View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5767-Insertion-1 (Length: 882)

Name: NF5767-Insertion-1
Description: NF5767
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5767-Insertion-1
NF5767-Insertion-1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (7-882)||(420400-421266)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 766; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 766; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 882
Target Start/End: Complemental strand, 421266 - 420400
Alignment:
Q  7 atcagctaacctaacattaaagcagaaaattgcggccaacaaaagctgatagtgtttgcttctatataaagaaatttaaagattcattcttaggaatcaa 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  421266 atcagctaacctaacattaaagcagaaaattgcggccaacaaaagctgatagtgtttgcttctatataaagaaatttaaagattcattcttaggaatcaa 421167  T
Q  107 tattgttttgtgagaatatattnnnnnnntaccaaatcacacaccaaagaggtaataaaggtgataaaaagaattgtatgttgcttctagttgaaacaat 206  Q
    ||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  421166 tattgttttgtgagaatatattaaaaaaataccaaatcacacaccaaagaggtaataaaggtgataaaaagaattgtatgttgcttctagttgaaacaat 421067  T
Q  207 ggattggaataccctcaaaatctcaaagttacctcttcaagcaaccaatctcaatgcaacaattactattccctaacaaagaagaaactagatagaaata 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  421066 ggattggaataccctcaaaatctcaaagttacctcttcaagcaaccaatctcaatgcaacaattactattccctaacaaagaagaaactagatagaaata 420967  T
Q  307 gcttcaatggagaaagagattgtggaaaatctttggaatggtgatagtgaagctcaaattcaagcagcaatgaaacttagtagattgtccaataagcaaa 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  420966 gcttcaatggagaaagagattgtggaaaatctttggaatggtgatagtgaagctcaaattcaagcagcaatgaaacttagtagattgtccaataagcaaa 420867  T
Q  407 agcataatttggcagaaagtggagttatggttcctcttgtttccatgcttcattctcaaaactttgaagccatagaagcttctctttgtgcttttctcag 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  420866 agcataatttggcagaaagtggagttatggttcctcttgtttccatgcttcattctcaaaactttgaagccatagaagcttctctttgtgcttttctcag 420767  T
Q  507 cctatcctttggcagtgaaaggttagtgcattcactttctccctaaatattcaacattcaatgtaaaaaactttctccattccttcttagtcttataact 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  420766 cctatcctttggcagtgaaaggttagtgcattcactttctccctaaatattcaacattcaatgtaaaaaactttctccattccttcttagtcttataact 420667  T
Q  607 atgatcacgaaaattaacgttttttcaagttctgctatgttatttgttaaccctgtcgaaaacctcaattatcaagagtacataacaaaattttccacaa 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  420666 atgatcacgaaaattaacgttttttcaagttctgctatgttatttgttaacactgtcgaaaacctcaattatcaagagtacataacaaaattttccacaa 420567  T
Q  707 taacatgattagagaaattgagtttaaaacatactcaactaagcactctattggagtaattaaaaagtttgaactttttagcacccccatgattgnnnnn 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||         
T  420566 taacatgattagagaaattgagtttaaaacatactcaactaagcactctattggagtaattaaaaagtttgaactttttagca-ccccatgattgttttt 420468  T
Q  807 nnnnnncttcctattggggtctaaagtaatatgttttagggcaatgcatgtttttctcatttggttaactgtggat 882  Q
           |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  420467 ttt----ttcctatt-gggtctaaagtaatatgtttta-ggcaatacatg-ttttctca-ttggttaactgtggat 420400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University