View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5738_low_5 (Length: 565)

Name: NF5738_low_5
Description: NF5738
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5738_low_5
NF5738_low_5
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (1-556)||(23751453-23752006)
chr3 (1-556)||(23714542-23715095)
chr3 (1-556)||(23732998-23733551)
chr3 (172-556)||(23696109-23696491)
chr3 (1-132)||(23696507-23696638)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (1-184)||(44315489-44315672)
chr1 (1-148)||(44308448-44308595)
chr1 (1-148)||(44194489-44194636)
chr1 (1-148)||(44300923-44301070)
chr1 (423-554)||(44194877-44195014)
chr1 (423-554)||(44301311-44301448)
chr1 (470-554)||(44315930-44316014)
chr1 (423-463)||(44308836-44308876)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 457; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 457; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 23752006 - 23751453
Alignment:
Q  1 tccaacaaggtagaatgcagcaaggttctatcaagcccacaaaccgcgtaagccaagaattggacagaactctcaaaggctgtcgctgaaatcgccatta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23752006 tccaacaaggtagaatgcagcaaggttctatcaagcccacaaaccgcgcaagccaagaattggacagaactctcaaaggctgtcgctgaaatcgccatta 23751907  T
Q  101 aaaaagctgtcgaaggagaagctttccttaaaggattggcacagaaaagtaaatctcaagtgcttgacagatgtgcagattcttatattgtattagttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |  |||||||||    
T  23751906 aaaaagctgtcgaaggagaagctttccttaaaggattggcacagaaaagtaaatctcaagtgcttgacacatgtgcaaattcttatagttcattagttgt 23751807  T
Q  201 gactttcaaattttgctgggattttgctgatggaaattctagtactagtagttatgattgcgtaactgctggtgatctttttaagcgatgcgatggtaag 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||  ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||    
T  23751806 gactttcaaattttgctgggattttgctgatggggatcctcatactgttagttatgattgcgtaactgctggtgatcttcttgcgcgatgtgatggtaag 23751707  T
Q  301 gttaaccctgattttactgcatttaaccgtcaaaccgaatttctttattggcttctttacgaaactattactcaacttccgaactatttgacggagaatc 400  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23751706 gttaaccctgatgttactgcatttaaccgtcaaaccaaattcctttatgggcttctttacgaaactattactcaacttccgaactatttgacggagaatc 23751607  T
Q  401 aggggtaattgcctatttactcaactttgaattgcattcctttcatggttatgttattttgggaaaactacccaaattgagaagaagaatgtgatggttg 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23751606 aggggtaattgcctatttactcaactttgaattgcattcctttcatggt--tgttattttgggaaaactatccaaattgagaagaagaatgtgatggttg 23751509  T
Q  501 attttggtttggatgtattttaattttattgtctccttaatttggtgtgatgatgt 556  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23751508 attttggtttggatgtattttaattttattgtctccttaatttggtgtgatgatgt 23751453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 453; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 23715095 - 23714542
Alignment:
Q  1 tccaacaaggtagaatgcagcaaggttctatcaagcccacaaaccgcgtaagccaagaattggacagaactctcaaaggctgtcgctgaaatcgccatta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23715095 tccaacaaggtagaatgcagcaaggttctatcaagcccacaaaccgcgcaagccaagaattggacagaactctcaaaggctgtcgctgaaatcgccatta 23714996  T
Q  101 aaaaagctgtcgaaggagaagctttccttaaaggattggcacagaaaagtaaatctcaagtgcttgacagatgtgcagattcttatattgtattagttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |  |||||||||    
T  23714995 aaaaagctgtcgaaggagaagctttccttaaaggattggcacagaaaagtaaatctcaagtgcttgacacatgtgcaaattcttatagttcattagttgt 23714896  T
Q  201 gactttcaaattttgctgggattttgctgatggaaattctagtactagtagttatgattgcgtaactgctggtgatctttttaagcgatgcgatggtaag 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||  ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||    
T  23714895 gactttcaaattttgctgggattttgctgatggggatcctcatactgttagttatgattgcgtaactgctggtgatcttcttgcgcgatgtgatggtaag 23714796  T
Q  301 gttaaccctgattttactgcatttaaccgtcaaaccgaatttctttattggcttctttacgaaactattactcaacttccgaactatttgacggagaatc 400  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  23714795 gttaaccctgatgttactgcatttaaccgtcaaaccaaattcctttatgggcttctttacgaaactattactcaacttccgaactatttgacggggaatc 23714696  T
Q  401 aggggtaattgcctatttactcaactttgaattgcattcctttcatggttatgttattttgggaaaactacccaaattgagaagaagaatgtgatggttg 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23714695 aggggtaattgcctatttactcaactttgaattgcattcctttcatggt--tgttattttgggaaaactatccaaattgagaagaagaatgtgatggttg 23714598  T
