View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5752-Insertion-2 (Length: 503)

Name: NF5752-Insertion-2
Description: NF5752
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5752-Insertion-2
NF5752-Insertion-2
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (8-503)||(32688079-32688574)
chr6 (5-437)||(19811262-19811694)
chr6 (5-272)||(22520494-22520761)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (5-501)||(1200305-1200801)
chr3 (8-356)||(25748583-25748930)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (11-472)||(47851850-47852311)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (11-472)||(18296418-18296876)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (8-104)||(25207155-25207251)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 428; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 428; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 32688574 - 32688079
Alignment:
Q  8 agtagttttcacattcctgtgtgtgaaatgacaatcaccttggatgacgtttcgtgcttgctgcatatacatgttggaggtaatttgctgtttcatgaga 107  Q
    |||||||||||| |||||||  |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  32688574 agtagttttcaccttcctgtaggtgaaatgacaatcgccttggatgacatttcgtgcttgctgcatatacctgttggaggtaatctgctgtttcatgaga 32688475  T
Q  108 gcttgtctattcatcaggggacagagtatttggttaactacttagaattggaatttgaggaaattgtcgtggagaccaaacgtttgaaatcggcacatat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32688474 gcttgtctattcatcaggggacagagtatttggttaactacttaggattggaatttgaggaaattgccgcggagaccaaacgtttgaaatcggcacatat 32688375  T
Q  208 cacttatgatacgcttttgagtatttacacgagctatctgaccgacgcgaaatcgtatgcgaatcagcctggggaggaagattcgatggaatggtaccga 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  32688374 cacttatgatacgcttttgagtatttacacgagctatctgaccgaagcgaaatcgtatgcgaatcagcctggggaggaagattcgatggaatggtaccgg 32688275  T
Q  308 actcggtgcatcagagcttttctgctctatctagttggttgcacattgttcagtgataaggccggcagtagctgttgtgttgtctatttgaaatactttg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32688274 actcggtgcatcagagcttttctgctctatctagttggttgcacattgttcagtgataaggccggcagtagctgttgtgttgtctatttgaaatactttg 32688175  T
Q  408 acgacatgactacgcttaatcaatggtcatagggtgccgctgctcttgctttcctctacaattatttaggtgactttactaaacccagttgtacgt 503  Q
    ||||  |||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32688174 acgaactgactacggttaatcaatggtcatggggtgccactgctcttgctttcctctacaattatttaggtgactttactaaacccagttgtacgt 32688079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 19811694 - 19811262
Alignment:
Q  5 acaagtagttttcacattcctgtgtgtgaaatgacaatcaccttggatgacgtttcgtgcttgctgcatatacatgttggaggtaatttgctgtttcatg 104  Q
    ||||||||||||||  |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||    
T  19811694 acaagtagttttcatcttcctgtaggtgaaatgacaatcaccttggatgacgtttcgtgcttgctgcatatacctgttggaggtaatctgttgtttcatg 19811595  T
Q  105 agagcttgtctattcatcaggggacagagtatttggttaactacttagaattggaatttgaggaaattgtcgtggagaccaaacgtttgaaatcggcaca 204  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || | ||||||||||||||| |||||||||    
T  19811594 agagcttgtctattcatcaagggacacagtatttggttaactacttaggattggaatttgaggaaagtgccgcgcagaccaaacgtttgagatcggcaca 19811495  T
Q  205 tatcacttatgatacgcttttgagtatttacacgagctatctgaccgacgcgaaatcgtatgcgaatcagcctggggaggaagattcgatggaatggtac 304  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  19811494 tatcacttatgatacgcttctgagtatttacacgagctatctgaccgaagcgaaatcgtatgcgaatcagcctgaggaggaagattcaatggaatggtac 19811395  T
Q  305 cgaactcggtgcatcagagcttttctgctctatctagttggttgcacattgttcagtgataaggccggcagtagctgttgtgttgtctatttgaaatact 404  Q
    || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  19811394 cggactcggtgcatcagagctttcctgctctatctagttggttgcacattgttcagtgataaggccggcaatagctgttgtgttgtctatttgaaatact 19811295  T
Q  405 ttgacgacatgactacgcttaatcaatggtcat 437  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||| ||||    
T  19811294 ttgacgacctgactacggttaatcaatgatcat 19811262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 5 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 22520761 - 22520494
Alignment:
Q  5 acaagtagttttcacattcctgtgtgtgaaatgacaatcaccttggatgacgtttcgtgcttgctgcatatacatgttggaggtaatttgctgtttcatg 104  Q
    ||||||||||||||  |||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| || |||||||||    
T  22520761 acaagtagttttcatcttcctgtaggtgaaatgacaatcacattggatgacgtttcgtgcttgttgcatatacctgttggaggtaatctgatgtttcatg 22520662  T
Q  105 agagcttgtctattcatcaggggacagagtatttggttaactacttagaattggaatttgaggaaattgtcgtggagaccaaacgtttgaaatcggcaca 204  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||    
T  22520661 agagcttgtctattcatcaagggacatagtatttggttaactacttaggattggaatttgaggaaagtgccgcggagaccaaacgtttgagatcggcaca 22520562  T
Q  205 tatcacttatgatacgcttttgagtatttacacgagctatctgaccgacgcgaaatcgtatgcgaatc 272  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||    
T  22520561 tatcacttatgatacgcttctgagtatttacacgagctatctgactgaagcgaaatcgtatgtgaatc 22520494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 393; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 1200801 - 1200305
Alignment:
Q  5 acaagtagttttcacattcctgtgtgtgaaatgacaatcaccttggatgacgtttcgtgcttgctgcatatacatgttggaggtaatttgctgtttcatg 104  Q
    ||||||||||||||  |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||    
T  1200801 acaagtagttttcatcttcctgtaggtgaaatgacaatcaccttggatgacgtttcgtgcttgctgcatatacctgttggaggtaatctgttgtttcatg 1200702  T
Q  105 agagcttgtctattcatcaggggacagagtatttggttaactacttagaattggaatttgaggaaattgtcgtggagaccaaacgtttgaaatcggcaca 204  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||  |||||||||||||||| |||||||||    
T  1200701 agagcttgtctattcatcaagggacagagtatttggttaactacttaggattggaatttgaggaaagtgccgcagagaccaaacgtttgagatcggcaca 1200602  T
Q  205 tatcacttatgatacgcttttgagtatttacacgagctatctgaccgacgcgaaatcgtatgcgaatcagcctggggaggaagattcgatggaatggtac 304  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  1200601 tatcacttatgatacgcttctgagtatttacacgagctatctgaccgaagcgaaatcgtatgtgaatcagcctgaggaggaagattcaatggaatggtac 1200502  T
Q  305 cgaactcggtgcatcagagcttttctgctctatctagttggttgcacattgttcagtgataaggccggcagtagctgttgtgttgtctatttgaaatact 404  Q
    || ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1200501 cggacttggtgcatcagagctttcctgctctatctagttggttgcacatttttcagtgataaggccggcagtagctgttgtgttgtctatttgaaatact 1200402  T
Q  405 ttgacgacatgactacgcttaatcaatggtcatagggtgccgctgctcttgctttcctctacaattatttaggtgactttactaaacccagttgtac 501  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1200401 ttgacgacctgactacggttaatcaatggtcatggggtgccgctgctcttgctttcctctacaattatttaggtgactttactaaacccagttgtac 1200305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 8 - 356
Target Start/End: Original strand, 25748583 - 25748930
Alignment:
Q  8 agtagttttcacattcctgtgtgtgaaatgacaatcaccttggatgacgtttcgtgcttgctgcatatacatgttggaggtaatttgctgtttcatgaga 107  Q
    |||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||    ||||||||||||    
T  25748583 agtagttttcaccttcctgtaggtgaaatgacaatcaccttggatgatattttgtgcttgttgcatatacatgttggaggtgatcaattgtttcatgaga 25748682  T
Q  108 gcttgtctattcatcaggggacagagtatttggttaactacttagaattggaatttgaggaaattgtcgtggagaccaaacgtttgaaatcggcacatat 207  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||| | |||||||||  ||||||||||||||| | || ||  ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  25748683 gcttgtctattaatcaggggacatagtatttgat-aactacttaagattggaatttgaggacagtgccgcagagaccaaacgtttgaaatcgacacatat 25748781  T
Q  208 cacttatgatacgcttttgagtatttacacgagctatctgaccgacgcgaaatcgtatgcgaatcagcctggggaggaagattcgatggaatggtaccga 307  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |     
T  25748782 cacttatgatacgcttatgagtatttacacgagctatctgaccgaagcaaaatcatatgcgaatcagcctggggaggaagattcaatggaatggtactgg 25748881  T
Q  308 actcggtgcatcagagcttttctgctctatctagttggttgcacattgt 356  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||| | ||||| ||||    
T  25748882 actcggtgcattagagctttcctgctttatctagttagctgcacgttgt 25748930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 150; Significance: 4e-79; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 11 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 47852311 - 47851850
