View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5725-Insertion-8 (Length: 721)

Name: NF5725-Insertion-8
Description: NF5725
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5725-Insertion-8
NF5725-Insertion-8
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (8-721)||(43120591-43121304)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 698; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 698; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 43121304 - 43120591
Alignment:
Q  8 tatagattttcaacattgcctcaatcagaaaccgaagctaataatgaagatgaaccattatcaatttccacaaatacaactattcctgcagtttccgaca 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43121304 tatagattttcaacattgcctcaatcagaaaacgaagctaataatgaagatgaaccattatcaatttccacaaatacaactattcctgcagtttccgaca 43121205  T
Q  108 ataattatcagtcagatgaaatcttcaatattagcgcacatgcatgcgacaaaattcaagaccttcttgctcttacattgtttgtgttagtaatattctt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  43121204 ataattatcagtcagatgaaatcttcaatattagcgcacatgcatgcgacaaaattcaagaccttcttgctcttacattgtttatgttagtaatattctt 43121105  T
Q  208 acctctttatagacgttttggatcaccaaaacaagatcctattccacccatttttgtcctcaattcaatgtacatttcaaatttcaccgtaggaacaaaa 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43121104 acctctttatagacgttttggatcaccaaaacaagaccctattccacccatttttgtcctcaattcaatgtacatttcaaatttcaccgtaggaacaaaa 43121005  T
Q  308 ggactcgccgcgacgtgggatgccaaatttacagtcagaaatacaaatgtctcatccatatattttagaaccattgatttcacaatattttataaacaaa 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43121004 ggactcgccgcgacgtgggatgccaaatttacagtcagaaatacaaatgtctcatccatatattttagaaccattgatttcacaatattttataaacaaa 43120905  T
Q  408 atccagaagatgctctttcaacgacgtcttcatatccattttatttggatcaaggtgaatttgtgaagttgcatttgaagtttacaactatggagacagc 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43120904 atccagaagatgctctttcaacgacgtcttcatatccattttatttggatcaaggtgaatttgtgaagttgcatttgaagtttacaactatggagacagc 43120805  T
Q  508 gcattgggaagatgatcaagagcaaccatttgtggggagtaagttggtggaggaaatagggaaagatagagataaaaataatggttccttgagttttgga 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  43120804 gcattgggaagatgatcaagagcaaccatttgtggggagtaagttggtggaggaaatagggaaagatagagataaaaataatggttctttgagttttgga 43120705  T
Q  608 atacaaatgaaggtgcaagctatttattatggtgaaacatgggtttctgatgttgttatgactccttattgtgaagatttgatggttcaatttttggcta 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43120704 atacaaatgaaggtgcaagctatttattatggtgaaacatgggtttctgatgttgttatgactccttattgtgaagatttgatggttcaatttttggcta 43120605  T
Q  708 ataaggattcagca 721  Q
    ||||||||||||||    
T  43120604 ataaggattcagca 43120591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University