View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5761_low_1 (Length: 691)

Name: NF5761_low_1
Description: NF5761
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5761_low_1
NF5761_low_1
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (19-682)||(18046965-18047631)
chr4 (141-677)||(18033647-18034183)
chr4 (19-123)||(18033492-18033599)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (19-682)||(4397695-4398361)
chr3 (141-682)||(4498281-4498822)
chr3 (141-677)||(4519346-4519882)
chr3 (160-678)||(4529533-4530051)
chr3 (19-123)||(4519957-4520064)
chr3 (27-123)||(4530142-4530238)
chr3 (19-123)||(4498870-4498977)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 589; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 589; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 18047631 - 18046965
Alignment:
Q  19 agattacatatccagtctggtaactttttgccgcaaaacccatctataactagtttttgaagcgaatggtg---tggctgcaggccttgtaaaatgatct 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  18047631 agattccatatccagtctggtaacctgctgccgcaaaacccatctataactagttttcgaagtgagtggtggtgtggctgcaggccttgtaaaatgatct 18047532  T
Q  116 catcttcctccatgatctcattctggtcgacatgattccatcgcaattccaattgttgaaggtgttgcttctcaagaagtacttttgcagattcaatctt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  18047531 catcttcctccatgatctcattctggtcgacatgattccatcgtaattccaaatgttgaaggtgtcgcttctcaacaagtacttttgcagattcaatctc 18047432  T
Q  216 tgcagcattatttcgcaggaaattcaacccttttaattctaatctccctctcaggttgtttagcttagccaactcatttacacttgtacttccagagttc 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18047431 tgcagcattatttcgcaggaaattcaacccttttaattctaatctccctctcaggttgtttagcctagccaactcatttacacttgtacttccagagttc 18047332  T
Q  316 agtacaaaaagtgttagtgtttgaagatcagtcaactgtcctagcccccgtggcatacatgtcaatctctcgcaaccatttaactcaagatgcctgagac 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18047331 agtacaaaaagtgttagtgtttgaagatcagtcaactgtcctagcccccgtggcatacatctcaatctctcgcaaccatttaactcaagatgcctgagac 18047232  T
Q  416 ttctattgagattttctggcaatatttcaagcttagaacaatcagaaagttttagagtttgcaagttcagtaggctagtaatggtcggaggaagatttat 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  18047231 ttctattgagattttctggcaatatttcaagcttagaacaatcagcaagttttagagtttgcaagttcagtaggctagtaatggtcggaggaagattttt 18047132  T
Q  516 aagtacattgttccgtgatagatcaatatatcttaaatgcttcatttcttcaatactatttgggatttcttcaatattcaacccacaaagtgtcaacaca 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18047131 aagtacattgttccgtgatagatcaatatatcttaaatgcttcatttcttcaatactatttgggatttcttcaatattcaacccacaaagtgtcaacaca 18047032  T
Q  616 cgcaagaactttaagcctgagaaggaaaaaacatctgactgaagcaaacgattgcttgcattcattt 682  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18047031 cgcaagaactttaagcctgagaaggaaaaaacatctgactgaagcaaacgattgcttgcattcattt 18046965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 505; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 141 - 677
Target Start/End: Original strand, 18033647 - 18034183
Alignment:
Q  141 gtcgacatgattccatcgcaattccaattgttgaaggtgttgcttctcaagaagtacttttgcagattcaatctttgcagcattatttcgcaggaaattc 240  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  18033647 gtcgacatgattccatcgcaattccaattgttgaaggtgtcgcttctcaagaagtacttttgcagattcaatcttttcagcattatttcgcaggaaattc 18033746  T
Q  241 aacccttttaattctaatctccctctcaggttgtttagcttagccaactcatttacacttgtacttccagagttcagtacaaaaagtgttagtgtttgaa 340  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18033747 aacccttttaattctaatctccctctcaggttgtttagctcacccaactcatttacacttgtacttccagagttcagtacaaaaagtgttagtgtttgaa 18033846  T
