View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5760-Insertion-1 (Length: 964)

Name: NF5760-Insertion-1
Description: NF5760
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5760-Insertion-1
NF5760-Insertion-1
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (10-452)||(48962627-48963069)
chr4 (10-820)||(48958112-48958928)
chr4 (512-871)||(48961207-48961569)
chr4 (245-812)||(48911981-48912548)
chr4 (235-851)||(48965266-48965879)
chr4 (473-830)||(48974076-48974421)
chr4 (292-351)||(48951668-48951727)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (19-852)||(12589579-12590415)
chr6 (136-773)||(12482991-12483631)
[»] scaffold0536 (4 HSPs)
scaffold0536 (260-812)||(6162-6714)
scaffold0536 (282-812)||(10168-10696)
scaffold0536 (415-503)||(1271-1359)
scaffold0536 (707-847)||(1551-1691)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (252-820)||(12641124-12641692)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (252-812)||(13448339-13448896)
chr2 (252-803)||(13440185-13440733)
chr2 (276-803)||(13454819-13455343)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (252-677)||(28385445-28385867)
chr5 (243-773)||(12540700-12541227)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (435-773)||(3417356-3417691)
chr7 (247-333)||(3417171-3417257)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 403; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 403; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 48963069 - 48962627
Alignment:
Q  10 gacttgggtcataagcttcagatccccgccattgccttcactggtttctccatatttactgtctccctcatagaatcccttagaataaacccctcattga 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  48963069 gacttgggtcataagcttcagatccccaccattgccttcactggtttctccatatttactgtctccctcatggaatcccttagaataaacccctcattga 48962970  T
Q  110 aatctcacacagatttggattcgttagttgttccaaattttcctcactctttcaccttgtgcacaaagccgccgaagtcattcaccggattcatggaaat 209  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48962969 aatctcacacagatttggatttgttcgttgttccaaattttcctcactctatcaccttgtgcacaaagccgccgaagtcattcaccggattcatggaaat 48962870  T
Q  210 ggtgcatgagacaatgctaaaaacaaatggactcattgtcagcaacttcgctgaacttgacggtggagagtgcatcgaacactacgagaaaaccacaggt 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  48962869 ggtgcatgagacaatgctaaaaacaaatggactcattgtcaacaacttcgctgaacttgacggtgaagagtgcatcgaacactacgagaaaaccacgggt 48962770  T
Q  310 cacaaggcttggcatctcggtccagtttctcttattcgcaaatccgttcaagagaaagcagaaaggggacatgagagtgttgtgggcgtacaagagtgtc 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48962769 cacaaggcttggcatctcggtccagtttctcttattcgcaaatccgttcaagagaaagcagaaaggggacatgagagtgttgtgggcgtacaagagtgtc 48962670  T
Q  410 tgtgatggcttaattcaaagcgagataactcagtgttgtacat 452  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  48962669 tgtggtggcttaattcaaagcgacataactcagtgttgtacat 48962627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 820
Target Start/End: Complemental strand, 48958928 - 48958112
Alignment:
Q  10 gacttgggtcataagcttcagatccccgccattgccttcactggtttctccatatttactgtctccctcatagaatcccttagaataaacccctcattga 109  Q
    |||||||  ||||||||||| || ||| |||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||      
T  48958928 gacttggcccataagcttcaaattcccaccatcgccttcactggtttctccctctttaccgtctccctcatggaatcccttagaataaacccttcatttt 48958829  T
Q  110 aatctcacacagatttg------gattcgttagttgttccaaattttcctcactctttcaccttgtgcacaaagccgccgaagtcattcaccggattcat 203  Q
      |||||||| |||| |      | ||| ||   |||||||||||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||| |||  |||||||||||||||    
T  48958828 gttctcacacggattcgagtccaggttcattcactgttccaaattttcctcattccatcaccttgtgtacaaagccgccaaagatattcaccggattcat 48958729  T
Q  204 ggaaatggtgcatgagacaatgctaaaaacaaatggactcattgtcagcaacttcgctgaacttgacggtggagagtgcatcgaacactacgagaaaacc 303  Q
    ||||||| ||| ||||||||| || ||||  || ||||||||  ||| |||||||  ||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||| |    
T  48958728 ggaaatgatgcttgagacaatcctcaaaagtaagggactcatcatcaacaacttcattgaacttgatggtgaagagtgcatcgaacactacaagaaaatc 48958629  T
Q  304 acaggtcacaaggcttggcatctcggtccagtttctcttattcgcaaatccgttcaagagaaagcagaaaggggacatgagagtgttgtgggcgtacaag 403  Q
    || |||||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||||| || || ||||||||||| |||| |||||| |||||| ||||||  | || || |    
T  48958628 acgggtcacaaggtttggcatcttggtcctgcttctcttattcgccaaaccattcaagagaaatcagagaggggaaatgagaatgttgttagtgtgcatg 48958529  T
Q  404 agtgtctgtgatggcttaattcaaagcgagataactcagtgttgtacatatgctttggaagcaattgttatttctctgataaacaattatatgagattgc 503  Q
      |||||| | ||||| || |  ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| | |||||||||||    
T  48958528 gttgtctgagttggctcaacttgaagagacataactcagtgttgtacatatgctttggaagcatatgttatttatctgataaacaactttatgagattgc 48958429  T
Q  504 gtgtggaatagaagcatcgggtcacgaatttgtatgggttgttcctgaaaagaaagggaaagtggatgagagcgaagaggagaaagacaagtggttggcg 603  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  || ||||| |||||||||||||  ||||||||| ||    
