View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5774-Insertion-1 (Length: 917)

Name: NF5774-Insertion-1
Description: NF5774
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5774-Insertion-1
NF5774-Insertion-1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (81-899)||(33455100-33455912)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 692; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 692; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 81 - 899
Target Start/End: Original strand, 33455100 - 33455912
Alignment:
Q  81 tgcatatgtgagtgtgcctgtatgtgtgagagagaaggaattcaagaacccttcaatagctcagaagtgataacgatgtttgaaaactcttcatcctttc 180  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33455100 tgcatatgtgagtgtgcctgtatgtgtgagagagaaggaattcaagaacccttcaatagctcagaagtgaaaacgatgtttgaaaactcttcatcctttc 33455199  T
Q  181 atactcttcacatctatcaggtacaatattacatgtgtgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatgacatatgataacacaaacctgaaaatgatgaa 280  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                     ||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||    
T  33455200 atactcttcacatctatcaggtacaatattacatgtgtgtctatatatgtatatatatatattacatgacat--gataactcaaacctgaaaatgatgaa 33455297  T
Q  281 agcaaaatttcatgtatttttattttcatatgttttctaattaattttcttgcatcatttacatatgatatgatgttttatgtttaatttttcagatcga 380  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33455298 agcaaaatttcatgtatttttattttcatatgttttctaat----tttcttgcatcatttacatatgatatgatgttttatgtttaatttttcagatcga 33455393  T
Q  381 tctttgttattgatcaattcaattcaattcgaaagcaaggaatattgataatggtgaagatgatgatgatgagtaagaagttaagatgggaatagcaaca 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33455394 tctttgttattgatcaattcaattcaatttgaaagcaaggaatattgataatggtgaagatgatgatgatgagtaagaagttaagatgggaatagcaaca 33455493  T
Q  481 acaccatcatcaattccttcaactttctcaaattcatcaagcatacaaaattgtcatagttcctttaattcatcaatcttagaaaagtctcaaaactcaa 580  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33455494 acaccatcatcaattccttcaactttctcaaattcatcaagcatacaaaattatcatagttcctttaattcatcaatcttagaaaagtctcaaaactcaa 33455593  T
Q  581 ccaattctatgtcccaagattatcatcatcaccagcaccaaaaccaccaccagcaaggaatcttcgccttctcgaacggattcgagagatcgaacactcc 680  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33455594 ccaattctatgtcccaagattatcatcatcaccaccaccagaaccaccaccagcaaggaatcttcgccttctcgaacggattcgagagatcgaacactcc 33455693  T
Q  681 agaaaacagcaatccacaccagcaacaacagcaaattcaaagagacaaagtgagaattcaagacttcgactcacaacaaccaccacaaccaccgccgcca 780  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  33455694 agaaaacaacaatccacaccagcaacaacagcaaattcaaagagacaaagtgagaattcaagacttcgactcacaacaaccaccacaaccaccgccgccg 33455793  T
Q  781 ccactaataggcaacatagaagaagaacaagaagctctaccggtttacgaaacaaccggaatgttgtctgagatgttcaatttccctcacggcgcctcgg 880  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33455794 ccactaataggcaacatagaagaagaacaagaagctctaccggtttacgaaacaaccggaatgttgtccgagatgttcaatttccctcacggcgcctcgg 33455893  T
Q  881 cagccgaattattagaaca 899  Q
    |||||||||||||||||||    
T  33455894 cagccgaattattagaaca 33455912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University