View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5746_low_24 (Length: 443)

Name: NF5746_low_24
Description: NF5746
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5746_low_24
NF5746_low_24
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (31-360)||(26755869-26756198)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (31-378)||(49201848-49202200)
chr3 (31-425)||(49186825-49187220)
chr3 (31-361)||(49206822-49207155)
chr3 (31-381)||(49211386-49211729)
chr3 (31-252)||(49190690-49190911)
chr3 (288-361)||(49190590-49190663)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (31-425)||(31526641-31527027)
chr1 (31-421)||(51823526-51823917)
chr1 (31-425)||(32593374-32593757)
chr1 (31-250)||(37030147-37030366)
chr1 (285-361)||(37030057-37030133)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (330-421)||(52267392-52267481)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 286; Significance: 1e-160; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 31 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 26756198 - 26755869
Alignment:
Q  31 aagcagagctatatgcaaagaagaagtaggcggaggggatcgtgacacttgggaatggtcaaggtgtgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggagg 130  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  26756198 aagcagagctatatgcaaagaagaaggaggcggaggggatcgtgacacttgggaatggtcaaggggtgtgtgtaagtacccttctcaacgcacttggagg 26756099  T
Q  131 tgattataccgctgtcagggactacttgatgataaatggtggcatgtttcgagatattgcgaagattaatgctgaggctatacgcggacttgaacctaag 230  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26756098 tgattatacagctgtaagggactacttgatgataaatggtggcatgtttcgagatattgcgaagattaatgctgaggctatacgcggacttgaacctaag 26755999  T
Q  231 attagtatttggactaatggtgataagggtggcgaaaaaactgacggtggcttgggtatgaaagaagttgctggtgtgtacaagatgttgccacctctat 330  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26755998 attagtatttggactaatggtgataacggtggcgaaaaaactgacggtggcataggtatgaaagaagttgctggtgtgtacaagatgttgccacctctgt 26755899  T
Q  331 ttaagacagtccatgagcaaacaggcatgt 360  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26755898 ttaagacagtccatgagcaaacaggcatgt 26755869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 180; Significance: 5e-97; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 31 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 49202200 - 49201848
Alignment:
Q  31 aagcagagctatatgcaaagaagaagtaggcggaggggatcgtgacacttgggaatggtcaaggtgtgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggagg 130  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||  |||| |||||||| |||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||      
T  49202200 aagcagagctatacgcaaagaaaaaagaggcagaggggattgtgacacttgggaatgctcaaggagcgtatgtaagtacacttctgaatgcacttggaaa 49202101  T
Q  131 tgattataccgctgtcagggactacttgatgataaatggtggcatgtttcgagatattgcgaagattaatgctgaggctatacgcggacttgaacctaag 230  Q
      | || || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||  ||||||||||||| ||||||    
T  49202100 caactacacagctgtaagggattacttgatgataaatggtggcatgtttcaagagattgctaagattaatgccgaggcagtacgcggacttgagcctaag 49202001  T
Q  231 attagtatttggactaatggt---gataagggtggcgaaaaaactgacggtggcttgggtatgaaagaagttgctggtgtgtacaagatgttgccacctc 327  Q
    |||||||||||||||||||||   ||||  ||||| ||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  49202000 attagtatttggactaatggtagtgatagtggtggtgaaaaaactgaaggtgccatgggtatgaaagaagttgctggtgtctacaagatgttgccacctc 49201901  T
Q  328 tatttaagacagtccatgagcaaacaggcatgttgc--cctgcatggatggga 378  Q
    | |||||||| |||||||||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||    
T  49201900 tgtttaagactgtccatgagcaaacgggcatgttgcctcctgcttggatggga 49201848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 31 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 49187220 - 49186825
Alignment:
Q  31 aagcagagctatatgcaaagaagaagtaggcggaggggatcgtgacacttgggaatggtcaaggtgtgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggagg 130  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||| |||| ||||| || |||||||||||  | | |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||      