Q  501 attttggtttggatgtattttaattttattgtctccttaatttggtgtgatgatgt 556  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23714597 attttggtttggatgtattttaattttattgtctccttaatttggtgtgatgatgt 23714542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 453; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 23733551 - 23732998
Alignment:
Q  1 tccaacaaggtagaatgcagcaaggttctatcaagcccacaaaccgcgtaagccaagaattggacagaactctcaaaggctgtcgctgaaatcgccatta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23733551 tccaacaaggtagaatgcagcaaggttctatcaagcccacaaaccgcgcaagccaagaattggacagaactctcaaaggctgtcgctgaaatcgccatta 23733452  T
Q  101 aaaaagctgtcgaaggagaagctttccttaaaggattggcacagaaaagtaaatctcaagtgcttgacagatgtgcagattcttatattgtattagttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |  |||||||||    
T  23733451 aaaaagctgtcgaaggagaagctttccttaaaggattggcacagaaaagtaaatctcaagtgcttgacacatgtgcaaattcttatagttcattagttgt 23733352  T
Q  201 gactttcaaattttgctgggattttgctgatggaaattctagtactagtagttatgattgcgtaactgctggtgatctttttaagcgatgcgatggtaag 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||  ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||    
T  23733351 gactttcaaattttgctgggattttgctgatggggatcctcatactgttagttatgattgcgtaactgctggtgatcttcttgcgcgatgtgatggtaag 23733252  T
Q  301 gttaaccctgattttactgcatttaaccgtcaaaccgaatttctttattggcttctttacgaaactattactcaacttccgaactatttgacggagaatc 400  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  23733251 gttaaccctgatgttactgcatttaaccgtcaaaccaaattcctttatgggcttctttacgaaactattactcaacttccgaactatttgacggggaatc 23733152  T
Q  401 aggggtaattgcctatttactcaactttgaattgcattcctttcatggttatgttattttgggaaaactacccaaattgagaagaagaatgtgatggttg 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23733151 aggggtaattgcctatttactcaactttgaattgcattcctttcatggt--tgttattttgggaaaactatccaaattgagaagaagaatgtgatggttg 23733054  T
Q  501 attttggtttggatgtattttaattttattgtctccttaatttggtgtgatgatgt 556  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23733053 attttggtttggatgtattttaattttattgtctccttaatttggtgtgatgatgt 23732998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 172 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 23696491 - 23696109
Alignment:
Q  172 tgtgcagattcttatattgtattagttgtgactttcaaattttgctgggattttgctgatggaaattctagtactagtagttatgattgcgtaactgctg 271  Q
    ||||||||| |||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  |||||||||||||||||||||||    
T  23696491 tgtgcagatgcttatagttcattagttgtgactttcaaattttgctgggattttgctgatggaaatcctagtattgttagttatgattgcgtaactgctg 23696392  T
Q  272 gtgatctttttaagcgatgcgatggtaaggttaaccctgattttactgcatttaaccgtcaaaccgaatttctttattggcttctttacgaaactattac 371  Q
    |||||||| ||| | ||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  23696391 gtgatcttcttaggggatgcgatgttaatgttaaccctgatgttactgcatttaaccgtcaaaccaaattcctttatgggcttctttacgaaactattac 23696292  T
Q  372 tcaacttccgaactatttgacggagaatcaggggtaattgcctatttactcaactttgaattgcattcctttcatggttatgttattttgggaaaactac 471  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||     
T  23696291 tcaacttccgaactatttgacggggaatcaggggtaattgcctatttactcaactttgaattgcattcctttcatggt--tgttattttgggaaaactat 23696194  T
Q  472 ccaaattgagaagaagaatgtgatggttgattttggtttggatgtattttaattttattgtctccttaatttggtgtgatgatgt 556  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23696193 ccaaattgagaagaagaatgtgatggttgattttggtttggatgtattttaattttattgtctccttaatttggtgtgatgatgt 23696109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 23696638 - 23696507
Alignment:
Q  1 tccaacaaggtagaatgcagcaaggttctatcaagcccacaaaccgcgtaagccaagaattggacagaactctcaaaggctgtcgctgaaatcgccatta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23696638 tccaacaaggtagaatgcagcaaggttctatcaagcccacaaaccgcgcaagccaagaattggacagaactctcaaaggctgtcgctgaaatcgccatta 23696539  T
Q  101 aaaaagctgtcgaaggagaagctttccttaaa 132  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  23696538 aaaaagctgtcgaaggagaagctttctttaaa 23696507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 104; Significance: 1e-51; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 184
Target Start/End: Original strand, 44315489 - 44315672
Alignment:
Q  1 tccaacaaggtagaatgcagcaaggttctatcaagcccacaaaccgcgtaagccaagaattggacagaactctcaaaggctgtcgctgaaatcgccatta 100  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||  | | |||||||||||||| || ||||||||||||| |    
T  44315489 tccaacaaggtagaatgtaacaaggttctatcaagcccacaaatcacgcaagccaagaattacaaacaactctcaaaggctatcactgaaatcgccatga 44315588  T
