View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5777-Insertion-2 (Length: 545)

Name: NF5777-Insertion-2
Description: NF5777
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5777-Insertion-2
NF5777-Insertion-2
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (65-517)||(41670396-41670848)
chr1 (65-372)||(40795765-40796071)
chr1 (65-345)||(29391462-29391742)
chr1 (265-340)||(45576399-45576474)
chr1 (7-39)||(41670338-41670370)
chr1 (509-545)||(41670864-41670900)
chr1 (218-326)||(33216594-33216702)
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (67-340)||(23885825-23886098)
chr4 (67-340)||(23415716-23415989)
chr4 (70-340)||(23402075-23402345)
chr4 (65-320)||(26434020-26434275)
chr4 (65-320)||(34662068-34662323)
chr4 (65-320)||(26832731-26832986)
chr4 (70-340)||(23453379-23453649)
chr4 (67-340)||(24307221-24307494)
chr4 (67-340)||(23868730-23869003)
chr4 (65-320)||(26435800-26436055)
chr4 (70-340)||(23408547-23408817)
chr4 (160-282)||(23451797-23451919)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (65-342)||(40180275-40180552)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (68-191)||(29684699-29684822)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 429; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 429; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 65 - 517
Target Start/End: Original strand, 41670396 - 41670848
Alignment:
Q  65 gcgttgaaacctacaagatctacatcttcaaggttctgaagcaggttcatcctgacattggtatctcaagcaaggctatggggatcatgaacagcttcat 164  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41670396 gcgttgaaacctacaagatctacatcttcaaggttctcaagcaggttcatcctgacattggtatctcaagcaaggctatggggatcatgaacagcttcat 41670495  T
Q  165 caatgatatctttgagaagctcgctcaggaatcatccagacttgcgaggtacaacaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctgttcgt 264  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41670496 caatgatatctttgagaagctcgctcaggaatcttccagacttgcgaggtacaacaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctgttcgt 41670595  T
Q  265 cttgttctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggctgttaccaaattcactagctcttgaattcgatacatttctctagttt 364  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41670596 cttgttctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggctgttaccaaattcactagctcttgaattcgatacatttctctagttt 41670695  T
Q  365 atataattagggtttatgtaaagtttattttggatctactcgttttcatgtgacaattaatgaaattttattttgccctcaattctctttgcaattttac 464  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  41670696 atataattagggtttatgtaaagtttattttggatctactcgttttcatgtgacaattaatgaaattttatttttccctcaattctctttgcaattttac 41670795  T
Q  465 tttgccctgaaatctactggttctgtacttctaatgaaaaatagaaatctaat 517  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  41670796 tttgccctgcaatctactagttctgtacttctaatgaaaaatagaaaactaat 41670848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 65 - 372
Target Start/End: Original strand, 40795765 - 40796071
Alignment:
Q  65 gcgttgaaacctacaagatctacatcttcaaggttctgaagcaggttcatcctgacattggtatctcaagcaaggctatggggatcatgaacagcttcat 164  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  40795765 gcgtagaaacctacaagatctacatcttcaaggttctcaagcaggttcatcctgacattggaatctccagcaaggctatggggatcatgaacagtttcat 40795864  T
Q  165 caatgatatctttgagaagctcgctcaggaatcatccagacttgcgaggtacaacaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctgttcgt 264  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  | ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||    
T  40795865 caatgacatctttgagaagctcgctcaggaatcatccagactcgctcgctacaacaagaaacctaccatcacctctcgtgagattcagactgctgttcgt 40795964  T
Q  265 cttgttctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggctgttaccaaattcactagctcttgaattcgatacatttctctagttt 364  Q
    || ||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || || || ||||| || ||||||||||||  ||||||||||| | ||     
T  40795965 ctcgttcttcccggcgaacttgccaagcacgctgtctccgagggaaccaaagcagtcactaaatttacaagctcttgaatt-tatacatttctccaatta 40796063  T
Q  365 atataatt 372  Q
    ||||||||    
T  40796064 atataatt 40796071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 65 - 345
Target Start/End: Original strand, 29391462 - 29391742
