View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5725-Insertion-3 (Length: 902)

Name: NF5725-Insertion-3
Description: NF5725
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5725-Insertion-3
NF5725-Insertion-3
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (314-902)||(32762090-32762672)
chr1 (8-303)||(32762660-32762953)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 425; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 425; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 314 - 902
Target Start/End: Complemental strand, 32762672 - 32762090
Alignment:
Q  314 ataaattacattgttctaggtagtaatgaaaatgcatgctttagagagattacattttatttttgtttcaactaagacgagagagaggaactannnnnnn 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           
T  32762672 ataaattacattgttctaggtagtaatgaaaatgcatgctttagagagattacattttatttttgtttcaactaagacgagagagaggaactattttttt 32762573  T
Q  414 nctttctttctttgcttatgaagagaagcagtagaggatccaagaccaagagtctcaccgagtcacaccatttcgggaccaactaagtcaaagactttat 513  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32762572 tctttctttctttgcttatgaagagaagcagtagaggatccaagaccaagagtc----------acaccatttcgggaccaactaagtcaaagactttat 32762483  T
Q  514 gtactcaattatgtttttctttctaagtcaacagtat----aatactgaaatgaatgaatatcattatgtcaagtagaaaataatcttggaggtcaacaa 609  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32762482 gtactcaattatttttttctttccaagtcaacagtatgtataatactgaaatgaatgattatcattatgtcaagtagaaaataatcttggaggtcaacaa 32762383  T
Q  610 atgagtatttaatccaggtctcttatgaaatagaggcgtcgtcgtgatatgcattcaagttccttcaaattcagttaactaagcaggaaagactttcata 709  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32762382 atgagtatttaatccaggtctcttatcaaaaagaggcgtcgtcgtgatatgcattcaagttccttcaaattcagttaactaagcaggaaagactttcata 32762283  T
Q  710 cataagattttaattgtatatatttctatggtattataccattgtgtaattataataagattatttcccccttccaaatttattttcataattttgtccn 809  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||   ||     
T  32762282 cataagattttaattgtatatatttctatggtattataccattgtgtaattataataagattatttccccctttcaaatttatgttcataatttgtccca 32762183  T
Q  810 nnnnnnnntcataataatttgtggnnnnnnntatagtaagattatttcctaaaatatccacaaatgtgcttatatgtatacattttcaaataa 902  Q
            |||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32762182 aaaaaaaatcataataatttgtgaaaaaaaatatagtaagattatttcctaaaatatccacaaatgtgcttatatgtatacattttcaaataa 32762090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 8 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 32762953 - 32762660
Alignment:
Q  8 ttgtcatcgccttgccacaattttatgtttcgctttttccacataaaatatgtgcatatgcatatcagtaaaatacgtgcatatgaatggatatgataat 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32762953 ttgtcatcgccttgccacaattttatgtttcgctttttccacataaaatatgtgcatatgcatatcagtaaaatacgtgcatatgaatggatatgataat 32762854  T
Q  108 ctgccaaataaatcaaagaacatgtcagtaaaatatgtgcatatgcatatcgcaagtcacccaattatcaccactagctacacaaatagtgctccattca 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||    
T  32762853 ctgccaaataaatcaaagaacatgtcagtaaaatatgtgcatatgcatatcgcaagtcacccaattatcaccactagctacac--atactgctccattca 32762756  T
Q  208 acatgatttgtgaggaggagatgaatcaatgagcgaattcatacaaaattctatatgcagatttcacagtagtcatcgagtttataaattacattg 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  32762755 acatgatttgtgaggaggagatgaatcaatgagcgaattcatacaaaattatatatgcagatttcacagtagtcatcaagtttataaattacattg 32762660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University