View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5770_low_5 (Length: 370)

Name: NF5770_low_5
Description: NF5770
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5770_low_5
NF5770_low_5
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (13-357)||(38300268-38300612)
chr8 (13-336)||(38321034-38321357)
chr8 (14-335)||(38325785-38326106)
chr8 (13-339)||(38308933-38309259)
chr8 (13-335)||(38316940-38317262)
chr8 (14-339)||(38313527-38313852)
chr8 (16-336)||(38306208-38306518)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (13-317)||(38850083-38850387)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 329; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 38300612 - 38300268
Alignment:
Q  13 atactcatcccaatatttctcaaacttggtcagcatcctttcagccattctctttatatcttcatcttgatctcccaaacaatcaactaaaacacattgg 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  38300612 atactcatcccaatatttctcaaacttggtcagcatcctttcagccattctctttatatcttcatcttgatctcccaaacaatcaactaaaaggcattgg 38300513  T
Q  113 actttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtaggatgtgttgtggcattaatcatgttggcagtttcactaaaaggcaacaagaacacacaaatct 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38300512 actttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtaggatgtgttgtggcattaatcatgttggcagtttcactaaaaggcaacaagaacacacaaatct 38300413  T
Q  213 tttgtactcttttccactcttctaccgaaggacataacacataactatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacgccgatatttaagagcactttc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38300412 tttgtactcttttccactcttctaccgaaggacataacacataactatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacgccgatatttaagagcactttc 38300313  T
Q  313 aagcattgaataagttgtgttcactcttttaggcgtgtcctgatg 357  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  38300312 aagcattgaataagttgagttcactcttttaggcgtgtccagatg 38300268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 13 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 38321357 - 38321034
Alignment:
Q  13 atactcatcccaatatttctcaaacttggtcagcatcctttcagccattctctttatatcttcatcttgatctcccaaacaatcaactaaaacacattgg 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||||     
T  38321357 atactcatcccaatatttctcaaacttgctcatcatcctttcagccattctctttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattga 38321258  T
Q  113 actttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtaggatgtgttgtggcattaatcatgttggcagtttcactaaaaggcaacaagaacacacaaatct 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  38321257 actttccaaacttgcaaaaaatacatgtttgaagtaggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacacacaaatct 38321158  T
Q  213 tttgtactcttttccactcttctaccgaaggacataacacataactatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacgccgatatttaagagcactttc 312  Q
    |||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  38321157 tttcaactcttttccattcttctaccgaaggacataactcataattatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacacctatatttaagagcactttc 38321058  T
Q  313 aagcattgaataagttgtgttcac 336  Q
    ||||||  ||||||||| ||||||    
T  38321057 aagcatcaaataagttgagttcac 38321034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 14 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 38326106 - 38325785
Alignment:
Q  14 tactcatcccaatatttctcaaacttggtcagcatcctttcagccattctctttatatcttcatcttgatctcccaaacaatcaactaaaacacattgga 113  Q
    ||||||| |||| |||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||  | |||||| |||||||||||    
T  38326106 tactcattccaaaatttgtcaaacttgctcatcatcctttcagccattctctttataacttcatcttcatctcccaaagtagcaactagaacacattgga 38326007  T
Q  114 ctttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtaggatgtgttgtggcattaatcatgttggcagtttcactaaaaggcaacaagaacacacaaatctt 213  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||  |||| |||||    
T  38326006 ctttccaaacttgcaaaaattacaaattggaagtaggatgcgttgtgtcattaatcatgttagcagtttcacaaaaaggcaacaagaatgcacagatctt 38325907  T
Q  214 ttgtactcttttccactcttctaccgaaggacataacacataactatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacgccgatatttaagagcactttca 313  Q
    || |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38325906 ttctactcttttctactcttctaccgaaggacataactcataattatcctcatacaagtgaagactttcaaacacacgccgatatttaagagcactttca 38325807  T
Q  314 agcattgaataagttgtgttca 335  Q
    |||||  ||||||||| |||||    
T  38325806 agcatcaaataagttgagttca 38325785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 13 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 38309259 - 38308933
Alignment:
Q  13 atactcatcccaatatttctcaaacttggtcagcatcctttcagccattctctttatatcttcatcttgatctcccaaacaatcaactaaaacacattgg 112  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||    
T  38309259 atactcttcccaatatttctcaaacttggtcaacatcctttcaaccattctctttatatcttcatcttcatctcccaaattatcaactagaacacattgg 38309160  T
Q  113 actttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtaggatgtgttgtggcattaatcatgttggcagtttcactaaaaggcaacaagaacacacaaatct 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||    
T  38309159 actttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtacgatgtgttgcaccatttatcgtgttggcagtttcgctaaaaggcaacaagaatgcacaaatct 38309060  T
Q  213 tttgtactcttttccactcttctaccgaaggacataacacataactatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacgccgatatttaagagcactttc 312  Q
    ||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| |  |||||| ||| |||||||||||||||||||||||  || || ||||||||||||||||||     
T  38309059 tttctactcttttccactcttctgccgcaggacatgaatcataaccatcgtcatacaagtgaagactttcaaatgcaagctgatatttaagagcactttg 38308960  T
