View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5777_high_4 (Length: 447)

Name: NF5777_high_4
Description: NF5777
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5777_high_4
NF5777_high_4
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (19-432)||(32633157-32633571)
chr8 (19-432)||(6310267-6310678)
chr8 (25-432)||(5607836-5608241)
chr8 (25-432)||(5627129-5627534)
chr8 (30-432)||(5549693-5550093)
chr8 (19-432)||(14404610-14405021)
chr8 (19-429)||(13164774-13165182)
chr8 (19-432)||(5571265-5571676)
chr8 (149-432)||(12177099-12177382)
chr8 (149-432)||(12421527-12421810)
chr8 (170-432)||(12188420-12188682)
chr8 (170-432)||(12432848-12433110)
chr8 (325-426)||(9394271-9394372)
[»] scaffold0363 (1 HSPs)
scaffold0363 (19-432)||(13832-14243)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (191-432)||(19492820-19493061)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 378; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 378; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 432
Target Start/End: Original strand, 32633157 - 32633571
Alignment:
Q  19 aatctgacttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaatgagcttacgtgtaatttcatactcgatgaaaacta 118  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32633157 aatctgacttgattgaagacattaccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaatgagcttacgtgtaatttcatactcgatgaaaacta 32633256  T
Q  119 tcgcaacattcagtctttaatnnnnnnn-ttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgctgct 217  Q
    ||||| |||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32633257 tcgcaccattcagtctttaataaaaaaaattgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgctgct 32633356  T
Q  218 gctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgcaaca 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32633357 gctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgcaaca 32633456  T
Q  318 aacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcat 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32633457 aacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcat 32633556  T
Q  418 tgtactagatgatgt 432  Q
    |||||||||||||||    
T  32633557 tgtactagatgatgt 32633571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 19 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 6310678 - 6310267
Alignment:
Q  19 aatctgacttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaatgagcttacgtgtaatttcatactcgatgaaaacta 118  Q
    |||||||  ||||||||| |||| | |||| ||||||  ||||||| |||||  |||| |||||||| ||| | |||||||||||||| |||||||||||    
T  6310678 aatctgaaatgattgaagccattactagagctgtattaggaaaattaaatcaacagtatacaaatgatcttccatgtaatttcatacttgatgaaaacta 6310579  T
Q  119 tcgcaacattcagtctttaatnnnnnnnttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgctgctg 218  Q
    | | | |||||| ||||||||        ||||  || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  6310578 ttggagcattcaatctttaataaaatc--tgatctaacagaagttcaaatcattggactttggggtatgggaggcacaggtaagacaacccttgctgctg 6310481  T
Q  219 ctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgcaacaa 318  Q
    || ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| ||||||| || |||||||||    
T  6310480 ctatgtttcaaagggtctcttttaaatatgaaggcagttgcttcttagaaaaggtaacagaagtatcaaagagacatgggatcaattacacatgcaacaa 6310381  T
Q  319 acttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcatt 418  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  || ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6310380 acttctttccaagttactcagggaagatcttgatattgatacttccaaattaataccatcaatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcatt 6310281  T
Q  419 gtactagatgatgt 432  Q
    ||| ||||||||||    
T  6310280 gtaatagatgatgt 6310267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 25 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 5608241 - 5607836
Alignment:
Q  25 acttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaatgagcttacgtgtaatttcatactcgatgaaaactatcgcaa 124  Q
    |||| |||||||||||| |||||| |||| | |||||||| |||||  |   ||||| ||| ||||| |||||||||||||  |||||||||||| | |     
T  5608241 acttaattgaagacattaccagagctgtaataagaaaattaaatcaacaaagcacaattgatcttacttgtaatttcatacctgatgaaaactattggag 5608142  T
Q  125 cattcagtctttaatnnnnnnnttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgctgctgctttgt 224  Q
    | |||| ||||||||       |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||  ||||| |||    
T  5608141 cgttcaatctttaataaaat--ttgactcaacagaagttcaaatcattggactttggggtatgggaggcataggtaagacaacccttgccactgctatgt 5608044  T
Q  225 ttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgcaacaaacttct 324  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  5608043 ttcaaagggtctctttcaaatatgatggcagttgcttctttgagaaggtgacagaagtatcaaaaagtcatggaatcaattacacatgcaacaaacttct 5607944  T
Q  325 ttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcattgtacta 424  Q
    || |||||||||||  |||||||||||||||||  || ||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5607943 ttgtaagttactaaaagaagatcttgatattgacactcccaaactaatatcatccatgatcagaagaagactcaaaagcatgaaatctttcattgtacta 5607844  T
