View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5742_high_11 (Length: 356)

Name: NF5742_high_11
Description: NF5742
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5742_high_11
NF5742_high_11
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (13-339)||(13880979-13881305)
chr6 (13-346)||(35203678-35204011)
chr6 (13-346)||(25943902-25944235)
chr6 (13-346)||(17692467-17692803)
chr6 (15-340)||(22348592-22348913)
chr6 (76-338)||(14739769-14740034)
chr6 (76-328)||(33333283-33333538)
chr6 (76-150)||(24433708-24433782)
[»] chr3 (16 HSPs)
chr3 (13-339)||(10096421-10096747)
chr3 (13-339)||(10203307-10203633)
chr3 (13-346)||(29911568-29911901)
chr3 (13-346)||(54190741-54191074)
chr3 (57-346)||(6305544-6305833)
chr3 (13-346)||(10899242-10899575)
chr3 (13-346)||(16459697-16460030)
chr3 (13-339)||(10610387-10610714)
chr3 (13-345)||(22623594-22623926)
chr3 (13-339)||(47880503-47880829)
chr3 (76-338)||(1308496-1308761)
chr3 (78-328)||(8514721-8514974)
chr3 (78-328)||(32477967-32478220)
chr3 (76-314)||(22170529-22170770)
chr3 (78-325)||(2674430-2674680)
chr3 (76-328)||(3325745-3326000)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (13-346)||(39684480-39684813)
chr2 (13-346)||(2738438-2738771)
chr2 (13-346)||(20052376-20052708)
chr2 (13-340)||(17934323-17934650)
chr2 (13-346)||(22714849-22715182)
chr2 (150-339)||(45569630-45569819)
chr2 (76-338)||(25393511-25393776)
chr2 (76-328)||(19346903-19347158)
chr2 (172-278)||(39485478-39485584)
chr2 (76-121)||(31058583-31058628)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (13-346)||(9523961-9524294)
chr1 (18-346)||(2396875-2397203)
chr1 (76-125)||(41395876-41395925)
chr1 (76-150)||(19369073-19369147)
chr1 (232-338)||(41396023-41396129)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (13-346)||(28330128-28330461)
chr8 (13-346)||(28892997-28893330)
chr8 (13-346)||(16754875-16755208)
chr8 (13-346)||(4814841-4815174)
chr8 (86-339)||(25682552-25682805)
chr8 (13-340)||(21039670-21039996)
chr8 (11-346)||(33034874-33035208)
chr8 (13-346)||(15946896-15947229)
chr8 (76-353)||(26298998-26299278)
chr8 (76-338)||(10686461-10686726)
chr8 (76-328)||(18867877-18868132)
chr8 (76-328)||(35743014-35743269)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (13-346)||(3322403-3322736)
chr7 (13-346)||(7072284-7072617)
chr7 (13-346)||(25407647-25407980)
chr7 (13-346)||(44012146-44012478)
chr7 (76-338)||(24263520-24263785)
chr7 (250-346)||(25353585-25353681)
chr7 (76-338)||(9187342-9187607)
chr7 (76-338)||(18411282-18411547)
chr7 (78-328)||(16882554-16882807)
chr7 (76-328)||(21986545-21986800)
chr7 (211-328)||(21643800-21643917)
chr7 (76-125)||(24272313-24272362)
chr7 (76-150)||(21642312-21642386)
[»] scaffold0209 (1 HSPs)
scaffold0209 (13-346)||(759-1092)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (13-346)||(25447720-25448054)
chr5 (76-338)||(43594746-43595011)
chr5 (76-338)||(43627540-43627805)
chr5 (76-338)||(27447448-27447713)
chr5 (76-328)||(24557791-24558046)
chr5 (76-328)||(24598823-24599078)
chr5 (76-328)||(33788981-33789236)
chr5 (76-338)||(37558799-37559064)
chr5 (78-328)||(31399199-31399452)
chr5 (76-328)||(28835927-28836181)
chr5 (76-131)||(28805129-28805184)
[»] scaffold0256 (1 HSPs)
scaffold0256 (13-346)||(18559-18892)
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (13-338)||(15314557-15314883)
chr4 (13-346)||(36769823-36770156)
chr4 (13-346)||(47564946-47565279)
chr4 (13-346)||(4567572-4567909)
chr4 (13-346)||(16634724-16635039)
chr4 (76-328)||(9226608-9226863)
chr4 (76-328)||(18858201-18858456)
chr4 (76-338)||(16626190-16626454)
chr4 (76-328)||(5145533-5145788)
chr4 (76-104)||(41899769-41899797)
[»] scaffold0023 (1 HSPs)
scaffold0023 (236-346)||(49044-49154)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (76-338)||(16506-16771)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (76-346)||(133-406)
scaffold0006 (76-346)||(8289-8562)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (172-240)||(34734-34802)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 319; Significance: 1e-180; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 13 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 13881305 - 13880979
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13881305 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 13881206  T
Q  113 aagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13881205 aagtaacatccctgcttataataaattttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 13881106  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  13881105 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtgtcccactccaaacc 13881006  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccct 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  13881005 tccataggtgtcttgagatctatccct 13880979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Original strand, 35203678 - 35204011
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35203678 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaattttctctgtccccgtttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 35203777  T
Q  113 aagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35203778 aagtaacatccctgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 35203877  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35203878 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 35203977  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35203978 tccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 35204011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 25944235 - 25943902
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||| ||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25944235 tcatcagtgataggctccacctaaaactgaattttttctatcttcgtttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 25944136  T
Q  113 aagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  25944135 aagtaacatccctgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacattt 25944036  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  25944035 cacagctctagcatcaagtttgtctagtctcacatgagcaaatgctaaagctccgaaaactttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacc 25943936  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  25943935 tccataggtgtcttgagatctatctctgttgatg 25943902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Original strand, 17692467 - 17692803
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17692467 tcattagtggtaggctccacctcaaactgaattttctctatccccgttttcgagcttgtatctaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 17692566  T
Q  113 aagtaacatccc---tgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaataca 209  Q
    ||||||||||||   |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17692567 aagtaacatcccccctgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacaacctgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaataca 17692666  T
Q  210 cttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaa 309  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17692667 cttcacagctctaacatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagccccgaaaactttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaa 17692766  T
Q  310 acctccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||    
T  17692767 acctccatatgtgtcttaagatctatccctgttgatg 17692803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 15 - 340
Target Start/End: Original strand, 22348592 - 22348913
Alignment:
Q  15 atcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaa 114  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22348592 atcagtggtaggctccacctcaaattgaattttctctatccccgtttctgaacttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaa 22348691  T
Q  115 gtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttca 214  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||     ||||||||||||    
T  22348692 gtaacatccctgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctgtaacctttcacaccttaaggataacc----taaatacacttca 22348787  T
Q  215 cagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctc 314  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | ||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| || | |||||||||||||||| |||    
T  22348788 cagctctagcatcaagtttatcttgtctgacatgagaaaatgctaaagctccgaaaaccttcaagttagagtagcctactggtctcccactccaaatctc 22348887  T
Q  315 cataggtgtcttgagatctatccctg 340  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  22348888 cataggtgtcttgagatctatccctg 22348913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 76 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 14740034 - 14739769
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || |  ||| ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  14740034 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 14739935  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  14739934 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 14739835  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccc 338  Q
