View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5759_low_38 (Length: 229)

Name: NF5759_low_38
Description: NF5759
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5759_low_38
NF5759_low_38
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (19-210)||(1499356-1499547)
chr5 (19-200)||(1482309-1482490)
chr5 (19-209)||(1505093-1505283)
chr5 (19-200)||(1478115-1478296)
chr5 (19-209)||(1492284-1492474)
chr5 (37-210)||(1509258-1509431)
chr5 (18-197)||(1486785-1486964)
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (19-196)||(5284424-5284601)
chr7 (19-196)||(5289526-5289703)
chr7 (19-196)||(5310513-5310690)
chr7 (21-196)||(5315229-5315404)
chr7 (19-200)||(46706813-46706994)
chr7 (19-196)||(5302612-5302789)
chr7 (19-200)||(32530833-32531014)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (19-210)||(24163605-24163796)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (19-209)||(44128690-44128880)
chr1 (19-209)||(44132895-44133085)
chr1 (19-209)||(44141317-44141507)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (69-187)||(37859202-37859320)
chr3 (24-200)||(37863215-37863391)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 184; Significance: 1e-99; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 19 - 210
Target Start/End: Original strand, 1499356 - 1499547
Alignment:
Q  19 tagacatgcctggtgcggattaccaactaacaaaactcttaggtcttaacccatatgtgaaaaggtacatgatgtatcaactagggtgttatgcaggtgg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1499356 tagacatgcctggtgcggattaccaactaacaaaactcttaggtcttaacccatatgtgaaaaggtacatgatgtaccaactagggtgttatgcaggtgg 1499455  T
Q  119 aacagtacttcgtttggcgaaggacttagctgagaataacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcactgcaatctcatttt 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1499456 aacagtacttcgtttggcgaaggacttagctgagaataacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaaatcactgcaatctcatttt 1499547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 19 - 200
Target Start/End: Original strand, 1482309 - 1482490
Alignment:
Q  19 tagacatgcctggtgcggattaccaactaacaaaactcttaggtcttaacccatatgtgaaaaggtacatgatgtatcaactagggtgttatgcaggtgg 118  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||||||| || ||||||||||| |||| ||| || | |||||||||    
T  1482309 tagacatgcctggtgccgattaccaactcacaaaactcttaggtcttcgtccatatgtgaagagatacatgatgtaccaacaaggatgctttgcaggtgg 1482408  T
Q  119 aacagtacttcgtttggcgaaggacttagctgagaataacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcactgca 200  Q
     || || ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1482409 gacggtgcttcgtttggccaaggacttggctgagaataataaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagttactgca 1482490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 19 - 209
Target Start/End: Original strand, 1505093 - 1505283
Alignment:
Q  19 tagacatgcctggtgcggattaccaactaacaaaactcttaggtcttaacccatatgtgaaaaggtacatgatgtatcaactagggtgttatgcaggtgg 118  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||| || | ||| |||| |||||||||    
T  1505093 tagacatgcctggagctgattaccaactcaccaaactcttaggtcttcgcccatatgtgaagaggtacatgatgtaccagcaaggatgttttgcaggtgg 1505192  T
Q  119 aacagtacttcgtttggcgaaggacttagctgagaataacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcactgcaatctcattt 209  Q
     || || ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| || |||||    
T  1505193 gacggtgcttcgtttggccaaggacttggctgagaacaacaaaggtgcccgtgtgttggttgtctgttccgaagtcactgcagtcacattt 1505283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 19 - 200
Target Start/End: Original strand, 1478115 - 1478296
Alignment:
Q  19 tagacatgcctggtgcggattaccaactaacaaaactcttaggtcttaacccatatgtgaaaaggtacatgatgtatcaactagggtgttatgcaggtgg 118  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||   ||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||| |||| |||||||||    
T  1478115 tagacatgcctggcgctgattaccaactcaccaaactcttaggtcttcgtccatatgtgaagaggtatatgatgtaccaacaaggatgttttgcaggtgg 1478214  T
Q  119 aacagtacttcgtttggcgaaggacttagctgagaataacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcactgca 200  Q
     || || ||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1478215 gacggtgcttcgtttggccaaggacttggctgagaacaataaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagttactgca 1478296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 19 - 209
