View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5742_low_46 (Length: 229)

Name: NF5742_low_46
Description: NF5742
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5742_low_46
NF5742_low_46
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (12-220)||(9023396-9023604)
chr3 (11-218)||(9029058-9029265)
chr3 (12-220)||(9026100-9026308)
chr3 (12-220)||(9101174-9101382)
chr3 (12-220)||(8746900-8747108)
chr3 (12-220)||(9034566-9034774)
chr3 (23-211)||(9015380-9015568)
chr3 (68-219)||(9019290-9019441)
chr3 (77-214)||(9108805-9108942)
chr3 (62-202)||(8965272-8965412)
chr3 (23-208)||(8755538-8755723)
chr3 (63-208)||(8957118-8957263)
chr3 (68-202)||(8962563-8962697)
chr3 (32-202)||(8988314-8988481)
chr3 (80-167)||(9112121-9112208)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 177; Significance: 1e-95; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 12 - 220
Target Start/End: Original strand, 9023396 - 9023604
Alignment:
Q  12 catcatcagctatgaagttcttctccttctttttggtcatcatcttcgccgccacagtggcctctgctcaagaccttagtccctcgttggctccggcacc 111  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9023396 catcatcagctataaagttcttctccttctttttggtcatcatcttcgccgccacagtggcctctgcccaagaccttagtccctcgttggctccggcacc 9023495  T
Q  112 aggtcctgatgttggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcggagtttcagttgtattgtcaatgttcgccatcttcaagtactaaaaa 211  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  9023496 aggtcctgatgctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatggtcggaatttcggttgtattgtcaatgctcgccatcttcaagcactaaaaa 9023595  T
Q  212 catgatgat 220  Q
    |||||||||    
T  9023596 catgatgat 9023604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 11 - 218
Target Start/End: Original strand, 9029058 - 9029265
Alignment:
Q  11 acatcatcagctatgaagttcttctccttctttttggtcatcatcttcgccgccacagtggcctctgctcaagaccttagtccctcgttggctccggcac 110  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  9029058 acatcatcaactatgaagttcttctccttctttttggtcatcatcttcgccgccaccgtggcctctgcccaagaccttagtccttcgttggctccagcac 9029157  T
Q  111 caggtcctgatgttggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcggagtttcagttgtattgtcaatgttcgccatcttcaagtactaaaa 210  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  9029158 caggtcctgatgctggagctgctggatctattacaagttcagcggctatgatcggagtttcaattgtgttgtcaatgctcgccatcttcaagcactaaaa 9029257  T
Q  211 acatgatg 218  Q
    ||||||||    
T  9029258 acatgatg 9029265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 12 - 220
Target Start/End: Original strand, 9026100 - 9026308
Alignment:
Q  12 catcatcagctatgaagttcttctccttctttttggtcatcatcttcgccgccacagtggcctctgctcaagaccttagtccctcgttggctccggcacc 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||    
T  9026100 catcatcagctatgaagttcttctccttctttttggtcatcatcttcgccgccaccgtggcctctgcccaagatcttagtccttcgttggctccagcacc 9026199  T
Q  112 aggtcctgatgttggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcggagtttcagttgtattgtcaatgttcgccatcttcaagtactaaaaa 211  Q
    |||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||    
T  9026200 aggttctgatgctggagttgctggatctgttacaagttcagtggcaatgatcggagtttcagttgtattgtcaatgatcgccatcttcaaacactaaaaa 9026299  T
Q  212 catgatgat 220  Q
    ||| |||||    
T  9026300 cataatgat 9026308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 12 - 220
Target Start/End: Original strand, 9101174 - 9101382
Alignment:
Q  12 catcatcagctatgaagttcttctccttctttttggtcatcatcttcgccgccacagtggcctctgctcaagaccttagtccctcgttggctccggcacc 111  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||||    
T  9101174 catcatcagctatgaagttcttccccttctttatggtcatcatcttcgccgccaccgtggcctctgcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcacc 9101273  T
Q  112 aggtcctgatgttggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcggagtttcagttgtattgtcaatgttcgccatcttcaagtactaaaaa 211  Q
    ||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||    