     |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  14739834 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccc 14739769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 76 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 33333538 - 33333283
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  ||| |||||  ||||   | |||||  |||||||   | |    
T  33333538 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgt 33333439  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    | || |||||||||||  ||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  33333438 atcccttcacaccttcctgataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 33333339  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 328  Q
     |||||    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  33333338 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtatcttga 33333283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 76 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 24433782 - 24433708
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca 150  Q
    ||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || |  ||||||||| |||||    
T  24433782 aggtctttagacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctcca 24433708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 319; Significance: 1e-180; HSPs: 16)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 13 - 339
Target Start/End: Original strand, 10096421 - 10096747
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10096421 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 10096520  T
Q  113 aagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10096521 aagtaacatccctgcttataataaattttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 10096620  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10096621 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtgtcccactccaaacc 10096720  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccct 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  10096721 tccataggtgtcttgagatctatccct 10096747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 13 - 339
Target Start/End: Original strand, 10203307 - 10203633
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10203307 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttatgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 10203406  T
Q  113 aagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10203407 aagtaacatccctgtttataataaattttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 10203506  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10203507 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 10203606  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccct 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  10203607 tccataggtgtcttgagatctatccct 10203633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Original strand, 29911568 - 29911901
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29911568 tcatcagtggtaggctccacctcaaactgaattttctctatccccgttttcgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 29911667  T
Q  113 aagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29911668 aagtaacatccctgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 29911767  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29911768 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgagcaaacgctaaagctccgaagattttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacc 29911867  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  29911868 tccataggtgtcttgagatctatccttgttgatg 29911901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 54191074 - 54190741
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54191074 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaattttctctatccccgtttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 54190975  T
Q  113 aagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54190974 aagtaacatccctgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 54190875  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  54190874 cacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaacttttaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacc 54190775  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  54190774 tccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 54190741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 57 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 6305833 - 6305544
Alignment:
Q  57 cgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttcc 156  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  6305833 cgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgattctccaggttcc 6305734  T
Q  157 atcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacg 256  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6305733 atcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacg 6305634  T
Q  257 ctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  6305633 ctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 6305544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 10899575 - 10899242
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10899575 tcatcagtggtaggctccacctcaaactgaattttctctgtccccgtttccgagcttgcatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 10899476  T
Q  113 aagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10899475 aagtaacatccctgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 10899376  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10899375 cacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaatgctaaagctctgaaaacttttaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacc 10899276  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10899275 tccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 10899242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 16460030 - 16459697
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16460030 tcatcagtggtaggctccacctcaaactgaattttctctgtccccgtttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 16459931  T
Q  113 aagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  16459930 aagtaacatccctgcttatgataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctgtaacctttcacaccttcaagataacccatgaaaatacactt 16459831  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16459830 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcatgacatgcgcaaacgctaaagctccgaaaactttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacc 16459731  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  16459730 tccataggtgtgttgagatctatccctgttgatg 16459697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 13 - 339
Target Start/End: Original strand, 10610387 - 10610714
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctg-tccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatca 111  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10610387 tcattagtggtaggctccacctcaaactgaattttcttttatccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatca 10610486  T
Q  112 aaagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacact 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10610487 aaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacact 10610586  T
Q  212 tcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaac 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10610587 tcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaactttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaac 10610686  T
Q  312 ctccataggtgtcttgagatctatccct 339  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10610687 ctccataggtgtcttgagatctatccct 10610714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 13 - 345
Target Start/End: Original strand, 22623594 - 22623926
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22623594 tcatcagtgataggttccacctcaaactgaattttctctgtccccgttttcgagcttatatccaagtctttgcacttcatccccattcgggtctcatcaa 22623693  T
Q  113 aagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22623694 aagtaacatccctgcttattataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 22623793  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  22623794 catagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaactttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaaac 22623893  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgat 345  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  22623894 tccataggtgttttgagatctatccctgttgat 22623926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 13 - 339
Target Start/End: Original strand, 47880503 - 47880829
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    |||||| || ||||||||||| ||||||||| |||||||  ||| |||||| |||||||||||||||||||  ||||||||  |||||||||||||||||    
T  47880503 tcatcactggtaggctccaccacaaactgaattttctctaccccagtttctaagcttgtatccaggtctttatacttcatcttcatgcgggtctcatcaa 47880602  T
Q  113 aagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  47880603 aagtaacatccttgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccatagtctgtaacctttcacaccttcaggatatcccatgaaaatacactt 47880702  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||||||||||| |||||||||||| || |||||||  ||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47880703 cacagctctagaatcaagtttgtcctgtctgacataagcaaatgctaaagctccaaaaactttcaaattagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 47880802  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccct 339  Q