Alignment:
Q  65 gcgttgaaacctacaagatctacatcttcaaggttctgaagcaggttcatcctgacattggtatctcaagcaaggctatggggatcatgaacagcttcat 164  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| ||   ||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  29391462 gcgttgaaacctataagatttacatcttcaaggttctcaaacaggttcatcctgatataggtatttcttccaaagctatggggattatgaacagtttcat 29391561  T
Q  165 caatgatatctttgagaagctcgctcaggaatcatccagacttgcgaggtacaacaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctgttcgt 264  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| | || ||| | ||  | ||||||||||| || || || || ||  ||||||| || || ||||| |||    
T  29391562 caatgatatctttgagaaactcgctcaggaagcttctagattggctcgttacaacaagaaaccgacgattacgtcgagggagattcaaacggctgtgcgt 29391661  T
Q  265 cttgttctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggctgttaccaaattcactagctcttgaatt 345  Q
     | ||||| ||||||||| | || || |||||||| || || ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||    
T  29391662 ttggttcttcccggtgaattggcgaaacatgctgtttccgaaggaaccaaggctgttaccaaatttacgagttcttgaatt 29391742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 265 - 340
Target Start/End: Original strand, 45576399 - 45576474
Alignment:
Q  265 cttgttctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggctgttaccaaattcactagctctt 340  Q
    |||||||| |||| |||| | |||||||||| ||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  45576399 cttgttctgcccgatgaattggctaagcatgttgtttctgagggtaccaaagctgtgaccaaattcacaagctctt 45576474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 7 - 39
Target Start/End: Original strand, 41670338 - 41670370
Alignment:
Q  7 aagaagatcccaaaggaagcatcctccaccgac 39  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41670338 aagaagatcccaaaggaagcatcctccaccgac 41670370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 509 - 545
Target Start/End: Original strand, 41670864 - 41670900
Alignment:
Q  509 aaatctaatgctatgaaattcatagttgttgtgtttg 545  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  41670864 aaatctaatgctatgaaactcatagttgttgtgtttg 41670900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 218 - 326
Target Start/End: Original strand, 33216594 - 33216702
Alignment:
Q  218 acaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctgttcgtcttgttctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggc 317  Q
    |||||||||| |||||||||||  || | || || ||||||||  | |||||||| |  |||||| | || || |||||||| |||||||| ||||||||    
T  33216594 acaagaagccaacaatcacttcaaggaaaattcaaactgctgtcagacttgttcttcttggtgaattggccaaacatgctgtttctgagggtaccaaggc 33216693  T
Q  318 tgttaccaa 326  Q
    ||| |||||    
T  33216694 tgtgaccaa 33216702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 146; Significance: 1e-76; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 67 - 340
Target Start/End: Original strand, 23885825 - 23886098
Alignment:
Q  67 gttgaaacctacaagatctacatcttcaaggttctgaagcaggttcatcctgacattggtatctcaagcaaggctatggggatcatgaacagcttcatca 166  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  23885825 gttgaaacatacaagatctacatcttcaaagttctgaagcaggttcacccagacattggtatctcaagcaaggccatgggtatcatgaacagtttcatca 23885924  T
Q  167 atgatatctttgagaagctcgctcaggaatcatccagacttgcgaggtacaacaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctgttcgtct 266  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||  |||| || |||||||| ||  | ||    
T  23885925 atgatatcttcgagaagcttgctcaagaatcatccagacttgctcgttacaacaagaagccaacaatcacttcaagggaaattcagactgcagtcaggct 23886024  T
Q  267 tgttctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggctgttaccaaattcactagctctt 340  Q
    |||||| || |||||| | || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||    
T  23886025 tgttcttcctggtgaattggccaagcatgctgtctctgagggaaccaaagctgtgaccaagtttactagttctt 23886098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 67 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 23415989 - 23415716
Alignment:
Q  67 gttgaaacctacaagatctacatcttcaaggttctgaagcaggttcatcctgacattggtatctcaagcaaggctatggggatcatgaacagcttcatca 166  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  23415989 gttgaaacatacaagatctacatcttcaaagttctgaagcaggttcacccagacattggtatctcaagcaaggccatgggtatcatgaacagtttcatca 23415890  T
