View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5745_low_3 (Length: 737)

Name: NF5745_low_3
Description: NF5745
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5745_low_3
NF5745_low_3
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (20-727)||(10532963-10533657)
chr2 (20-719)||(10526140-10526837)
chr2 (104-185)||(10524808-10524889)
chr2 (104-185)||(10531115-10531196)
[»] scaffold1215 (1 HSPs)
scaffold1215 (20-727)||(132-842)
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (197-727)||(34372471-34373001)
chr3 (226-556)||(34473615-34473943)
chr3 (104-496)||(34467493-34467880)
chr3 (104-551)||(34477444-34477881)
chr3 (104-396)||(27625663-27625951)
chr3 (104-396)||(34511436-34511724)
chr3 (20-175)||(34373000-34373157)
chr3 (379-563)||(34462643-34462827)
chr3 (441-587)||(34511735-34511882)
chr3 (355-516)||(34376046-34376207)
chr3 (441-544)||(27625962-27626065)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 599; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 599; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 727
Target Start/End: Original strand, 10532963 - 10533657
Alignment:
Q  20 gtgatccttttaaatatccgagagtaggatatcgtatacacgcacctcccgtatcttgtaaagcaaccttaaaacggnnnnnnntattagagaaataaaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||       ||||||||||||||||    
T  10532963 gtgatccttttaaatatccgagagtaggatatcatatacacacacctcccgtatcttttaaagcaaccttaaaacggaaaaaaatattagagaaataaaa 10533062  T
Q  120 atccgaaaagcgggaatataattgtcttgtttcttatatgtaatgtctcatcatgaacagaatttagatactatatggataatctgccactgattaaact 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10533063 atccgaaaagcgggaatataattgtcttgtttcttatatgtaatgtctcatcatgaacagaatttagatactatatggataatctgccactgattaaact 10533162  T
Q  220 ctcagtgatatcttgtagatctgcagataaccgagaaatgtactgtaaagtacaataatttggaaatctatggtaacgccatcaggtgcctaattttcca 319  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10533163 ctcagtgatatcttgtagatccgcagataaccgagaaatgtactgtaaagtacaataatttggaaatctatcgtaacgccatcaggtgcctaattttcca 10533262  T
Q  320 tacgacaagaagcaatatttttattaaatgcagagaacaatgaaagagttacaatgatattaacttcagatagacattttcactcgtgagtacagttgat 419  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10533263 taccacaagaagcaatatttttattaaatgcagag-------------ttacaatgatattaacttcagatagacattttcactcgtgagtacagttgat 10533349  T
Q  420 atttataacttatccaacagcaggatcatacctttttccaatgggaatgtcagttgcatcggtgacgtctgaggcatcactgatggtatcttcatctgag 519  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10533350 atttataacttatccaaaagcaggatcatacctttttccaatgggaatgtcatttgcatcgctgatgtctgaggcatcactgatggtatcttcatctgag 10533449  T
Q  520 aaaaactcgttggagcttggtacatatacattgtcccgagatggtgagaaatgtgaatcagaagttggattgtgtttcgtttctccccaagaagcattta 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10533450 aaaaactcgttggagcttggtacatatacattgtcccgagatggtgagaaatgtgaatcagaagttggattgtgtttggtttctccccaagaagcattta 10533549  T
Q  620 tcttgtcatacaattcccaatcattaatagagacgccatctttccaccggttccgaatgtgctgaaactaagaagaatcagatactcctacactgaaact 719  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10533550 tcttgtcatacaattcccaatcattaatagagacgccatctttccaccggttccgaatgtgctgaaactaagaagaatcagatactcctacactgaaact 10533649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 511; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 719
Target Start/End: Original strand, 10526140 - 10526837
Alignment:
Q  20 gtgatccttttaaatatccgagagtaggatatcgtatacacgcacctcccgtatcttgtaaagcaaccttaaaacggnnnnnnntatta---gagaaata 116  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||       || ||   ||||||||    
