagggca 9820226  T
408 tcgatcacatagtgctaagtcacctccaaaaccacaaatagaacaaacattatcattctttgcttcagaattttctttgacaacacaatgattcttcttt 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
9820227 tcgatcacatagtgctaagtcacctccaaaaccacaaatagaacaaacattatcattatttgcttcagatttttctttgacaacacaatgattcttcttt 9820326  T
508 cggttttctttgacaatagaatgattcttcttttgattttcgttgacaacagaataattccctttatgatcactcgaactcagagcttccctttgacaat 607  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
9820327 cgattttctttgacaatagaatgattcttcttttgattttcgttgacaacagaatgattccctttatgatcactcgaactcagagcttccctttgacaat 9820426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 181; Significance: 2e-97; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 71 - 480
Target Start/End: Original strand, 44870755 - 44871182
Alignment:
71 cactacttacattcttcaccaatgtccatgttagattatctgcaaccttgattggttttcctgacaacttctttagacatacgaacatgttcccacaaac 170  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||  ||| ||||||||||||||| |||||||| ||  | | |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
44870755 cactactcacattcttcaacaatgtccaatttatattatctgcaaccttaattggtttccccaatagcttctttagacataagaacatgttcccacaaac 44870854  T
171 cacactgcaaaaccaattctccat------------------gtgattaaattcaattcctatagcctttacgcacccaaagtgatatttttgctcacat 252  Q
     ||||||||||||||||||| | |                  |||| || || ||| || | ||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
44870855 tacactgcaaaaccaattcttctttttaatattgctctctgtgtgactagatccaaatcttgtagtctttacacacccaaagtgaaatttttgctcacat 44870954  T
253 tgaacgcaaacaagaatattgttatccttgtgatctttacattcttgtttgcatttgggtcgataacatattttgcaacaacaagttggacagaaccatt 352  Q
    || || || ||||||| |||||| || |||  ||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
44870955 tgtacacatacaagaaaattgttttcattgccatctgcacattcttgtttgcatttgggtcgatagcatattttgcaacaacaagttggacagaaccaat 44871054  T
353 caccaatcggaactcgattgagacctaaacaaccgaggtggaatgcagaaggacatcgatcacatagtgctaagtcacctccaaaaccacaaatagaaca 452  Q
    |||||   ||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
44871055 caccatctggaactcgatcaagacctaaacaaccaaggtggaatgcagaaggacatcgatcacatagtactaagtcacctccaaagccacaaatagaaca 44871154  T
453 aacattatcattctttgcttcagaattt 480  Q
    |||||| || || |||||||||||||||    
44871155 aacattgtcgttatttgcttcagaattt 44871182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 178; Significance: 1e-95; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 8 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 47523752 - 47523247
Alignment:
8 catacaatacaccaagagccatattcaacttactctccttttgattaaactccttttcatcaacactacttacattcttcaccaatgtccatgttagatt 107  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||| ||||||| ||||      || |||| || |||| ||||||||||  |||||||| ||||||||    
47523752 catacaatacatcaagagccatattcaactttatcttcttttgactaaa------ttgatcatcattactcacattcttcaataatgtccaagttagatt 47523659  T
108 atctgcaaccttgattggttttcctgacaacttctttagacatacgaacatgttcccacaaaccacactgcaaaaccaattctcc--------------- 192  Q
    | |||||||  | |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |                   
47523658 agctgcaactgttattggtttccctgacaacttctttagacataagaacatgttaccacaaactacactgcaaaaccaattcttcttttcaccattgctc 47523559  T
193 ---atgtgattaaattcaattcctatagcctttacgcacccaaagtgatatttttgctcacattgaacgcaaacaagaatattgttatccttgtgatctt 289  Q
       |||||| |  || ||| ||||| ||||||||| |||||||| ||| | |||||  |||||||||| ||||||||||||||| | || |||  ||||     
47523558 tcaatgtgacttgatccaagtcctaaagcctttacacacccaaaatgaaacttttgtgcacattgaacacaaacaagaatattgctgtcattgccatctg 47523459  T
290 tacattcttgtttgcatttgggtcgataacatattttgcaacaacaagttggacagaaccattcaccaatcggaactcgattgagacctaaacaaccgag 389  Q
     ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||  ||||||||||| |||||||||||||| |||    