T  49187220 aagcagagctttatgcaaagaaaaaggaggcagagggaattgtgacacttggacaagctcaaggagcgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaa 49187121  T
Q  131 tgattataccgctgtcagggactacttgatgataaatggtggcatgtttcgagatattgcgaagattaatgctgaggctatacgcggacttgaacctaag 230  Q
     || || || ||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||    
T  49187120 cgactacacagctgtaagggattacttgatgataaatggtgacatgtttcaagagattgctaagattaatgccgaggcaatacgcggacttgagcctaag 49187021  T
Q  231 attagtatttggactaat---ggtgataagggtggcgaaaaaactgacggtggcttgggtatgaaagaagttgctggtgtgtacaagatgttgccacctc 327  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||||  |||| | || |||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  49187020 attagtatttggactaatggtggtgataatagtgggggaataactgatggtgccatgggtatgaaagaagttgctggtgtctacaagatgttgccacctc 49186921  T
Q  328 tatttaagacagtccatgagcaaacaggcatgttgc--cctgcatggatgggatcccaccttatctgacagaagttcttaattagtaggatgcaagtatt 425  Q
    | |||||||| |||||||||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||     |||||||||| | ||| |||| ||||| | ||||||||||||    
T  49186920 tgtttaagactgtccatgagcaaacgggcatgttgcctcctgcttggatggga----gccttatctgagaaaagctcttgattaggatgatgcaagtatt 49186825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 31 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 49207155 - 49206822
Alignment:
Q  31 aagcagagctatatgcaaagaagaagtaggcggaggggatcgtgacacttgggaatggtcaaggtgtgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggagg 130  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||  |||| ||||||||  ||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||      
T  49207155 aagcagagctatacgcaaagaaaaaagaggcagaggggattatgacacttgggaatgctcaaggagcgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaa 49207056  T
Q  131 tgattataccgctgtcagggactacttgatgataaatggtggcatgtttcgagatattgcgaagattaatgctgaggctatacgcggacttgaacctaag 230  Q
      | || || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||  ||||||||||||| ||||||    
T  49207055 caactacacagctgtaagggattacttgatgataaatggtggcatgtttcaagagattgctaagattaatgccgaggcggtacgcggacttgagcctaag 49206956  T
Q  231 attagtatttggactaatggtg---ataagggtggcgaaaaaactgacggtggcttgggtatgaaagaagttgctggtgtgtacaagatgttgccacctc 327  Q
    ||||||||||||||||||||||   ||||   ||| | || |||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  49206955 attagtatttggactaatggtggtgataataatgggggaataactgaaggtgccatgggtatgaaagaagttgctggtgtctacaagatgttgccgcctc 49206856  T
Q  328 tatttaagacagtccatgagcaaacaggcatgtt 361  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  49206855 tgtttaagactgtccatgagcaaacaggcatgtt 49206822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 31 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 49211729 - 49211386
Alignment:
Q  31 aagcagagctatatgcaaagaagaagtaggcggaggggatcgtgacacttgggaatggtcaaggtgtgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggagg 130  Q
    |||||||||| || |||||||| ||  |||| |||||||| |||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||      
T  49211729 aagcagagctgtacgcaaagaaaaaagaggcagaggggattgtgacacttgggaatgctcaaggagcgtatgtaagtacacttctgaatgcacttggaaa 49211630  T
Q  131 tgattataccgctgtcagggactacttgatgataaatggtggcatgtttcgagatattgcgaagattaatgctgaggctatacgcggacttgaacctaag 230  Q
      | ||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||    
T  49211629 caactatacagcagtaagggattacttgatgataaatggtggcatgtttcaagagattgctaagattaatgctgaggcggtacgcggacttgagcctaag 49211530  T
Q  231 attagtatttggactaatggtgataagggtggcgaaaaaactgacggtggcttgggtatgaaagaagttgctggtgtgtacaagatgttgccacctctat 330  Q
    ||||||||||||||||||         ||||| || || | ||  ||||     |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  49211529 attagtatttggactaat---------ggtggtgataatagtgggggtgaaggtgcgatgaaagaagttgctggtgtgtacaagatgttgccacctctgt 49211439  T
Q  331 ttaagacagtccatgagcaaacaggcatgttgc--cctgcatggatgggatcc 381  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||    
T  49211438 ttaagactgtccatgagcaaacaggcatgttgcctcctgcttggatgggatcc 49211386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 31 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 49190911 - 49190690
Alignment:
Q  31 aagcagagctatatgcaaagaagaagtaggcggaggggatcgtgacacttgggaatggtcaaggtgtgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggagg 130  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| || |||||||||||||||| |||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||      
T  49190911 aagcagagctatatgcaaagaaaaaggaggcagagggaattgtgacacttgggaatgctcaaggggtgtatctaagtgcacttctcaatgcacttggaaa 49190812  T
Q  131 tgattataccgctgtcagggactacttgatgataaatggtggcatgtttcgagatattgcgaagattaatgctgaggctatacgcggacttgaacctaag 230  Q
      | || || ||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||| || || |||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||    
T  49190811 caactacactgctgtaagggatttcttgatgataaatggtggcatgtttcaagagatcgctaagattaatgctgaggcagtacgcggacttgagcctaag 49190712  T
Q  231 attagtatttggactaatggtg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  49190711 attagtatttggactaatggtg 49190690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 288 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 49190663 - 49190590
Alignment:
Q  288 atgaaagaagttgctggtgtgtacaagatgttgccacctctatttaagacagtccatgagcaaacaggcatgtt 361  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| || ||||||||||| || |||||    
T  49190663 atgaaagaagttgctggtgtctacaagatgttgccacctttgtttaagactgttcatgagcaaacgggaatgtt 49190590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 158; Significance: 6e-84; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 6e-84
Query Start/End: Original strand, 31 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 31527027 - 31526641
Alignment:
Q  31 aagcagagctatatgcaaagaagaagtaggcggaggggatcgtgacacttgggaatggtcaaggtgtgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggagg 130  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||  |||| |||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  31527027 aagcggagctatatgcaaagaaaaaagaggcagaggggattgtgacacttgggaatgctcaaggagtgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaa 31526928  T
Q  131 tgattataccgctgtcagggactacttgatgataaatggtggcatgtttcgagatattgcgaagattaatgctgaggctatacgcggacttgaacctaag 230  Q
     || || || ||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| || || |||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||    
T  31526927 cgactacacagctctaagggattacttgatgataaatggtggcatgtttcaagagatggctaagattaatgctgaggcggtacgtggacttgaacctaag 31526828  T
Q  231 attagtatttggactaat---ggtgataagggtggcgaaaaaactgacggtggcttgggtatgaaagaagttgctggtgtgtacaagatgttgccacctc 327  Q
    ||||||||||||||||||   ||||| || || ||||||         |||    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  31526827 attagtatttggactaatggaggtgacaatggaggcgaa---------ggttctatgggtatgaaagaggttgctggtgtttacaagatgttgccacctt 31526737  T
Q  328 tatttaagacagtccatgagcaaacaggcatgttgc--cctgcatggatgggatcccaccttatctgacagaagttcttaattagtaggatgcaagtatt 425  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| |||    |||||||| |||| ||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  31526736 tgtttaagactgtccatgagcaaacaggcatgttgcctcctgcttggatagga----accttatcagacaaaagctcttaattaggaggatgcaagtatt 31526641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 31 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 51823917 - 51823526
Alignment:
Q  31 aagcagagctatatgcaaagaagaagtaggcggaggggatcgtgacacttgggaatggtcaaggtgtgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggagg 130  Q
    ||||||| ||||| |||||||| ||  |||| |||||||| ||||||||||| |||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||      
T  51823917 aagcagatctatacgcaaagaaaaaagaggcagaggggattgtgacacttggaaatgctcaaggagcgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaa 51823818  T
Q  131 tgattataccgctgtcagggactacttgatgataaatggtggcatgtttcgagatattgcgaagattaatgctgaggctatacgcggacttgaacctaag 230  Q
     || || || ||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| || || |||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||    
T  51823817 cgactacacagctctaagggattacttgatgataaatggtggcatgtttcaagagatggctaagattaatgctgaggcagtacgtggacttgaacctaag 51823718  T
Q  231 attagtatttggactaat---ggtgataagggtggcgaaaaaactgacggtggcttgggtatgaaagaagttgctggtgtgtacaagatgttgccacctc 327  Q