    | |||||||||||||||||||||||||    
T  47880803 tacataggtgtcttgagatctatccct 47880829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 76 - 338
Target Start/End: Original strand, 1308496 - 1308761
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || |  ||||||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  1308496 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 1308595  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  1308596 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 1308695  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccc 338  Q
     |||||   |||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  1308696 cttcaaagaagagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccc 1308761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 78 - 328
Target Start/End: Original strand, 8514721 - 8514974
Alignment:
Q  78 gtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca---ggttccatcttccacagtctataa 174  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||| |  ||| |||||  ||||   | |||||  |||||||   | ||     
T  8514721 gtctttacacttcatccccatccgggtctcatcgaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtat 8514820  T
Q  175 cctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactt 274  Q
    || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || |    
T  8514821 cccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaacct 8514920  T
Q  275 tcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 328  Q
    ||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8514921 tcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 8514974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 78 - 328
Target Start/End: Original strand, 32477967 - 32478220
Alignment:
Q  78 gtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca---ggttccatcttccacagtctataa 174  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||| |  ||| |||||  ||||   | |||||  |||||||   | ||     
T  32477967 gtctttacacttcatccccatccgggtctcatcgaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtat 32478066  T
Q  175 cctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactt 274  Q
    || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || |    
T  32478067 cccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaacct 32478166  T
Q  275 tcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 328  Q
    ||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32478167 tcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 32478220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 76 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 22170770 - 22170529
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  ||| ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  22170770 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 22170671  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  22170670 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 22170571  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctc 314  Q
     |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||    
T  22170570 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctc 22170529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 78 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 2674680 - 2674430
Alignment:
Q  78 gtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca---ggttccatcttccacag-tctata 173  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||| |  ||| |||||  ||||   | |||||  |||||||  ||| ||    
T  2674680 gtctttacacttcatccccattcgggtctcatcgaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaactct-ta 2674582  T
Q  174 acctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagact 273  Q
     || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||     
T  2674581 tcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaacc 2674482  T
Q  274 ttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtct 325  Q
    |||||    ||||| || |||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  2674481 ttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtct 2674430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 76 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 3326000 - 3325745
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcc---aggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || |  ||||||||| ||||   || |||||  || ||||   | |    
T  3326000 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaattttcacaacttgt 3325901  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  |||||  |||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  3325900 aacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcatgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 3325801  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 328  Q
     |||||    ||||| ||| |  || |||||||||| || ||||||||||||||||    
T  3325800 cttcaaagatgagtaatcttctagtttcccactccatacttccataggtgtcttga 3325745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 318; Significance: 1e-179; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 39684813 - 39684480
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39684813 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 39684714  T
Q  113 aagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39684713 aagtaacatccctgcttataataaattttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 39684614  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  39684613 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtcttccggtcttccactccaaacc 39684514  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39684513 tccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 39684480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 2738771 - 2738438
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2738771 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttccgagcttgcatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 2738672  T
Q  113 aagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2738671 aagtaacatccctgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttctcaccttcaggataacccatgaaaatacactt 2738572  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2738571 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccgatctcccactccaaacc 2738472  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2738471 tccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 2738438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Original strand, 20052376 - 20052708
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20052376 tcatcagtggtaggctccacctcaaactgaattttctctatccccgtttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 20052475  T
Q  113 aagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20052476 aagtaacatccctgcttataataaattttgattctccaggttccatcttccacggtctgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 20052575  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  20052576 cacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagct-cgaaaactttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacc 20052674  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20052675 tccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 20052708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 13 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 17934650 - 17934323
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  17934650 tcatcaatggtaggctccacctcaaactgaattttctctatccccgtttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatacgggtctcatcaa 17934551  T
Q  113 aagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17934550 aagtaacatccctgcttataataaattttgattctctaggttccatcttccacagtctgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 17934451  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  17934450 cacatatctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgggcaaatgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacc 17934351  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctg 340  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||    
T  17934350 tccataggtgtcttgagacctatccctg 17934323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Original strand, 22714849 - 22715182
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22714849 tcatcagtggtaggctccacctcaaactgaattttctctatccccgtttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 22714948  T
Q  113 aagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22714949 aagtaacatccctgcttatgataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctgtaacctttcacaccttcaagataacccatgaaaatacactt 22715048  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22715049 cacagctctagcatcaagtttgtcttgaatgacatgagaaaacgctaaagctccgaaaactttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacc 22715148  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  22715149 tccataggtgtgttgagatctatccctgttgatg 22715182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 178; E-Value: 6e-96
