View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5768_high_2 (Length: 678)

Name: NF5768_high_2
Description: NF5768
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5768_high_2
NF5768_high_2
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (272-673)||(8159034-8159435)
chr6 (21-267)||(8158810-8159056)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (33-267)||(18701908-18702142)
chr4 (344-554)||(18701668-18701878)
chr4 (554-587)||(18701618-18701651)
chr4 (272-324)||(18701878-18701930)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (33-267)||(4084418-4084652)
chr3 (359-637)||(4084080-4084374)
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (27-267)||(43896300-43896540)
chr8 (47-267)||(44312533-44312753)
chr8 (27-267)||(44301646-44301888)
chr8 (21-267)||(44306754-44307000)
chr8 (359-637)||(44312207-44312489)
chr8 (365-637)||(44301308-44301596)
chr8 (360-545)||(43896073-43896255)
chr8 (365-551)||(44306520-44306704)
chr8 (640-676)||(44312136-44312172)
chr8 (640-674)||(43895856-43895890)
chr8 (643-672)||(44306284-44306313)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (56-267)||(35856591-35856798)
chr5 (468-537)||(35856948-35857017)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 362; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 272 - 673
Target Start/End: Original strand, 8159034 - 8159435
Alignment:
Q  272 acaaatgttaacacgtgtaagaagattgagattcctcgcttgggtaagagacgcgaacatgatgagagtgaggaagttaatgaaatcaaggaagttgatg 371  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  8159034 acaaatgttaacactggtaagaagattgagattcctcgtttgggtaagagacgtgaacatgatgagagtgaggaagttgataaaatcaaggaagttgatg 8159133  T
Q  372 aagctcatgctggagaaattgtttttgtgtttgatgctcatcttgaatctggagatccttttacctatgggtctgttagatatataatgacttctgctgc 471  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8159134 aagctcatgctggagaaattgtttttgtgtttgatgctcatcttgaatctggagatacttttaccgatgggtctgttagatatataatgacttctgctgc 8159233  T
Q  472 cgatgttcctgcttattcggtctcaaaagattgtggagagaaattttcaaatggtgtgaattgattcattctagagaaataattggtttggtttattagc 571  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8159234 tgatgttcctgcttattcggtctcaaaagattgtggagagaaattttcaaatggtgtgaattgattcattctagagaaataattggtttggtttattagc 8159333  T
Q  572 tttgcaatggtttgtttcttatttataacttattttttatggtgaatctgttgcttaattattgatactgtgttctgcatttaacacttgatcctatctc 671  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8159334 tttgcaatggtttgtttcttatttataacttattttttatgctgaatctgttgcttaattattgatactgtgttctgcatttaacacttgatcctatctc 8159433  T
Q  672 tg 673  Q
    ||    
T  8159434 tg 8159435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 21 - 267
Target Start/End: Original strand, 8158810 - 8159056
Alignment:
Q  21 aggggatagaagtatttatggagggtgtaattaggtatttgccgagtccaatcgatgttagtaattatgctcttgatcaaaataggaatggcgagaaagt 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8158810 aggggatagaagtatttatggagggtgtaattaggtatttgccgagtccaatcgatgttagtaattatgctcttgatcaaaataggaatggcgagaaagt 8158909  T
Q  121 tgaattgtctggaagtattgatgctccatttgttgcaaaggctttcgtaacttggtataggatgtatttaaaattaacttacctaagaatttatcagggt 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8158910 tgaattgtctggaagtattgatgctccatttgttgcaaaggctttcgtaacttggtataggatgtatttaaaattaacttacctaagaatttatcagggt 8159009  T
Q  221 gttattaagaagggtgattttatcacaaatgttaacacgggtaagaa 267  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  8159010 gttattaagaagggtgattttattacaaatgttaacactggtaagaa 8159056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 163; Significance: 1e-86; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 33 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 18702142 - 18701908
Alignment:
