View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5772-Insertion-2 (Length: 672)

Name: NF5772-Insertion-2
Description: NF5772
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5772-Insertion-2
NF5772-Insertion-2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (8-672)||(34642126-34642789)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 555; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 555; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 672
Target Start/End: Original strand, 34642126 - 34642789
Alignment:
Q  8 gtcccatgctatgagtggacaaaaaatttaatgttgcaatggatgttacgtgaacaattgtttacataatgaaaaggagataaaatagatgaagtgtttg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34642126 gtcccatgctatgagtggacaaaaaatttaatgttgcaatggatgttacgtgaacaattgtttacataatgaaaaggagataaaatagatgaagtgtttg 34642225  T
Q  108 cgcttctgattcttaaagtccaataacatgttagccaagaatactcaattttgatacatttttcagatgatattcatgtttggttggttgtaaatattta 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  34642226 cgcttctgattcttaaagtccaataac--gttagccaagaatactcaatttagatacatttttcagatgatattcatgtttgggcggttgtaaatattta 34642323  T
Q  208 ttgtttgctaaatgtgagtctcgtaacatttaagggaaatatgattacacagctagctattctacttagataagtttgtcaagaattagtttatgaatga 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34642324 ttgtttgctaaatgtgagtctcgtaacatttaagggaaatatgattacacagctagctattatacttagataagtttgtcaagaattagtttatgaatga 34642423  T
Q  308 tataagtattagaaccaatgttttaaaaaatagagcggatattatacggcgaaccaaacaaatctgttaaatcgtaatccaaatcgttcaatc-tagttt 406  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||| | ||||| | || |||    
T  34642424 tataagtattagaagcaatgttttaaaaaatagagcggatactatacggcgaaccaaacaaacctgttaaaccgtaattcaaaccattcaaccctaattt 34642523  T
Q  407 gatgtgattcatcctgacaagttctcaattcaacgggtcgaaccaactatggtatcaaattttccaatgacggtttattacttgacccattttcacattg 506  Q
    ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  34642524 gatgtgattcaccctgacaagttcacgattcaacggatcaaaccaactatgatatcaaattttccaatgacggtttattacttgacccattttcacatta 34642623  T
Q  507 cattctactcccatcaacaaatctcacctaaaagctaaaatgagaataaagcttggtcttaaacatatatatagatagacacttgttcaagaaatcagaa 606  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  34642624 cattctactcccatcaacacatctcacctaaaagctaaaatgagaataaagctttgtcttaaacatatatatagatagacacttgttcaagaaatcaaaa 34642723  T
Q  607 atggaaggaagaccaatgttgcaattcttgagcctaaaaacaattaaaacgtttaatgatatgtgg 672  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34642724 atggaaggaagaccaatgttgcaattcttgagcctaaaaacaattaaaacgtttaatgatatgtgg 34642789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University