Query Start/End: Original strand, 150 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 45569819 - 45569630
Alignment:
Q  150 aggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgg 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  45569819 aggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgatatgg 45569720  T
Q  250 gcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccct 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  45569719 gcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtcttccactccaaacctccataggtgtcttgagttctatccct 45569630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 76 - 338
Target Start/End: Original strand, 25393511 - 25393776
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || |  ||| ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  25393511 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 25393610  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||| | ||    
T  25393611 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgtgcatatgccaaagctccgtaaac 25393710  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccc 338  Q
     |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  25393711 cttcaaagatgagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccc 25393776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 76 - 328
Target Start/End: Original strand, 19346903 - 19347158
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  ||| |||||  ||||   | |||||  || ||||   |||    
T  19346903 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaattttcacaacttat 19347002  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  19347003 atcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 19347102  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 328  Q
     |||||    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19347103 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 19347158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 172 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 39485584 - 39485478
Alignment:
Q  172 taacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaaga 271  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| |    
T  39485584 taacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaa 39485485  T
Q  272 ctttcaa 278  Q
    | |||||    
T  39485484 ccttcaa 39485478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 76 - 121
Target Start/End: Original strand, 31058583 - 31058628
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacat 121  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  31058583 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacat 31058628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 318; Significance: 1e-179; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 9524294 - 9523961
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9524294 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 9524195  T
Q  113 aagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9524194 aagtaacatccctgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 9524095  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9524094 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 9523995  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9523994 tccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 9523961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 18 - 346
Target Start/End: Original strand, 2396875 - 2397203
Alignment:
Q  18 agtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagta 117  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||  |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2396875 agtggtaggctccacctcaaactgaattttctcttcccccatttctgagcttgtgtccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagta 2396974  T
Q  118 acatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacag 217  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2396975 acatccctgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacactttcaggataacccatgaaaatacacttcacag 2397074  T
Q  218 ctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccat 317  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  2397075 ctctagcatcaagtttgtcctgcttgacatgagcaaatgctaaagctccgaaaactttcaagttagagtagtctactggtctcccactccaaacctccat 2397174  T
Q  318 aggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||| ||||||||||||| || |||||    
T  2397175 aggtgttttgagatctatccatgttgatg 2397203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 76 - 125
Target Start/End: Original strand, 41395876 - 41395925
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccct 125  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  41395876 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccct 41395925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 76 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 19369147 - 19369073
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca 150  Q
    |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || |  ||||||||| |||||    
T  19369147 aggtctttacacttaatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctcca 19369073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 232 - 338
Target Start/End: Original strand, 41396023 - 41396129
Alignment:
Q  232 ttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagat 331  Q
    ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || |||||    ||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||  |    
T  41396023 ttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgcgggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagt 41396122  T
Q  332 ctatccc 338  Q
    |||||||    
T  41396123 ctatccc 41396129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 314; Significance: 1e-177; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 28330461 - 28330128
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  28330461 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcattaa 28330362  T
Q  113 aagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28330361 aagtaacatccctgcttataataaattttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacacctttaggataacccatgaaaatacactt 28330262  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28330261 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtcttccactccaaacc 28330162  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28330161 tccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 28330128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 28893330 - 28892997
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28893330 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 28893231  T
Q  113 aagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28893230 aagtaacatccctgcttatgataaattttgattctccaggttccatcttccacagtctgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 28893131  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28893130 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaaaactttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacc 28893031  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28893030 tccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 28892997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Original strand, 16754875 - 16755208
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  16754875 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctttgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccattcgggtctcatcaa 16754974  T
Q  113 aagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16754975 aagtaacatccctgcttattataaattttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 16755074  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16755075 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtcttccactccaaacc 16755174  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  16755175 tccataggtgtcttgagatctatccttgttgatg 16755208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Original strand, 4814841 - 4815174
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4814841 tcatcagtgatagggtccacctcaaactgaattttctctgtccccgtttccgagcttgcatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 4814940  T
Q  113 aagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4814941 aagtaacatccctgcttatgataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 4815040  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4815041 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgttaaagctctgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 4815140  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4815141 tccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 4815174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 238; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 86 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 25682805 - 25682552
Alignment:
Q  86 acttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacacc 185  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25682805 acttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacacc 25682706  T
