View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5732-Insertion-2 (Length: 1005)

Name: NF5732-Insertion-2
Description: NF5732
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5732-Insertion-2
NF5732-Insertion-2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (2-970)||(39265374-39266342)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 924; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 924; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 970
Target Start/End: Complemental strand, 39266342 - 39265374
Alignment:
Q  2 ccaacatcatgttggtaaatctcacatttcttaactttcatttagtgttctttgtgatttatcatgtttatcaaaatgtcgggcaacatttggaacgtat 101  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39266342 ccaatatcatgttggtaaatctcacatttcttaactttcatttagtgttctttgtgatttatcatgtttatcaaaatgtcgggcaacatttggaacgtat 39266243  T
Q  102 ctaatattatgttaggattaaagcagagttccatcaaataaggactttttatttgttctttgagatgactggtgagagtgcaacacaattaacgaggaaa 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39266242 ctaatattatgttaggattaaagcagagttccatcaaataaggactttttatttgttctttgtgatgactggtgagagtgcaacacaattaacgaggaaa 39266143  T
Q  202 ttggcatttcattgaatttcagttatttctgctgaactagtagcttcacgcccataggctaagccaactgaatgtgtgccagaagttgttgacgatgaaa 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39266142 ttggcatttcattgaatttcagttatttctgctgaactagtagcttcacgcccataggctaagccaactgaatgtgtgccagaagttgttgacgatgaaa 39266043  T
Q  302 gtgaatttaaactaatcttgcgttatactaatgatgcgtttgtttatgctgaagttgtttatataacatttttattttaacattaacgctttcttcattt 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39266042 gtgaatttaaactaatcttgcgttatactaatgatgcgtttgtttatgctgaagttgtttatataacatttttattttaacattaacgctttcttcattt 39265943  T
Q  402 atcagaatatgataaatcttgtttcttaaaatataccggagaaggaaaaaatctgttaaaacttataagtagtccacataaactcttaaaaatcagaatt 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  39265942 atcagaatatgataaatcttgtttcttaaaatatatcggagaaggaaaaaatctgttataacttataagtagtccacataaattcttaaaaatcagaatt 39265843  T
Q  502 atttaaaagttattgaagtagcttgagtttctaaaaaagtagtaatattatttaaaatacttctgataattacaacataactaaaagaattcctatttta 601  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39265842 atttaaaagttattgaagtagcttgagcttctaaaaaagtagtaatattatttaaaatacttctgataattacaacataactaaaagaattcctatttta 39265743  T
Q  602 tctaaaatctcaaataataatttacttttctataacatgttaaacatagtcaaacggcctcaatactgtaataatgtagttgaacaaaatttataattag 701  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39265742 tctaaaatctcaaataataatttacttttctataacatgttaaacatagtcaaacggcctcaatactgtaataatgtagttgaacaaaatttataattag 39265643  T
Q  702 gcctactgagagcagacctggctgagagttctttagttaccagtattactgtataaagataaatcccatttccattgttcnnnnnnnagaaaaaagctgg 801  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||    
T  39265642 gcctactgagagcagacctggctgagagttctttagttaccagtattactgtataaagataaatcccatttccattgttctttttttagaaaaaagctgg 39265543  T
Q  802 tgagttgtcaacaagcttgaaaaatgaaaatagagggatgaaatgaaggaatctcgattgtgaagagaaatacaaatgttgtgaattaaagtaatcatat 901  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39265542 tgagttgtcaacaagcttgaaaaatgaaaatagagggatgaaatgaaggaatctcgattgtgaagagaaatacaaatgttgtgaattaaagtaatcatat 39265443  T
Q  902 aaaaacaaaaattccaacataataatatcaggttagtacaatttgttgacactgcctgactctgtattt 970  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39265442 aaaaacaaaaattccaacataataatatcaggttagtacaatttgttgacactgcctgactctgtattt 39265374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University