Q  425 gatgatgt 432  Q
    ||||||||    
T  5607843 gatgatgt 5607836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 25 - 432
Target Start/End: Original strand, 5627129 - 5627534
Alignment:
Q  25 acttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaatgagcttacgtgtaatttcatactcgatgaaaactatcgcaa 124  Q
    |||| |||||||||||| |||||| |||| | |||||||| |||||  |   ||||| ||| ||||| |||||||||||||  |||||||||||| | |     
T  5627129 acttaattgaagacattaccagagctgtaataagaaaattaaatcaacaaagcacaattgatcttacttgtaatttcatacctgatgaaaactattggag 5627228  T
Q  125 cattcagtctttaatnnnnnnnttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgctgctgctttgt 224  Q
    | |||| ||||||||       |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||  ||||| |||    
T  5627229 cgttcaatctttaataaaat--ttgactcaacagaagttcaaatcattggactttggggtatgggaggcataggtaagacaacccttgccactgctatgt 5627326  T
Q  225 ttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgcaacaaacttct 324  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  5627327 ttcaaagggtctctttcaaatatgatggcagttgcttctttgagaaggtgacagaagtatcaaaaagtcatggaatcaattacacatgcaacaaacttct 5627426  T
Q  325 ttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcattgtacta 424  Q
    || |||||||||||  |||||||||||||||||  || ||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5627427 ttgtaagttactaaaagaagatcttgatattgacactcccaaactaatatcatccatgatcagaagaagactcaaaagcatgaaatctttcattgtacta 5627526  T
Q  425 gatgatgt 432  Q
    ||||||||    
T  5627527 gatgatgt 5627534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 30 - 432
Target Start/End: Original strand, 5549693 - 5550093
Alignment:
Q  30 attgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaatgagcttacgtgtaatttcatactcgatgaaaactatcgcaacattc 129  Q
    |||| ||||||| || ||| |||||| |||||||| |||||  |   ||||| ||| ||||| |||||||||||||  |||||||||||||| | |||||    
T  5549693 attggagacattaccggagctgtattaagaaaattaaatcaacaaagcacaattgatcttacttgtaatttcatacctgatgaaaactatcggagcattc 5549792  T
Q  130 agtctttaatnnnnnnnttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgctgctgctttgtttcaa 229  Q
    | ||||||||       ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||  ||||| ||||||||    
T  5549793 aatctttaataaaat--ttgattcaacagaagttcaaatcattggagtttggggtatgggaggcattggtaagacaacccttgccactgctatgtttcaa 5549890  T
Q  230 agggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgcaacaaacttctttcta 329  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| | ||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  5549891 agggtctctttcaaatatgatggcagttgcttctttgaaaaggttacagaagtatcaaaaagtcgtggaatcaattacacatgcaacaaacttctttcta 5549990  T
Q  330 agttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcattgtactagatga 429  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||  || ||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5549991 agttactaaaagaagatcttgatattgacactcccaaactaatatcatccatgatcagaagaagactcaaaagcatgaaatctttcattgtactagatga 5550090  T
Q  430 tgt 432  Q
    |||    
T  5550091 tgt 5550093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 19 - 432
Target Start/End: Original strand, 14404610 - 14405021
Alignment:
Q  19 aatctgacttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaatgagcttacgtgtaatttcatactcgatgaaaacta 118  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||  ||||||| |||||  | | ||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||    
T  14404610 aatctgacttaattgaagacattaccagagttgtattaggaaaattaaatcagcaatgcacaaatgatcttacatgtaattttatacttgatgaaaacta 14404709  T
Q  119 tcgcaacattcagtctttaatnnnnnnnttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgctgctg 218  Q
    | | | |||||| || |||||       ||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||| ||     
T  14404710 ttggagcattcaatcattaataaaat--ttgattcagcacaagttcaaatcattggaatttggggtatgggaggcacaggtaagacaacccttgcttcta 14404807  T
Q  219 ctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgcaacaa 318  Q
     | ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |   ||||||||    
T  14404808 ttctgtttcaaaggttctctttcaaatatgaaggcagctgcttgtttgaaaaggtgacagaagtatcgaaaaggcatggaatcaattacgcgtgcaacaa 14404907  T
Q  319 acttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcatt 418  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| |||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  14404908 acttctttccaagttactaagggaagatcttgatattgacagtcccaaactaataccatctatgatcagaagaagactcaaaagcatgaaatctttcatt 14405007  T
Q  419 gtactagatgatgt 432  Q
    ||||||||||||||    
T  14405008 gtactagatgatgt 14405021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 19 - 429
Target Start/End: Original strand, 13164774 - 13165182
Alignment:
Q  19 aatctgacttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaatgagcttacgtgtaatttcatactcgatgaaaacta 118  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||| ||||||  |||| ||| ||| ||||| | || |||||||||||||||||| ||    
T  13164774 aatctgacttgattgaagacattatcagagttgtattaggaaaattaaatcaccggtacgcaattgaacttacatatagtttcatactcgatgaaaatta 13164873  T