Q  167 atgatatctttgagaagctcgctcaggaatcatccagacttgcgaggtacaacaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctgttcgtct 266  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||  |||| || |||||||| ||  | ||    
T  23415889 atgatatcttcgagaagcttgctcaagaatcatccagacttgctcgttacaacaagaagccaacaatcacttcaagggaaattcagactgcagtcagact 23415790  T
Q  267 tgttctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggctgttaccaaattcactagctctt 340  Q
    |||||| || |||||| | || ||||||||||| |||||||| ||||||||||| || || || ||||||||||    
T  23415789 tgttcttcctggtgaattggccaagcatgctgtttctgagggtaccaaggctgtgactaagtttactagctctt 23415716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 70 - 340
Target Start/End: Original strand, 23402075 - 23402345
Alignment:
Q  70 gaaacctacaagatctacatcttcaaggttctgaagcaggttcatcctgacattggtatctcaagcaaggctatggggatcatgaacagcttcatcaatg 169  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  23402075 gaaacatacaagatctacatcttcaaagttctgaagcaggttcacccagacattggtatctcaagcaaggccatgggtatcatgaacagtttcatcaatg 23402174  T
Q  170 atatctttgagaagctcgctcaggaatcatccagacttgcgaggtacaacaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctgttcgtcttgt 269  Q
    ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||  |||| || |||||||| ||  | |||||    
T  23402175 atatcttcgagaagcttgctcaagaatcatccagacttgctcgttacaacaagaagccaacaatcacttcaagggaaattcagactgcagtcaggcttgt 23402274  T
Q  270 tctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggctgttaccaaattcactagctctt 340  Q
    ||| || |||||| | || |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||    
T  23402275 tcttcctggtgaattggccaagcatgctgtctcagagggaaccaaagctgtgaccaagtttactagttctt 23402345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 65 - 320
Target Start/End: Original strand, 26434020 - 26434275
Alignment:
Q  65 gcgttgaaacctacaagatctacatcttcaaggttctgaagcaggttcatcctgacattggtatctcaagcaaggctatggggatcatgaacagcttcat 164  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||    
T  26434020 gcgttgaaacatacaagatctacatcttcaaggttctgaaacaagttcatccagacattggtatctcaagcaaagccatgggtatcatgaacagtttcat 26434119  T
Q  165 caatgatatctttgagaagctcgctcaggaatcatccagacttgcgaggtacaacaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctgttcgt 264  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||  |||| || ||||| || ||  |     
T  26434120 caatgatatcttcgagaaactcgctcaagaatcatccagacttgctcgttacaacaagaagccaacaatcacttcaagggaaattcagaccgcggtcagg 26434219  T
Q  265 cttgttctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggctgt 320  Q
    |||||||| ||||||||| | || ||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  26434220 cttgttctgcccggtgaattggccaagcatgctgtttctgagggtaccaaggctgt 26434275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 65 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 34662323 - 34662068
Alignment:
Q  65 gcgttgaaacctacaagatctacatcttcaaggttctgaagcaggttcatcctgacattggtatctcaagcaaggctatggggatcatgaacagcttcat 164  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||| |||||    
T  34662323 gcgttgaaacctacaagatctacatcttcaaggttctgaaacaagttcaccctgacattggtatctcaagcaaagccatgggtattatgaacagtttcat 34662224  T
Q  165 caatgatatctttgagaagctcgctcaggaatcatccagacttgcgaggtacaacaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctgttcgt 264  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| || || |||||  |||| || |||||||||||| |     
T  34662223 caatgatatcttcgagaagctcgctcaagaatcttccagacttgcaaggtataacaagaagccgacgataacttcgagggaaattcagactgctgttagg 34662124  T
Q  265 cttgttctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggctgt 320  Q
    |||||||| || || ||| | |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  34662123 cttgttcttcctggagaattggctaagcatgctgtgtctgagggtaccaaagctgt 34662068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 65 - 320
Target Start/End: Original strand, 26832731 - 26832986
Alignment:
Q  65 gcgttgaaacctacaagatctacatcttcaaggttctgaagcaggttcatcctgacattggtatctcaagcaaggctatggggatcatgaacagcttcat 164  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||    
T  26832731 gcgttgaaacatacaagatctacatcttcaaggttctgaaacaagttcacccagacattggtatctcaagcaaagccatgggtatcatgaacagtttcat 26832830  T
