View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5751_low_1 (Length: 1148)

Name: NF5751_low_1
Description: NF5751
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5751_low_1
NF5751_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (12-1134)||(6118196-6119318)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 1027; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 1027; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 1134
Target Start/End: Complemental strand, 6119318 - 6118196
Alignment:
Q  12 catcatcatcggtggaagaggttcaaacacagttgaattttacccgaaacgtgaaaatggtgtcgttttgtttccgtttctgcaagaaactgaagataca 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  6119318 catcatcatcggtggaagaggttcaaacacagttgaattttacccgaaacgcgaaaacggtgtcgttttgtttccgtttctacaagaaactgaagataca 6119219  T
Q  112 caaatggataatttatacccgtatgttcatctccttcctaacggtaaccttttcgtgttcgcgaacacgaaatcgattatgtatgattttaacgaaaatc 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6119218 caaatggataatttatacccgtatgttcatctccttcctaacggtaaacttttcgtgttcgcgaacacgaaatcggttatgtatgattttaacgaaaatc 6119119  T
Q  212 gtgtggttcgggtttacccggagttaacgggtggaccgagaaattatccgtcggcggggagttcggtgatgcttgctttagaaggtgaattttcagaggc 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  6119118 gtgtggttcgggtttacccggagttaacgggtggaccgagaaattatccgtcggcggggagttcggtgatgctggctttagaaggtgaattttcagaggc 6119019  T
Q  312 ggtggttgttgtttgtggcggtgctcaatacggtgcgtttcttgaacggaatacggatattccggcgcatgggagttgtgggcggataatggcaacggga 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6119018 ggtggttgttgtttgtggcggtgctcaatacggtgcgtttcttgaacggaatacggatattccggcgcatgggagttgtgggcggataatggcaacggga 6118919  T
Q  412 tccgacccggtttgggaaatggaggatatgccgtttgcgagaattatgggtgatatggtaattttaccaaccggtgatgttttgattataaatggagcta 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6118918 tccgacccggtttgggaaatggaggatatgccgtttgcgagaattatgggtgatatggtaattttaccaaccggtgatgttttgattataaatggagcta 6118819  T
Q  512 tgaaaggtacacaaggttttgaaatgggttcggatccgtgtttgaatccggttttatatcgacctggtgaaccggttgggttacggtttatggttttgaa 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6118818 tgaaaggtacacaaggttttgaaatgggttcggatccgtgtttgaatccggttttatatcgacctggtgaaccggttgggttacggtttatggttttgaa 6118719  T
Q  612 tccgggtactgtgccgagactttatcattcaacggcgaatttgttaccggatggacgggttttactagcaggtagtaacccgcatgtgttttatcgtttt 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6118718 tccgggtactgtgccgagactttatcattcaacggcgaatttgttaccggatggacgggttttactagcgggtagtaacccgcatgtgttttatcgtttt 6118619  T
Q  712 gaggatgttgagtttgcgacagagttaaaaattgaagcattttcaccggagtatttggattcggataaggcgaatattcgacccgagatattggaagtgc 811  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  6118618 gtggatgttgagtttgcgacagagttaaaaattgaagcattttcaccggagtatttggattcggataaggcgaatattcgacccaagatattggaagtgc 6118519  T
Q  812 ctgaaacagtgttgtatggtgtagggtttgatgttgttgttagcgtgcctttgcctgttgtgggaattattgaagtgaatttaggtagtgctccttttgc 911  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6118518 ctgagacagtgttgtatggtgtaggatttgatgttgttgtgagcgtgcctttgcctgttgtgggaattattgaagtgaatttaggtagtgctccttttgc 6118419  T
Q  912 tacacatagtttttctcaaggtcaacggttggtcaaacttggggttgcctctgcggtggtcgatggtgatgggaggtggaggatccgatgtacggcccca 1011  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6118418 tacacatagtttttctcaaggtcaacgattgatcaaacttggggttgcctctgcgatggtcgatggtgatcagaggtggaggatccgatgtacagcccca 6118319  T
Q  1012 ccaagtgggatggttgcgccgccaggttattatatggtgtttgctgttaaccaaggtgtgccaagtgtggcacgttggatacacgtgtcataacatggat 1111  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  6118318 ccaagtgggatggttgcgccgccaggatattatatgttgtttgctgttaaccaaggtgtgccaagtgtggcacgttggatacacatgtcatagcatggat 6118219  T
Q  1112 aatttttatgtcgatcaacagac 1134  Q
    |||||||||||||| ||| ||||    
T  6118218 aatttttatgtcgaccaagagac 6118196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University