View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5739F-Insertion-4 (Length: 940)

Name: NF5739F-Insertion-4
Description: NF5739F
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5739F-Insertion-4
NF5739F-Insertion-4
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (7-935)||(43365043-43365971)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 913; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 913; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 935
Target Start/End: Complemental strand, 43365971 - 43365043
Alignment:
Q  7 aaaaaactcaattaggattttctcaatcgaatttgatgaatgattggtgatacaaatatgaatgataaataatgttatgtggatgcaatatttctggtat 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365971 aaaaaactcaattaggattttctcaatcgaatttgatgaatgattggtgatacaaatatgaatgataaataatgttatgtggatgcaatatttctggtat 43365872  T
Q  107 tgaaaaaatacagattgtttgtgggtgcagataattgatgctgttgtggctgcctatcttttgaatgctactcttgttattccagcattggatcatacat 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365871 tgaaaaaatacagattgtttgtgggtgcagataattgatgctgttgtggctgcctatcttttgaatgctactcttgttattccagcattggatcatacat 43365772  T
Q  207 ctttctggaaagacaacaggtctgtgtttacaatttacttctatcatatcaggaagaatgtctcttaaatcacatataatattttctttggtagcagaac 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365771 ctttctggaaagacaacaggtctgtgtttacaatttacttctatcatatcaggaagaatgtctcttaaatcacatataatattttctttggtagcagaac 43365672  T
Q  307 acattttcattgtatcccttaatttgtaagtaatatttgattattattttcttgcagcaatttttctcaattatttgatgccgattggtttataacatcc 406  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365671 acattttcattgtaccccttaatttgtaagtaatatttgattattattttcttgcagcaatttttctcaattatttgatgccgattggtttataacatcc 43365572  T
Q  407 ctccggaatgacataagagttgtaaagcaactaccaaatatgggagagaaatttgcgactccatatacagtgcgtgttccaaggaaatgcacccccaaat 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365571 ctccggaatgacataagagttgtaaagcaactaccaaatatgggagagaaatttgcgactccatatacagtgcgtgttccaaggaaatgcacccccaaat 43365472  T
Q  507 gctacgagggtcgtgttttaccagtgctgatcaagaaacgtgtaagtgtttcattaaaggtccctaattggaagctttcatcaaaattgtgtgcctcaat 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365471 gctacgagggtcgtgttttaccagtgctgatcaagaaacgtgtaagtgtttaattaaaggtccctaattggaagctttcatcaaaattgtgtgcctcaat 43365372  T
Q  607 tttattaataaaatttgtggttccaacattgtaagttaggtgtccaacatgctagttattgttgtgttgatgccatatgattgaataacatttaattgca 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365371 tttattaataaaatttgtggttccaacattgtaagttaggtgtccaacatgctagttattgttgtgttgatgccatatgattgaataacatttaattgca 43365272  T
Q  707 ttacacaggttgttcggctcacgaagtttgactacagactttctaatctgctggatgatgatctacaaaagctgaggtgcagggtaaactaccatgctct 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365271 ttacacaggttgttcggctcacgaagtttgactacagactttctaatctgctggatgatgatctacaaaagctgaggtgcagggtaaactaccatgctct 43365172  T
Q  807 caaatttacggattcgattcagggaatgggaaatttgttgattgagcggatgagaatgaaaagcaagcgtttcatcgcactacatttaaggtaagattcc 906  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  43365171 caaatttacggattcgattcagggaatgggaaatttgttggttgagcggatgagaatgaaaagcaagcgtttcatcgcgctacatttaaggtaagattcc 43365072  T
Q  907 atttgataattatagctcaatatttgtcc 935  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365071 atttgataattatagctcaatatttgtcc 43365043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University