T  48958428 gtgtgggatagaagcatcaggtcacgaatttgtatgggttgttcctgagaagaaagggaaagaagacgagagtgaagaggagaaaggaaagtggttgccg 48958329  T
Q  604 aaaggatttgaagagagaaacattgaaaagaagaagggtttgatcattaaggggtgggccccacaagttatgatcctgggccacacagcggtgggtgtgt 703  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||  || |||||||  |    
T  48958328 aaaggattcgaagagagaaacattggaaagaagaaaggtttgatcattagggggtgggccccacaagttttgattctgagccacattgccgtgggtgcat 48958229  T
Q  704 ttatgacgcattgcgggtggaactccaccattgaggctgttagtgcagggatcccaatgataacgtggcccgtacatgaagaagaattctacaacgagaa 803  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||||| || ||| | |||||||| |||||||| || |||| |||| |||||||||| |||||    
T  48958228 ttatgacacattgcgggtggaactccactgtggaggctgttagcgcgggggttccaatgatcacgtggccggtgcatggagaacaattctacaatgagaa 48958129  T
Q  804 gttgataactgatgtgc 820  Q
    |||||||||| ||||||    
T  48958128 gttgataactaatgtgc 48958112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 304; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 512 - 871
Target Start/End: Complemental strand, 48961569 - 48961207
Alignment:
Q  512 tagaagcatcgggtcacgaatttgtatgggttgttcctgaaaagaaagggaaagtggatgagagcgaagaggagaaagacaagtggttggcgaaaggatt 611  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  48961569 tagaagcatcgggtcacgaatttgtatgggttgttcctgagaaaaaagggaaagtggatgagagcgaagaggagaaagacaagtggttgccgaaaggatt 48961470  T
Q  612 tgaagagagaaacattgaaaagaagaagggtttgatcattaaggggtgggccccacaagttatgatcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacg 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48961469 tgaagagagaaacattgaaaagaagaagggtttgatcattaaggggtgggccccacaagttatgatcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacg 48961370  T
Q  712 cattgcgggtggaa--ctccaccattgaggctgttagtgcagggatcccaatgataacgtggcccgtacatgaagaagaattctacaacgagaagttgat 809  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  48961369 cattgcgggtggaactctccaccattgaggctggtagtgcagggatcccaatgataacatggcccgtacatggagaacaattctacaacgagaagttgat 48961270  T
Q  810 aactgatgtgcagggtattggaattgaagttggtgcagcag-atggtgggtggatggtattga 871  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||    
T  48961269 aactgatgtgcggggtattggaattgaagttggtgcaacagaatggtgtgtggatggtattga 48961207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 245 - 812
Target Start/End: Original strand, 48911981 - 48912548
Alignment:
Q  245 ttgtcagcaacttcgctgaacttgacggtggagagtgcatcgaacactacgagaaaaccacaggtcacaaggcttggcatctcggtccagtttctcttat 344  Q
    |||||| ||| || |||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  48911981 ttgtcaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttat 48912080  T
Q  345 tcgcaaatccgttcaagagaaagcagaaaggggacatgagagtgttgtgggcgtacaagagtgtctgtgatggcttaattcaaagcgagataactcagtg 444  Q
    ||||| | |  |||||||||| || || || ||| | |||||||||||| | || || |||||| || | |||||||| || || | ||||||||| |||    
T  48912081 tcgcagaactattcaagagaaggctgagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtg 48912180  T
Q  445 ttgtacatatgctttggaagcaattgttatttctctgataaacaattatatgagattgcgtgtggaatagaagcatcgggtcacgaatttgtatgggttg 544  Q
     |||||||||||||||||||| | ||| |||| || ||||||||| | |||||||||||||| || || ||||||||| ||||||||||  |||||||||    
T  48912181 gtgtacatatgctttggaagccaatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttg 48912280  T
Q  545 ttcctgaaaagaaagggaaagtggatgagagcgaagaggagaaagacaagtggttggcgaaaggatttgaagagagaaacattgaaaagaagaagggttt 644  Q
    |||||||||||||| |||  | | |||| |  |||||||||||||| || |||||| | || || |||||||||||||  || | ||||||||||| | |    
T  48912281 ttcctgaaaagaaacggacggagaatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctat 48912380  T
Q  645 gatcattaaggggtgggccccacaagttatgatcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacgcattgcgggtggaactccaccattgaggctgtt 744  Q
    ||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||||  |||||||| ||||| |||||||| |||||  ||||||| |||    
T  48912381 gattattaagggttgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagtt 48912480  T
Q  745 agtgcagggatcccaatgataacgtggcccgtacatgaagaagaattctacaacgagaagttgataac 812  Q
    ||||||||| | |||||||| ||||||||  | |||| |||| | || ||||| ||||||||||||||    
T  48912481 agtgcaggggttccaatgatcacgtggccgatgcatggagaacagttttacaatgagaagttgataac 48912548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 151; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 235 - 851
Target Start/End: Complemental strand, 48965879 - 48965266
Alignment:
Q  235 aatggactcattgtcagcaacttcgctgaacttgacggtggagagtgcatcgaacactacgagaaaaccacaggtcacaaggcttggcatctcggtccag 334  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||| | ||||| |||  || | || | ||  | ||| ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  48965879 aatggactcattgtcaacaatttcgctgagcttgacggggaagagtacattaaatattatgtgagtagcacgggtcataaggcttggcatcttggtccag 48965780  T