Target Start/End: Original strand, 1492284 - 1492474
Alignment:
Q  19 tagacatgcctggtgcggattaccaactaacaaaactcttaggtcttaacccatatgtgaaaaggtacatgatgtatcaactagggtgttatgcaggtgg 118  Q
    ||||||||||||| || ||||| ||||| || |||||||||||||||   |||||||| ||||| ||||||||||| || | ||| |||| |||||||||    
T  1492284 tagacatgcctggggccgattatcaactcactaaactcttaggtcttcgtccatatgtaaaaagatacatgatgtaccagcaaggttgttttgcaggtgg 1492383  T
Q  119 aacagtacttcgtttggcgaaggacttagctgagaataacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcactgcaatctcattt 209  Q
     || |||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  1492384 cacggtacttcgtttggctaaggatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttagttgtttgttctgaagtcactgcagtcacattt 1492474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 37 - 210
Target Start/End: Original strand, 1509258 - 1509431
Alignment:
Q  37 attaccaactaacaaaactcttaggtcttaacccatatgtgaaaaggtacatgatgtatcaactagggtgttatgcaggtggaacagtacttcgtttggc 136  Q
    |||| ||||| || ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||| | |||||| ||||||||| || || |||| ||||||    
T  1509258 attatcaacttaccaaacttttaggtcttcacccatatgtaaaaaggtacatgatgtaccaacaaaggtgttttgcaggtggcactgtgcttcatttggc 1509357  T
Q  137 gaaggacttagctgagaataacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcactgcaatctcatttt 210  Q
     ||||| || ||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| || ||||||    
T  1509358 aaaggatttggctgaaaataaccaagatgctcgtgtgttggttgtttgttctaaagtcattgcagtcacatttt 1509431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 18 - 197
Target Start/End: Original strand, 1486785 - 1486964
Alignment:
Q  18 atagacatgcctggtgcggattaccaactaacaaaactcttaggtcttaacccatatgtgaaaaggtacatgatgtatcaactagggtgttatgcaggtg 117  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  |||  |||||||| |||| ||||| || |||| ||| || | |||||| |    
T  1486785 ataggcatgcctggtgccgattaccaactcacaaaactcttaggtctttgcccggatgtgaaacggtatatgatataccaacaaggatgctttgcagggg 1486884  T
Q  118 gaacagtacttcgtttggcgaaggacttagctgagaataacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcact 197  Q
    | || || || |||| ||| |||||||| |||||||| || |||| ||||| |||||||||  | |||||||||||||||    
T  1486885 gcactgttctacgttaggccaaggacttggctgagaacaataaagatgctcttgtgttggtaatatgttctgaagtcact 1486964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 110; Significance: 1e-55; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 19 - 196
Target Start/End: Original strand, 5284424 - 5284601
Alignment:
Q  19 tagacatgcctggtgcggattaccaactaacaaaactcttaggtcttaacccatatgtgaaaaggtacatgatgtatcaactagggtgttatgcaggtgg 118  Q
    ||||||||||||| || ||||| ||||| || |||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||    
T  5284424 tagacatgcctggagccgattatcaactcaccaaactcttgggtcttcgcccatatgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtgg 5284523  T
Q  119 aacagtacttcgtttggcgaaggacttagctgagaataacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcac 196  Q
     || |||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5284524 tacggtacttcgtttggccaaagatttagctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcac 5284601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 19 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 5289703 - 5289526
Alignment:
Q  19 tagacatgcctggtgcggattaccaactaacaaaactcttaggtcttaacccatatgtgaaaaggtacatgatgtatcaactagggtgttatgcaggtgg 118  Q
    ||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||| |||||||||    
T  5289703 tagacatgcctggagccgattatcaactcacaaaactcttgggtcttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtgg 5289604  T
Q  119 aacagtacttcgtttggcgaaggacttagctgagaataacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcac 196  Q
     || || ||||||||||| || || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5289603 cacggtgcttcgtttggccaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcac 5289526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 19 - 196
Target Start/End: Original strand, 5310513 - 5310690
Alignment:
Q  19 tagacatgcctggtgcggattaccaactaacaaaactcttaggtcttaacccatatgtgaaaaggtacatgatgtatcaactagggtgttatgcaggtgg 118  Q
    ||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| || |||   ||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||| |||||||||    
