View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5775-Insertion-1 (Length: 1053)

Name: NF5775-Insertion-1
Description: NF5775
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5775-Insertion-1
NF5775-Insertion-1
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (431-1002)||(2758224-2758794)
chr4 (8-229)||(2759014-2759249)
chr4 (653-868)||(2762285-2762507)
chr4 (577-837)||(2767897-2768149)
chr4 (243-333)||(2758891-2758981)
chr4 (815-948)||(17262425-17262558)
chr4 (877-928)||(2767845-2767896)
chr4 (683-795)||(17261968-17262082)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (850-1002)||(13798508-13798661)
chr8 (740-987)||(28502968-28503220)
chr8 (740-987)||(28510526-28510778)
chr8 (701-797)||(13798376-13798472)
chr8 (653-734)||(28506424-28506505)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (653-783)||(17795072-17795201)
chr6 (933-1001)||(17795279-17795348)
[»] scaffold0123 (1 HSPs)
scaffold0123 (676-749)||(12954-13027)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (809-948)||(13313248-13313389)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 470; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 470; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 431 - 1002
Target Start/End: Complemental strand, 2758794 - 2758224
Alignment:
Q  431 gatgaagtttgactaaaatgtttaggttgacactttnnnnnnntgaattatatattttactaccactatataaattaagaaattacnnnnnnnatagtac 530  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||       | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||    
T  2758794 gatgaagtttgactaaaatatttaggttgacactttcaaaaaataaattacatattttactaccactatataaattaagaaattactttttttatagtac 2758695  T
Q  531 aactgtttattggaaaaaactttagttgagagaacaatattcgattaaaaggtttgcgaaagtgtgattttctaaaatcttttgaaagattatttgactg 630  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2758694 aactgtttattggaaaaaaatttagttgagagaacaatattcgattaaaaggtttgcgaaagtgtgattttctaaaatcttttggaagattatttgactg 2758595  T
Q  631 ttgaatttatgcccaccgttaaaatgataaaagctaaacaatgcaataataccaattcaatatcaacaagaaattcaactatgaattgtattatgattaa 730  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2758594 ttgaatttatgcccaccgttaaaatgataaaagctaaacaatgcaataataccaattcaatatgaacaagaaattcaactatgaattgtattatgattaa 2758495  T
Q  731 tcaagagtcaatacactaatcaacttacaaaattataactatctcaaaccaaacctattgataaacacacaactagaaatattaacaacttgatatatgg 830  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2758494 tcaagagtcaatacactaatcaacttacaaaattataactatctcaaaccaaacctattgataaacacacaactagaaatattaacaacttgatatatgg 2758395  T
Q  831 atggattattgacaatttaattgccaagatgaattgtgrttgaatagagtgtttatagatctcaatcaagtagcaactaagattagatttatacaaagta 930  Q
    ||||||||   ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2758394 atggatta--aacaatttaattaccaagatgaattgtgattgaatagagtgtttatggatctcaatcaagtagcaactaagattagatttatacaaagta 2758297  T
Q  931 atcaatcactatcatatgattcctaaaacattcaataatttcatgtatccagataaagt-gtgaaagtaaaag 1002  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2758296 atcaatcactatcatatgattactaaaacattcaataatttcatgtatccagataaagtggtgaaagtaaaag 2758224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 8 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 2759249 - 2759014
Alignment:
Q  8 ttgtagaggtggtaaatatggtgaagcttagagagaaagaggagaatgagctaaacatgaacggaaaatgcaacatgggagatggcatttgtaaacaagg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||    
T  2759249 ttgtagaggtggtaaatatggtgaagcttagagagaaagtggagaatgagctaaacatgaacggaaaatgcaacatgggagatggcatttgt----aagg 2759154  T