T  10526140 gtgatccttttaaatatctgagagtaggatatcatatacacacacctcccgtatcttttaaagcaaccttaaaacggaaaaaactactatttgagaaata 10526239  T
Q  117 aaaatccgaaaagcgggaatataattgtcttgtttcttatatgtaatgtctcatcatgaacagaatttagatactatatggataatctgccactgattaa 216  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||| |||    
T  10526240 aaaatccgaaaaacgggaatataattgtcttgtttcttatatgtaatgtctcatcatgaacagaatttagatactatt--gataatctgccactgaataa 10526337  T
Q  217 actctcagtgatatcttgtagatctgcagataaccgagaaatgtactgtaaagtacaataatttggaaatctatggtaacgccatcaggtgcctaatttt 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||    
T  10526338 actctcagtgatatcttgtagatctgcagataactgagaaatgtattgtaaagtacaataatttggaaatctatggtatcaccatcaggtgcataatttt 10526437  T
Q  317 ccatacgacaagaagcaatatttttattaaatgcagagaacaatgaaagagttacaatgatattaacttcagatagacattttcactcgtgagtacagtt 416  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  10526438 ccagaccacaagaagcaatatttttattaaatgcagagaacaatggatgagttacaataatattaacttcagatagatattttcactcatgagtacagtt 10526537  T
Q  417 gatatttataacttatccaacagcaggatcatacctttttccaatgggaatgtcagttgcatcggtgacgtctgaggcatcactgatggtatcttcatct 516  Q
    |||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  10526538 gatatttatagcttatcaaaaagcaggatcatacctttttccaatgggaatgtcatttgcatcggtaatgtctgaggcgtcactgaaggtatcttcatct 10526637  T
Q  517 gagaaaaactcgttggagcttggtacatatacattgtcccgagatggtgagaaatgtgaatcagaagttggattgtgtttcgtttctccccaagaagcat 616  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10526638 gagaaaaactcgttggagcttggaacatatacattgtcccgagatggtgagaaatgtgaatcagaagttggattgtgtttggtttctccccaagaagcat 10526737  T
Q  617 ttatcttgtcatacaattcccaatcattaatagagacgccatctttccaccggttccgaatgtgctgaaactaagaagaatcagatactcctacactgaa 716  Q
    ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  10526738 ttatcttgtcatacaattccca---attaatagagacgccatctttccacaggttccgaatgtgctgaaactaagacgaatcaaatactcctacactgaa 10526834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 104 - 185
Target Start/End: Original strand, 10524808 - 10524889
Alignment:
Q  104 tattagagaaataaaaatccgaaaagcgggaatataattgtcttgtttcttatatgtaatgtctcatcatgaacagaattta 185  Q
    |||||||||||||||||||| || ||  |||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10524808 tattagagaaataaaaatccaaagagtaggaatataaccgtcttgtttcatatatgtaatgtctcatcatgaatagaattta 10524889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 104 - 185
Target Start/End: Original strand, 10531115 - 10531196
Alignment:
Q  104 tattagagaaataaaaatccgaaaagcgggaatataattgtcttgtttcttatatgtaatgtctcatcatgaacagaattta 185  Q
    |||||||||||||||||||| || ||  ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10531115 tattagagaaataaaaatccaaagagtaggaatatacccgtcttgtttcttatatgtaatgtctcatcatgaatagaattta 10531196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1215 (Bit Score: 564; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold1215
Description:

Target: scaffold1215; HSP #1
Raw Score: 564; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 727
Target Start/End: Original strand, 132 - 842
Alignment:
Q  20 gtgatccttttaaatatccgagagtaggatatcgtatacacgcacctcccgtatcttgtaaagcaaccttaaaacggnnnnnnntatta---gagaaata 116  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||       || ||   ||||||||    
T  132 gtgatccttttaaatatctgagagtaggatatcatatacacacacctcccgtatcttttaaagcaaccttaaaacggaaaaaactactatttgagaaata 231  T