T  5310513 tagacatgcctggagctgattatcaactcacaaaactcttgggccttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtgg 5310612  T
Q  119 aacagtacttcgtttggcgaaggacttagctgagaataacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcac 196  Q
     || || ||||||||||| || || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5310613 cacggtgcttcgtttggccaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcac 5310690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 21 - 196
Target Start/End: Original strand, 5315229 - 5315404
Alignment:
Q  21 gacatgcctggtgcggattaccaactaacaaaactcttaggtcttaacccatatgtgaaaaggtacatgatgtatcaactagggtgttatgcaggtggaa 120  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||| || ||||| |||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| | ||||||||| |    
T  5315229 gacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaagggtgctttgcaggtggca 5315328  T
Q  121 cagtacttcgtttggcgaaggacttagctgagaataacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcac 196  Q
    | || || |||||||| || || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5315329 cggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcac 5315404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 19 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 46706994 - 46706813
Alignment:
Q  19 tagacatgcctggtgcggattaccaactaacaaaactcttaggtcttaacccatatgtgaaaaggtacatgatgtatcaactagggtgttatgcaggtgg 118  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| || | |||||| ||    
T  46706994 tagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttcggtcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcaggagg 46706895  T
Q  119 aacagtacttcgtttggcgaaggacttagctgagaataacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcactgca 200  Q
     || |  ||||||||||| || || || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  46706894 cacggggcttcgtttggctaacgatttggctgagaacaacaaaggtgcccgtgtattggttgtttgttctgaagtcactgca 46706813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 19 - 196
Target Start/End: Original strand, 5302612 - 5302789
Alignment:
Q  19 tagacatgcctggtgcggattaccaactaacaaaactcttaggtcttaacccatatgtgaaaaggtacatgatgtatcaactagggtgttatgcaggtgg 118  Q
    |||||||||| |  || ||||| ||||| || |||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||    
T  5302612 tagacatgcccgaagctgattatcaactcaccaaactcttgggtcttcgcccatatgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtgg 5302711  T
Q  119 aacagtacttcgtttggcgaaggacttagctgagaataacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcac 196  Q
     || || ||||||||||| || ||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||    
T  5302712 cacggtgcttcgtttggccaaagatctagctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtatgttcagaggtcac 5302789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 32531014 - 32530833
Alignment:
Q  19 tagacatgcctggtgcggattaccaactaacaaaactcttaggtcttaacccatatgtgaaaaggtacatgatgtatcaactagggtgttatgcaggtgg 118  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||| || || |||| ||| ||| |   |||||||||||||| ||| ||||  ||||| ||    
T  32531014 tagacatgccgggtgccgattaccaactcactaaactcttaggcctaaaaccatctgtcaaacgtctcatgatgtatcaacaaggttgtttcgcaggcgg 32530915  T
Q  119 aacagtacttcgtttggcgaaggacttagctgagaataacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcactgca 200  Q
     ||||| || || || ||||| ||  | |||||||||||||||  |||  | ||  | ||||||||||||||| ||||||||    
T  32530914 cacagttctccgcttagcgaaagatcttgctgagaataacaaaaatgcaagagttcttgttgtttgttctgaaatcactgca 32530833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 108; Significance: 2e-54; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 19 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 24163796 - 24163605
Alignment:
Q  19 tagacatgcctggtgcggattaccaactaacaaaactcttaggtcttaacccatatgtgaaaaggtacatgatgtatcaactagggtgttatgcaggtgg 118  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||| ||| |||||||| |||||||| |||| |||||||| |||||||||    
T  24163796 tagatatgcctggtgccgattaccaactcacaaaactcttaggtcttcgcccatgtgtaaaaaggtatatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtgg 24163697  T
Q  119 aacagtacttcgtttggcgaaggacttagctgagaataacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcactgcaatctcatttt 210  Q
