View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5775_low_4 (Length: 429)

Name: NF5775_low_4
Description: NF5775
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5775_low_4
NF5775_low_4
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (1-412)||(3575798-3576209)
chr6 (1-412)||(3585009-3585420)
chr6 (1-412)||(3563819-3564230)
chr6 (1-413)||(3572514-3572926)
chr6 (6-412)||(3569472-3569878)
chr6 (241-412)||(3577894-3578065)
chr6 (1-413)||(13275747-13276157)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (6-409)||(38356839-38357242)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (6-323)||(42602636-42602953)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 392; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 412
Target Start/End: Original strand, 3575798 - 3576209
Alignment:
Q  1 tcaaatacttgggtccattctctggtgaagctccatcttatctcactggtgaatttcccggtgactatggttgggacactgctgggctttctgccgaccc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  3575798 tcaaatacttgggtccattctctggtgaagctccatcttatctcactggtgaatttcctggtgactatggttgggacactgctgggctttctgctgaccc 3575897  T
Q  101 agagacatttgccaagaaccgtgaactcgaggtcatacacagtagatgggctatgttaggagctttgggatgtgtcttccccgagctcttgtctcgcaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3575898 agagacatttgccaagaaccgtgaactcgaggtcatccacagtagatgggctatgttaggagctttgggatgtgtcttccccgagctcttgtctcgcaat 3575997  T
Q  201 ggtgtgaaattcggcgaggctgtgtggttcaaggcaggatctcaaatctttagtgagggaggacttgactacttgggtaacccaagcctagtccatgcac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3575998 ggtgtgaaattcggcgaggctgtgtggttcaaggcaggatctcaaatctttagtgagggaggacttgactacttgggtaacccaagcctagtccacgcac 3576097  T
Q  301 aaagcatccttgctatatgggctgtccaagttatcttaatgggagctgttgagggttaccgtattgccggtggacctcttggtgaggtagtcgacccact 400  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3576098 aaagtatccttgctatatgggctgtccaagttatcttaatgggagctgttgagggttaccgtattgccggtggacctcttggtgaggtagtcgacccact 3576197  T
Q  401 ctacccaggtgg 412  Q
    ||||||||||||    
T  3576198 ctacccaggtgg 3576209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 1 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 3585420 - 3585009
Alignment:
Q  1 tcaaatacttgggtccattctctggtgaagctccatcttatctcactggtgaatttcccggtgactatggttgggacactgctgggctttctgccgaccc 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3585420 tcaagtacttgggtccattctctggtgaagctccatcttacctcacgggagaatttcctggtgattatggttgggatactgctgggctttctgccgaccc 3585321  T
Q  101 agagacatttgccaagaaccgtgaactcgaggtcatacacagtagatgggctatgttaggagctttgggatgtgtcttccccgagctcttgtctcgcaat 200  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || || || |||||||||||||| || |||||| ||||||||    
T  3585320 agagacatttgccaaaaaccgtgaactcgaggtcattcatagtagatgggctatgttgggtgccttaggatgtgtcttcccagaactcttggctcgcaat 3585221  T
Q  201 ggtgtgaaattcggcgaggctgtgtggttcaaggcaggatctcaaatctttagtgagggaggacttgactacttgggtaacccaagcctagtccatgcac 300  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3585220 ggtgtgaaattcggtgaggctgtgtggtttaaggcaggatctcaaatctttagtgagggtggacttgactacttgggtaacccaagcctagtccatgcac 3585121  T