47523458 cacattcttgcttgcatttgggtcgatagcatattttgcaacaacatgttggacagaaccaatcgccatccggaactcgatcgagacctaaacaactgag 47523359  T
390 gtggaatgcagaaggacatcgatcacatagtgctaagtcacctccaaaaccacaaatagaacaaacattatcattctttgcttcagaattttctttgaca 489  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| || ||||||||| ||||| ||||| ||    
47523358 gtggaatgcagaaggacattgatcacacagtactatgtcacctcccaaatcacaaatagaacaaacagtatcgttatttgcttcataatttgctttggca 47523259  T
490 acacaatgattc 501  Q
    ||||| ||||||    
47523258 acacagtgattc 47523247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 188 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 47528908 - 47528596
Alignment:
188 tctccatgtgattaaattcaattcctatagcctttacgcacccaaagtgatatttttgctcacattgaacgcaaacaagaatattgttatccttgtgatc 287  Q
    ||||||||||| || |||||  |||| | |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||  |||    
47528908 tctccatgtgactagattcatatcctgttgcctttacacacccaaagtgaaatttctgctcacattgaacacaaacaagaatattgttatcattggtatc 47528809  T
288 tttacattcttgtttgcatttgggtcgataacatattttgcaacaacaagttggacagaaccattcaccaatcggaactcgattgagacctaaacaaccg 387  Q
    | ||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||  ||| ||||||||| |    
47528808 tgtacattcttgtttacatttaggtcgacaacatattttgcaacaacaagttggacagaaccaatcaccatccggaactcgatcaagatctaaacaactg 47528709  T
388 aggtggaatgcagaaggacatcgatcacatagtgctaagtcacctccaaaaccacaaatagaacaaacattatcattctttgcttcagaattttctttga 487  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| | ||| ||| |     
47528708 aggtggaatgcagaaggacatcgatcacatagtactatgtcacgtccaaaaccacaaatagaacaaacagtatcattatttgcttcatagtttgcttcgg 47528609  T
488 caacacaatgatt 500  Q
    ||| |||||||||    
47528608 caatacaatgatt 47528596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 217 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 47550597 - 47550362
Alignment:
217 gcctttacgcacccaaagtgatatttttgctcacattgaacgcaaacaagaatattgttatccttgtgatctttacattcttgtttgcatttgggtcgat 316  Q
    |||||| | |||||||||||| ||||| | ||||||||||| ||| |||||||||  | |||  | | || |  | |||||||||||||||||||| ||     
47550597 gcctttgcacacccaaagtgaaattttcgttcacattgaacacaagcaagaatatcatcatcaatatcatttgcaaattcttgtttgcatttgggttgac 47550498  T
317 aacatattttgcaacaacaagttggacagaaccattcaccaatcggaactcgattgagacctaaacaaccgaggtggaatgcagaaggacatcgatcaca 416  Q
    |||||||| | ||||| ||| | ||||| |||||   ||||  |||| |||||||| ||||||||||| |   |||||| | ||||||||||| ||||||    
47550497 aacatattctacaacagcaactcggacataaccacataccatccggatctcgattgggacctaaacaatcagagtggaacgaagaaggacatccatcaca 47550398  T
417 tagtgctaagtcacctccaaaaccacaaatagaaca 452  Q
    || |  ||||||||||||||||||||||| ||||||    
47550397 taatattaagtcacctccaaaaccacaaacagaaca 47550362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 64 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 47529050 - 47528924
Alignment:
64 tcatcaacactacttacattcttcaccaatgtccatgttagattatctgcaaccttgattggttttcctgacaacttctttagacatacgaacatgttcc 163  Q
    |||||| ||||| | |||||||||| || |||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |   | | |||||||||||||| |||| |||||     
47529050 tcatcatcactattcacattcttcaacagtgtccaagttagattgtctgcaaccttaattggtttccacaatagcttctttagacatatgaacctgttca 47528951  T
164 cacaaaccacactgcaaaaccaattct 190  Q
    | ||||| | | |||||||||||||||    
47528950 cgcaaactatattgcaaaaccaattct 47528924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 78; Significance: 5e-36; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 226 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 21062203 - 21061931
Alignment:
226 cacccaaagtgatatttttgctcacattgaacgcaaacaagaatattgttatccttgtgatctttacattcttgtttgcatttgggtcgataacatattt 325  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||| ||   || |  ||| ||||||||||| || ||| ||||||||||||    