Q  33 tatttatggagggtgtaattaggtatttgccgagtccaatcgatgttagtaattatgctcttgatcaaaataggaatggcgagaaagttgaattgtctgg 132  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  18702142 tattaatggagggtgtaattaggtatttgccaagtccaatcgatgttagtaattatgctcttgatctaaataagaatggtgagaaagttgaattgtctgg 18702043  T
Q  133 aagtattgatgctccatttgttgcaaaggctttcgtaacttggtataggatgtatttaaaattaacttacctaagaatttatcagggtgttattaagaag 232  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| | || |||| ||  || |||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18702042 aagtattgatgcaccatttgttgcaaaggcttttgcaaattggcatgagaggtatttcaaattaacttatctaagaatctatcagggtgttattaagaag 18701943  T
Q  233 ggtgattttatcacaaatgttaacacgggtaagaa 267  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  18701942 ggtgattttattacaaatgttaacactggtaagaa 18701908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 9e-72
Query Start/End: Original strand, 344 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 18701878 - 18701668
Alignment:
Q  344 gaagttaatgaaatcaaggaagttgatgaagctcatgctggagaaattgtttttgtgtttgatgctcatcttgaatctggagatcctttta---cctatg 440  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||   || |||    
T  18701878 gaagttaataaaatcgaggaagttgatgaagctcatgctggagaaattgtttttgtttttgatgctcatcttgaatctggagatacttttaccgccaatg 18701779  T
Q  441 ggtctgttagatatataatgacttctgctgccgatgttcctgcttattcggtctcaaaagattgtggagagaaattttcaaatggtgtgaattgattcat 540  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||  ||  | | |||||||||||||||||||||||||||    
T  18701778 ggtctgttagatatacaatgacttctgct---gatgttcctgcttattcggtctcaaaagattccgggcatacattttcaaatggtgtgaattgattcat 18701682  T
Q  541 tctagagaaataat 554  Q
    ||||||||||||||    
T  18701681 tctagagaaataat 18701668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 554 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 18701651 - 18701618
Alignment:
Q  554 ttggtttggtttattagctttgcaatggtttgtt 587  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18701651 ttggtttggtttattagctttgcaatggtttgtt 18701618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 272 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 18701930 - 18701878
Alignment:
Q  272 acaaatgttaacacgtgtaagaagattgagattcctcgcttgggtaagagacg 324  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||    
T  18701930 acaaatgttaacactggtaagaagattcagattcctcgtttgggcaagagacg 18701878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 163; Significance: 1e-86; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 33 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 4084652 - 4084418
Alignment:
Q  33 tatttatggagggtgtaattaggtatttgccgagtccaatcgatgttagtaattatgctcttgatcaaaataggaatggcgagaaagttgaattgtctgg 132  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  4084652 tatttatggagggtgtaattaggtatttgccgagtccaatcgatgttagtaattatgctcatgatcaaaataggaatggtgagaaagttgaattgtttgg 4084553  T
Q  133 aagtattgatgctccatttgttgcaaaggctttcgtaacttggtataggatgtatttaaaattaacttacctaagaatttatcagggtgttattaagaag 232  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||||||  |  |||| |||||  || ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  4084552 aagtattgatgcaccatttgttggaaaggctttcacatattggcataggccgtttttaaaattaacttatctaagaatctatcagggtgttatcaagaag 4084453  T
Q  233 ggtgattttatcacaaatgttaacacgggtaagaa 267  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  4084452 ggtgattttattacaaatgttaacaccggtaagaa 4084418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 359 - 637
Target Start/End: Complemental strand, 4084374 - 4084080
Alignment:
Q  359 aaggaagttgatgaagctcatgctggagaaattgtttttgtgtt------tgatgctcatcttgaatctggagatccttttacctatgggtctgttagat 452  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||      |||||||  |||| ||||||||||| |||||||  | |||||| ||||||    