Q  117 aaaatccgaaaagcgggaatataattgtcttgtttcttatatgtaatgtctcatcatgaacagaatttagatactatatggataatctgccactgattaa 216  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  232 aaaatccgaaaaacgggaatataattgtcttgtttcttatatgtaatgtctcatcatgaacagaatttagatactatatggataatctgccactgattaa 331  T
Q  217 actctcagtgatatcttgtagatctgcagataaccgagaaatgtactgtaaagtacaataatttggaaatctatggtaacgccatcaggtgcctaatttt 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||    
T  332 actctcagtgatatcttgtagatctgcagataactgagaaatgtattgtaaagtacaataatttggaaatctatggtatcaccatcaggtgcataatttt 431  T
Q  317 ccatacgacaagaagcaatatttttattaaatgcagagaacaatgaaagagttacaatgatattaacttcagatagacattttcactcgtgagtacagtt 416  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  432 ccagaccacaagaagcaatatttttattaaatgcagagaacaatggatgagttacaataatattaacttcagatagatattttcactcatgagtacagtt 531  T
Q  417 gatatttataacttatccaacagcaggatcatacctttttccaatgggaatgtcagttgcatcggtgacgtctgaggcatcactgatggtatcttcatct 516  Q
    |||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  532 gatatttatagcttatcaaaaagcaggatcatacctttttccaatgggaatgtcatttgcatcggtaatgtctgaggcgtcactgaaggtatcttcatct 631  T
Q  517 gagaaaaactcgttggagcttggtacatatacattgtcccgagatggtgagaaatgtgaatcagaagttggattgtgtttcgtttctccccaagaagcat 616  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  632 gagaaaaactcgttggagcttggaacatatacattgtcccgagatggtgagaaatgtgaatcagaagttggattgtgtttggtttctccccaagaagcat 731  T
Q  617 ttatcttgtcatacaattcccaatcattaatagagacgccatctttccaccggttccgaatgtgctgaaactaagaagaatcagatactcctacactgaa 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  732 ttatcttgtcatacaattcccaatcattaatagagacgccatctttccaccggttccgaatgtgctgaaactaagaagaatcagatactcctacactgaa 831  T
Q  717 actaacctatg 727  Q
    |||||||||||    
T  832 actaacctatg 842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 320; Significance: 1e-180; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 197 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 34373001 - 34372471
Alignment:
Q  197 gataatctgccactgattaaactctcagtgatatcttgtagatctgcagataaccgagaaatgtactgtaaagtacaataatttggaaatctatggtaac 296  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  34373001 gataatctgccacagaataaactctcagtgatatcctgtagatccgcagataactgagaaatgtactgtaaagtacaataatttggaaatccatggtaac 34372902  T
Q  297 gccatcaggtgcctaattttccatacgacaagaagcaatatttttattaaatgcagagaacaatgaaagagttacaatgatattaacttcagatagacat 396  Q
     ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | |||||||||| |||| |||||||||||||    
T  34372901 accatcaggtgcataattttccataccacaagaagcaatatttttattaaatgtagagaacaatgaataatttacaatgatcttaatttcagatagacat 34372802  T
Q  397 tttcactcgtgagtacagttgatatttataacttatccaacagcaggatcatacctttttccaatgggaatgtcagttgcatcggtgacgtctgaggcat 496  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||| ||| ||||||| || |||||||||||||    
T  34372801 tttcactcatgagtacaattgatatttataaattatccaaaagcaggatcatacctttttcgaatgagaatatcatttgcatcagtaacgtctgaggcat 34372702  T
Q  497 cactgatggtatcttcatctgagaaaaactcgttggagcttggtacatatacattgtcccgagatggtgagaaatgtgaatcagaagttggattgtgttt 596  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34372701 cactgatggtatcttcatctgagaaaaactcgttggagcttggaacatatacattgtcccgagatagtgacaaatgtgaatcagaagttggattgtgttt 34372602  T
Q  597 cgtttctccccaagaagcatttatcttgtcatacaattcccaatcattaatagagac-gccatctttccaccggttccgaatgtgctgaaactaagaaga 695  Q
     |||| ||| || |||| |||||| ||||||||||||||||| |||| ||| |||||  |||| | ||||| |||||  |||| ||||||| ||||||||    
T  34372601 ggtttttccacaggaaggatttatattgtcatacaattcccattcatcaatggagacatccat-tctccacgggttcgaaatgggctgaaaataagaaga 34372503  T