Q  119 tcgcaacattcagtctttaatnnnnnnnttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgctgctg 218  Q
      | | |||| | ||||||||       ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  13164874 ctggagcattaaatctttaataaaaa--ttgattcatcagaagttcaaatcattggagtttggggaatggggggcacaggcaagacaacccttgctgctg 13164971  T
Q  219 ctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgcaacaa 318  Q
    |  |||||||||| |||||||   | |||||||||  |||||||||||||||||||||||||  |||| ||| |||||||||||||  || |||||||||    
T  13164972 ccatgtttcaaagagtctcttctcactatgaaggccattgcttcttagaaaatgtgacagaacaatcagaaaagcatggaatcaatgacacatgcaacaa 13165071  T
Q  319 acttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcatt 418  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||    ||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13165072 acttctttccaagttactaggggaagaccttgatattaccactctcaaagtaataccatccatgatcaggagaagactcaaacgcatgaaatctttcatt 13165171  T
Q  419 gtactagatga 429  Q
    |||||||||||    
T  13165172 gtactagatga 13165182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 168; E-Value: 7e-90
Query Start/End: Original strand, 19 - 432
Target Start/End: Original strand, 5571265 - 5571676
Alignment:
Q  19 aatctgacttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaatgagcttacgtgtaatttcatactcgatgaaaacta 118  Q
    ||||| || |||||||||||||| |||||| | ||||  | |||||||||||| |||||| | |||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||    
T  5571265 aatctaacatgattgaagacattaccagagctttattagggaaattgaatcaccagtacagagatgaacttacatgtaatttgatacttgatgaaaacta 5571364  T
Q  119 tcgcaacattcagtctttaatnnnnnnnttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgctgctg 218  Q
    | |   | |||  ||||||||       ||||||||| |  |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||    
T  5571365 ttgggccgttcgatctttaataaaat--ttgattcaacaacagttcaaatcattggactttggggaatgggaggcactggtaagacaactcttgctgctg 5571462  T
Q  219 ctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgcaacaa 318  Q
    || ||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||  ||||||||    
T  5571463 ctatgtttcaaaggttctctttcaaatatgaaggcaattgcttcttagaaagggtgacagaagtttcaaaaaagcatggaatcaattacacgtgcaacaa 5571562  T
Q  319 acttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcatt 418  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||  ||||||  || |||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||| ||  |||||||||||||||    
T  5571563 acttctttccaagttactaggggaagatcttcgtattgacactcccaaagtaatcccagccatgatcaagagaagactcagacatatgaaatctttcatt 5571662  T
Q  419 gtactagatgatgt 432  Q
    ||| ||||||||||    
T  5571663 gtattagatgatgt 5571676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 149 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 12177382 - 12177099
Alignment:
Q  149 gattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatg 248  Q
    ||||||| |||||||  ||  |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||| | ||| |||| || |||||    
T  12177382 gattcaagagaagttagaactattggaatttggggcatgggaggcataggaaagacaacccttgctgctgccatatttcagaaggtatcttccatgtatg 12177283  T
Q  249 aaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatct 348  Q
    |||| ||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| || |||||  ||| || || || ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  12177282 aaggtagttgcttcctagaaaatgtcacagaagaatcaaagagacatgggctcagttacacatacaacagacttctttctaagttactaggggaagatct 12177183  T
Q  349 tgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcattgtactagatgatgt 432  Q
    | |||||||  || | ||||||||| |||| ||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12177182 tcatattgagactcctaaagtaatatcatctatggttatgaaaagactcaaacgcatgaaagctttcattgtactagatgatgt 12177099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 149 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 12421810 - 12421527
Alignment:
Q  149 gattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatg 248  Q
    ||||||| |||||||  ||  |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||| | ||| |||| || |||||    
T  12421810 gattcaagagaagttagaactattggaatttggggcatgggaggcataggaaagacaacccttgctgctgccatatttcagaaggtatcttccatgtatg 12421711  T
Q  249 aaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatct 348  Q
    |||| ||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| || |||||  ||| || || || ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  12421710 aaggtagttgcttcctagaaaatgtcacagaagaatcaaagagacatgggctcagttacacatacaacagacttctttctaagttactaggggaagatct 12421611  T
Q  349 tgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcattgtactagatgatgt 432  Q
    | |||||||  || | ||||||||| |||| ||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12421610 tcatattgagactcctaaagtaatatcatctatggttatgaaaagactcaaacgcatgaaagctttcattgtactagatgatgt 12421527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 170 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 12188682 - 12188420
Alignment:
Q  170 attggactttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaa 269  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||| | ||| |||| ||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  12188682 attggaatttggggcatgggaggcataggaaagacaacccttgctgctgccatatttcagaaggtatcttccagatatgaaggtagttgcttcttagaaa 12188583  T