Alignment:
Q  11 agttttcacattcctgtgtgtgaaatgacaatcaccttggatgacgtttcgtgcttgctgcatatacatgttggaggtaatttgctgtttcatgagagct 110  Q
    ||||||||| |||||||  |||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| || | ||||| ||    
T  47852311 agttttcaccttcctgtaggtgaaatgactatcaccttggatgacgtcccgtgcttgctgcatatacctgttggaggtaatccgctattccgtgagacct 47852212  T
Q  111 tgtctattcatcaggggacagagtatttggttaactacttagaattggaatttgaggaaattgtcgtggagaccaaacgtttgaaatcggcacatatcac 210  Q
    || ||| | ||||||| ||| |||||||||||||| |||||| ||||||    |  || | || || |||||||||| || |||| || || | ||||||    
T  47852211 tgactactaatcagggaacatagtatttggttaaccacttaggattggatcgagcagagagtgccgcggagaccaaaagtatgaattcagctcgtatcac 47852112  T
Q  211 ttatgatacgcttttgagtatttacacgagctatctgaccgacgcgaaatcgtatgcgaatcagcctggggaggaagattcgatggaatggtaccgaact 310  Q
     |||||    ||| |||  ||||||||||  ||| ||| | | |||||  | |||||||||||||||||||||||||   |  ||||||||||||  |||    
T  47852111 ctatgactgccttctgaacatttacacgaaatatttgaacaaagcgaatacatatgcgaatcagcctggggaggaagtagcattggaatggtaccagact 47852012  T
Q  311 cggtgcatcagagcttttctgctctatctagttggttgcacattgttcagtgataaggccggcagtagctgttgtgttgtctatttgaaatactttgacg 410  Q
    | |||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||| | ||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  47852011 cagtgcattagagctttcctgctctatctagttggctgcacattgtttagtgataagactggcagtggttgttgtgttgtttacttgaaatactttgacg 47851912  T
Q  411 acatgactacgcttaatcaatggtcatagggtgccgctgctcttgctttcctctacaattat 472  Q
    || | |||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  47851911 acctaactacagttaatcaatggtcatggggtgccgctgctcttactttcctatacaattat 47851850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 131; Significance: 9e-68; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 11 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 18296876 - 18296418
Alignment:
Q  11 agttttcacattcctgtgtgtgaaatgacaatcaccttggatgacgtttcgtgcttgctgcatatacatgttggaggtaatttgctgtttcatgagagct 110  Q
    ||||||||| |||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||| | |||||||||||  ||| || ||| ||| ||    
T  18296876 agttttcaccttcctgtaggtgaaatgactatcaccttggatgacgtctcttgcttgctgcatatacctattggaggtaatccgctattccataagacct 18296777  T
Q  111 tgtctattcatcaggggacagagtatttggttaactacttagaattggaatttgaggaaattgtcgtggagaccaaacgtttgaaatcggcacatatcac 210  Q
    || ||| |  ||||||||||| ||| |||||| ||||||||| ||||||  | |||   | ||||| |||||||||| || |||| || || | ||||||    
T  18296776 tgactactagtcaggggacagcgtacttggttgactacttaggattgga--tcgagcggagtgtcgcggagaccaaaagtatgaattcagctcgtatcac 18296679  T
Q  211 ttatgatacgcttttgagtatttacacgagctatctgaccgacgcgaaatcgtatgcgaatcagcctggggaggaagattcgatggaatggtaccgaact 310  Q
     ||||    |||| ||| |||||||||||  ||| ||| | | || ||  ||||| |||||||||||| ||||||||   |  ||||||||||||  |||    
T  18296678 ctatggctggcttctgaatatttacacgaaatatttgaacaaagcaaatacgtat-cgaatcagcctgaggaggaagtaacattggaatggtaccagact 18296580  T
Q  311 cggtgcatcagagcttttctgctctatctagttggttgcacattgttcagtgataaggccggcagtagctgttgtgttgtctatttgaaatactttgacg 410  Q
    |||||||| ||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | || ||| | ||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  18296579 cggtgcattagagctttcttgctctatctagttggctgcacattgtttagtgataagactggtagtggttgttgtgttgtttacttgaaatactttgacg 18296480  T
Q  411 acatgactacgcttaatcaatggtcatagggtgccgctgctcttgctttcctctacaattat 472  Q
    |  |||||||  ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||| |||||    
T  18296479 atctgactacagttaatcaatggtcatggggtgcctctgctcttgctttcctatacgattat 18296418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 8 - 104
Target Start/End: Original strand, 25207155 - 25207251
Alignment:
Q  8 agtagttttcacattcctgtgtgtgaaatgacaatcaccttggatgacgtttcgtgcttgctgcatatacatgttggaggtaatttgctgtttcatg 104  Q
    |||||||||||| |||||||  ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||    
T  25207155 agtagttttcaccttcctgtaggtgaaatgaaaatcaccttggatgaagtttcgtgcttgctgcatatacctgttggaggtaatatgttgtttcatg 25207251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University