Q  335 tttctcttattcgcaaatccgttcaagagaaagcagaaaggggacatgagagtgttgtgggcgtacaagagtgtctgtgatggcttaattcaaagcgaga 434  Q
     |||||||||||| ||| | ||||||||||||||||| |||||||| |||||||  ||| |||| ||||||||| || | ||||| ||||| |||||| |    
T  48965779 cttctcttattcgtaaaactgttcaagagaaagcagagaggggacaagagagtgcagtgagcgtgcaagagtgtttgagttggctcaattccaagcgaca 48965680  T
Q  435 taactcagtgttgtacatatgctttggaagcaattgttatttctctgataaacaattatatgagattgcgtgtggaatagaagcatcgggtcacgaattt 534  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||   |||  ||     ||||||||  | |||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||    
T  48965679 taactcagtgttgtacataagctttggaagcctctgtcgttatcaggataaacagctttatgagattgcgtgtgcaatagaagcatcgggtcatgatttt 48965580  T
Q  535 gtatgggttgttcctgaaaagaaagggaaagtggatgagagcgaagaggagaaagacaagtggttggcgaaaggatttgaagagagaaacattgaaaaga 634  Q
     |||||||| ||||    || || ||||||| ||||||||| |||||||||||  | ||||||||  | || ||||| |||||||||||||||| |||||    
T  48965579 atatgggttattccccttaataacgggaaagaggatgagagtgaagaggagaagcaaaagtggttaccaaagggattcgaagagagaaacattggaaaga 48965480  T
Q  635 agaagggtttgatcattaaggggtgggccccacaagttatgatcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacgcattgcgggtggaactccaccat 734  Q
    ||   |||||||| |||| ||| ||||| || || ||| |||| ||| ||||| | || |||||||  |||||||| ||||| || |||||||||||  |    
T  48965479 ag---ggtttgattattaggggttgggctccgcaggttctgattctgagccaccccgctgtgggtgcctttatgactcattgtggttggaactccacagt 48965383  T
Q  735 tgaggctgttagtgcagggatcccaatgataacgtggcccgtacatgaagaagaattctacaacgagaagttgataactgatgtgcagggtattggaatt 834  Q
     ||||||||| |||| ||| | || ||||| || |||||   ||||| |||| ||||||||||||| ||  ||||||| || ||||  || |||||| |     
T  48965382 ggaggctgttggtgcgggggttccgatgattacatggccttcacatggagaacaattctacaacgaaaaactgataacagaagtgcgagggattggagtg 48965283  T
Q  835 gaagttggtgcagcaga 851  Q
    |||||||||||| ||||    
T  48965282 gaagttggtgcaacaga 48965266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 473 - 830
Target Start/End: Complemental strand, 48974421 - 48974076
Alignment:
Q  473 atttctctgataaacaattatatgagattgcgtgtggaatagaagcatcgggtcacgaatttgtatgggttgttcctgaaaagaaagggaaagtggatga 572  Q
    ||||| || |||| ||||| |||||||||||  | | ||||||||||||||||||| ||||  |||||||||| || || ||||||||||||| ||||||    
T  48974421 atttcactaataagcaattgtatgagattgcaagcgcaatagaagcatcgggtcaccaattcatatgggttgtccccgagaagaaagggaaagaggatga 48974322  T
Q  573 gagcgaagaggagaaagacaagtggttggcgaaaggatttgaagagagaaacattgaaaagaagaagggtttgatcattaaggggtgggccccacaagtt 672  Q
    |||| | || ||||| || |||||| || | || |||||||||||||| || ||||  |            ||||||| | ||||||||||||||||||     
T  48974321 gagcaatgacgagaacgaaaagtggatgccaaagggatttgaagagaggaatattggga------------tgatcataagggggtgggccccacaagtg 48974234  T
Q  673 atgatcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacgcattgcgggtggaactccaccattgaggctgttagtgcagggatcccaatgataacgtggc 772  Q
     ||||  | |||||| | ||  | ||||  ||  |||| ||||||||||||||||||||| | || || |||||||||||| | |||||||| |||||||    
T  48974233 gtgattttaggccaccctgctatcggtgcattcttgacacattgcgggtggaactccaccgtggaagccgttagtgcaggggttccaatgatcacgtggc 48974134  T
Q  773 ccgtacatgaagaagaattctacaacgagaagttgataactgatgtgcagggtattgg 830  Q
    | || ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||    
T  48974133 cagtgcatgacgaacaattctacaacgagaagttgataactcaggtgcggggtattgg 48974076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 292 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 48951727 - 48951668
Alignment:
Q  292 tacgagaaaaccacaggtcacaaggcttggcatctcggtccagtttctcttattcgcaaa 351  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| |  |||||| ||||||||    
T  48951727 tacgagaaaaccatcggtcacaaggcttggcatcttggtccggcctctcttgttcgcaaa 48951668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 239; Significance: 1e-132; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 19 - 852
Target Start/End: Original strand, 12589579 - 12590415
Alignment:
Q  19 cataagcttcagatccccgccattgccttcactggtttctccatatttactgtctccctcatagaatcccttagaataaacccctcattgaaatctcaca 118  Q
    ||||||||||| ||||||  | | |||||||| | ||||||| | ||||| ||||| ||  | ||||||||||||| |||||  | | |  | |||||||    
T  12589579 cataagcttcaaatccccatcctcgccttcaccgttttctccctctttacagtctctcttttggaatcccttagaacaaaccatttacttcattctcaca 12589678  T
Q  119 cagatttggattcgttagttgttccaaattttcctcactctttcaccttgtgcacaaagccgccgaagtcattcaccggattcatggaaatggtgcatga 218  Q
      ||||| | ||| || ||||||||||||||||||||   | ||||||| ||||| || || || ||| | ||||||| | ||||||||| | ||| |||    
T  12589679 tggatttaggttcctttgttgttccaaattttcctcatcgtatcaccttatgcactaatccaccaaaggcgttcaccgaagtcatggaaacgatgcttga 12589778  T
Q  219 gacaatgctaaaaacaaatggactcattgtcagcaacttcgctgaacttgacggtggagagtgcatcgaacactacgagaaaaccacaggtcacaaggct 318  Q
    | |||| || ||||  |||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||   ||||||  || ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12589779 ggcaatactcaaaagtaatggactcattgttaacaacttcgctgaacttgatggccaagagtgtgtcaaacactatgagaaaaccacaggtcacaaggct 12589878  T
