View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5775-Insertion-10 (Length: 542)

Name: NF5775-Insertion-10
Description: NF5775
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5775-Insertion-10
NF5775-Insertion-10
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (7-542)||(8865099-8865634)
chr3 (7-542)||(11127123-11127636)
chr3 (7-293)||(10892769-10893054)
chr3 (33-542)||(11155998-11156519)
chr3 (33-542)||(11144820-11145344)
chr3 (352-542)||(10893057-10893247)
chr3 (316-361)||(11193133-11193178)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 455; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 455; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 542
Target Start/End: Original strand, 8865099 - 8865634
Alignment:
Q  7 aaaaggtagatgtacttttgttcctgtaactgatttggtttattcttattccaatgttgttgatcttccagcatctcttatcttgaaattaactatgtca 106  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8865099 aaaaggtagatgtaattttgttcctgtaacttatttggtttattcttattccaatgttgttgatcttccagcatctcttatcttgaaattaactatgtca 8865198  T
Q  107 ctagtaacttggtctttctgcctatatcatgttacagattgaaaagctcaagtgactattttcgctatcatgtgatcccgtcatatcgtcagtttcgcaa 206  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||    
T  8865199 ctagtaacttggtctttctgcccatatcatgttacagattgaaaagctcaagtgactattttcgctatcatgtgatctcgtcatatcttcagtatcgcaa 8865298  T
Q  207 acattataaaagagaaaggaagtttggaacacaacatttaggcagaggtactgtgnnnnnnncaattttcaaagttctaaataaacttcttaagatcttg 306  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8865299 acattataaaagagaaaggaagttcggaacacaacatttaggcagaggtactgtgcttttttcaattttcaaagttctaaataaactgcttaagatcttg 8865398  T
Q  307 atggtctatacttgcagtgtgatactgaaaacttaatagtacttttctagattttataaaacgtaatagtacttgctgtgttgtaacatacattttatta 406  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8865399 atggtctattcttgctgtgtgatactgaaaacttaatagtacttttctagattttataaaacgtaatagtacttgctgtgttgtaacattcattttatta 8865498  T
Q  407 catattcagtataaataattttattatgtggttgtatatctttcgcttcctcattaaactattcaagctccgccgctgcacttttccttttcctggactc 506  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8865499 catatttggtataaataattttattatgtggttgtatatctttcgcttcctcattaaactattcaagctccgccgctgcacttttccttttcctggactc 8865598  T
Q  507 atacttgcttcttgttgtgtagtttacttgctgatg 542  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  8865599 atacttgcttcttgttgtgtaggttgcttgctgatg 8865634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 11127636 - 11127123
Alignment:
Q  7 aaaaggtagatgtacttttgttcctgtaactgatttggtttattcttattccaatgttgttgatcttccagcatctcttatcttgaaattaactatgtca 106  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11127636 aaaaagtagatgtacttttgttcctgtaactgatttggtttattcttattccaatgttg---atcttccagcatctcttatcttgaaattaactatgtca 11127540  T
Q  107 ctagtaacttggtctttctgcctatatcatgttacagattgaaaagctcaagtgactattttcgctatcatgtgatcccgtcatatcgtcagtttcgcaa 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                    
T  11127539 ctagtaacttggtctttctgcctatatcatgttacagattgaaaagctcaagtgactattttcgctatcatgtgatcccgtcat---------------- 11127456  T
Q  207 acattataaaagagaaaggaagtttggaacacaacatttaggcagaggtactgtgnnnnnnncaattttcaaagttctaaataaacttcttaagatcttg 306  Q
        |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  11127455 ----tataaaagagaaaggaagttcggaacacaatatttatgcagaggtactgtgcttttttcaattttcaaagttctaaataaactgcttaagagcttg 11127360  T
Q  307 atggtctatacttgcagtgtgatactgaaaacttaatagtacttttctagattttataaaacgtaatagtacttgctgtgttgtaacatacattttatta 406  Q
    || || ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11127359 atagtttatacttgctgtgtgatactgaaaacttaatattacttttctagattttataaaacgtaatagtacttgctgtgttgtaacattcattttatta 11127260  T
Q  407 catattcagtataaataattttattatgtggttgtatatctttcgcttcctcattaaactattcaagctccgccgctgcacttttccttttcctggactc 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11127259 catattcagtataaataattttattatgtggttgtatatctttcgcttcatcattaaactattcaagctccgccgctgcacttttccttttcctggactc 11127160  T
Q  507 atacttgc-ttcttgttgtgtagtttacttgctgatg 542  Q
    |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||    
T  11127159 atacttgctttcttgttgtgtaggttgcttgctgatg 11127123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 7 - 293
Target Start/End: Original strand, 10892769 - 10893054
Alignment:
Q  7 aaaaggtagatgtacttttgttcctgtaactgatttggtttattcttattccaatgttgttgatcttccagcatctcttatcttgaaattaactatgtca 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10892769 aaaaggtagatgtacttttgttcctgtaactgatttggtttattcttattccaatgttgttgatcttccagcatctcttatcttgaa-ttaactatgtca 10892867  T
Q  107 ctagtaacttggtctttctgcctatatcatgttacagattgaaaagctcaagtgactattttcgctatcatgtgatcccgtcatatcgtcagtttcgcaa 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10892868 ctagtaacttggtctttctgcctatatcatgttacagattgaaatgctcaagtgactattttcgctatcatgtgatcccgtcatatcttcagtttcgcaa 10892967  T
Q  207 acattataaaagagaaaggaagtttggaacacaacatttaggcagaggtactgtgnnnnnnncaattttcaaagttctaaataaact 293  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||    