T  9101274 aggccctgatgctggagctgctggttctgttacaagttcagtggctatgatcggagtttcaattgtattgtcaatgctcgccatctttaagcactaaaaa 9101373  T
Q  212 catgatgat 220  Q
    |||||||||    
T  9101374 catgatgat 9101382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 12 - 220
Target Start/End: Original strand, 8746900 - 8747108
Alignment:
Q  12 catcatcagctatgaagttcttctccttctttttggtcatcatcttcgccgccacagtggcctctgctcaagaccttagtccctcgttggctccggcacc 111  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  8746900 catcctcagctatgaagttcttctccttctttttcgtcttcatcttcgccgccaccctggcctctgcccaagacctcagtccctcgttggctccagcacc 8746999  T
Q  112 aggtcctgatgttggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcggagtttcagttgtattgtcaatgttcgccatcttcaagtactaaaaa 211  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  8747000 aggtcctgatgttggagctgttggatctgttacaaattcagtggctatgattggagtttcaattgtgttgtcaatgctcgccatcttcaagcactaaaaa 8747099  T
Q  212 catgatgat 220  Q
     ||||||||    
T  8747100 aatgatgat 8747108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 12 - 220
Target Start/End: Original strand, 9034566 - 9034774
Alignment:
Q  12 catcatcagctatgaagttcttctccttctttttggtcatcatcttcgccgccacagtggcctctgctcaagaccttagtccctcgttggctccggcacc 111  Q
    |||| |||||||| || ||||||||||||||||| |||  ||||||||| ||||  ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9034566 catcttcagctataaaattcttctccttctttttcgtcgccatcttcgctgccatcgtggcctctgcccaagaccttagtccttcgttggctccggcacc 9034665  T
Q  112 aggtcctgatgttggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcggagtttcagttgtattgtcaatgttcgccatcttcaagtactaaaaa 211  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  9034666 aggtcctgatgctggagctgctggatctgttgcaagttcggtggctatgatcggagtttcaattgtgttgtcaatgctcgccatcttcaagcactaaaaa 9034765  T
Q  212 catgatgat 220  Q
    |||||||||    
T  9034766 catgatgat 9034774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 23 - 211
Target Start/End: Original strand, 9015380 - 9015568
Alignment:
Q  23 atgaagttcttctccttctttttggtcatcatcttcgccgccacagtggcctctgctcaagaccttagtccctcgttggctccggcaccaggtcctgatg 122  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||  ||| || || ||| |  | ||||| ||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9015380 atgaaattcttctccttctttttcgtcgccatgttggctgcctctatcgcctcggctcaagacctcagcccctcgttgtctccggcaccaggtcctgatg 9015479  T
Q  123 ttggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcggagtttcagttgtattgtcaatgttcgccatcttcaagtactaaaaa 211  Q
      ||||| ||||||| |||||||| ||||||| ||||| | ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||    
T  9015480 ccggagcagctggatatgttacaaattcagtgactatggttggagtttcaattgtattgtcaatgctcgccatcttcaaacactaaaaa 9015568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 68 - 219
Target Start/End: Original strand, 9019290 - 9019441
Alignment:
Q  68 gtggcctctgctcaagaccttagtccctcgttggctccggcaccaggtcctgatgttggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcggag 167  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  9019290 gtggcctcggctcaagaccttagtccctcatccgctccggcaccaggtcctgatgttggggcttgtggatctgttacgagttcagttgctatgatcggag 9019389  T
Q  168 tttcagttgtattgtcaatgttcgccatcttcaagtactaaaaacatgatga 219  Q
     |||| |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||| ||||||| ||||    
T  9019390 cttcaattgtgttgtcaatgcttgccatcttgaagaactgaaaacatcatga 9019441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 77 - 214
Target Start/End: Original strand, 9108805 - 9108942
Alignment:
Q  77 gctcaagaccttagtccctcgttggctccggcaccaggtcctgatgttggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcggagtttcagttg 176  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||    
T  9108805 gctcaagacctcagtccctcattggctccagcatcaggtcctgatgtcggagctgccggatctgttacaagttcagtggccatgatcggagcttcaattg 9108904  T
Q  177 tattgtcaatgttcgccatcttcaagtactaaaaacat 214  Q
    | ||||||||| | ||  |||| ||| |||||||||||    
T  9108905 tcttgtcaatgcttgcactcttgaagaactaaaaacat 9108942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 62 - 202