     || |||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||    
T  24163696 cacggtacttcgcttggccaaggacttggctgagaacaacaaaggttctcgtgtgttggttgtttgttctgaagttaccgcaatcacatttt 24163605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 99; Significance: 5e-49; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 19 - 209
Target Start/End: Original strand, 44128690 - 44128880
Alignment:
Q  19 tagacatgcctggtgcggattaccaactaacaaaactcttaggtcttaacccatatgtgaaaaggtacatgatgtatcaactagggtgttatgcaggtgg 118  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| || | |||||| ||    
T  44128690 tagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttaggtcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcaggagg 44128789  T
Q  119 aacagtacttcgtttggcgaaggacttagctgagaataacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcactgcaatctcattt 209  Q
     || || ||||||||||| || || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  44128790 cacggtccttcgtttggctaaagatttagctgaaaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtctgttctgaagtcactgcagtcacattt 44128880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 19 - 209
Target Start/End: Original strand, 44132895 - 44133085
Alignment:
Q  19 tagacatgcctggtgcggattaccaactaacaaaactcttaggtcttaacccatatgtgaaaaggtacatgatgtatcaactagggtgttatgcaggtgg 118  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| || | |||||| ||    
T  44132895 tagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttaggtcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcaggagg 44132994  T
Q  119 aacagtacttcgtttggcgaaggacttagctgagaataacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcactgcaatctcattt 209  Q
     || || ||||||||||| || || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  44132995 cacggtccttcgtttggctaaagatttagctgaaaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtctgttctgaagtcactgcagtcacattt 44133085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 19 - 209
Target Start/End: Original strand, 44141317 - 44141507
Alignment:
Q  19 tagacatgcctggtgcggattaccaactaacaaaactcttaggtcttaacccatatgtgaaaaggtacatgatgtatcaactagggtgttatgcaggtgg 118  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| || | |||||| ||    
T  44141317 tagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttaggtcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcaggagg 44141416  T
Q  119 aacagtacttcgtttggcgaaggacttagctgagaataacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcactgcaatctcattt 209  Q
     || || ||||||||||| || || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  44141417 cacggtccttcgtttggctaaagatttagctgaaaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtctgttctgaagtcactgcagtcacattt 44141507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 51; Significance: 2e-20; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 69 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 37859320 - 37859202
Alignment:
Q  69 ccatatgtgaaaaggtacatgatgtatcaactagggtgttatgcaggtggaacagtacttcgtttggcgaaggacttagctgagaataacaaaggtgctc 168  Q
    |||||||||||  | ||||||||||| |||| ||| |||| ||| ||||| || || ||||||||||| || ||||| ||||| || |||||||||||||    
T  37859320 ccatatgtgaagcgttacatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtggcacggtgcttcgtttggctaaagacttggctgaaaacaacaaaggtgctc 37859221  T
Q  169 gtgtgttggttgtttgttc 187  Q
    |||||||||| ||||||||    
T  37859220 gtgtgttggtagtttgttc 37859202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 24 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 37863391 - 37863215
Alignment:
Q  24 atgcctggtgcggattaccaactaacaaaactcttaggtcttaacccatatgtgaaaaggtacatgatgtatcaactagggtgttatgcaggtggaacag 123  Q
    ||||||||||| || || || || ||||| ||||| ||||||  ||| ||||||||  | || ||||||||||||| ||| |||| ||| ||||| || |    
T  37863391 atgcctggtgctgactatcagctcacaaagctcttgggtcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacgg 37863292  T
Q  124 tacttcgtttggcgaaggacttagctgagaataacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcactgca 200  Q
    | ||||||||||| || || || ||||| || |||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||  ||||||||    
T  37863291 tgcttcgtttggctaaagatttggctgaaaacaacaaaggcgctcgtgttttggtggtttgttcggagatcactgca 37863215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University