Q  108 tggaaatcatatttatgtgtggtgagatgggagctaat------------------aaagggttacaattgagagatgcgaacgaggcagataacatgca 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2759153 tggaaatcatatttatgtgtggtgagatgggagctaataaacggagctctgcgagaaaagggttacaattgagagatgcgaacgaggcagataacatgca 2759054  T
Q  190 tttgaccacgattgagagatggagggcaaaaattaagtga 229  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2759053 tttgaccacaattgagagatggagggcaaaatttaagtga 2759014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 653 - 868
Target Start/End: Complemental strand, 2762507 - 2762285
Alignment:
Q  653 aatgataaaagctaaacaat--gcaataataccaattcaatatcaacaagaaattcaactatgaattgtattatgattaatcaagagtcaatacactaat 750  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  2762507 aatgataaaagctaaacaatatgcaacaataccaattcaatatgaacaagaaattcaactatgaattgtattatgattaatcaagagccaatacgctaat 2762408  T
Q  751 caacttacaaaattataactatctcaaaccaaacct-----attgataaacacacaactagaaatattaacaacttgatatatggatggattattgacaa 845  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||     |   | || |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2762407 caacttacaaaactataactatctcaaaccaaacctgataaacacaaaagcacacaactaaaaatattaacaacttgatatatgaatggattattgacaa 2762308  T
Q  846 tttaattgccaagatgaattgtg 868  Q
     ||||||||||||| ||||||||    
T  2762307 gttaattgccaagaggaattgtg 2762285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 577 - 837
Target Start/End: Complemental strand, 2768149 - 2767897
Alignment:
Q  577 aaaaggtttgcgaaagtgtgattttctaaaatcttttgaaagattatttgactgttgaatttatgcccaccgttaaaatgataaaagctaaacaatgcaa 676  Q
    |||||||||| | ||||||| ||||||||||||| ||| || || || ||||| ||||||||||||| |   || |||||||||||| ||||||||||||    
T  2768149 aaaaggtttgtggaagtgtggttttctaaaatctcttggaaaatgatatgactattgaatttatgcc-atgatttaaatgataaaagataaacaatgcaa 2768051  T
Q  677 taa-taccaattcaatatcaacaagaaattcaactatgaattgtattatgattaatcaagagtcaatacactaatcaacttacaaaattataactatctc 775  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||            ||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  2768050 taaataccaattcaatat-aacaagaaattcaattacgaattgtattatgattaatcaag------------aatcaacttac-aaactataactatctc 2767965  T
Q  776 aaaccaaacctattgat------aaacacacaactagaaatattaacaacttgatatatggatggatt 837  Q
    ||| |||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||    
T  2767964 aaagcaaacctattgataaacacaaacacacaactagaaatattaacaatttgatacatgaatggatt 2767897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 243 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 2758981 - 2758891
Alignment:
Q  243 gagatagagagagaggggtttagagggtaatccaaaataacaaaagatgggggaattcatagtctgtggatatcaagaagtagtgacggag 333  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  2758981 gagagagagagagaggggtttagagggtaatccaaaataacaaaagatgggggaattcatattttgtggatatcaagaagtagtgacggag 2758891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 815 - 948
Target Start/End: Original strand, 17262425 - 17262558
Alignment:
Q  815 acaacttgatatatggatggattattgacaatttaattgccaagatgaattgtgrttgaatagagtgtttatagatctcaatcaagtagcaactaagatt 914  Q
    ||||||||||| ||| |   ||||| ||||| ||||||| ||||||||| |||| |||||| |||| ||||||||||| ||||||  |  || | |||||    
T  17262425 acaacttgatacatgaaataattatggacaagttaattgtcaagatgaaatgtgattgaattgagtttttatagatctaaatcaatgaaaaattgagatt 17262524  T
Q  915 agatttatacaaagtaatcaatcactatcatatg 948  Q
    || |||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  17262525 aggtttatacaaaataataaatcactatcatatg 17262558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 877 - 928