Q  186 ttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagag 285  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25682705 ttcaagataacccatgaaaatacacttcacagctttagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagag 25682606  T
Q  286 tagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccct 339  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25682605 tagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccct 25682552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 13 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 21039996 - 21039670
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  21039996 tcatcagtggtaggctccacctcaaattgaattttctctatctccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcggatcttatcaa 21039897  T
Q  113 aagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21039896 aagtaacatacctgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtttgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 21039797  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  21039796 cacagctctagcatcaag-ttgtcttgtctgacatgagcaaatgctaaagctctgaaaacattcaagttagagtagtctaccggtctcccactacaaacc 21039698  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctg 340  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21039697 tccataggtgtcttgagatatatccctg 21039670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 11 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 33035208 - 33034874
Alignment:
Q  11 catcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatc 110  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||||||||||  |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  33035208 catcatcagcggtaggctccacctcaaactgaattttctctacccccatttctgagcttgttcccaggtctttccacttcatccccttgcgggtctcatc 33035109  T
Q  111 aaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacac 210  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33035108 aaaagta-catccctgcttataataaattttgatcctccaagttcgatcttccacagtctgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacac 33035010  T
Q  211 ttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaa 310  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| | ||| ||||||||||  || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33035009 ttcacaactctagcatcaagtttgtcctgtctgacatgagaaaatgctaaagctctaaaaacttttaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaa 33034910  T
Q  311 cctccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  33034909 ccttcataggtgtcttcagatctatccctgttgatg 33034874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 15947229 - 15946896
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||| ||| | |   |  |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| | ||| |||||||||||||    
T  15947229 tcatcagtggtaggctccaccttaaactgaattttatgtactcatgtttctgagcttgtttccaggtttttgcacttcatactcatacgggtctcatcaa 15947130  T
Q  113 aagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||  |||||| |||   | |||||||||||||||||| ||||||| || |||| ||||||    
T  15947129 aagtaacatccctgcttataataaattttgatcctccatgttttatcttcaacaacttgtaacctttcacaccttcaagataaccaataaaaacacactt 15947030  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||  ||||| | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||     
T  15947029 cacaactctagcatcaagtttgtcatgtttgacacgtgcaaatgctaaagctccgaaaactttcaagttagagtagtctggcagtctcccactccaaaca 15946930  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| || |||||    
T  15946929 tccataggtgtcttgagatttatccatgttgatg 15946896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 76 - 353
Target Start/End: Original strand, 26298998 - 26299278
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || |  ||||||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  26298998 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 26299097  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  26299098 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 26299197  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgatgatgtccatct 353  Q
     |||||   |||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||| | ||||| ||||||    
T  26299198 cttcaaagaagagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccgttgatggccatct 26299278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 76 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 10686726 - 10686461
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  ||| ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  10686726 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 10686627  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  10686626 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 10686527  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccc 338  Q
     |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  10686526 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccc 10686461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 76 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 18868132 - 18867877
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || |  ||| ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  18868132 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 18868033  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  18868032 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 18867933  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 328  Q
     |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18867932 attcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 18867877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 76 - 328
Target Start/End: Original strand, 35743014 - 35743269
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  ||| |||||  ||||   | |||||  |||||||   |||    
T  35743014 aggtctttacacttcatccccattcgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttat 35743113  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  35743114 atcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 35743213  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 328  Q
     |||||    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  35743214 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 35743269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 302; Significance: 1e-170; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Original strand, 3322403 - 3322736
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3322403 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaatttttcctgtccccgtttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 3322502  T
Q  113 aagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3322503 aagtaacatccctgcttataataaattttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 3322602  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3322603 caccgctctagcatcaagtttgtcttgcctgatatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 3322702  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  3322703 tccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 3322736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 290; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 7072617 - 7072284
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7072617 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaattttctctgtccccgtttccgagcttgtatccatgtctttgcacttcatctccatgcgggtctcatcaa 7072518  T
Q  113 aagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7072517 aagtaacatccctgcttataataaattttgatccaccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 7072418  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7072417 cacaactctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaatgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacc 7072318  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7072317 tccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 7072284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 25407980 - 25407647
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  25407980 tcatcagtggtaggctccacctcaaactgaattttctctatccccgtttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgtgggtctcatcaa 25407881  T
Q  113 aagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25407880 aagtaacatccctgcttataataatttttgatcctctaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 25407781  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  25407780 cacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaactttcaagttagagtagtctacccgtctcccactccaaacc 25407681  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25407680 tccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 25407647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Original strand, 44012146 - 44012478
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44012146 tcatcagtggtaggctccacctcaaactgaattttctatacccccgtttctgagtttgtttccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 44012245  T