Q  696 atcagatactcctacactgaaactaacctatg 727  Q
    |||| ||||| ||||  ||||||||| |||||    
T  34372502 atcaaatactgctacggtgaaactaagctatg 34372471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 226 - 556
Target Start/End: Original strand, 34473615 - 34473943
Alignment:
Q  226 gatatcttgtagatctgcagataaccgagaaatgtactgtaaagtacaataatttggaaatctatggtaacgccatcaggtgcctaattttccatacgac 325  Q
    |||||| ||||||||  |||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||| |||||||||| || ||    
T  34473615 gatatcctgtagatcgacagataattgagaaatgtactataaagtacaataatttggaaatctttgataacaccatcaggtgcataattttccagaccac 34473714  T
Q  326 aagaagcaatatttttattaaatgcagagaacaatgaaagagttacaatgatattaacttcagatagacattttcactcgtgagtacagttgatatttat 425  Q
    ||||||||||||||||| | |||| ||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| | | |||||||||||    
T  34473715 aagaagcaatatttttaatgaatgtagataacagtgaacgagttacaatgatattaacttcagatagacattttaactcatgagcatatttgatatttat 34473814  T
Q  426 aacttatccaacagcaggatcatacctttttccaatgggaatgtcagttgcatcggtgacgtctgaggcatcactgatggtatcttcatctgagaaaaac 525  Q
    ||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||  | |||||||||| |||||||||   | ||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  34473815 aacatatcaaatagcaggatcatacctttttccaatggaaatgcaatttgcatcggtaacgtctgagctgttactgatggtattttcatctaagaaaaac 34473914  T
Q  526 tcgttggagcttggtacatatacattgtccc 556  Q
    || |  |||||||| ||||||||||||||||    
T  34473915 tcat--gagcttggaacatatacattgtccc 34473943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 104 - 496
Target Start/End: Original strand, 34467493 - 34467880
Alignment:
Q  104 tattagagaaataaaaatccgaaaagcgggaatataattgtcttgtttcttatatgtaatgtctcatcatgaacagaatttagatactatatggataatc 203  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||  || || || |||||||||| |||||   |||||||    
T  34467493 tattagagaaataaaaaaccgaagagcgggaacataaacgtcgtgtttcttatatgtaatgtc--ataataaatagaatttagacactatt--gataatc 34467588  T
Q  204 tgccactgattaaactctcagtgatatcttgtagatctgcagataaccgagaaatgtactgtaaagtacaataatttggaaatctatggtaacgccatca 303  Q
    | ||||||| ||||  |||||||||||| ||||||||  || |||   |||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |    
T  34467589 tcccactgaataaaa-ctcagtgatatcatgtagatccacaaatagttgagaaatgtaatataaagtacaataatctggaaatctatggtaacaccatta 34467687  T
Q  304 ggtgcctaattttccatacgacaagaagcaatatttttattaaatgcagagaacaatgaaagagttacaatgatattaacttcagatagacattttcact 403  Q
    |||   | ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||||||| ||||||| ||    
T  34467688 ggtatatgattttccataccacaagaaacaatatttttattaaatgtagagaacaatgaatgagtaacaacgatattaaattcagataggcattttccct 34467787  T
Q  404 cgtgagtacagttgatatttataacttatccaacagcaggatcatacctttttccaatgggaatgtcagttgcatcggtgacgtctgaggcat 496  Q
    | |||| | |||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||| ||| |||||||| |||| |  ||||| ||||  ||||||||||||    
T  34467788 catgagcatagttgatatttataacatatccaagaacaggatcatacttttctccaatggaaatgccttttgcaacggtatcgtctgaggcat 34467880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 104 - 551
Target Start/End: Original strand, 34477444 - 34477881
Alignment:
Q  104 tattagagaaataaaaatccgaaaagcgggaatataattgtcttgtttcttatatgtaatgtctcatcatgaacagaatttagatactatatggataatc 203  Q
    ||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||| || |||||  ||| |||||   ||||||     
T  34477444 tattagagaaataaaaatgtgaagagcgggaatataatggtcttgtttattatatgtaacgtctcatcataaatagaatgaagacactatt--gataata 34477541  T