T  4084374 aaggcagttgatgaagctcatgctggagaacttgttattgtgttaaagtttgatgctattcttaaatctggagatacttttactgacgggtctattagat 4084275  T
Q  453 atataatgacttctgctgccgatgttcctgcttattcggtctcaaaagattgtggagagaaattttcaaatggtgtgaattgattcattctagagaaat- 551  Q
    ||| ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||     
T  4084274 atacaatgacttctgc---cgatgttcctgcttattcggtctcaaaggattcaggagagaaattttcaaatggtgtgaatggattcattccagagaaatg 4084178  T
Q  552 ------------aattggtttggtttattagctttgcaatggtttgtttcttatttataacttattttttatggtgaatctgttgcttaattattgat 637  Q
                | ||||||||| || |||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4084177 atcctacttaccagttggtttggcttgttagctttactatggtttgttgcttatttataacttattttttatggtgaatttgttgcttaattattgat 4084080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 137; Significance: 3e-71; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 27 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 43896540 - 43896300
Alignment:
Q  27 tagaagtatttatggagggtgtaattaggtatttgccgagtccaatcgatgttagtaattatgctcttgatcaaaataggaatggcgagaaagttgaatt 126  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  43896540 tagaactacttatggagggtgtaattaggtatttgccgggtccaatcgatgttagtaattatgctcttgatcaaaataggaatggtgagaaagttgaatt 43896441  T
Q  127 gtctggaagtattgatgctccatttgttgcaaaggctttcgtaacttggtataggatgtatttaaaattaacttacctaagaatttatcagggtgttatt 226  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||  || |  |  |||||   ||  |  | ||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  43896440 gtctggaagcattgatgcgccatttgttgcaaaggttttcacaaatgtgattaggaatgatggattagtaacttatctaagaatctatcagggtgttatt 43896341  T
Q  227 aagaagggtgattttatcacaaatgttaacacgggtaagaa 267  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  43896340 aagaagggtgattttattacaaatgttaacactggtaagaa 43896300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 47 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 44312753 - 44312533
Alignment:
Q  47 gtaattaggtatttgccgagtccaatcgatgttagtaattatgctcttgatcaaaataggaatggcgagaaagttgaattgtctggaagtattgatgctc 146  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||  |    
T  44312753 gtaattaggtatttgccaagtccaatcgatgttagtaattatgctcttgatcaaaataagaatggtgagaaagttgaattgtctggaagtgttgatgagc 44312654  T
Q  147 catttgttgcaaaggctttcgtaacttggtataggat---gtatttaaaattaacttacctaagaatttatcagggtgttattaagaagggtgattttat 243  Q
    ||||||| ||||||| ||||  || |  |||||||||   ||| ||   ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44312653 catttgtagcaaaggttttcacaaatatgtataggattaggtactt---attaacttatctaagaatctatcagggtgttattaagaagggtgattttat 44312557  T
Q  244 cacaaatgttaacacgggtaagaa 267  Q
     ||||| |||||||| ||||||||    
T  44312556 tacaaacgttaacactggtaagaa 44312533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 27 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 44301888 - 44301646
Alignment:
Q  27 tagaagtatttatggagggtgtaattaggtatttgccgagtccaatcgatgttagtaattatgctcttgatcaaaataggaatggcgagaaagttgaatt 126  Q
    ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  44301888 tagaactacttatggaggatgtaattaggtatttgccgagtccaatcgatgttagtaattatgctcttgatcaaaataagaatggtgagaaagttgaatt 44301789  T
Q  127 gtctggaagtattgatgctccatttgttgcaaaggctttcgtaacttggtatag----gatgtatttaaaattaacttacctaagaatttatcagggtgt 222  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||| ||||||| ||||  || || |||| |    |||| |||     |||||||  |||||||| |||||||||||    
T  44301788 gtctggaagtgttgatgcgccatttgtagcaaaggttttcacaaatttgtattggagtgatggatt--cttttaacttgtctaagaatctatcagggtgt 44301691  T
Q  223 tattaagaagggtgattttatcacaaatgttaacacgggtaagaa 267  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||    