Q  113 aagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44012246 aagtaacatccctgcttataataaattttgatccttcaggttccatcttccacagtttgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 44012345  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44012346 cacaactctagcatcaagtttgtcctgtctgacatgagcaaatgctaaagctcc-aaaactttcaaattagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 44012444  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    || ||| ||||||| | ||||||||||| |||||    
T  44012445 tctataagtgtcttcaaatctatccctgttgatg 44012478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 76 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 24263785 - 24263520
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  ||| ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  24263785 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 24263686  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  24263685 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 24263586  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccc 338  Q
     |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  24263585 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccc 24263520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 250 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 25353681 - 25353585
Alignment:
Q  250 gcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||    
T  25353681 gcaaacgctaaagctccgaaaactttcaagttagagtagtctaacggtctcccactccaaacctccatagctgtcctgagatctatccctgttgatg 25353585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 76 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 9187607 - 9187342
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| | |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| | || || |  ||||||||| |||||   | |||||  ||||||||  | |    
T  9187607 aggtctttactcttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccatactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacagcttgt 9187508  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||||| || ||    
T  9187507 aacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccaaaaac 9187408  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccc 338  Q
     |||||    ||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  9187407 cttcaaagatgagtagtttgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccc 9187342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 76 - 338
Target Start/End: Original strand, 18411282 - 18411547
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || |  ||||||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  18411282 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 18411381  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    | || ||||||||||| |||||||  ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | |  |||||||| || ||    
T  18411382 accccttcacaccttccggataacaaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgtcaaagctccaaaaac 18411481  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccc 338  Q
     |||||   |||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  18411482 cttcaaagaagagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccc 18411547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 78 - 328
Target Start/End: Original strand, 16882554 - 16882807
Alignment:
Q  78 gtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca---ggttccatcttccacagtctataa 174  Q
    |||||| ||||||||||||||  |||||||||| || ||||||||||| ||||| |  ||| |||||  ||||   | |||||  |||||||   | ||     
T  16882554 gtctttacacttcatccccatctgggtctcatcgaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtat 16882653  T
Q  175 cctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactt 274  Q
    || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || |    
T  16882654 cccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaacct 16882753  T
Q  275 tcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 328  Q
    ||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  16882754 tcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 16882807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 76 - 328
Target Start/End: Original strand, 21986545 - 21986800
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||| |  ||| ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  21986545 aggtctttacacttcatccccatccgagtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 21986644  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    | || |||||||||||  ||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||| |||| ||    
T  21986645 accccttcacaccttccagataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgtgcatatgccaaagcttcgaaaac 21986744  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 328  Q
     |||||    ||||||||||||| | |||||||||| || ||||||||||||||||    
T  21986745 cttcaaagatgagtagtctgccgatttcccactccatacttccataggtgtcttga 21986800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 211 - 328
Target Start/End: Original strand, 21643800 - 21643917
Alignment:
Q  211 ttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaa 310  Q
    |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || |||||    ||||| || |||||| |||||||||| |    
T  21643800 ttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatcagccggtttcccactccata 21643899  T
Q  311 cctccataggtgtcttga 328  Q
    ||||||||||||||||||    
T  21643900 cctccataggtgtcttga 21643917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 76 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 24272362 - 24272313
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccct 125  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  24272362 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccct 24272313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 76 - 150
Target Start/End: Original strand, 21642312 - 21642386
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca 150  Q
    |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| || || |  ||||||||| |||||    
T  21642312 aggtctttacacatcatccccatacgggtctcatcgaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctcca 21642386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0209 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 1)
Name: scaffold0209
Description:

Target: scaffold0209; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Original strand, 759 - 1092
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  759 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaattttctctgtccctgttttcgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 858  T
Q  113 aagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  859 aagtaacatccttgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacattt 958  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  959 tacagctctagcatcaagtttgtcttgcctaacatgggcaaacgctaaagctccgaaaactttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacc 1058  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1059 tccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 1092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 275; Significance: 1e-154; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 275; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 25448054 - 25447720
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25448054 tcatcaatgataggctccacctcaaactgaattttctctatccccatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 25447955  T
Q  113 aagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacacc-ttcaggataacccatgaaaatacact 211  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  25447954 aagtaacatccctgcttataataaattttgatccttcaggttccatcttccacagtctataacctttcacacctttcaggataacccatgaaaatacact 25447855  T
Q  212 tcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaac 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25447854 tcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaactttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaac 25447755  T
Q  312 ctccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25447754 ctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 25447720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 76 - 338
Target Start/End: Original strand, 43594746 - 43595011
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  ||| ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  43594746 aggtctttgcacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 43594845  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  43594846 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 43594945  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccc 338  Q
     |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  43594946 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccc 43595011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 76 - 338
Target Start/End: Original strand, 43627540 - 43627805
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  ||| ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  43627540 aggtctttgcacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 43627639  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  43627640 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 43627739  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccc 338  Q