Q  204 tgccactgattaaactctcagtgatatcttgtagatctgcagataaccgagaaatgtactgtaaagtacaataatttggaaatctatggtaacgccatca 303  Q
    || |||||| ||||||||||| ||||||| |||||||  |||||||  ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||     
T  34477542 tgtcactgaataaactctcagcgatatctcgtagatccacagataattgagaaatgtactaaaaagtccaataatttggaaatcaatggtaacaccatct 34477641  T
Q  304 ggtgcctaattttccatacgacaagaagcaatatttttattaaatgcagagaacaatgaaagagttacaatgatattaacttcagatagacattttcact 403  Q
    ||| | |||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||| || ||||        | |||||||| || |||||| |||||||||| |||||||||    
T  34477642 ggtacataattttcaataccacaagaagcaataattttattaactgtagag--------atgagttacactgttattaaattcagatagaaattttcact 34477733  T
Q  404 cgtgagtacagttgatatttataacttatccaacagcaggatcatacctttttccaatgggaatgtcagttgcatcggtgacgtctgaggcatcactgat 503  Q
    ||| |||| |||||||||||||||| ||||||| |  ||||||||||||| ||||  ||| |||| |  || || | |   |||||||||||| ||||||    
T  34477734 cgtaagtatagttgatatttataacatatccaagaaaaggatcataccttattccgctggaaatgcctttttcaacagcagcgtctgaggcattactgat 34477833  T
Q  504 ggtatcttcatctgagaaaaactcgttggagcttggtacatatacatt 551  Q
    |||||| |||||||||||||| || | | ||||||| |||||| ||||    
T  34477834 ggtatcgtcatctgagaaaaaatcatcgaagcttggaacatatgcatt 34477881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 104 - 396
Target Start/End: Original strand, 27625663 - 27625951
Alignment:
Q  104 tattagagaaataaaaatccgaaaagcgggaatataattgtcttgtttcttatatgtaatgtctcatcatgaacagaatttagatactatatggataatc 203  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||  ||||||||  ||||||||| ||||    |||||||    
T  27625663 tattagagaaataaaaaaccgaagagcgggaacataaatgtcttgtttcttatatgtgatgtc--atcatgaatggaatttagacactagt--gataatc 27625758  T
Q  204 tgccactgattaaactctcagtgatatcttgtagatctgcagataaccgagaaatgtactgtaaagtacaataatttggaaatctatggtaacgccatca 303  Q
    |  |||||| |||| ||||  ||||||| ||||||||  || ||||  |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  27625759 tctcactgaataaaatctccatgatatcatgtagatccacaaataattgagaaatgtaatataaagtacaataatttggaaatctatggtaacaccatta 27625858  T
Q  304 ggtgcctaattttccatacgacaagaagcaatatttttattaaatgcagagaacaatgaaagagttacaatgatattaacttcagatagacat 396  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||||||||    
T  27625859 ggtacataattttccatacgacaagaaacaatatttttattaaatgtagagaacaatgaatgagtaacaatgacattaaattcagatagacat 27625951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 104 - 396
Target Start/End: Original strand, 34511436 - 34511724
Alignment:
Q  104 tattagagaaataaaaatccgaaaagcgggaatataattgtcttgtttcttatatgtaatgtctcatcatgaacagaatttagatactatatggataatc 203  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||  ||||||||  ||||||||| ||||    |||||||    
T  34511436 tattagagaaataaaaaaccgaagagcgggaacataaatgtcttgtttcttatatgtgatgtc--atcatgaatggaatttagacactagt--gataatc 34511531  T
Q  204 tgccactgattaaactctcagtgatatcttgtagatctgcagataaccgagaaatgtactgtaaagtacaataatttggaaatctatggtaacgccatca 303  Q
    |  |||||| |||| ||||  ||||||| ||||||||  || ||||  |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |    
T  34511532 tctcactgaataaaatctccatgatatcatgtagatccacaaataattgagaaatgtaatataaagtacaataatttggaaatctatggtagcaccatta 34511631  T
Q  304 ggtgcctaattttccatacgacaagaagcaatatttttattaaatgcagagaacaatgaaagagttacaatgatattaacttcagatagacat 396  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||||||||    
T  34511632 ggtacataattttccatacgacaagaaacaatatttttattaaatgtagagaacaatgaatgagtaacaatgacattaaattcagatagacat 34511724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 20 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 34373157 - 34373000