T  44301690 tatcaagaagggtgattttattacaaatgttaacactggtgagaa 44301646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 7e-57
Query Start/End: Original strand, 21 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 44307000 - 44306754
Alignment:
Q  21 aggggatagaagtatttatggagggtgtaattaggtatttgccgagtccaatcgatgttagtaattatgctcttgatcaaaataggaatggcgagaaagt 120  Q
    ||||| ||||| || ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||| |    
T  44307000 aggggttagaactacttagggagggtgtaattaggtatttgccaagtccaatcgatgttagtaattatgctcttgatctaaataagaatggtgagaaaat 44306901  T
Q  121 tgaattgtctggaagtattgatgctccatttgttgcaaaggctttcgtaact--tggt-ataggatgtatttaaaattaacttacctaagaatttatcag 217  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  || |  |  | | ||||   | ||   ||||||||| |||||||| ||||||    
T  44306900 tgaattgtctggaagtattgatgcgccatttgttgcaaaggctttcacaaataatcttaacaggagtgactt---attaacttatctaagaatctatcag 44306804  T
Q  218 ggtgttattaagaagggtgattttatcacaaatgttaacacgggtaagaa 267  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| ||||    
T  44306803 ggtgttattaagaaggatgattttattacaaatgttaacactggtgagaa 44306754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 359 - 637
Target Start/End: Complemental strand, 44312489 - 44312207
Alignment:
Q  359 aaggaagttgatgaagctcatgctggagaaattgtttttgtgtttgatgctcatcttgaatctggagatccttttacctatgggtctgttagatatataa 458  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||  |||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||    
T  44312489 aaggaagttgatgaagctcatgctggagaaattgtttttgtgtttggtgctattcttagatctggagatacttttactgatgggtctgttagatatataa 44312390  T
Q  459 tgacttctgctgccgatgttcctgcttattcggtctcaaaagattgtggagagaaattttcaaatggtgtgaattgattcattctagagaaat------- 551  Q
    ||||||   ||||||||||||        || |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |           
T  44312389 tgactt---ctgccgatgttc--------tccgtctcaaaagtttctggagagaaattttcaaatggtgtgaatggattcattcaagagaattgatccta 44312301  T
Q  552 -------aattggtttggtttattagctttgcaatggtttgtttcttatttataactta-ttttttatggtgaatctgttgcttaattattgat 637  Q
           | ||||||||| || ||| || |||  ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  44312300 cttcgccagttggtttggcttgttaactatgctttggtttgttgcttatttataacttatttttttatggtgaatttgttgcttaattattgat 44312207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 365 - 637
Target Start/End: Complemental strand, 44301596 - 44301308
Alignment:
Q  365 gttgatgaagctcatgctggagaaattgtttttgtgtttgatgctcatcttgaatctggagatccttttacctatgggtctgttagatatataatgactt 464  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| | |  |  |||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||| |||| |||    
T  44301596 gttgatgaagctcatgccggagaaattgttattgtgttagctattgttcttaaatctggagatacttttactgatgggtctgttagatatacaatgtctt 44301497  T
Q  465 ctgctgccgatgttcctgcttattcggtctcaaaagattgtggagagaaattttcaaatggtgtgaattgattc-----attctagagaaat-------- 551  Q
    ||||   |||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||| || |||||            
T  44301496 ctgc---cgatgttcctacttattcggtgtcaaaagattctggagagaaattttcaaatggtgtgaattgattcattccattccagtgaaatgatcctac 44301400  T
Q  552 ------aattggtttggtttattagctttgcaatggtttgtttcttatttataacttattttttatggtgaatctgttgcttaattattgat 637  Q
          | || |||||| || |||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  44301399 ttacccagtttgtttggcttgttagctttgctatgttttgttgcttatttataacttattttttatggtaaatctgctgcttaattattgat 44301308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 360 - 545
Target Start/End: Complemental strand, 43896255 - 43896073
Alignment:
Q  360 aggaagttgatgaagctcatgctggagaaattgtttttgtgtttgatgctcatcttgaatctggagatccttttacctatgggtctgttagatatataat 459  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| ||||||  |||| ||||||||||| |||| ||  |||||||||||||||||| |||    