Target Start/End: Complemental strand, 2767896 - 2767845
Alignment:
Q  877 gagtgtttatagatctcaatcaagtagcaactaagattagatttatacaaag 928  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||| | |||||||||||||||||||    
T  2767896 gagtgtttatagatctcaatgaagaagcaaatgagattagatttatacaaag 2767845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 683 - 795
Target Start/End: Original strand, 17261968 - 17262082
Alignment:
Q  683 caattcaatatcaacaagaaattcaactatgaattgtattatgattaatcaagagtcaatacac-taatcaacttac-aaaattataactatctcaaacc 780  Q
    ||||||||||| || ||||||| ||||||| ||||||| |||||| |||||| |||  |||||| |||||||   || |||||||| ||||| | |||||    
T  17261968 caattcaatataaataagaaatccaactataaattgtaatatgatcaatcaaaagttgatacacttaatcaaagcacaaaaattatgactattttaaacc 17262067  T
Q  781 aaacctattgataaa 795  Q
    |||| ||||| ||||    
T  17262068 aaacatattgttaaa 17262082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 68; Significance: 7e-30; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 850 - 1002
Target Start/End: Original strand, 13798508 - 13798661
Alignment:
Q  850 attgccaagatgaattgtgrttgaatagagtgtttatagatctcaatcaagtagcaactaagattagatttatacaaagtaatcaatcactatcatatga 949  Q
    |||| |||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||||| ||| || |||||||||||||| |||| |||      
T  13798508 attgacaagatgaattgtgattgaattgagtgtttgtagatctcaatcaagaagcaattgagattaggtttgtaaaaagtaatcaatcattatcgtatat 13798607  T
Q  950 ttcctaaaacattcaataatttcatgtatccagataaagtg-tgaaagtaaaag 1002  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||||  ||| |||| | ||||||||||||    
T  13798608 taactaaaacattcaataatttcatgtattaagaaaaagagctgaaagtaaaag 13798661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 740 - 987
Target Start/End: Complemental strand, 28503220 - 28502968
Alignment:
Q  740 aatacactaatcaacttacaaaattataactatctcaaaccaaacctattgataaaca------cacaactagaaatattaacaacttgatatatggatg 833  Q
    |||||||||| ||| |||||||| || |||||| |||| ||||||||||| |||||||      ||| ||| |||| ||||||| ||||||||||| |||    
T  28503220 aatacactaaacaa-ttacaaaactaaaactatatcaagccaaacctattcataaacaaaagcacactacttgaaagattaacaccttgatatatgaatg 28503122  T
Q  834 gattattgacaatttaattgccaagatgaattgtgrttga-ata-gagtgtttatagatctcaatcaagtagcaactaagattagatttatacaaagtaa 931  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||      |||| ||| |  ||||||||||||||||||||| ||||| | || | |  ||||||||||||||    
T  28503121 gattattgacaaattaattgccaagattaa--caccttgatatatgtatgtttatagatctcaatcaagaagcaattgagctcatgtttatacaaagtaa 28503024  T
Q  932 tcaatcactatcatatgattcctaaaacattcaataatttcatgtatccagataaa 987  Q
    ||||||| ||| ||| | |  ||||| |||||||| |||| ||||||| |||||||    
T  28503023 tcaatcattattataaggtaactaaatcattcaatgattttatgtatcaagataaa 28502968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 740 - 987
Target Start/End: Complemental strand, 28510778 - 28510526
Alignment:
Q  740 aatacactaatcaacttacaaaattataactatctcaaaccaaacctattgataaaca------cacaactagaaatattaacaacttgatatatggatg 833  Q
    |||||||||| ||| |||||||| || |||||| |||| ||||||||||| |||||||      ||| ||| |||| ||||||| ||||||||||| |||    
T  28510778 aatacactaaacaa-ttacaaaactaaaactatatcaagccaaacctattcataaacaaaagcacactacttgaaagattaacaccttgatatatgaatg 28510680  T
Q  834 gattattgacaatttaattgccaagatgaattgtgrttga-ata-gagtgtttatagatctcaatcaagtagcaactaagattagatttatacaaagtaa 931  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||      |||| ||| |  ||||||||||||||||||||| ||||| | || | |  ||||||||||||||    
T  28510679 gattattgacaaattaattgccaagattaa--caccttgatatatgtatgtttatagatctcaatcaagaagcaattgagctcatgtttatacaaagtaa 28510582  T