Q  341 gatcagtcaactgtcctagcccccgtggcatacatgtcaatctctcgcaaccatttaactcaagatgcctgagacttctattgagattttctggcaatat 440  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18033847 gatcagtcaactgtcctagcccacgtggcatacatgtcaaactctcgcaaccatttaactcaagatgcctgagacttctattgagattttctggcaatat 18033946  T
Q  441 ttcaagcttagaacaatcagaaagttttagagtttgcaagttcagtaggctagtaatggtcggaggaagatttataagtacattgttccgtgatagatca 540  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  18033947 ttcaagcttagaacaatcagaaagttttagagtttgcaagttcagtaggctagtaatggtcggaggaagatttttaagtacattgttccgtgatagatca 18034046  T
Q  541 atatatcttaaatgcttcatttcttcaatactatttgggatttcttcaatattcaacccacaaagtgtcaacacacgcaagaactttaagcctgagaagg 640  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18034047 atatatcttaaatgcttcatttcttcaatactatttgggatttcttcaatattcaacccacaaagtgtcaacacacgcaagaactttaagcctgagaagg 18034146  T
Q  641 aaaaaacatctgactgaagcaaacgattgcttgcatt 677  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18034147 aaaaatcatctgactgaagcaaacgattgcttgcatt 18034183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 123
Target Start/End: Original strand, 18033492 - 18033599
Alignment:
Q  19 agattacatatccagtctggtaactttttgccgcaaaacccatctataactagtttttgaagcga---atggtgtggctgcaggccttgtaaaatgatct 115  Q
    ||||| || ||||||||||||||| |  |||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||    |||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  18033492 agattccacatccagtctggtaacctgctgccacaaaacccatctataactagttttcgaagtgagtggtggtgtggctgcaggcctagaaaaatgatct 18033591  T
Q  116 catcttcc 123  Q
    ||||||||    
T  18033592 catcttcc 18033599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 589; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 589; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 682
Target Start/End: Original strand, 4397695 - 4398361
Alignment:
Q  19 agattacatatccagtctggtaactttttgccgcaaaacccatctataactagtttttgaagcgaatggt---gtggctgcaggccttgtaaaatgatct 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||   |||||||||||||||||||||||||||    
T  4397695 agattccatatccagtctggtaacctgctgccgcaaaacccatctataactagttttcgaagtgagtggtggtgtggctgcaggccttgtaaaatgatct 4397794  T
Q  116 catcttcctccatgatctcattctggtcgacatgattccatcgcaattccaattgttgaaggtgttgcttctcaagaagtacttttgcagattcaatctt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  4397795 catcttcctccatgatctcattctggtcgacatgattccatcgtaattccaaatgttgaaggtgtcgcttctcaacaagtacttttgcagattcaatctc 4397894  T
Q  216 tgcagcattatttcgcaggaaattcaacccttttaattctaatctccctctcaggttgtttagcttagccaactcatttacacttgtacttccagagttc 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4397895 tgcagcattatttcgcaggaaattcaacccttttaattctaatctccctctcaggttgtttagcctagccaactcatttacacttgtacttccagagttc 4397994  T
Q  316 agtacaaaaagtgttagtgtttgaagatcagtcaactgtcctagcccccgtggcatacatgtcaatctctcgcaaccatttaactcaagatgcctgagac 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4397995 agtacaaaaagtgttagtgtttgaagatcagtcaactgtcctagcccccgtggcatacatctcaatctctcgcaaccatttaactcaagatgcctgagac 4398094  T
Q  416 ttctattgagattttctggcaatatttcaagcttagaacaatcagaaagttttagagtttgcaagttcagtaggctagtaatggtcggaggaagatttat 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4398095 ttctattgagattttctggcaatatttcaagcttagaacaatcagcaagttttagagtttgcaagttcagtaggctagtaatggtcggaggaagattttt 4398194  T
Q  516 aagtacattgttccgtgatagatcaatatatcttaaatgcttcatttcttcaatactatttgggatttcttcaatattcaacccacaaagtgtcaacaca 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4398195 aagtacattgttccgtgatagatcaatatatcttaaatgcttcatttcttcaatactatttgggatttcttcaatattcaacccacaaagtgtcaacaca 4398294  T