T  43896255 aggaagttgatgaagctcatgctggagagattattattgtgttagatgctattcttaaatctggagatactttcactgatgggtctgttagatatacaat 43896156  T
Q  460 gacttctgctgccgatgttcctgcttattcggtctcaaaagattgtggagagaaattttcaaatggtgtgaattgattcattctag 545  Q
    |||||   ||||||||||||||| ||||||  ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  43896155 gactt---ctgccgatgttcctgattattctatctcataagattctggagagaaattttcaaatggtgtggatggattcattctag 43896073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 365 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 44306704 - 44306520
Alignment:
Q  365 gttgatgaagctcatgctggagaaattgtttttgtgtttgatgctcatcttgaatctggagatccttttacctatgggtctgttagatatataatgactt 464  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |  |||| ||||||| |||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||| ||||||||    
T  44306704 gttgatgaagctcatgctggagaaattgttatgttgttcgatgctcttcttaaatctggagatacttttactgatgggtctgttagatatacaatgactt 44306605  T
Q  465 ctgctgccgatgttcctgcttattcggtctcaaaagattgtggagaga-aattttcaaatggtgtgaattgattcattctagagaaat 551  Q
       |||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| ||||||||   |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  44306604 ---ctgccgatgttcctacttattctgtctcataagattctggagagagttttttcaaatggtgtgaatggattcattctagggaaat 44306520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 640 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 44312172 - 44312136
Alignment:
Q  640 tgtgttctgcatttaacacttgatcctatctctgctg 676  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  44312172 tgtgttctgcatttaacagttgatcctatctctgctg 44312136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 640 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 43895890 - 43895856
Alignment:
Q  640 tgtgttctgcatttaacacttgatcctatctctgc 674  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  43895890 tgtgttctgcatttaacacctgatcctatctctgc 43895856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 643 - 672
Target Start/End: Complemental strand, 44306313 - 44306284
Alignment:
Q  643 gttctgcatttaacacttgatcctatctct 672  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44306313 gttctgcatttaacacttgatcctatctct 44306284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 63; Significance: 5e-27; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 56 - 267
Target Start/End: Original strand, 35856591 - 35856798
Alignment:
Q  56 tatttgccgagtccaatcgatgttagtaattatgctcttgatcaaaataggaatggcgagaaagttgaattgtctggaagtattgatgctccatttgttg 155  Q
    ||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||| |    
T  35856591 tatttgccgagtccaattgatttgagtaattatgctcttgatcaagctaggaatggagagaaagtagaattgtctggaagtattgatgggccgtttgtcg 35856690  T
Q  156 caaaggctttcgtaacttggtataggatgtatttaaaattaacttacctaagaatttatcagggtgttattaagaagggtgattttatcacaaatgttaa 255  Q
    ||  |||||||   |    | ||||||||  ||  |||||||| || |||||||| |||||||| |||||||  || || |||||||| || ||||||||    
T  35856691 cattggctttcacga----gcataggatgctttgtaaattaacatatctaagaatctatcagggcgttattagaaaaggggattttattactaatgttaa 35856786  T
Q  256 cacgggtaagaa 267  Q
    ||| ||| ||||    
T  35856787 cactggtgagaa 35856798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 468 - 537
Target Start/End: Original strand, 35856948 - 35857017
Alignment:
Q  468 ctgccgatgttcctgcttattcggtctcaaaagattgtggagagaaattttcaaatggtgtgaattgatt 537  Q
    ||||| |||||| || |||||||||||||||||||| | | ||| ||| |||||||| ||||||| ||||    
T  35856948 ctgccaatgttcttgattattcggtctcaaaagattctagcgagcaatcttcaaatgttgtgaatggatt 35857017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University