     |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  43627740 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccc 43627805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 76 - 338
Target Start/End: Original strand, 27447448 - 27447713
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |   || ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  27447448 aggtctttacacttcatcctcatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaggctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 27447547  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  27447548 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 27447647  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccc 338  Q
     |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  27447648 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccc 27447713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 76 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 24558046 - 24557791
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||| || |  ||||||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  24558046 aggtctttacacttcatccccatacgagtctcatcaaaggtaacgtccctgctaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 24557947  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||||| || ||    
T  24557946 aacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccaaaaac 24557847  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 328  Q
     |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||    
T  24557846 cttcaatgatgagtaatctgccggtttcccactccatacttccataggtgtcttga 24557791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 76 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 24599078 - 24598823
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||| || |  ||||||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  24599078 aggtctttacacttcatccccatacgagtctcatcaaaggtaacgtccctgctaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 24598979  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||||| || ||    
T  24598978 aacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccaaaaac 24598879  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 328  Q
     |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||    
T  24598878 cttcaatgatgagtaatctgccggtttcccactccatacttccataggtgtcttga 24598823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 76 - 328
Target Start/End: Original strand, 33788981 - 33789236
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  ||| |||||  ||||   | |||||  |||||||   |||    
T  33788981 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttat 33789080  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  33789081 atcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 33789180  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 328  Q
     |||||    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  33789181 cttcaaagaggagtaatccaccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 33789236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 76 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 37559064 - 37558799
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  ||| ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  37559064 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcacgactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 37558965  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  37558964 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 37558865  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccc 338  Q
     |||||    ||||| ||  ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||||    
T  37558864 cttcaaagaggagtaatccaccggtttcccactccatacctccataagtgtcttgaagtctatccc 37558799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 78 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 31399452 - 31399199
Alignment:
Q  78 gtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca---ggttccatcttccacagtctataa 174  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  ||| |||||  ||||   | |||||  |||||||   | ||     
T  31399452 gtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtat 31399353  T
Q  175 cctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactt 274  Q
    || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || |    
T  31399352 cccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaacct 31399253  T
Q  275 tcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 328  Q
    ||||    ||||| |  |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  31399252 tcaaagaggagtaattcgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 31399199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 76 - 328
Target Start/End: Original strand, 28835927 - 28836181
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcc---aggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || |  ||||||||| ||||   || |||||  |||||||   | |    
T  28835927 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 28836026  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    |||| ||| ||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||  ||| | || ||||||||||| ||    
T  28836027 aacccttctcaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatacgcatatgc-aaagctccgaaaac 28836125  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 328  Q
      ||||    ||||| ||| ||||| |||||||||| || ||||||||||||||||    
T  28836126 catcaaagatgagtaatctaccggtttcccactccatacttccataggtgtcttga 28836181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 76 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 28805184 - 28805129
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttat 131  Q
    |||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  28805184 aggtctttacacttcatcctcatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttat 28805129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 266; Significance: 1e-148; HSPs: 1)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 18892 - 18559
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  18892 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaattttctcttcctccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatacgggtctcatcaa 18793  T
Q  113 aagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18792 aagtgacatccctgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacagcttcaggataacccatgaaaatacactt 18693  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    |||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  18692 cacagctctagcatcaagtttgtcctgtctaacatgggcaaacgctaaagctccgaaaactttcaaattagagtagtttgccggcctcccactccaaacc 18593  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  18592 tccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 18559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 259; Significance: 1e-144; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 13 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 15314883 - 15314557
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15314883 tcatcagtggtaggctccacctcaaactgaattttctctatccccgtttctgagcttgtatctaggtctttgcacttcatccccatgtgggtctcatcaa 15314784  T
Q  113 aagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    || ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  15314783 aaataacatccctgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctgtaacctttcacaccttcaggataactcatgaaaatacactt 15314684  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagt-ctgccggtctcccactccaaac 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  15314683 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgagaaaacgctaaagctccgaaaactttcaagttagagtagtcctaccggtctcccactccaaac 15314584  T
Q  312 ctccataggtgtcttgagatctatccc 338  Q
     ||||||||||||||||||||||||||    
T  15314583 atccataggtgtcttgagatctatccc 15314557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 36770156 - 36769823
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||  ||| |||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36770156 tcatcagtggtaggctccacctcaaactgaattttctctacccctgtttctgagcttgtttccgggtttttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 36770057  T
Q  113 aagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  36770056 aagtaacatccctgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtttgtaacctttcacaccttcagaataacccatgaaaatacactt 36769957  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    |||| |||||||||||||| |||| || |||||||  ||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||     
T  36769956 cacaactctagcatcaagtatgtcctgtctgacataagcaaatgctaaagctccaaaaactttcaaattagagtagtttcccggtctcccactccaaaca 36769857  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  36769856 ttcataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 36769823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 47565279 - 47564946
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  47565279 tcatcagtggtaggctccacctcaaactgaattttctctacccccgtttctgagcttgtttccaggtctttgcacttcattcacatgcgggtctcatcaa 47565180  T
