View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5770-Insertion-2 (Length: 842)

Name: NF5770-Insertion-2
Description: NF5770
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5770-Insertion-2
NF5770-Insertion-2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (7-842)||(42263773-42264610)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 762; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 762; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 842
Target Start/End: Original strand, 42263773 - 42264610
Alignment:
Q  7 agattcctgcctcagactgtgttggttctggtgtattttgatctgctgcggcctgtttttccctcattgaagattatttggtcctcttaacttgtgtaat 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42263773 agattcctgcctcagactgtgttggttctggtgtattttgatctgctgcggcctgtttttccctcattgaagattatttggtcctcttaacttgtgtaat 42263872  T
Q  107 tggtactagtgttggtgttatattttgataggggtctgatttttctggtgtagttatttggctgcacttttattgcatttgtatgcctaataagttgagc 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42263873 tggtactagtgttggtgttatattttgataggggtctgatttttctggtgtagttatttggttgcacttttattgcatttgtatgcctaataagttgagc 42263972  T
Q  207 ttagggccgtgtaccttttgaccctttatgattatctcttgtgatcggtttagtggcgtcgtgtttcaatatatttcactttttcgnnnnnnnttcttac 306  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||    
T  42263973 ttagggctgtgtaccttttgaccctttatgattatctcttgtgatcggtttagtggcgtcgtgtttcaatatatttcactttttcgaaaaaaattcttac 42264072  T
Q  307 tccgtttgaaactaaaagatataaatttcctacatagactatgacacatggttttatttttgtcnnnnnnnn--tagcacgtgtttcctacaattattag 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||| |||||||||||||||||||    
T  42264073 tccgtttgaaactaaaagatataaatttcctacatagactatgacacatggttttatttttgtcaaaaaaaaaatagcacatgtttcctacaattattag 42264172  T
Q  405 ctgttttgtttatgcacacaaagggatagttctgattgtaactttgtaaggagcttgtctcctctacatatgcttatctgtattaaatttcagttcatat 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42264173 ctgttttgtttatgcacacaaagggatagttctgattgtaactttgtaaggagcttgtctcctctacatatgcttatctgtattaaatttcagttcatat 42264272  T
Q  505 caatatttagatgaaaattattaacaggcttacatgcacttttggttctaaataacaaattattgaatcggtttggttcatcgggttattgaatttcaaa 604  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42264273 caatatttagatgaaaattattaacaggcttacatgcacttttggttctaaataacaaattattgaatcggtttggttcatcgggttattgaatttcaaa 42264372  T
Q  605 attgaaattttttgaacaaacaattcatatttcctcaactttgttaagtttttacccagattaaagagtgttggtagttttcatgtccatcggttttgtg 704  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42264373 attgaatttttttgaacaaacaattcatatttcttcaactttgttaagtttttacccagattaaagagtgttggtagttttcatgtccatcggttttgtg 42264472  T
Q  705 caaactatttacccacctattgaaaaatcgcgctgattttctcttgaggaagagttttgccatccattgttagtctttgcagttgcgtgcacaagatacc 804  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42264473 caaactatttacccacctattgaaaaatcgcgctgattttctcttgaggaagagttttgccatccattgttagtctttgcagttgcgtgcacaagatacc 42264572  T
Q  805 tattaacatagcgccttccctctttgttctatatatgc 842  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42264573 tattaacatagcgccttccctctttgttctatatatgc 42264610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University