Q  313 aagcattgaataagttgtgttcactct 339  Q
    ||||||  ||||||||| |||||||||    
T  38308959 aagcatcaaataagttgagttcactct 38308933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 183; E-Value: 6e-99
Query Start/End: Original strand, 13 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 38317262 - 38316940
Alignment:
Q  13 atactcatcccaatatttctcaaacttggtcagcatcctttcagccattctctttatatcttcatcttgatctcccaaacaatcaactaaaacacattgg 112  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  38317262 atactcatcccaatatttgtcaaactcgctcatcatcctttcagccattctctttataactttatcttcatctcccaaactatcaactagaacacattgg 38317163  T
Q  113 actttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtaggatgtgttgtggcattaatcatgttggcagtttcactaaaaggcaacaagaacacacaaatct 212  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| |||||||||    
T  38317162 actttccaaacttgcaaaaaacacaagtttgaagtaggatgcgttgtgtcattaatcatgttggcagtttcataaaaaggcagcaagaacgcacaaatct 38317063  T
Q  213 tttgtactcttttccactcttctaccgaaggacataacacataactatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacgccgatatttaagagcactttc 312  Q
    |||  |||||||||||||| | | |  |||||||||||   ||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  38317062 tttcaactcttttccactcatgtgctaaaggacataactggtaattatcatcatacaagtgaaaactttcaaatacatgccgatatttaagagcactttc 38316963  T
Q  313 aagcattgaataagttgtgttca 335  Q
    ||||||   |||||||| |||||    
T  38316962 aagcatcacataagttgagttca 38316940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 178; E-Value: 6e-96
Query Start/End: Original strand, 14 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 38313852 - 38313527
Alignment:
Q  14 tactcatcccaatatttctcaaacttggtcagcatcctttcagccattctctttatatcttcatcttgatctcccaaacaatcaactaaaacacattgga 113  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||  || ||| |||| ||||||||||  || |  |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  38313852 tactcatcccaatatttcttaaacttgcccatcatacttttagccattctcgctacaaattcatcttcatctcccaaactatcaactaaaacacattgaa 38313753  T
Q  114 ctttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtaggatgtgttgtggcattaatcatgttggcagtttcactaaaaggcaacaagaacacacaaatctt 213  Q
     ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||  ||||||||||    
T  38313752 gtttccaaacttgcgaaaaatacaagttggaagtaggatgtgttgcgccattaatcatgttggcagtttcacaaaaaggtaacaagaatgcacaaatctt 38313653  T
Q  214 ttgtactcttttccactcttctaccgaaggacataacacataactatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacgccgatatttaagagcactttca 313  Q
    || |||||||||||| |||||| ||| ||||||| |  |||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |    
T  38313652 ttctactcttttccagtcttctgccgcaggacatgaatcataatcatcatcatacaagtgaagactttcaaacgcacgctgatatttaagagcactttga 38313553  T
Q  314 agcattgaataagttgtgttcactct 339  Q
    |||||  ||||||||| |||||||||    
T  38313552 agcatcaaataagttgagttcactct 38313527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 16 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 38306518 - 38306208
Alignment:
Q  16 ctcatcccaatatttctcaaacttggtcagcatcctttcagccattctctttatatcttcatcttgatctcccaaacaatcaactaaaacacattggact 115  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  || |||||||| ||||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||| |||||| | |||||||||||||    
T  38306518 ctcatcccaatatttcttaaacttgcccatcatccttttagccattctcgctataacttcatcttcatctcccaaactatcaacaagaacacattggact 38306419  T
Q  116 ttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtaggatgtgttgtggcattaatcatgttggcagtttcactaaaaggcaacaagaacacacaaatctttt 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  ||||||||        
T  38306418 ttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtgggatgtgttgcaccattgatcatgttggcagtttcacgaaaaggcaacatgaatgcacaaatc---- 38306323  T
Q  216 gtactcttttccactcttctaccgaaggacataacacataactatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacgccgatatttaagagcactttcaag 315  Q
          |||||||||||| | | ||||||||  | ||||||  | ||||||||||||||| ||||||||||||| |  |||||||||||||||| || ||    
T  38306322 ------ttttccactcttttgcagaaggacacgagacataatcaccatcatacaagtgaaaactttcaaacacatgttgatatttaagagcactatcgag 38306229  T
Q  316 cattgaataagttgtgttcac 336  Q
    |||  ||||||||| ||||||    
T  38306228 catcaaataagttgagttcac 38306208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 213; Significance: 1e-117; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 13 - 317
Target Start/End: Original strand, 38850083 - 38850387
Alignment:
Q  13 atactcatcccaatatttctcaaacttggtcagcatcctttcagccattctctttatatcttcatcttgatctcccaaacaatcaactaaaacacattgg 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  38850083 atactcatcccaatatttctcaaacttgctcatcatcctttcagccattttctttatatcttcatcttcatctcccaaactatcaactagaacacattgg 38850182  T
Q  113 actttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtaggatgtgttgtggcattaatcatgttggcagtttcactaaaaggcaacaagaacacacaaatct 212  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  |||||||||    
T  38850183 actttccaaacttgtaaaaaatacaagttggaagtaggatgtgttgtgctattaatcatgttggcagtttcacaaaaaggcaacaggaatgcacaaatct 38850282  T
Q  213 tttgtactcttttccactcttctaccgaaggacataacacataactatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacgccgatatttaagagcactttc 312  Q
    ||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||||    
T  38850283 tttctactcttttccactcttccgccgaaggacataaatcataactatcatcatacaagtgaaaactttcaaacgcacaccggtatttaagagctctttc 38850382  T
Q  313 aagca 317  Q
    |||||    
T  38850383 aagca 38850387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University