Q  113 aagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    |||||||||| || |||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47565179 aagtaacatctctacttataataaattttgatccttcaggttccatcttccacagtttgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 47565080  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || ||  |||| ||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  47565079 cacaactctagcatcaagtttgtcctgtctagcatgagcaaatgctaaagctccaaaaactttcaaattagagtagtctgtcggtctcccactccaaacg 47564980  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  47564979 tccataggtgtcttgagatttatccctgttgatg 47564946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 4567909 - 4567572
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttg--------cacttcatccccatgcgggt 104  Q
    |||| |||| |||||||||||||||| |    |||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||    
T  4567909 tcattagtggtaggctccacctcaaaat----tttctctaccctcgtttctgagcttgtatccaggtctttgggtctttgcacttcatccccatgcgggt 4567814  T
Q  105 ctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaa 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4567813 ctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaa 4567714  T
Q  205 atacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccac 304  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  4567713 atacacttcacaactctagcatcaagtttgtcctgtctgacatgagcaaatgctaaagctccgaaaactttcaaattagagtagtctgccgatctcccac 4567614  T
Q  305 tccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  4567613 tccaaacctccataggtgtcttgagatctatccatgttgatg 4567572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 151; E-Value: 8e-80
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 16635039 - 16634724
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||| ||| | || |||| ||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  16635039 tcatcagtggtaggatccacctcaaactgaattttttgtgcccccatttataagcttgtttccaggtctttgcacttcatccccatacgggcctcatcaa 16634940  T
Q  113 aagtaacatccctgcttataataacttttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||                    
T  16634939 aagtaacatccatgcttataataaattttgatcctctaggttccatcttccacagtttgtaacctttcacaccttcaggataac---------------- 16634856  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
       | ||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  16634855 --taactctagcatcaagtttgtcctgtttgacatgagcaaatgctaaagctccgaaaactttcaaattagagtagtttgccggtctcccactccaaacc 16634758  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||| |||||||||| || |||||    
T  16634757 tccataggtgtcttaagatctatccttgttgatg 16634724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 76 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 9226863 - 9226608
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  ||| ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  9226863 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 9226764  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  9226763 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 9226664  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 328  Q
     |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9226663 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 9226608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 76 - 328
Target Start/End: Original strand, 18858201 - 18858456
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  ||| ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  18858201 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 18858300  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  18858301 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 18858400  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 328  Q
     |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18858401 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 18858456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 76 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 16626454 - 16626190
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || |  ||||||||| |||||   | |||||  |||||||     |    
T  16626454 aggtcttt-cacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaactcgt 16626356  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    |||| |||| |||||| |||||||| ||||| ||||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | |  ||||||| ||| ||    
T  16626355 aacccttcagaccttccggataaccaatgaagatacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgtcaaagctcagaaaac 16626256  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccc 338  Q
     |||||   |||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  16626255 cttcaaagaagagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccc 16626190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 76 - 328
Target Start/End: Original strand, 5145533 - 5145788
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||| |||||| || || |  ||||||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  5145533 aggtctttacacttcatccctatacgggtctcatcaaaggtaatatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 5145632  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    |||| ||||||||||| |||||||  || || | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||| | ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  5145633 aacccttcacaccttctggataacgaataaagacacatttcaaagctctagtctcaagcttgtctttcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 5145732  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 328  Q
     |||||    ||||||||||||||| ||||| |||| || ||||||||||||||||    
T  5145733 cttcaaagatgagtagtctgccggtttcccattccatacttccataggtgtcttga 5145788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 76 - 104
Target Start/End: Original strand, 41899769 - 41899797
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggt 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  41899769 aggtctttgcacttcatccccatgcgggt 41899797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0023 (Bit Score: 99; Significance: 8e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0023
Description:

Target: scaffold0023; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 236 - 346
Target Start/End: Original strand, 49044 - 49154
Alignment:
Q  236 cttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctat 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  49044 cttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtctcgagatctat 49143  T
Q  336 ccctgatgatg 346  Q
    ||||| |||||    
T  49144 ccctgttgatg 49154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 76; Significance: 4e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 76 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 16771 - 16506
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  ||| ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  16771 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 16672  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  16671 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 16572  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccc 338  Q
     |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  16571 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccc 16506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 76 - 346
Target Start/End: Original strand, 133 - 406
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || |  ||||||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  133 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 232  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  233 aacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 332  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
     |||||    ||||| ||||||| | |||||||||| || ||||||||||||||||  ||||| |||| |||||    
T  333 cttcaaagatgagtaatctgccgctttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtctattcctgttgatg 406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 76 - 346
Target Start/End: Original strand, 8289 - 8562
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataacttttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || |  ||||||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  8289 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaattaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 8388  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  8389 aacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 8488  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
     |||||    ||||| ||||||| | |||||||||| || ||||||||||||||||  ||||| |||| |||||    
T  8489 cttcaaagatgagtaatctgccgctttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtctattcctgttgatg 8562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 172 - 240
Target Start/End: Original strand, 34734 - 34802
Alignment:
Q  172 taacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgc 240  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||||||||||||| | ||| |||||||||    
T  34734 taacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcacagctctagccttaagcttgtcttgc 34802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University