Q  932 tcaatcactatcatatgattcctaaaacattcaataatttcatgtatccagataaa 987  Q
    ||||||| ||| ||| | |  ||||| |||||||| |||| ||||||| |||||||    
T  28510581 tcaatcattattataaggtaactaaatcattcaatgattttatgtatcaagataaa 28510526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 701 - 797
Target Start/End: Original strand, 13798376 - 13798472
Alignment:
Q  701 aaattcaactatgaattgtattatgattaatcaagagtcaatacactaatcaacttacaaaattataactatctcaaaccaaacctattgataaaca 797  Q
    ||||| || |||||||||| |||||||||||||| | |||||||| ||| ||| |||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  13798376 aaatttaagtatgaattgttttatgattaatcaaaattcaatacaataaacaatttacaaaactataactatctcatgccaaacctattgataaaca 13798472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 653 - 734
Target Start/End: Complemental strand, 28506505 - 28506424
Alignment:
Q  653 aatgataaaagctaaacaatgcaataataccaattcaatatcaacaagaaattcaactatgaattgtattatgattaatcaa 734  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||||| ||||||| ||||| | |||||||||||||    
T  28506505 aatgataagagataaacaatgcaataataacaattcaatatgattaagaaatccaactataaattggactatgattaatcaa 28506424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 63; Significance: 7e-27; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 653 - 783
Target Start/End: Original strand, 17795072 - 17795201
Alignment:
Q  653 aatgataaaagctaaacaatgcaataataccaattcaatatcaacaagaaattcaactatgaattgtattatgattaatcaagagtcaatacactaatca 752  Q
    |||||||| || |||| ||||  ||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||  |    
T  17795072 aatgataagagataaataatgtgataatactaattcaatatgaagaagaaattcaactatgaattgtattatgattaatcaaaattcaatacactaa-aa 17795170  T
Q  753 acttacaaaattataactatctcaaaccaaa 783  Q
    | |||||||| ||||||||||| || |||||    
T  17795171 atttacaaaactataactatctaaagccaaa 17795201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 933 - 1001
Target Start/End: Original strand, 17795279 - 17795348
Alignment:
Q  933 caatcactatcatatgattcctaaaacattcaataatttcatgtatccagataaagtg-tgaaagtaaaa 1001  Q
    |||||| ||||||||| |  |||||| ||||||||| |||||||||||||||| || | |||||||||||    
T  17795279 caatcattatcatatggtaactaaaaaattcaataaattcatgtatccagatacagagttgaaagtaaaa 17795348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0123 (Bit Score: 54; Significance: 2e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0123
Description:

Target: scaffold0123; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 676 - 749
Target Start/End: Complemental strand, 13027 - 12954
Alignment:
Q  676 ataataccaattcaatatcaacaagaaattcaactatgaattgtattatgattaatcaagagtcaatacactaa 749  Q
    ||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  13027 ataatactaattcaatatgaataagaaattcaactatgaattgtattatgattaatcaaaattcaatacactaa 12954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 809 - 948
Target Start/End: Complemental strand, 13313389 - 13313248
Alignment:
Q  809 atattaacaactt-gatatatg-gatggattattgacaatttaattgccaagatgaattgtgrttgaatagagtgtttatagatctcaatcaagtagcaa 906  Q
    ||||||||||||| |||||||| || | ||||||||||| |||||| | |||||| | |||| || | | || ||| ||| |||||||||||   |  ||    
T  13313389 atattaacaactttgatatatgagaagaattattgacaagttaatttctaagatgtaatgtgatttatttgaatgtgtattgatctcaatcattgattaa 13313290  T
Q  907 ctaagattagatttatacaaagtaatcaatcactatcatatg 948  Q
     ||||||||||||||| |||| |||||||||||  |||||||    
T  13313289 ttaagattagatttatgcaaaataatcaatcacattcatatg 13313248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University