Q  301 aaagcatccttgctatatgggctgtccaagttatcttaatgggagctgttgagggttaccgtattgccggtggacctcttggtgaggtagtcgacccact 400  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3585120 aaagcatccttgctatttgggctgtccaagttatcttaatgggagctgttgaaggttaccgtattgccggtggacctcttggtgaggtagtcgacccact 3585021  T
Q  401 ctacccaggtgg 412  Q
    ||| ||||||||    
T  3585020 ctatccaggtgg 3585009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 1 - 412
Target Start/End: Original strand, 3563819 - 3564230
Alignment:
Q  1 tcaaatacttgggtccattctctggtgaagctccatcttatctcactggtgaatttcccggtgactatggttgggacactgctgggctttctgccgaccc 100  Q
    |||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  3563819 tcaagtacttgggcccattctccggtgaagccccatcctacctcaccggtgaatttcctggtgactacggttgggacactgctggactttctgctgaccc 3563918  T
Q  101 agagacatttgccaagaaccgtgaactcgaggtcatacacagtagatgggctatgttaggagctttgggatgtgtcttccccgagctcttgtctcgcaat 200  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  3563919 agagacatttgccaaaaaccgtgaactcgaggtcatccacagtagatgggctatgttgggtgccttgggatgtgtcttccctgagctcttatctcgcaat 3564018  T
Q  201 ggtgtgaaattcggcgaggctgtgtggttcaaggcaggatctcaaatctttagtgagggaggacttgactacttgggtaacccaagcctagtccatgcac 300  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3564019 ggtgtcaaattcggcgaggctgtatggttcaaggcaggatcccaaatttttagtgagggtgggcttgactacttgggtaacccaagtctagtccatgcac 3564118  T
Q  301 aaagcatccttgctatatgggctgtccaagttatcttaatgggagctgttgagggttaccgtattgccggtggacctcttggtgaggtagtcgacccact 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||    
T  3564119 aaagcatccttgctatatgggctgtccaagttatcttaatgggtgctgttgagggttaccgtattgctggtggacctctcggtgaggtggttgacccact 3564218  T
Q  401 ctacccaggtgg 412  Q
    ||||||||||||    
T  3564219 ctacccaggtgg 3564230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 1 - 413
Target Start/End: Original strand, 3572514 - 3572926
Alignment:
Q  1 tcaaatacttgggtccattctctggtgaagctccatcttatctcactggtgaatttcccggtgactatggttgggacactgctgggctttctgccgaccc 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||    
T  3572514 tcaagtacttgggtccattctctggtgaagctccatcttaccttactggtgaatttcccggtgactatggatgggacactgctggactttctgctgatcc 3572613  T
Q  101 agagacatttgccaagaaccgtgaactcgaggtcatacacagtagatgggctatgttaggagctttgggatgtgtcttccccgagctcttgtctcgcaat 200  Q
     ||||| ||  | || ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  3572614 ggagaccttctctaaaaaccgtgaactagaggtcattcacagtaggtgggctatgttgggagccttgggatgtgtcttccctgagctcttggctcgcaat 3572713  T
Q  201 ggtgtgaaattcggcgaggctgtgtggttcaaggcaggatctcaaatctttagtgagggaggacttgactacttgggtaacccaagcctagtccatgcac 300  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||    
T  3572714 ggtgttaaattcggtgaggccgtgtggttcaaggcaggatctcaaatctttagtgagggtggacttgactacttgggaaatccaagtctagtccatgcac 3572813  T
Q  301 aaagcatccttgctatatgggctgtccaagttatcttaatgggagctgttgagggttaccgtattgccggtggacctcttggtgaggtagtcgacccact 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  3572814 aaagcatccttgctatatgggctgtccaagttatcttaatgggtgctgttgagggttatcgtattgcaggtggacctctcggtgaggttgtcgacccact 3572913  T
Q  401 ctacccaggtggt 413  Q
    |||||||||||||    
T  3572914 ctacccaggtggt 3572926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 6 - 412
Target Start/End: Original strand, 3569472 - 3569878
Alignment:
Q  6 tacttgggtccattctctggtgaagctccatcttatctcactggtgaatttcccggtgactatggttgggacactgctgggctttctgccgacccagaga 105  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  3569472 tacttgggcccattctccggtgaagccccatcctacctcacaggtgaattccctggtgactacggttgggacactgctggactttctgctgacccagaga 3569571  T
Q  106 catttgccaagaaccgtgaactcgaggtcatacacagtagatgggctatgttaggagctttgggatgtgtcttccccgagctcttgtctcgcaatggtgt 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  3569572 catttgccaagaaccgtgaactcgaggtcatccacagtagatgggctatgttgggtgccttgggatgtgtcttccctgagctcttatctcgcaatggtgt 3569671  T
Q  206 gaaattcggcgaggctgtgtggttcaaggcaggatctcaaatctttagtgagggaggacttgactacttgggtaacccaagcctagtccatgcacaaagc 305  Q
      ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3569672 acaattcggtgaggccgtgtggttcaaggcaggatcccaaatctttagtgagggtggacttgactacttgggtaacccaagtctagtccatgcacaaagc 3569771  T
Q  306 atccttgctatatgggctgtccaagttatcttaatgggagctgttgagggttaccgtattgccggtggacctcttggtgaggtagtcgacccactctacc 405  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||    
T  3569772 atccttgctatatgggcagtccaagttatcttaatgggcgccgtggagggttaccgtattgctggtggacctctaggcgaggtagtcgatccactctacc 3569871  T
Q  406 caggtgg 412  Q
    |||||||    
T  3569872 caggtgg 3569878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 241 - 412
Target Start/End: Original strand, 3577894 - 3578065
Alignment:
Q  241 ctcaaatctttagtgagggaggacttgactacttgggtaacccaagcctagtccatgcacaaagcatccttgctatatgggctgtccaagttatcttaat 340  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| || |||||||||    
T  3577894 ctcaaatctttagtgatggagggcttgactacttgggtaacccaagcctagtccacgcacaaagcatccttgctatttgggttgtcctagctatcttaat 3577993  T
Q  341 gggagctgttgagggttaccgtattgccggtggacctcttggtgaggtagtcgacccactctacccaggtgg 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  3577994 gggagctgttgagggttaccgtattgccgatggacctcttggtgaggtagtcgatccactctaccccggtgg 3578065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 413
Target Start/End: Original strand, 13275747 - 13276157
Alignment:
Q  1 tcaaatacttgggtccattctctggtgaagctccatcttatctcactggtgaatttcccggtgactatggttgggacactgctgggctttctgccgaccc 100  Q
    |||| ||| |||| ||||||| |||||| || ||||||||  | ||||||||||| || ||||| ||||||||| | |||||||| |||||||| || ||    
T  13275747 tcaagtacctgggcccattctttggtgaggccccatcttacttgactggtgaattccctggtgattatggttggaatactgctggactttctgctgatcc 13275846  T
Q  101 agagacatttgccaagaaccgtgaactcgaggtcatacacagtagatgggctatgttaggagctttgggatgtgtcttccccgagctcttgtctcgcaat 200  Q
    |||||||||||| || ||||||||||| ||||| || |||  ||||||||| ||||| | |||  | || ||||| |||||  || | ||| | || |||    
T  13275847 agagacatttgcaaaaaaccgtgaacttgaggttatccactctagatgggccatgttcg-agccctaggttgtgtgttcccttagttgttggcgcgtaat 13275945  T
Q  201 ggtgtgaaattcggcgaggctgtgtggttcaaggcaggatctcaaatctttagtgagggaggacttgactacttgggtaacccaagcctagtccatgcac 300  Q
    || || | ||| ||||| |  | ||||||||||||  | || ||||||||||||||||| || || ||||| ||||| |||||||| || || |||||||    
T  13275946 ggcgtcacatttggcgaagtcg-gtggttcaaggccaggtcccaaatctttagtgagggtgggctagactatttgggcaacccaagtcttgtacatgcac 13276044  T
Q  301 aaagcatccttgctatatgggctgtccaagttatcttaatgggagctgttgagggttaccgtattgccggtggacctcttggtgaggtagtcgacccact 400  Q