Q  616 cgcaagaactttaagcctgagaaggaaaaaacatctgactgaagcaaacgattgcttgcattcattt 682  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4398295 cgcaagaactttaagcctgagaaggaaaaaacatctgactgaagcaaacgattgcttgcattcattt 4398361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 502; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 141 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 4498822 - 4498281
Alignment:
Q  141 gtcgacatgattccatcgcaattccaattgttgaaggtgttgcttctcaagaagtacttttgcagattcaatctttgcagcattatttcgcaggaaattc 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4498822 gtcgacatgattccatcgcaattccaattgttgaaggtgtcacttctcaagaagtacttttgcagattcaatcttttcagcattatttcgcaggaaattc 4498723  T
Q  241 aacccttttaattctaatctccctctcaggttgtttagcttagccaactcatttacacttgtacttccagagttcagtacaaaaagtgttagtgtttgaa 340  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4498722 aacccttttaattctaatctccctctcaggttgtttagctcacccaactcatttacacttgtacttccagagttcagtacaaaaagtgttagtgtttgaa 4498623  T
Q  341 gatcagtcaactgtcctagcccccgtggcatacatgtcaatctctcgcaaccatttaactcaagatgcctgagacttctattgagattttctggcaatat 440  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4498622 gatcagtcaactgtcctagcccacatggcatacatgtcaaactctcgcaaccatttaactcaagatgcctgagacttctattgagattttctggcaatat 4498523  T
Q  441 ttcaagcttagaacaatcagaaagttttagagtttgcaagttcagtaggctagtaatggtcggaggaagatttataagtacattgttccgtgatagatca 540  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4498522 ttcaagcttagaacaatcagaaagttttagagtttgcaagttcagtaggctagtaatggtcggaggaagatttttaagtacattgttccgtgatagatca 4498423  T
Q  541 atatatcttaaatgcttcatttcttcaatactatttgggatttcttcaatattcaacccacaaagtgtcaacacacgcaagaactttaagcctgagaagg 640  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4498422 atatatcttaaatgcttcatttcttcaatactatttgggatttcttcaatattcaacccacaaagtgtcaacacacgcaagaactttaagcctgagaagg 4498323  T
Q  641 aaaaaacatctgactgaagcaaacgattgcttgcattcattt 682  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4498322 aaaaaacatctgactgaagaaaacgattgcttgcattcattt 4498281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 497; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 141 - 677
Target Start/End: Complemental strand, 4519882 - 4519346
Alignment:
Q  141 gtcgacatgattccatcgcaattccaattgttgaaggtgttgcttctcaagaagtacttttgcagattcaatctttgcagcattatttcgcaggaaattc 240  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  4519882 gtcgacatgattccatcgcaattccaattgttgaaggtgtcgcttctcaacaagtacttttgcagattcaatctctgcagcattatttcgcaggaacttc 4519783  T
Q  241 aacccttttaattctaatctccctctcaggttgtttagcttagccaactcatttacacttgtacttccagagttcagtacaaaaagtgttagtgtttgaa 340  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4519782 aacccttttaattctaatctccctctcaggttgtttagctcacccaactcatttacacttgtacttccagagttcagtacaaaaagtgttagtgtttgaa 4519683  T
Q  341 gatcagtcaactgtcctagcccccgtggcatacatgtcaatctctcgcaaccatttaactcaagatgcctgagacttctattgagattttctggcaatat 440  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4519682 gatcagtcaactgtcctagcccacgtggcatacatgtcaaactctcgcaaccatttaactcaagatgcctgagacttctattgagattttctggcaatat 4519583  T
Q  441 ttcaagcttagaacaatcagaaagttttagagtttgcaagttcagtaggctagtaatggtcggaggaagatttataagtacattgttccgtgatagatca 540  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4519582 ttcaagcttagaacaatcagaaagttttagagtttgcaagttcagtaggctagtaatggtcggaggaagatttttaagtacattgttccgtgatagatca 4519483  T
Q  541 atatatcttaaatgcttcatttcttcaatactatttgggatttcttcaatattcaacccacaaagtgtcaacacacgcaagaactttaagcctgagaagg 640  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4519482 atatatcttaaatgcttcatttcttcaatactatttgggatttcttcaatattcaacccacaaagtgtcaacacacgcaagaactttaagcctgagaagg 4519383  T