Q  165 caatgatatctttgagaagctcgctcaggaatcatccagacttgcgaggtacaacaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctgttcgt 264  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||  |||| || ||||| || ||  |     
T  26832831 caatgatatcttcgagaaactcgctcaagaatcatccagacttgctcgttacaacaagaagccaacaatcacttcaagggaaattcagaccgcggtcagg 26832930  T
Q  265 cttgttctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggctgt 320  Q
    |||||||| ||||||||| | || ||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  26832931 cttgttctgcccggtgaattggccaagcatgctgtttctgagggtaccaaggctgt 26832986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 70 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 23453649 - 23453379
Alignment:
Q  70 gaaacctacaagatctacatcttcaaggttctgaagcaggttcatcctgacattggtatctcaagcaaggctatggggatcatgaacagcttcatcaatg 169  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  23453649 gaaacatacaagatctacatcttcaaagttctgaatcatgttcacccagacattggtatctcaagcaaggccatgggtatcatgaacagtttcatcaatg 23453550  T
Q  170 atatctttgagaagctcgctcaggaatcatccagacttgcgaggtacaacaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctgttcgtcttgt 269  Q
    ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||  |||| || |||||||| ||  |||||||    
T  23453549 atatcttcgagaagcttgctcaagaatcatccagacttgctcgttacaacaagaagccaacaatcacttcaagggaaattcagactgcagtcagtcttgt 23453450  T
Q  270 tctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggctgttaccaaattcactagctctt 340  Q
    ||| || |||||| | || ||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||| || ||||| ||||    
T  23453449 tcttcctggtgaattggccaagcatgctgtttctgaaggcaccaaggctgtgaccaagtttactagttctt 23453379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 67 - 340
Target Start/End: Original strand, 24307221 - 24307494
Alignment:
Q  67 gttgaaacctacaagatctacatcttcaaggttctgaagcaggttcatcctgacattggtatctcaagcaaggctatggggatcatgaacagcttcatca 166  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||| |||||||    
T  24307221 gttgaaacatacaagatctatatcttcaaggttctgaaacaagttcacccagacattggtatctcaagcaaagccatgggaataatgaacagtttcatca 24307320  T
Q  167 atgatatctttgagaagctcgctcaggaatcatccagacttgcgaggtacaacaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctgttcgtct 266  Q
    |||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||  |||| || |||||||||||  | ||    
T  24307321 atgatatcttcgagaaactagctcaagaatcatccagacttgctcgttacaacaagaagccaacaatcacttcaagggaaattcagactgctgtcagact 24307420  T
Q  267 tgttctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggctgttaccaaattcactagctctt 340  Q
    |||||| || |||||| | || ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||    
T  24307421 tgttcttcctggtgaattggccaagcatgctgtttctgagggtaccaaagctgtgaccaagttcactagttctt 24307494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 67 - 340
Target Start/End: Original strand, 23868730 - 23869003
Alignment:
Q  67 gttgaaacctacaagatctacatcttcaaggttctgaagcaggttcatcctgacattggtatctcaagcaaggctatggggatcatgaacagcttcatca 166  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||| |||||||    
T  23868730 gttgaaacatacaagatctacatcttcaaagttctgaagcaggttcacccagacattggtatctcaagcaaagccatgggaataatgaacagtttcatca 23868829  T
Q  167 atgatatctttgagaagctcgctcaggaatcatccagacttgcgaggtacaacaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctgttcgtct 266  Q
    |||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||  |||| || |||||||||||  | ||    
T  23868830 atgatatcttcgagaaacttgctcaagaatcatccagacttgctcgttacaacaagaagccaacaatcacttcaagggaaattcagactgctgtcagact 23868929  T
Q  267 tgttctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggctgttaccaaattcactagctctt 340  Q
    |||||| || |||||| | || || |||||||| ||||| ||||| || ||||| || || |||||||| ||||    
T  23868930 tgttcttcctggtgaattggccaaacatgctgtttctgaaggaacaaaagctgtgactaagttcactagttctt 23869003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 65 - 320
Target Start/End: Original strand, 26435800 - 26436055
Alignment:
Q  65 gcgttgaaacctacaagatctacatcttcaaggttctgaagcaggttcatcctgacattggtatctcaagcaaggctatggggatcatgaacagcttcat 164  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||    