Q  319 tggcatctcggtccagtttctcttattcgcaaatccgttcaagagaaagcagaaaggggacatgagagtgttgtgggcgtacaagagtgtctgtgatggc 418  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||| |||| | ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||  ||| |||||||||||| | ||||    
T  12589879 tggcatcttggtccagcttctcttattcacaaaactgttcaagagaaagcagataggggaaatgagagtgttgtgaacgtgcaagagtgtctgagttggc 12589978  T
Q  419 ttaattcaaagcgagataactcagtgttgtacatatgctttggaagcaattgttatttctctgataaacaattatatgagattgcgtgtggaatagaagc 518  Q
    | || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||  || |||||||| ||||||||| | ||||||||| ||||||| ||||||||    
T  12589979 taaactcgaagcgagataactctgtgttgtacatatgctttgggagcatatgctatttctcagataaacaactttatgagatttcgtgtggcatagaagc 12590078  T
Q  519 atcgggtcacgaatttgtatgggttgttcctgaaaagaaagggaaagtggatgagagcgaagaggagaaagacaagtggttggcgaaaggatttgaagag 618  Q
    ||| || |||||||| ||||||||| |||| || || |||||||| |  |||||||| || ||||| ||| | || |||||| | |  ||||||||||||    
T  12590079 atcaggccacgaattcgtatgggttattcccgagaaaaaagggaaggaagatgagagtgatgaggataaacaaaaatggttgcctagtggatttgaagag 12590178  T
Q  619 agaaacattg---aaaagaagaagggtttgatcattaaggggtgggccccacaagttatgatcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacgcatt 715  Q
    ||||||||||    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||  || ||||||  || ||||| | ||||||||| ||||    
T  12590179 agaaacattgggagaaagaagaagggtttgatcattaggggttgggccccacaagtaatgattatgagccacaatgcagtgggcgcgtttatgacacatt 12590278  T
Q  716 gcgggtggaactccaccattgaggctgttagtgcagggatcccaatgataacgtggcccgtacatgaagaagaattctacaacgagaagttgataactga 815  Q
    | || ||||| |||  | | ||||| |||||||| || || || ||||| || |||||  |  |||  ||| | || ||||| |||||||||||||||||    
T  12590279 gtggatggaattccgtcgtggaggcggttagtgctggaattccgatgatcacatggccattgaatggtgaacatttttacaatgagaagttgataactga 12590378  T
Q  816 tgtgcagggtattggaattgaagttggtgcagcagat 852  Q
    |||||| || |||||| | |||||||||||| |||||    
T  12590379 tgtgcatggaattggagtggaagttggtgcaacagat 12590415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 136 - 773
Target Start/End: Original strand, 12482991 - 12483631
Alignment:
Q  136 gttgttccaaattttcctcactctttcaccttgtgcacaaagccgccgaagtcattcaccggattcatggaaatggtgcatgagacaatgctaaaaacaa 235  Q
    |||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||| || || |||   |||||   |||| | |||||| ||| ||| ||||| |  ||||  |    
T  12482991 gttgttccaaattttcctcaccatatcaccttgtgcacaaaaccaccaaagatgttcacaatattcctagaaatgatgcttgaaacaatacacaaaagta 12483090  T
Q  236 atggactcattgtcagcaacttcgctgaacttgacggtggagagtgcatcgaacactacgagaaaaccacaggtcacaaggcttggcatctcggtccagt 335  Q
    || ||||||| ||||  | |||| ||||||| || ||   ||| ||| ||||||||||||| |||| ||  |||||||||||||||||| | ||||||      
T  12483091 atagactcatcgtcaatagcttcactgaactggatggcaaagaatgcgtcgaacactacgaaaaaatcatgggtcacaaggcttggcatttaggtccaca 12483190  T
Q  336 ttctcttattcgcaaatccgttcaagagaaagcagaaaggggacatgagagtgttgtgggcgtacaagagtgtctgtgatggcttaattcaaagcgagat 435  Q
    ||| |||||| |  || | |||||||| || ||||| |||||| | |||||||||||| |||| || |||||||   | ||||| || ||||||| |||     
T  12483191 ttcacttatttgtgaaactgttcaagaaaaggcagagaggggaaacgagagtgttgtgagcgtgcatgagtgtcaaagttggctaaactcaaagcaagaa 12483290  T
Q  436 aactcagtgttgtacatatgctttggaagcaattgttatttctctgataaacaattatatgagattgcgtgtggaatagaagcatcgggtcacgaatttg 535  Q
    || ||||||||||||||||||||||| |||   ||  ||||||||||||||||  | || || ||| | || |||||||||||||||||| |  ||||      
T  12483291 aattcagtgttgtacatatgctttgggagcctatgcaatttctctgataaacagctttacgaaatttcatgcggaatagaagcatcgggtaaaaaattca 12483390  T
Q  536 tatgggttgttcctgaaaagaaagggaaagtggatgagagcgaagaggagaaagacaagtggttggcgaaaggatttgaagagagaaacatt-gaa--aa 632  Q
    |||||||||||||||| || |||||||| |  ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| |||||||||||| |||  ||    
T  12483391 tatgggttgttcctgagaaaaaagggaaggaagatgagagcgatgaggagaaagaaaagtggttgccgaagggatttgaggagagaaacattagaaggaa 12483490  T
Q  633 gaagaagggtttgatcattaaggggtgggccccacaagttatgatcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacgcattgcgggtggaactccacc 732  Q
     |||| |||||| ||||| | ||||||||| ||||| ||  ||||  || ||||| | || |||||||  |||||||| || || || ||||| ||        
T  12483491 taagatgggtttaatcatcagggggtgggcaccacaggtactgattttgagccaccctgcagtgggtgcatttatgactcactgtggatggaattctgtt 12483590  T
Q  733 attgaggctgttagtgcagggatcccaatgataacgtggcc 773  Q
     | || || |||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  12483591 gtggaagcggttagtgcagggattccaatgatcacgtggcc 12483631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 4)
Name: scaffold0536
Description:

Target: scaffold0536; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 260 - 812
Target Start/End: Original strand, 6162 - 6714
Alignment:
Q  260 ctgaacttgacggtggagagtgcatcgaacactacgagaaaaccacaggtcacaaggcttggcatctcggtccagtttctcttattcgcaaatccgttca 359  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| | |||||||||||| | | | |||||    
T  6162 ctgaacttgacggtgaagagtacatcgaacactacgagaaaactacaggtcacaaagcttggcatcttggtccggcttctcttattcgtagaactgttca 6261  T
Q  360 agagaaagcagaaaggggacatgagagtgttgtgggcgtacaagagtgtctgtgatggcttaattcaaagcgagataactcagtgttgtacatatgcttt 459  Q
    ||| |||||| | ||||||||  | ||||||||| | || || ||||||||| | |||||  | || |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6262 agaaaaagcacagaggggacaacaaagtgttgtgagtgtgcatgagtgtctgagttggctagactcgaagccagataactcagtgttgtacatatgcttt 6361  T
Q  460 ggaagcaattgttatttctctgataaacaattatatgagattgcgtgtggaatagaagcatcgggtcacgaatttgtatgggttgttcctgaaaagaaag 559  Q
    ||||||   ||   |||| | ||||||||| | || |||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||| |||||||    
T  6362 ggaagcttatgccttttcccggataaacaactttacgagattgcatgtgggatagaagcatcgggtcacaaattcatatgggttgttcctgagaagaaag 6461  T
Q  560 ggaaagtggatgagagcgaagaggagaaagacaagtggttggcgaaaggatttgaagagagaaacattgaaaagaagaagggtttgatcattaaggggtg 659  Q
    ||||||  |||||||| |||||||||||||  || |||||| | || ||||| ||||||||||| || | |||||||||||||||||| |||| ||| ||    
T  6462 ggaaagaagatgagagtgaagaggagaaaggaaaatggttgccaaagggattcgaagagagaaatatcggaaagaagaagggtttgattattaggggttg 6561  T
Q  660 ggccccacaagttatgatcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacgcattgcgggtggaactccaccattgaggctgttagtgcagggatccca 759  Q
    ||| ||||||||||||||  || |||||| |||  |||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||  |||||||||||||||||||| | ||     
T  6562 ggctccacaagttatgattttgagccacaaagctctgggtgcgtttatgacgcattgtgggtggaattccactgttgaggctgttagtgcaggggttccg 6661  T
Q  760 atgataacgtggcccgtacatgaagaagaattctacaacgagaagttgataac 812  Q
    ||||| |||||||| || |||| |||| |||| ||||| || |||||||||||    
T  6662 atgatcacgtggccggtgcatggagaacaattttacaatgaaaagttgataac 6714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 282 - 812
Target Start/End: Original strand, 10168 - 10696
Alignment:
Q  282 catcgaacactacgagaaaaccacaggtcacaaggcttggcatctcggtccagtttctcttattcgcaaatccgttcaagagaaagcagaaaggggacat 381  Q
    ||||||||||||| ||||||| || ||||| || |||||||||||  |||||| || |||| |||| | | | |||||||||||| |||| || ||| |     
T  10168 catcgaacactacaagaaaactacgggtcagaaagcttggcatcttagtccagcttatcttgttcgtagaactgttcaagagaaaacagagagaggagaa 10267  T
Q  382 gagagtgttgtgggcgtacaagagtgtctgtgatggcttaattcaaagcgagataactcagtgttgtacatatgctttggaagcaattgttatttctctg 481  Q
     ||||||||||| | || || ||||||||| | |||||||| |  ||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||   |||||||| || |    
T  10268 cagagtgttgtgagtgtgcatgagtgtctgagttggcttaacttgaagcgagata--tcagtgttgtacatttgctttggaagcctatgttatttttcag 10365  T
Q  482 ataaacaattatatgagattgcgtgtggaatagaagcatcgggtcacgaatttgtatgggttgttcctgaaaagaaagggaaagtggatgagagcgaaga 581  Q
    |||||||| | ||||||||||||||  |  |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| | |||||||  ||||    
T  10366 ataaacaactttatgagattgcgtgcagggtagaagcatcgggttacgaatttgtatgagttgttcctgagaagaaagggaaagagaatgagagtcaaga 10465  T
Q  582 ggagaaagacaagtggttggcgaaaggatttgaagagagaaacattgaaaagaagaagggtttgatcattaaggggtgggccccacaagttatgatcctg 681  Q
    ||||||||| || ||| |  |||||||||||||||| |||   |||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||| ||     
T  10466 ggagaaagaaaaatggctaccgaaaggatttgaagaaagagttattgcaaagaagaagggtttgattattaagggttgggcccctcaggttatgattcta 10565  T
Q  682 ggccacacagcggtgggtgtgtttatgacgcattgcgggtggaactccaccattgaggctgttagtgcagggatcccaatgataacgtggcccgtacatg 781  Q
     ||||||| |  ||||||| ||||||||| ||||| |||||||| |||||| | ||||| |||||||||||| | |||||||| ||||||||  | ||||    
T  10566 agccacactgttgtgggtgcgtttatgacacattgtgggtggaattccaccgtggaggcggttagtgcaggggttccaatgatcacgtggccaatgcatg 10665  T
Q  782 aagaagaattctacaacgagaagttgataac 812  Q
     |||| |||| ||||| ||||||||||||||    
T  10666 gagaacaattttacaatgagaagttgataac 10696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 415 - 503
Target Start/End: Original strand, 1271 - 1359
Alignment:
Q  415 tggcttaattcaaagcgagataactcagtgttgtacatatgctttggaagcaattgttatttctctgataaacaattatatgagattgc 503  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||| |  ||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  1271 tggctcaactcaaagcgagataactcagtactctacatatgctttggaaccttttgctatttccctgataaacaattgtatgagattgc 1359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 707 - 847
Target Start/End: Original strand, 1551 - 1691
Alignment:
Q  707 tgacgcattgcgggtggaactccaccattgaggctgttagtgcagggatcccaatgataacgtggcccgtacatgaagaagaattctacaacgagaagtt 806  Q
    |||| ||||| ||||||||||| |  |  ||||||||||||||||| || |||||||| || ||||| ||||||   ||  ||||||| ||||| | |||    
T  1551 tgacacattgtgggtggaactctataaccgaggctgttagtgcaggaattccaatgatcacatggccagtacatagtgatcaattctataacgaaacgtt 1650  T
Q  807 gataactgatgtgcagggtattggaattgaagttggtgcag 847  Q
    ||||||| | ||||| || |||||| | ||||| |||||||    