Alignment:
Q  20 gtgatccttttaaatatccgagagtaggatatcgtatacacgcacctcccgtatcttgtaaagcaaccttaaaacggnnnnnnntattagagaaataaaa 119  Q
    |||||||||||||||  |||||| || |||||| ||||||| |||||||||||| || ||||| |||||||||||||       ||||||||| ||||||    
T  34373157 gtgatccttttaaattgccgagaatatgatatcatatacacacacctcccgtat-ttttaaagtaaccttaaaacggaaaaaaatattagagatataaaa 34373059  T
Q  120 atccgaaaagcgggaatataat---tgtcttgtttcttatatgtaatgtctcatcatga 175  Q
    |||| |||||||| ||||||||   ||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  34373058 atccaaaaagcggcaatataataactgtcttgtttcttatatttaatctctcatcatga 34373000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 379 - 563
Target Start/End: Original strand, 34462643 - 34462827
Alignment:
Q  379 ttaacttcagatagacattttcactcgtgagtacagttgatatttataacttatccaacagcaggatcatacctttttccaatgggaatgtcagttgcat 478  Q
    |||| |||||||||| ||||||  ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| | ||  |||||||||||||||  ||| |||| |  || ||     
T  34462643 ttaaattcagatagaaattttctatcgtgagtatagttgatatttataacatatccaagaacaacatcatacctttttccgttggaaatgcctttttcaa 34462742  T
Q  479 cggtgacgtctgaggcatcactgatggtatcttcatctgagaaaaactcgttggagcttggtacatatacattgtcccgagatgg 563  Q
    | |  |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| || |   ||||||| |||||| |||||||| |||||||    
T  34462743 caggaacgtctgaagcattactgatggtatcttcatctgagaaaaaatcatcaaagcttggaacatatgcattgtcctgagatgg 34462827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 441 - 587
Target Start/End: Original strand, 34511735 - 34511882
Alignment:
Q  441 aggatcatacctttttccaatgggaatgtcagttgcatcggtgacgtctgaggcatcactgatggtatcttcatctgagaaaaactcgttggagcttggt 540  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |  |||||  |||  | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  34511735 aggattatacctttttccaatgggaatgccttttgcaatggtatcatctgaggcattactgatggtatcttcatctgagaaaaacttgttggagcttgga 34511834  T
Q  541 acatatac-attgtcccgagatggtgagaaatgtgaatcagaagttgg 587  Q
    |||| |||  |||| | |||||||||| ||| |||||||  |||||||    
T  34511835 acatttacggttgtgctgagatggtgacaaaagtgaatccaaagttgg 34511882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 355 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 34376207 - 34376046
Alignment:
Q  355 aacaatgaaagagttacaatgatattaacttcagatagacattttcactcgtgagtacagttgatatttataacttatccaacagcaggatcataccttt 454  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||  ||||||| | || | ||||||||||    
T  34376207 aacaatgaatcagttacaatgatattaaattaagatagaaattttcactcatgagtatagttgatatttataagatatccaagaacatggtcataccttt 34376108  T
Q  455 ttccaatgggaatgtcagttgcatcggtgacgtctgaggcatcactgatggtatcttcatct 516  Q
    |||||| || ||||||  | |||  ||||| ||| ||||||   || |||||||||||||||    
T  34376107 ttccaagggaaatgtccttagcaagggtgaggtcggaggcacggctaatggtatcttcatct 34376046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 441 - 544
Target Start/End: Original strand, 27625962 - 27626065
Alignment:
Q  441 aggatcatacctttttccaatgggaatgtcagttgcatcggtgacgtctgaggcatcactgatggtatcttcatctgagaaaaactcgttggagcttggt 540  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||| |  |||||  |||  | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  27625962 aggattatacctttttccaatggtaatgccttttgcaatggtatcatctgaggcattactgatggtatcttcatctgagaaaaacttgttggagcttgga 27626061  T
Q  541 acat 544  Q
    ||||    
T  27626062 acat 27626065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University