21062203 cacccaaattgaaatttttgctcacattgaacacacgcaagaatattgttatcattaccatttgcacactcttgtttgcactttggttgataacatattt 21062104  T
326 tgcaacaacaagttggacagaaccattcaccaatcggaactcgattgagacctaaacaaccgaggtggaatgcagaaggacatcgatcacatagtgctaa 425  Q
    |||| | |||||||||||  ||| | |||| |  |  ||||| || |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |  |      
21062103 tgcagccacaagttggacgaaactaatcactatccaaaactccatcgagacctaaagaacagcggtggaatgcagaaggacatcgatcacataatattgt 21062004  T
426 gtcacctccaaaaccacaaatagaacaaacattatcattctttgcttcagaattttctttgacaacacaatgattc 501  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||   ||| ||| ||| | | ||||||| ||  ||||||||||||||||    
21062003 gtcacccccaaaaccacaaatagaacaaa---tataattattttcattagaatttgctacgacaacacaatgattc 21061931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 226 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 21081596 - 21081324
Alignment:
226 cacccaaagtgatatttttgctcacattgaacgcaaacaagaatattgttatccttgtgatctttacattcttgtttgcatttgggtcgataacatattt 325  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||| ||   || |  ||| ||||||||||| || ||| ||||||||||||    
21081596 cacccaaattgaaatttttgctcacattgaacacacgcaagaatattgttatcattaccatttgcacactcttgtttgcactttggttgataacatattt 21081497  T
326 tgcaacaacaagttggacagaaccattcaccaatcggaactcgattgagacctaaacaaccgaggtggaatgcagaaggacatcgatcacatagtgctaa 425  Q
    |||| | |||||||||||  ||| | |||| |  |  ||||| || |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |  |      
21081496 tgcagccacaagttggacgaaactaatcactatccaaaactccatcgagacctaaagaacagcggtggaatgcagaaggacatcgatcacataatattgt 21081397  T
426 gtcacctccaaaaccacaaatagaacaaacattatcattctttgcttcagaattttctttgacaacacaatgattc 501  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||   ||| ||| ||| | | ||||||| ||  ||||||||||||||||    
21081396 gtcacccccaaaaccacaaatagaacaaa---tataattattttcattagaatttgctacgacaacacaatgattc 21081324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 206 - 457
Target Start/End: Original strand, 21080663 - 21080912
Alignment:
206 caattcctatagcctttacgcacccaaagtgatatttttgctcacattgaacgcaaacaagaatattgttatccttgtgatctttacattcttgtttgca 305  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||| | |||| | |||||||| | ||||||| ||| ||||| |  ||   || |  ||||||| |||| ||    
21080663 caattcatatagcctttacacacccaaagtgaaaatttt-cacacattgatcacaaacaa-aatgttgttttgatttccatatgcacattctggttttca 21080760  T
306 tttgggtcgataacatattttgcaacaacaagttggacagaaccattcaccaatcggaactcgattgagacctaaacaaccgaggtggaatgcagaagga 405  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||||||| || || ||||||| ||||||  | |||||||||||||||||||||||||  |||  |||| |||| ||    
21080761 tttaggtcgatagcatattttgcaacaacaaattcgaaagaaccaatcaccatccagaactcgattgagacctaaacaaccatggtttaatgaagaaaga 21080860  T
406 catcgatcacatagtgctaagtcacctccaaaaccacaaatagaacaaacat 457  Q
    || | |||||| ||| ||| |||||  ||||||||| |||||| ||||||||    
21080861 caccaatcacaaagtactatgtcacaaccaaaaccaaaaataggacaaacat 21080912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 291 - 457
Target Start/End: Original strand, 21061353 - 21061519
Alignment:
291 acattcttgtttgcatttgggtcgataacatattttgcaacaacaagttggacagaaccattcaccaatcggaactcgattgagacctaaacaaccgagg 390  Q
    ||||||| |||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| || || ||||||| || |||  | |||||||||||||||||||||||||  ||    
21061353 acattctggttttcatttaggtcgatagcatattttgcaacaacaaattcgaaagaaccaatccccatccagaactcgattgagacctaaacaaccatgg 21061452  T
391 tggaatgcagaaggacatcgatcacatagtgctaagtcacctccaaaaccacaaatagaacaaacat 457  Q
    |  |||| |||| |||| | |||||| ||| ||| |||||  ||||||||| |||||| ||||||||    
21061453 tttaatgaagaaagacaccaatcacaaagtactatgtcacaaccaaaaccaaaaataggacaaacat 21061519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University