    ||||||||||||| ||||||||   |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||    
T  13276045 aaagcatccttgccatatgggcctgccaagttatcttgatgggtgctgttgagggttaccgtattgctggtggacctcttggtgaggtgattgacccact 13276144  T
Q  401 ctacccaggtggt 413  Q
    |||||||||||||    
T  13276145 ctacccaggtggt 13276157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 6 - 409
Target Start/End: Original strand, 38356839 - 38357242
Alignment:
Q  6 tacttgggtccattctctggtgaagctccatcttatctcactggtgaatttcccggtgactatggttgggacactgctgggctttctgccgacccagaga 105  Q
    ||||| || ||||||||||||||  | || |||||  | ||||| || || || |||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  38356839 tacttaggcccattctctggtgagcccccgtcttacttgactggagagttcccaggtgactacggatgggacactgctggactttctgctgacccagaga 38356938  T
Q  106 catttgccaagaaccgtgaactcgaggtcatacacagtagatgggctatgttaggagctttgggatgtgtcttccccgagctcttgtctcgcaatggtgt 205  Q
    |||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  38356939 cattcgccaagaaccgtgaacttgaagtcatccatagtaggtgggctatgttgggagccttgggatgtgttttcccagagcttttgtctcgcaatggtgt 38357038  T
Q  206 gaaattcggcgaggctgtgtggttcaaggcaggatctcaaatctttagtgagggaggacttgactacttgggtaacccaagcctagtccatgcacaaagc 305  Q
     |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| || |||    
T  38357039 taaattcggtgaggctgtatggttcaaggccggatcccagatctttagcgagggtggacttgactacttgggtaacccaagtttggtccatgctcagagc 38357138  T
Q  306 atccttgctatatgggctgtccaagttatcttaatgggagctgttgagggttaccgtattgccggtggacctcttggtgaggtagtcgacccactctacc 405  Q
    || ||||| || ||||||  |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||    
T  38357139 attcttgccatctgggctacccaagttatcttgatgggcgctgttgaaggttaccgtattgctggtggtcctcttggtgaggttgttgacccactatacc 38357238  T
Q  406 cagg 409  Q
    ||||    
T  38357239 cagg 38357242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000006; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 6 - 323
Target Start/End: Original strand, 42602636 - 42602953
Alignment:
Q  6 tacttgggtccattctctggtgaagctccatcttatctcactggtgaatttcccggtgactatggttgggacactgctgggctttctgccgacccagaga 105  Q
    |||||||||||||||||||   ||  |||||| ||  | |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||  | || || ||||| || |    
T  42602636 tacttgggtccattctctgaacaaattccatcatacttgactggtgaatttcctggtgattatggatgggacacagctggattatcagctgaccctgaaa 42602735  T
Q  106 catttgccaagaaccgtgaactcgaggtcatacacagtagatgggctatgttaggagctttgggatgtgtcttccccgagctc-ttgtctcgcaatggtg 204  Q
    | ||||| | ||||||||| || || || || ||||| |||||||| ||| | || || |||||||||  |||||| ||| || |||    | || ||||    
T  42602736 cctttgcaaggaaccgtgagcttgaagtaattcacagcagatgggccatgcttggtgcattgggatgtaccttccctgagatccttgagaag-aacggtg 42602834  T
Q  205 tgaaattcggcgaggctgtgtggttcaaggcaggatctcaaatctttagtgagggaggacttgactacttgggtaacccaagcctagtccatgcacaaag 304  Q
    | |||||||| |||||||||||||| ||||| ||  | || |||||   |||||| || |||||||| ||||| ||||||| |||  ||||||| || ||    
T  42602835 ttaaattcggtgaggctgtgtggtttaaggctggtgcccagatcttctctgagggtggccttgactatttgggcaacccaaacctgatccatgctcagag 42602934  T
Q  305 catccttgctatatgggct 323  Q
    ||| ||||| || ||||||    
T  42602935 cattcttgcaatctgggct 42602953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University