T  1651 gataactcaggtgcatgggattggagtggaagtcggtgcag 1691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 177; Significance: 7e-95; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 252 - 820
Target Start/End: Original strand, 12641124 - 12641692
Alignment:
Q  252 caacttcgctgaacttgacggtggagagtgcatcgaacactacgagaaaaccacaggtcacaaggcttggcatctcggtccagtttctcttattcgcaaa 351  Q
    |||||| | ||||||||| |||| ||| |||||| ||||||| ||||||||||  ||| |||||||||||||||| ||||||  || |||||||||||||    
T  12641124 caactttgttgaacttgatggtgaagattgcatcaaacactatgagaaaaccatgggttacaaggcttggcatcttggtccaacttgtcttattcgcaaa 12641223  T
Q  352 tccgttcaagagaaagcagaaaggggacatgagagtgttgtgggcgtacaagagtgtctgtgatggcttaattcaaagcgagataactcagtgttgtaca 451  Q
     |  || |||||||| |    |||||  |||||||||| ||  |||  ||  |||||||  | ||||| |||||||||| |||||| |||||||| ||||    
T  12641224 acttttgaagagaaatctatgaggggcaatgagagtgtggttagcgcgcataagtgtctaggttggctcaattcaaagcaagataattcagtgttataca 12641323  T
Q  452 tatgctttggaagcaattgttatttctctgataaacaattatatgagattgcgtgtggaatagaagcatcgggtcacgaatttgtatgggttgttcctga 551  Q
    |||| ||||| ||||  | ||||||||||||||||||| | || ||||||||| | |||||||||   || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  12641324 tatgttttgggagcatctcttatttctctgataaacaactttacgagattgcgagcggaatagaaaattcaggtcacgaatttgtatgggttgttcctga 12641423  T
Q  552 aaagaaagggaaagtggatgagagcgaagaggagaaagacaagtggttggcgaaaggatttgaagagagaaacattgaaaagaagaagggtttgatcatt 651  Q
     ||||||||||||   |||||||| |||||||||||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||  ||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  12641424 gaagaaagggaaaaaagatgagagtgaagaggagaaagaaaagtggttgcctaaaggattcgaagagagaaatgttgaaaataagaaaggttttatcatt 12641523  T
Q  652 aaggggtgggccccacaagttatgatcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacgcattgcgggtggaactccaccattgaggctgttagtgcag 751  Q
    | || ||||||||||||||| |||||  |  ||||| | || |||||||  || |||||||||||||||| |||||||    | ||||||||||||||||    
T  12641524 agggagtgggccccacaagtaatgattttaagccacgctgctgtgggtgcattcatgacgcattgcgggtcgaactccttggtagaggctgttagtgcag 12641623  T
Q  752 ggatcccaatgataacgtggcccgtacatgaagaagaattctacaacgagaagttgataactgatgtgc 820  Q
    |||| |||||||| |||||||| || || | |||| | ||||| || |||||| ||||||||| |||||    
T  12641624 ggattccaatgatcacgtggccagtgcaaggagaacagttctataatgagaagctgataactgttgtgc 12641692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 175; Significance: 1e-93; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 252 - 812
Target Start/End: Complemental strand, 13448896 - 13448339
Alignment:
Q  252 caacttcgctgaacttgacggtggagagtgcatcgaacactacgagaaaaccacaggtcacaaggcttggcatctcggtccagtttctcttattcgcaaa 351  Q
    |||||||  ||||||||| || | |||||||||  |||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||| ||||||  ||||||||||||||||    
T  13448896 caacttcagtgaacttgatggagaagagtgcatacaacactacgagaaagccacgggtcacaaggtttggcatcttggtccaacttctcttattcgcaaa 13448797  T
Q  352 tccgttcaagagaaagcagaaaggggacatgagagtgttgtgggcgtacaagagtgtctgtgatggcttaattcaaagcgagataactcagtgttgtaca 451  Q
     | | |||||||||| |||| |||||| ||||| ||| ||||   || || ||| | ||| | |||||  ||||| || ||| |||||||||||||||||    
T  13448796 actgctcaagagaaatcagagaggggaaatgagggtgctgtgaatgtgcacgagagcctgagttggctcgattcagagagagttaactcagtgttgtaca 13448697  T
Q  452 tatgctttggaagcaattgttatttctctgataaacaattatatgagattgcgtgtggaatagaagcatcgggtcacgaatttgtatgggttgttcctga 551  Q
    |||| ||||||||||     ||||| |||||||||||| |||| ||||| || ||||  ||||||||||| ||||||  |||  ||||||||||||||||    
T  13448696 tatgttttggaagcatcaactatttttctgataaacaactatacgagatggcatgtgcgatagaagcatccggtcacccattcatatgggttgttcctga 13448597  T
Q  552 aaagaaagggaaagtggatgagagcgaagaggagaaagacaagtggttggcgaaaggatttgaagagagaaacattgaaaagaagaagggtttgatcatt 651  Q
     |||||||||||||  |||||||||||||| |||||||| ||||||||  |||| ||||||||||||||||| || |    |||||||||||||||||||    
T  13448596 gaagaaagggaaagaagatgagagcgaagaagagaaagaaaagtggttaccgaagggatttgaagagagaaatatcg---ggaagaagggtttgatcatt 13448500  T
Q  652 aaggggtgggccccacaagttatgatcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacgcattgcgggtggaactccaccattgaggctgttagtgcag 751  Q
    | ||| ||||||||||| |||| |||  || ||||| | || ||||| |  |||||||||||||||||| ||||||| ||| | |||||||||||||| |    
T  13448499 aggggttgggccccacaggttaagatattgagccaccctgcagtggggggatttatgacgcattgcggggggaactcaaccgtagaggctgttagtgcgg 13448400  T
Q  752 ggatcccaatgataacgtggcccgtacatgaagaagaattctacaacgagaagttgataac 812  Q
    |  | ||||||||||||||||| || |||| |||  |||||||||| |||||  |||||||    
T  13448399 gagttccaatgataacgtggccggttcatggagatcaattctacaatgagaaactgataac 13448339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 252 - 803
Target Start/End: Complemental strand, 13440733 - 13440185
Alignment:
Q  252 caacttcgctgaacttgacggtggagagtgcatcgaacactacgagaaaaccacaggtcacaaggcttggcatctcggtccagtttctcttattcgcaaa 351  Q