Q  270 atgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagt 369  Q
    |||| ||||||| |||||| || |||||  ||| || || || ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||  || | |||||    
T  12188582 atgtcacagaagaatcaaagagacatgggctcagttacacatacaacagacttctttctaagctactaggggaagatcttcatattgagactcctaaagt 12188483  T
Q  370 aataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcattgtactagatgatgt 432  Q
    |||| |||| ||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12188482 aatatcatctatggttatgaaaagactcaaacgcatgaaagctttcattgtactagatgatgt 12188420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 170 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 12433110 - 12432848
Alignment:
Q  170 attggactttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaa 269  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||| | ||| |||| ||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  12433110 attggaatttggggcatgggaggcataggaaagacaacccttgctgctgccatatttcagaaggtatcttccagatatgaaggtagttgcttcttagaaa 12433011  T
Q  270 atgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagt 369  Q
    |||| ||||||| |||||| || |||||  ||| || || || ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||  || | |||||    
T  12433010 atgtcacagaagaatcaaagagacatgggctcagttacacatacaacagacttctttctaagctactaggggaagatcttcatattgagactcctaaagt 12432911  T
Q  370 aataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcattgtactagatgatgt 432  Q
    |||| |||| ||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12432910 aatatcatctatggttatgaaaagactcaaacgcatgaaagctttcattgtactagatgatgt 12432848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 325 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 9394372 - 9394271
Alignment:
Q  325 ttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcattgtacta 424  Q
    |||||||||| ||  ||||||||||| ||||||  || ||||||||||| |||| ||| | |||  ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  9394372 ttctaagttaatagcggaagatcttggtattgacactcccaaagtaatatcatctatggttatgtaaagactcaaacacatgaaagctttcattgtacta 9394273  T
Q  425 ga 426  Q
    ||    
T  9394272 ga 9394271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0363 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 1)
Name: scaffold0363
Description:

Target: scaffold0363; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 19 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 14243 - 13832
Alignment:
Q  19 aatctgacttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaatgagcttacgtgtaatttcatactcgatgaaaacta 118  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||  ||||||| |||||  | | ||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||    
T  14243 aatctgacttaattgaagacattaccagagttgtattaggaaaattaaatcagcaatgcacaaatgatcttacatgtaattttatacttgatgaaaacta 14144  T
Q  119 tcgcaacattcagtctttaatnnnnnnnttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgctgctg 218  Q
    | | | |||||| || |||||       ||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||| ||     
T  14143 ttggagcattcaatcattaataaaat--ttgattcagcacaagttcaaatcattggaatttggggtatgggaggcacaggtaagacaacccttgcttcta 14046  T
Q  219 ctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgcaacaa 318  Q
     | ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |   ||||||||    
T  14045 ttctgtttcaaaggttctctttcaaatatgaaggcagctgcttgtttgaaaaggtgacagaagtatcgaaaaggcatggaatcaattacgcgtgcaacaa 13946  T
Q  319 acttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcatt 418  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| |||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13945 acttctttccaagttactaagggaagatcttgatattgacagtcccaaactaataccatctatgatcagaagaagactcaaaagcatgaaatctttcatt 13846  T
Q  419 gtactagatgatgt 432  Q
    ||||||||||||||    
T  13845 gtactagatgatgt 13832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 66; Significance: 5e-29; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 191 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 19493061 - 19492820
Alignment:
Q  191 ggcataggtaagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaa 290  Q
    ||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||   |||||| ||| ||| |||| |  |||||||||||||| ||| |||||| ||||||||    
T  19493061 ggcataggtaagacagccattgttgctgctatgtttcaaaatttctcttgcaaatatcaaggtacctgcttcttagaaaaggtggcagaagaatcaaaaa 19492962  T
Q  291 ggcatggaatcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgag 390  Q
    || |||||||||||||||  |  || |||||| |||| |  |||||  |||||||| || |||| ||  |  | | ||||||  |||||||| |||| ||    
T  19492961 ggaatggaatcaatttcacttataaaaaacttgtttccacattactcggggaagatgttaatatcgacacgcctatagtaatgtcatccatggtcattag 19492862  T
Q  391 aagactcaaacgcatgaaatctttcattgtactagatgatgt 432  Q
    |||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  19492861 aagactcaaaggaatgaaagctttcattgtactagatgatgt 19492820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University