Target Start/End: Original strand, 8965272 - 8965412
Alignment:
Q  62 gccacagtggcctctgctcaagaccttagtccctcgttggctccggcaccaggtcctgatgttggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatga 161  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||  |||| ||||    
T  8965272 gccacagtggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagcaccaagtcctgacgctggagctgccggatctgttacaagttctatggcaatga 8965371  T
Q  162 tcggagtttcagttgtattgtcaatgttcgccatcttcaag 202  Q
    |||||| |||| ||||  |||||||| |||| |||||||||    
T  8965372 tcggagcttcaattgtgctgtcaatgctcgcaatcttcaag 8965412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 23 - 208
Target Start/End: Original strand, 8755538 - 8755723
Alignment:
Q  23 atgaagttcttctccttctttttggtcatcatcttcgccgccacagtggcctctgctcaagaccttagtccctcgttggctccggcaccaggtcctgatg 122  Q
    |||||||| ||| |||||||||| ||  |  ||||||| ||  | ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8755538 atgaagtttttcgccttctttttcgttgttgtcttcgcagcagccgtggcttcggctcaagacctcagtccctcgttggctccggcaccagatcctgatg 8755637  T
Q  123 ttggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcggagtttcagttgtattgtcaatgttcgccatcttcaagtactaa 208  Q
      || ||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||| |||  || | ||||| ||| |||||||||||||| |||||    
T  8755638 ccggtgctgctggatctgttacaaattcagttgctatgattggagcttcgattattttgtctatgctcgccatcttcaagaactaa 8755723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 63 - 208
Target Start/End: Original strand, 8957118 - 8957263
Alignment:
Q  63 ccacagtggcctctgctcaagaccttagtccctcgttggctccggcaccaggtcctgatgttggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgat 162  Q
    |||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| | ||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||    
T  8957118 ccaccgtggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttagctccagcacccggtcctgacgctggagctgccggatttgttacaagttctgtggctatgat 8957217  T
Q  163 cggagtttcagttgtattgtcaatgttcgccatcttcaagtactaa 208  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| ||||||| |||||| |||||    
T  8957218 cggagcttcaattgtgctgtcaatggtcgccattttcaagaactaa 8957263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 68 - 202
Target Start/End: Original strand, 8962563 - 8962697
Alignment:
Q  68 gtggcctctgctcaagaccttagtccctcgttggctccggcaccaggtcctgatgttggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcggag 167  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||||    
T  8962563 gtggcctcggcccaagaccttagtccctcgttagctccagcaccaggtcctgatgctggagttgccggatctgttgcaggttctgtggctatgatcggag 8962662  T
Q  168 tttcagttgtattgtcaatgttcgccatcttcaag 202  Q
     |||| ||||  | |||||| |||| |||||||||    
T  8962663 cttcaattgtgctttcaatgctcgctatcttcaag 8962697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 32 - 202
Target Start/End: Original strand, 8988314 - 8988481
Alignment:
Q  32 ttctccttctttttggtcatcatcttcgccgccacagtggcctctgctcaagaccttagtccctcgttggctccggcaccaggtcctgatgttggagctg 131  Q
    |||| |||| |||| |||||| | |||||||||   || ||||| || ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  8988314 ttcttcttcatttttgtcatcgtattcgccgcc---gtagcctcggcccaagaccttagtccctcgttgtctccagcaccaggtcctgacgttggagctg 8988410  T
Q  132 ctggatctgttacaagttcagtggctatgatcggagtttcagttgtattgtcaatgttcgccatcttcaag 202  Q
    |  | |||| ||||||||  |||||||||||||||| |||| | ||| |||||||| |||| |||||||||    
T  8988411 ccagttctgctacaagttatgtggctatgatcggagcttcaatcgtactgtcaatgctcgctatcttcaag 8988481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 80 - 167
Target Start/End: Original strand, 9112121 - 9112208
Alignment:
Q  80 caagaccttagtccctcgttggctccggcaccaggtcctgatgttggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcggag 167  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||   ||||||| ||||||| |||||| | ||||||||||||| ||||    
T  9112121 caagacctcagtccctcgttggctccggcaccagcacctgataccggagctgttggatctcttacaaatccagtggctatgatgggag 9112208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University