T  10892968 acattataaaagagaaaggaagttctcaacacaacatttaggcagaggtactgtgcttttttcaattttcaaagttctaaataaact 10893054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 33 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 11156519 - 11155998
Alignment:
Q  33 taactgatttggtttattcttattccaatgttgttgatcttccagcatctcttatcttgaaattaactatgtcactagtaacttggtctttctgcctata 132  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  11156519 taactgatttgctttattcttattccaatgttg---atcttccagcatctcttatcttgaaatgaaatatgtcactagtaacttggtctttctacctata 11156423  T
Q  133 tcatgttacagattgaaaagctcaagtgacta-ttttcgctat-----catgtgatcccgtcatatcgtcagtttcgcaaacattataaaagagaaagga 226  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||     ||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11156422 tcatgttacagattgaagagatcaagtgactatttttcgctatcagaacatgtgatcccatcatatcttcagtttcgcaagcattataaaagagaaagga 11156323  T
Q  227 agtttggaacacaacatttaggcagaggtactgtgnnnnnnncaattttcaaagttctaaataaacttcttaagatcttgatggtctatacttgcagtgt 326  Q
    | || ||||||||||||| ||||| ||||||||||       | ||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11156322 acttcggaacacaacattgaggcataggtactgtgtttttttcgattttcaaagttctaaataaattgctgaagatcttgatggtctatacttgctgtgt 11156223  T
Q  327 gatactgaaaacttaatagtacttttctagatttt--------ataaaacgtaatagtacttgctgtgttgtaacatacattttattacatattcag--t 416  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||        ||   | || | ||| | |   |||||||||||| ||||||||||||||||| |  |    
T  11156222 gatactgaaaacttactagtacttttcttgattttgttggacaatctcaagttagagttcat-aggtgttgtaacattcattttattacatattcggtat 11156124  T
Q  417 ataaataattttattatgtggttgtatatctttcgcttcctcattaaactattcaagctccgccgctgcacttttccttttcctggactcatacttgctt 516  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| | ||| |||||||| ||| || |||| ||||  |||||||||| |||||||||| ||    
T  11156123 ataaataattttattatgcggttgtatatctttcacttcctcgtaaaattattcaagttccaccactgctctttcgcttttcctggcctcatacttgttt 11156024  T
Q  517 cttgttgtgtagtttacttgctgatg 542  Q
    ||||||||| || || |||| |||||    
T  11156023 cttgttgtgcaggttgcttgttgatg 11155998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 33 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 11145344 - 11144820
Alignment:
Q  33 taactgatttggtttattcttattccaatgttgttgatcttccagcatctcttatcttgaaattaactatgtcactagtaacttggtctttctgcctata 132  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  11145344 taactgatttgctttattcttattccaatgttg---atcttccagcatctcttatcttgaaatgaaatatgtcactattaacttggtctttctacctata 11145248  T
Q  133 tcatgttacagattgaaaagctcaagtgactattttcgctat-----catgtgatcccgtcatatcgtcagtttcgcaaacattataaaagagaaaggaa 227  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||     ||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||  |||||||||     
T  11145247 tcatgttacagattgaagagctcaagtgactatttttgctataagaacatgtgatcccatcatatcttcagtttcgcaagcattataattgagaaaggac 11145148  T
Q  228 gtttggaacacaacatttaggcagaggtactgtgnnnnnnnc-aattttcaaagttctaaataaacttcttaagatcttgatggtctatacttgcagtgt 326  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||       |  ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||  |||||| ||||    
T  11145147 gttcggaacacaacattgaggcagaggtactgtgtttttttcttattttcaaagttctaaataaattgcttaagatcttgatggtctgcacttgctgtgt 11145048  T
Q  327 gatactgaaaacttaatagtacttttctagattttat---aaaacgtaa---tagtacttgct--gtgttgtaacatacattttattacatattcag--t 416  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||| |||||| |   | ||  | |   ||| | ||  |  |||||||||||| ||||||||||||||||  |  |    
T  11145047 gatactgaaagcttattagtacttttcttgattttgttggacaatctgaagttag-atttcataggtgttgtaacattcattttattacatatttggtat 11144949  T
Q  417 ataaataattttattatgtggttgtatatctttcgcttcctcattaaactattcaagctccgccgctgcacttttccttttcctggactc---atacttg 513  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| | ||| |||||||| |||||| |||| ||||  ||||||||||||||   |||||||    
T  11144948 ataaataattttattatgcggttgtatatctttcacttcctcgtaaaattattcaagttccgccactgctctttcgcttttcctggactcataatacttg 11144849  T
Q  514 cttcttgttgtgtagtttacttgctgatg 542  Q
    |||||||| |||||| || ||||||||||    
T  11144848 cttcttgtggtgtaggttgcttgctgatg 11144820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 352 - 542
Target Start/End: Original strand, 10893057 - 10893247
Alignment:
Q  352 tctagattttataaaacgtaatagtacttgctgtgttgtaacatacattttattacatattcagtataaataattttattatgtggttgtatatctttcg 451  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10893057 tctagattttataaaacgtaatagtacttgctgtgttgtaacattcattttattacatattcagtataaataattttattatgtggttgtatatctttcg 10893156  T
Q  452 cttcctcattaaactattcaagctccgccgctgcacttttccttttcctggactcatacttgcttcttgttgtgtagtttacttgctgatg 542  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  10893157 cttcctcattaaactattcaagctccgccgctgcacttttccttttcctggactcatacttgcttcttgttgtgtaggttgcttgctgatg 10893247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 316 - 361
Target Start/End: Original strand, 11193133 - 11193178
Alignment:
Q  316 acttgcagtgtgatactgaaaacttaatagtacttttctagatttt 361  Q
    |||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  11193133 acttgctgtgtaatactgaaaacttagtagtacttttcttgatttt 11193178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University