Q  101 aaaaagctgtcgaaggagaagctttccttaaaggattggcacagaaaagtaaatctcaagtgcttgacagatgtgcagattctt 184  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||  ||| ||||||||||||||    
T  44315589 aaaaagctgttgaaggacaagctttccttaaaggtttggcacagaaaagtaaatctgaagggctgaacatatgtgcagattctt 44315672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 148
Target Start/End: Original strand, 44308448 - 44308595
Alignment:
Q  1 tccaacaaggtagaatgcagcaaggttctatcaagcccacaaaccgcgtaagccaagaattggacagaactctcaaaggctgtcgctgaaatcgccatta 100  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||  | | |||||||||||||||||  |||||| ||| | |    
T  44308448 tccaacaaggtagaatgtaacaaggttctatcaagcccacaaatcacgcaagccaagaattacaaacaactctcaaaggctgtcattgaaatggccttaa 44308547  T
Q  101 aaaaagctgtcgaaggagaagctttccttaaaggattggcacagaaaa 148  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  44308548 aaaaagctgtcgaaggacaagcttttcttaaaggattggcacaaaaaa 44308595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 148
Target Start/End: Original strand, 44194489 - 44194636
Alignment:
Q  1 tccaacaaggtagaatgcagcaaggttctatcaagcccacaaaccgcgtaagccaagaattggacagaactctcaaaggctgtcgctgaaatcgccatta 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||  ||| |||||||| ||   | | |||||||||  ||||||| |||||||||||| |    
T  44194489 tccaacaaggtagaatgtagcaatgttctatcgagcccacaaatagcgcaagccaaggataacaaacaactctcaatagctgtcgttgaaatcgccataa 44194588  T
Q  101 aaaaagctgtcgaaggagaagctttccttaaaggattggcacagaaaa 148  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  44194589 aaaaatctgtcgaaggacaagcttttcttaaaggattggcacaaaaaa 44194636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 148
Target Start/End: Original strand, 44300923 - 44301070
Alignment:
Q  1 tccaacaaggtagaatgcagcaaggttctatcaagcccacaaaccgcgtaagccaagaattggacagaactctcaaaggctgtcgctgaaatcgccatta 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||  ||| |||||||| ||   | | |||||||||  ||||||| |||||||||||| |    
T  44300923 tccaacaaggtagaatgtagcaatgttctatcgagcccacaaatagcgcaagccaaggataacaaacaactctcaatagctgtcgttgaaatcgccataa 44301022  T
Q  101 aaaaagctgtcgaaggagaagctttccttaaaggattggcacagaaaa 148  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  44301023 aaaaatctgtcgaaggacaagcttttcttaaaggattggcacaaaaaa 44301070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 423 - 554
Target Start/End: Original strand, 44194877 - 44195014
Alignment:
Q  423 aactttgaattgcattcctttcatggttatgttattttgggaaaact--acccaaattgagaagaagaatgtgatggttgattttggtttggatgt-att 519  Q
    |||||| |||||||||||||  |||||| |||||||||||| | |||  ||||||| ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||| | |||    
T  44194877 aactttaaattgcattccttgtatggttgtgttattttgggtatacttaacccaaaatgagaagaagattgtgatggttaatcttggtttggatataatt 44194976  T
Q  520 ttaatttta---ttgtctccttaatttggtgtgatgat 554  Q
    |||||||||   |  |||||||||||||||||||||||    
T  44194977 ttaattttagggtcttctccttaatttggtgtgatgat 44195014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 423 - 554
Target Start/End: Original strand, 44301311 - 44301448
Alignment:
Q  423 aactttgaattgcattcctttcatggttatgttattttgggaaaact--acccaaattgagaagaagaatgtgatggttgattttggtttggatgt-att 519  Q
    |||||| |||||||||||||  |||||| |||||||||||| | |||  ||||||| ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||| | |||    
T  44301311 aactttaaattgcattccttgtatggttgtgttattttgggtatacttaacccaaaatgagaagaagattgtgatggttaatcttggtttggatataatt 44301410  T
Q  520 ttaatttta---ttgtctccttaatttggtgtgatgat 554  Q
    |||||||||   |  |||||||||||||||||||||||    
T  44301411 ttaattttagggtcttctccttaatttggtgtgatgat 44301448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 470 - 554
Target Start/End: Original strand, 44315930 - 44316014
Alignment:
Q  470 acccaaattgagaagaagaatgtgatggttgattttggtttggatgtattttaattttattgtctccttaatttggtgtgatgat 554  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||| |  ||||||||||| ||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||    
T  44315930 acccaaaatgagaagaagattgtgatgttcaattttggtttgtatgtattttaattttagggtctacttaatttggtgtgatgat 44316014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 423 - 463
Target Start/End: Original strand, 44308836 - 44308876
Alignment:
Q  423 aactttgaattgcattcctttcatggttatgttattttggg 463  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  44308836 aactttaaattgcattccttgcatggttatgttattttggg 44308876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University