Q  641 aaaaaacatctgactgaagcaaacgattgcttgcatt 677  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4519382 aaaaatcatctgactgaagcaaacgattgcttgcatt 4519346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 160 - 678
Target Start/End: Complemental strand, 4530051 - 4529533
Alignment:
Q  160 aattccaattgttgaaggtgttgcttctcaagaagtacttttgcagattcaatctttgcagcattatttcgcaggaaattcaacccttttaattctaatc 259  Q
    ||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||   ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  4530051 aattccaatagctgaaggtgttccttctcaagaagtacttttacaaattcaatctctgcagcagcgtttcgcaggaaatccaacctttttatttctaatc 4529952  T
Q  260 tccctctcaggttgtttagcttagccaactcatttacacttgtacttccagagttcagtacaaaaagtgttagtgtttgaagatcagtcaactgtcctag 359  Q
    | ||||| ||||||||||||| | | |||||||||||  | ||||||| |  |||||||||||||||||| ||||||||||||| |  ||||||| |||     
T  4529951 ttcctctaaggttgtttagctcacctaactcatttacgttcgtacttctattgttcagtacaaaaagtgtcagtgtttgaagattaaccaactgtactaa 4529852  T
Q  360 cccccgtggcatacatgtcaatctctcgcaaccatttaactcaagatgcctgagacttctattgagattttctggcaatatttcaagcttagaacaatca 459  Q
    |||  ||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||    
T  4529851 cccttgtggcatacatctcaatctctcacaaccattcaactcaagatgcctaagacttttgttgagattttctggtaatatttcgagctcagaacaatca 4529752  T
Q  460 gaaagttttagagtttgcaagttcagtaggctagtaatggtcggaggaagatttataagtacattgttccgtgatagatcaatatatcttaaatgcttca 559  Q
    ||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||  ||| ||||||| | |||||||| |  ||  |||||||||||||||||| | ||||||||    
T  4529751 gaaagttttagagtttgaaggttctgtaggctagtaatgcccggcggaagatctttaagtacaatactctttgatagatcaatatatctcagatgcttca 4529652  T
Q  560 tttcttcaatactatttgggatttcttcaatattcaacccacaaagtgtcaacacacgcaagaactttaagcctgagaaggaaaaaacatctgactgaag 659  Q
    | ||||||||||||||||||||| |   ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| | ||||||| |    
T  4529651 tctcttcaatactatttgggattgccagaatattcaatccacaaagtgtcaacacacgtaagaactttaagcctgaaaaggaaagaacgtttgactgacg 4529552  T
Q  660 caaacgattgcttgcattc 678  Q
    || |  |||||||||||||    
T  4529551 cagataattgcttgcattc 4529533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 9e-41
Query Start/End: Original strand, 19 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 4520064 - 4519957
Alignment:
Q  19 agattacatatccagtctggtaactttttgccgcaaaacccatctataactagtttttgaagcgaa---tggtgtggctgcaggccttgtaaaatgatct 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4520064 agattacatatccagtctggtaactttttgccgcaaaacccatctataactagttttcgaagtgaatggtggtgtggctgcaggccttgtaaaatgatct 4519965  T
Q  116 catcttcc 123  Q
    ||||||||    
T  4519964 catcttcc 4519957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 9e-38
Query Start/End: Original strand, 27 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 4530238 - 4530142
Alignment:
Q  27 tatccagtctggtaactttttgccgcaaaacccatctataactagtttttgaagcgaatggtgtggctgcaggccttgtaaaatgatctcatcttcc 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||  |||||||||||    
T  4530238 tatccagtctggtaactttttgccgcaaaacccatctataactagtttttgaagcgaatggtgtggctgcagaccttctaaaatcttctcatcttcc 4530142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 4498977 - 4498870
Alignment:
Q  19 agattacatatccagtctggtaactttttgccgcaaaacccatctataactagtttttgaagcga---atggtgtggctgcaggccttgtaaaatgatct 115  Q
    ||||| || ||||||||||||||| |  |||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||    |||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  4498977 agattccacatccagtctggtaacctgctgccacaaaacccatctataactagttttcgaagtgagtggtggtgtggctgcaggcctagaaaaatgatct 4498878  T
Q  116 catcttcc 123  Q
    ||||||||    
T  4498877 catcttcc 4498870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University