    ||||||| ||||||||||||| | |||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| |||    
T  13440733 caacttcactgaacttgacggagaagagtgcatccaacactatgagaaaaccacgggtcacaaggtttggcatctcggtccaacttctcttattcgtaaa 13440634  T
Q  352 tccgttcaagagaaagcagaaaggggacatgagagtgttgtgggcgtacaagagtgtctgtgatggcttaattcaaagcgagataactcagtgttgtaca 451  Q
     || |||||||||||||||| |||||| | ||| ||| ||||  | | || || ||  || | |||||  | ||| ||  || |||||| ||||||||||    
T  13440633 accattcaagagaaagcagagaggggaaaggagggtgatgtgaacatgcacgaatgcatgagttggctcgactcagagaaagttaactcggtgttgtaca 13440534  T
Q  452 tatgctttggaagcaattgttatttctctgataaacaattatatgagattgcgtgtggaatagaagcatcgggtcacgaatttgtatgggttgttcctga 551  Q
    |||| ||||||||||     |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| | ||||||||||||  |||||  |||  ||||||||||||||||    
T  13440533 tatgttttggaagcatcaactatttctctgataaacaactatatgagatggcgtgcgcaatagaagcatctagtcacccattcatatgggttgttcctga 13440434  T
Q  552 aaagaaagggaaagtggatgagagcgaagaggagaaagacaagtggttggcgaaaggatttgaagagagaaacattgaaaagaagaagggtttgatcatt 651  Q
     |||||||||||||  |||||||| || || |||||||| ||||||||| | || ||||| |||||||||||||||   | || || |||||||||||||    
T  13440433 gaagaaagggaaagaagatgagagtgaggaagagaaagaaaagtggttgccaaagggattcgaagagagaaacatt---aggaggatgggtttgatcatt 13440337  T
Q  652 aaggggtgggccccacaagttatgatcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacgcattgcgggtggaactccaccattgaggctgttagtgcag 751  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||  || ||||| | |||||||| |  |||||||||||||||||| ||||||| |   | ||| |||||||||| |    
T  13440336 aagggttgggccccacaagttaagatattgagccaccctgcggtggggggatttatgacgcattgcggggggaactcaattgtagagtctgttagtgcgg 13440237  T
Q  752 ggatcccaatgataacgtggcccgtacatgaagaagaattctacaacgagaa 803  Q
    |  | ||||||||||||||||| || |||| |||  ||||||||||||||||    
T  13440236 gagttccaatgataacgtggccggttcatggagatcaattctacaacgagaa 13440185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 276 - 803
Target Start/End: Complemental strand, 13455343 - 13454819
Alignment:
Q  276 agagtgcatcgaacactacgagaaaaccacaggtcacaaggcttggcatctcggtccagtttctcttattcgcaaatccgttcaagagaaagcagaaagg 375  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||| | ||||||  |||||||||| ||| | |||||||||| ||| |||| |||    
T  13455343 agagtgcatccaacactacgaaaaaacaacaggtcacaaggtttggcatattggtccaacttctcttatttgcagaaccgttcaagaaaaatcagagagg 13455244  T
Q  376 ggacatgagagtgttgtgggcgtacaagagtgtctgtgatggcttaattcaaagcgagataactcagtgttgtacatatgctttggaagcaattgttatt 475  Q
    ||| | |||  | |||||   ||||| ||||| ||| | |||||| | |||||| ||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||    |||||    
T  13455243 ggaaacgaggtttttgtgaatgtacacgagtgcctgagctggcttgactcaaagagagttaactcagtattgtacatatgttttggaagcatcaattatt 13455144  T
Q  476 tctctgataaacaattatatgagattgcgtgtggaatagaagcatcgggtcacgaatttgtatgggttgttcctgaaaagaaagggaaagtggatgagag 575  Q
      ||| |||||||| |||||||||| || ||   | |||||||| | |||||    ||  ||||||||||||| || |||||||||||||  ||||||||    
T  13455143 catctaataaacaactatatgagatggcatgctcactagaagcagcaggtcaaccgttcatatgggttgttccggagaagaaagggaaagaagatgagag 13455044  T
Q  576 cgaagaggagaaagacaagtggttggcgaaaggatttgaagagagaaacattgaaaagaagaagggtttgatcattaaggggtgggccccacaagttatg 675  Q
    ||||||||||||| | ||||||||| |||| ||||||||||||| |||||| |   |||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |    
T  13455043 cgaagaggagaaacaaaagtggttgccgaagggatttgaagagaaaaacatcg---agaaaaagggtttgatcattaggggttgggccccacaagttaag 13454947  T
Q  676 atcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacgcattgcgggtggaactccaccattgaggctgttagtgcagggatcccaatgataacgtggcccg 775  Q
    ||  || | ||| | || ||||| |  |||||||||||||||||| ||||||| | | | |||||||||||    ||  | ||||||||||||||||| |    
T  13454946 atattgagtcaccctgcagtggggggatttatgacgcattgcggggggaactcaatcgtagaggctgttagcatgggagttccaatgataacgtggccag 13454847  T
Q  776 tacatgaagaagaattctacaacgagaa 803  Q
    | |||| |||  ||||||||||||||||    
T  13454846 tccatggagatcaattctacaacgagaa 13454819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 124; Significance: 3e-63; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 252 - 677
Target Start/End: Complemental strand, 28385867 - 28385445
Alignment:
Q  252 caacttcgctgaacttgacggtggagagtgcatcgaacactacgagaaaaccacaggtcacaaggcttggcatctcggtccagtttctcttattcgcaaa 351  Q
    |||||| | ||||||||| || | ||||||  || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||  |||  ||||||| |||    
T  28385867 caactttgttgaacttgatggagaagagtgtgtcaaacactacgagaaaaccacgggtcacaaggcttggcatcttggtccaacttcctttattcgtaaa 28385768  T
Q  352 tccgttcaagagaaagcagaaaggggacatgagagtgttgtgggcgtacaagagtgtctgtgatggcttaattcaaagcgagataactcagtgttgtaca 451  Q
     | ||||||||||||||||| | |||| |  |||||| |||| |||  || ||||| |||   ||||| || ||| |||||| |||||||||  ||||||    
T  28385767 actgttcaagagaaagcagagaagggaaacaagagtgatgtgagcgagcacgagtgcctgaactggctcaaatcacagcgagttaactcagttgtgtaca 28385668  T