    ||||||||||||||||||   || || || || |||| || | | || |||    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  51823717 attagtatttggactaatggaggggacaatggaggcggaatagccgaaggttctatgggtatgaaagaggttgctggtgtctacaagatgctgccacctc 51823618  T
Q  328 tatttaagacagtccatgagcaaacaggcatgttgc--cctgcatggatgggatcccaccttatctgacagaagttcttaattagtaggatgcaag 421  Q
    | || ||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||    |||||||| |||| ||| |||||||||| ||||||||||    
T  51823617 tgttcaagactgtccatgagcaaacaggcatgttgcctcctgcttggatggga----accttatccgacaaaagctcttaattaggaggatgcaag 51823526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 31 - 425
Target Start/End: Original strand, 32593374 - 32593757
Alignment:
Q  31 aagcagagctatatgcaaagaagaagtaggcggaggggatcgtgacacttgggaatggtcaaggtgtgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggagg 130  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||  |||| || ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  32593374 aagcagagctatacgcaaagaaaaaagaggcagaagggattgtgacacttgggaatgctcaaggagtgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaa 32593473  T
Q  131 tgattataccgctgtcagggactacttgatgataaatggtggcatgtttcgagatattgcgaagattaatgctgaggctatacgcggacttgaacctaag 230  Q
     || || || ||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| || || ||||| |||||||||||  |||  |||||||||||||||    
T  32593474 cgactacacagctctaagggattacttgatgataaatggtggcatgtttcaagagatggctaagatcaatgctgaggcagtacatggacttgaacctaag 32593573  T
Q  231 attagtatttggactaatggtgataagggtggcgaaaaaactgacggtggcttgggtatgaaagaagttgctggtgtgtacaagatgttgccacctctat 330  Q
    ||||||||||||||||||         || |||| || ||| || |||    |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||| |    
T  32593574 attagtatttggactaat---------ggaggcggaataacggaaggttctatgggcatgaaagaggttgctggtgtttacaagatgctgccacctctgt 32593664  T
Q  331 ttaagacagtccatgagcaaacaggcatgttgc--cctgcatggatgggatcccaccttatctgacagaagttcttaattagtaggatgcaagtatt 425  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||    |||||||| |||| ||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  32593665 ttaagactgtccatgagcaaacaggcatgttgcctcctgcttggatggga----accttatccgacaaaagctcttaattaggaggatgcaagtatt 32593757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 31 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 37030366 - 37030147
Alignment:
Q  31 aagcagagctatatgcaaagaagaagtaggcggaggggatcgtgacacttgggaatggtcaaggtgtgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggagg 130  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||| |||| ||||| || |||||| ||||  | | |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||      
T  37030366 aagcagagctttatgcaaagaaaaaggaggcagagggaattgtgacagttggacaagctcaaggggtgtatgtaagtaaacttcttaatgcacttggaaa 37030267  T
Q  131 tgattataccgctgtcagggactacttgatgataaatggtggcatgtttcgagatattgcgaagattaatgctgaggctatacgcggacttgaacctaag 230  Q
     || || || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||||    
T  37030266 cgactacacagctgtgagggattacttgatgataaatggtggcatgtttcaagagattgctaagattaacgccgaggcaatacgaggacttgagcctaag 37030167  T
Q  231 attagtatttggactaatgg 250  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  37030166 attagtatttggactaatgg 37030147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 285 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 37030133 - 37030057
Alignment:
Q  285 ggtatgaaagaagttgctggtgtgtacaagatgttgccacctctatttaagacagtccatgagcaaacaggcatgtt 361  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||| || |||||    
T  37030133 ggtatgaaagaagttgctggtgtctacaagatgttgccacctttgtttaagactgtccatgagcaaacgggaatgtt 37030057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 330 - 421
Target Start/End: Original strand, 52267392 - 52267481
Alignment:
Q  330 tttaagacagtccatgagcaaacaggcatgttgc--cctgcatggatgggatcccaccttatctgacagaagttcttaattagtaggatgcaag 421  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||    |||||||| |||| ||| |||||||||| ||||||||||    
T  52267392 tttaagactgtccatgagcaaacaggcatgttgcctcctgcttggatggga----accttatccgacaaaagctcttaattaggaggatgcaag 52267481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University