T  26435800 gcgttgaaacatacaagatctacatcttcaaggttctgaaacaagttcacccagacattggtatctcaagcaaagccatgggtatcatgaacagtttcat 26435899  T
Q  165 caatgatatctttgagaagctcgctcaggaatcatccagacttgcgaggtacaacaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctgttcgt 264  Q
    |||||||||||| ||||| ||| |||| ||||| |||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||  |||| || ||||| || ||  |     
T  26435900 caatgatatcttcgagaaactcactcaagaatcttccagacttgctcgttacaacaagaagccaacaatcacttcaagggaaattcagaccgcggtcagg 26435999  T
Q  265 cttgttctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggctgt 320  Q
    |||||||| ||||||||| | || ||||||| ||| |||||||| |||||||||||    
T  26436000 cttgttctgcccggtgaattggccaagcatgatgtttctgagggtaccaaggctgt 26436055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 70 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 23408817 - 23408547
Alignment:
Q  70 gaaacctacaagatctacatcttcaaggttctgaagcaggttcatcctgacattggtatctcaagcaaggctatggggatcatgaacagcttcatcaatg 169  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  23408817 gaaacatacaagatctacatcttcaaagttctgaaacaagttcacccagacattggtatctcaagcaaagcgatgggtatcatgaacagtttcatcaatg 23408718  T
Q  170 atatctttgagaagctcgctcaggaatcatccagacttgcgaggtacaacaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctgttcgtcttgt 269  Q
    ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||  |||| || ||||| || ||  | |||||    
T  23408717 atatcttcgagaagcttgctcaagaatcatccagacttgctcgttacaacaagaagccaacaatcacttcaagggaaattcagaccgcggtcagacttgt 23408618  T
Q  270 tctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggctgttaccaaattcactagctctt 340  Q
    ||| || || ||| | || ||||||||||| ||||| || ||||||||||| || || || ||||||||||    
T  23408617 tcttcctggagaattggccaagcatgctgtttctgaaggcaccaaggctgtgactaagtttactagctctt 23408547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 160 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 23451919 - 23451797
Alignment:
Q  160 ttcatcaatgatatctttgagaagctcgctcaggaatcatccagacttgcgaggtacaacaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctg 259  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||  |||| || ||||| || |    
T  23451919 ttcatcaacgatatctttgagaagctcgctcaagaatactccagacttgctcgctacaacaagaagccaacaatcacttcaagggaaattcagaccgcag 23451820  T
Q  260 ttcgtcttgttctccccggtgaa 282  Q
    |  | |||||||| |||||||||    
T  23451819 tcaggcttgttctgcccggtgaa 23451797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 118; Significance: 6e-60; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 65 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 40180552 - 40180275
Alignment:
Q  65 gcgttgaaacctacaagatctacatcttcaaggttctgaagcaggttcatcctgacattggtatctcaagcaaggctatggggatcatgaacagcttcat 164  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  40180552 gcgttgaaacctacaagatatacatcttcaaggttctgaaacaggttcatcctgatatcggtgtttcaagcaaggctatgggaatcatgaacagtttcat 40180453  T
Q  165 caatgatatctttgagaagctcgctcaggaatcatccagacttgcgaggtacaacaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctgttcgt 264  Q
     || |||||||||||||| |||||||||||||| ||  |  | || ||||| ||||||||||| || || |||||| ||||||| || ||||||||| |     
T  40180452 taacgatatctttgagaaactcgctcaggaatcgtctcgtttggctaggtataacaagaagccgacgattacttctagggagattcaaactgctgttaga 40180353  T
Q  265 cttgttctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggctgttaccaaattcactagctcttga 342  Q
     | ||||| || || ||| | ||||| |||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  40180352 ttggttcttcctggagaattggctaaacatgctgtttctgaagggactaaggctgttaccaaattcaccagctcttga 40180275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 68 - 191
Target Start/End: Original strand, 29684699 - 29684822
Alignment:
Q  68 ttgaaacctacaagatctacatcttcaaggttctgaagcaggttcatcctgacattggtatctcaagcaaggctatggggatcatgaacagcttcatcaa 167  Q
    |||||||||||||||| || || ||||||||||| || || |||||||||| ||||||| | ||||| || ||||||||  | || ||||| ||| | ||    
T  29684699 ttgaaacctacaagatatatatattcaaggttctcaaacaagttcatcctgccattggtgtttcaagtaaagctatgggagttattaacagtttcgtgaa 29684798  T
Q  168 tgatatctttgagaagctcgctca 191  Q
     ||||||||| |||| ||||||||    
T  29684799 cgatatctttaagaaactcgctca 29684822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University