Q  452 tatgctttggaagcaattgttatttctctgataaacaattatatgagattgcgtgtggaatagaagcatcgggtcacgaatttgtatgggttgttcctga 551  Q
    |||| ||||||||||      ||||||||||||||||| ||||||||||||| || | | |||||||||| ||||||  |||  ||||||||||||||||    
T  28385667 tatgttttggaagcataaaccatttctctgataaacaactatatgagattgcatgcgcagtagaagcatcaggtcacccattcatatgggttgttcctga 28385568  T
Q  552 aaagaaagggaaagtggatgagagcgaagaggagaaagacaagtggttggcgaaaggatttgaagagagaaacattgaaaagaagaagggtttgatcatt 651  Q
     |||||||||||||  ||||||| |||||| |||||||| |||||| || | || |||||||| ||||||||||||| |   ||||||||||| || ||     
T  28385567 gaagaaagggaaagaagatgagatcgaagaagagaaagaaaagtggctgccaaagggatttgaggagagaaacattgga---aagaagggtttcataatc 28385471  T
Q  652 aaggggtgggccccacaagttatgat 677  Q
    | ||| ||||||||||||||| ||||    
T  28385470 aggggttgggccccacaagttctgat 28385445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 243 - 773
Target Start/End: Complemental strand, 12541227 - 12540700
Alignment:
Q  243 cattgtcagcaacttcgctgaacttgacggtggagagtgcatcgaacactacgagaaaaccacaggtcacaaggcttggcatctcggtccagtttctctt 342  Q
    |||| ||| |||||| | ||||||||| || | ||||||  || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||  |||| ||    
T  12541227 cattatcaacaactttgttgaacttgatggagaagagtgtgtccaacactacgagaaaaccacgggtcacaaggcttggcatcttggtccaacttctttt 12541128  T
Q  343 attcgcaaatccgttcaagagaaagcagaaaggggacatgagagtgttgtgggcgtacaagagtgtctgtgatggcttaattcaaagcgagataactcag 442  Q
    ||||  |||  | |||||||||||||||  |||||| ||||| ||| || | |||  || ||||  ||  | ||||| || ||| ||| || ||||||||    
T  12541127 attcagaaaaacattcaagagaaagcagggaggggaaatgagggtgctgcgagcgagcacgagtcccttagctggctcaactcacagcaagttaactcag 12541028  T
Q  443 tgttgtacatatgctttggaagcaattgttatttctctgataaacaattatatgagattgcgtgtggaatagaagcatcgggtcacgaatttgtatgggt 542  Q
    || |||||||||| ||||||||||    | |||||| ||| |||||| ||||||||||||| |||| | |||||| |  |||||||  |||  |||||||    
T  12541027 tggtgtacatatgttttggaagcataaatcatttctttgacaaacaactatatgagattgcatgtgcagtagaaggaatgggtcacccattcatatgggt 12540928  T
Q  543 tgttcctgaaaagaaagggaaagtggatgagagcgaagaggagaaagacaagtggttggcgaaaggatttgaagagagaaacattgaaaagaagaagggt 642  Q
    ||||||||| |||| ||||||||  |||||||  ||||| |||||||| |||||| || |||| |||||||| ||||||||||||| |   || ||||||    
T  12540927 tgttcctgagaagagagggaaagaagatgagactgaagaagagaaagaaaagtggatgccgaagggatttgaggagagaaacattgga---aaaaagggt 12540831  T
Q  643 ttgatcattaaggggtgggccccacaagttatgatcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacgcattgcgggtggaactccaccattgaggctg 742  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||| |||| |||  || ||||| | |||||||| |  |||||||| ||||| ||| | ||||| |   | |||||||    
T  12540830 ttgatcattaggggttgggccccacaggttaagatattgagccaccctgcggtggggggatttatgacacattgtgggggaaactcaattgtagaggctg 12540731  T
Q  743 ttagtgcagggatcccaatgataacgtggcc 773  Q
    || |||| ||  | |||||||||||||||||    
T  12540730 ttggtgcgggagttccaatgataacgtggcc 12540700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 105; Significance: 6e-52; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 435 - 773
Target Start/End: Original strand, 3417356 - 3417691
Alignment:
Q  435 taactcagtgttgtacatatgctttggaagcaattgttatttctctgataaacaattatatgagattgcgtgtggaatagaagcatcgggtcacgaattt 534  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||      |||||||||||||||||| ||||||||||||| |  | |||||||||||||||||||  |||     
T  3417356 taactcagtgttgtacatatgttttggaagcttaaactatttctctgataaacaactatatgagattgcatacgcaatagaagcatcgggtcacccattc 3417455  T
Q  535 gtatgggttgttcctgaaaagaaagggaaagtggatgagagcgaagaggagaaagacaagtggttggcgaaaggatttgaagagagaaacattgaaaaga 634  Q
     |||||||||||| ||| |||||||| ||||  ||||||| |||||| |||||||| ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||| |   |    
T  3417456 atatgggttgttcttgagaagaaaggaaaagaagatgagaacgaagaagagaaagaaaagtggttgccgaagggatttgaggagagaaacattgga---a 3417552  T
Q  635 agaagggtttgatcattaaggggtgggccccacaagttatgatcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacgcattgcgggtggaactccaccat 734  Q
    |||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||  |||  || ||||| | ||||| || |  |||||||| ||||| ||| |||||||     |    
T  3417553 agaagggtttgatcgttaggggttgggccccacaggttcagatattgagccaccctgcggtagggggatttatgacacattgtggggggaactcatttgt 3417652  T
Q  735 tgaggctgttagtgcagggatcccaatgataacgtggcc 773  Q
    |||||||||| |||||||  | |||||||||||||||||    
T  3417653 tgaggctgttggtgcaggagttccaatgataacgtggcc 3417691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 247 - 333
Target Start/End: Original strand, 3417171 - 3417257
Alignment:
Q  247 gtcagcaacttcgctgaacttgacggtggagagtgcatcgaacactacgagaaaaccacaggtcacaaggcttggcatctcggtcca 333  Q
    |||| |||||||  ||||||||| || | |||||| ||  ||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3417171 gtcaacaacttcattgaacttgatggagaagagtgtattcaacactatgagaaaaccgtaggtcacaaggcttggcatcttggtcca 3417257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University