View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5778-Insertion-1 (Length: 970)

Name: NF5778-Insertion-1
Description: NF5778
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5778-Insertion-1
NF5778-Insertion-1
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (216-920)||(34240834-34241538)
chr5 (240-965)||(34233012-34233743)
chr5 (241-891)||(42122614-42123271)
chr5 (261-891)||(42116871-42117523)
chr5 (283-891)||(42128052-42128665)
chr5 (300-870)||(41617978-41618549)
chr5 (278-870)||(41572339-41572929)
chr5 (583-891)||(41713857-41714165)
chr5 (8-171)||(34241583-34241746)
chr5 (241-543)||(41714170-41714465)
chr5 (725-891)||(41443970-41444136)
chr5 (121-171)||(34234338-34234388)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (264-887)||(11117294-11117930)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (376-870)||(8522379-8522873)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (241-891)||(11994699-11995353)
chr2 (276-891)||(12247609-12248230)
chr2 (389-503)||(32682381-32682495)
chr2 (419-643)||(9423281-9423506)
chr2 (273-335)||(32682495-32682557)
chr2 (527-562)||(32682349-32682384)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (346-891)||(25523333-25523881)
chr6 (706-891)||(24140436-24140621)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (264-301)||(30021068-30021105)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 636; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 636; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 216 - 920
Target Start/End: Complemental strand, 34241538 - 34240834
Alignment:
Q  216 ctagatcaaataagaatgagtcgatagattgtcacactcacatcaaaacttattttaaacagaaagtaaaaactaacacacaatagagaaaataaccaga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34241538 ctagatcaaataagaatgagtcgatagattgtcaaactcacatcaaaacttattttaaacaga--gtaaaaactaacacacaatagagaaaataaccaga 34241441  T
Q  316 ataataaaactatgacatttgcaccatcttattcatggttggaccattgtttctcctcactcttgttctcctattcactcttctcttaggatgaccacca 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34241440 ataataaaactatgacatttgcaccatctgattcatggttggaccattgtttctcctcacttatgttctcctattcactcttctcttaggatgaccacca 34241341  T
Q  416 aatatcatcacaaaccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaaacacaaatccacatccataaccaattgccactggtt 515  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34241340 aatatcatcacaaaccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaaggcctattccaaacacaaatccacatccataaccaattgccactggtt 34241241  T
Q  516 tccatctaaagccaaatttctcttcactccaaaagttgttggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataa 615  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34241240 tccatccaaagccaaatttctcttcactccaaaagttgttggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataa 34241141  T
Q  616 ccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttca 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34241140 ccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttca 34241041  T
Q  716 agactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataycagtgagaatatttgacgagagatccaatgattccaagtttgtcaagtttagtatggattgag 815  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34241040 agactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtgagcatatttgacgagagatccaacgattccaagtttgtcaagttttgtatggattgag 34240941  T
Q  816 gaataggaccagttagtctgtyatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaattcctccatt-aacttgtttc-tga 913  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  34240940 gaataggaccagtgagtctgttatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaattcctccattaaacttgtttcttga 34240841  T
Q  914 gaaatca 920  Q
    |||||||    
T  34240840 gaaatca 34240834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 612; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 240 - 965
Target Start/End: Complemental strand, 34233743 - 34233012
Alignment:
Q  240 tagattgtcacactcacatcaaaacttattttaaacagaaagtaaaaactaacacaca--atagagaaaataaccagaataataaaactatgacatttgc 337  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34233743 tagattgttacactcacaccaaaacttattttaaacaga--gtaaaaactaacacacacaatagagaaaataaccagaataataaaactatgacatttgc 34233646  T
Q  338 accatcttattcatggttggaccattgtttctcctcactcttgttctcctattcactcttctcttaggatgaccaccaaatatcatcacaaaccatctag 437  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34233645 accatctgattcatggttggaccattgtttctcctcacttatgttctcctattcactcttctcttaggatgaccaccaaatatcatcacaaaccatctag 34233546  T
Q  438 gctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaaacacaaatccacatccataaccaattgccactggtttccatctaaagccaaatttctc 537  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  34233545 gctttccaattaaaaacatataatatccaaggcctattccaaacacaaatccacatccataaccaattgccactggtttccatccaaagccaaatttctc 34233446  T
Q  538 ttcactccaaaagttgttggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaa 637  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34233445 ttcactccaaaagttgttggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaa 34233346  T
Q  638 tcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaatt 737  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34233345 tcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaatt 34233246  T
Q  738 ctgcaggaatcataycagtgagaatatttgacgagagatccaatgattccaagtttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgty 837  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  34233245 ctgcaggaatcataccagtgagcatatttgacgagagatccaacgattccaagtttgtcaagttttgtatggattgaggaataggaccagtgagtctgtt 34233146  T
Q  838 atgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaattcctccatt-aacttgtttc-tgagaaatc-ata-gtac-aagttt 932  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||  ||| ||||||    
T  34233145 atgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaattcctccattaaacttgtttcttgagaaatcaatacttacaaagttt 34233046  T
Q  933 attggaatttttacc-atgtcatattgatccctt 965  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  34233045 attggaatttttaccaatgtcatattgatccctt 34233012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 241 - 891
Target Start/End: Original strand, 42122614 - 42123271
Alignment:
Q  241 agattgtcacactcaca-tcaaaacttattttaaacagaaagtaaaaa-ctaacacacaatagagaaaataaccagaataataaaactatgacatttgca 338  Q
    ||||||||||||||| | |||| | ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||| ||| |||| | || |||||||||||||||||||||    
T  42122614 agattgtcacactcaaaatcaaga-ttattttaaacagaaagtaaaaaaccaacacacaacagataaagtaactacaacaataaaactatgacatttgca 42122712  T
Q  339 ccatcttattc------atggttggaccattgtttctcctcactcttgttctcctattcactcttctcttaggatgaccaccaaatatcatcacaaacca 432  Q
    |||||| ||||      ||||||| |||||     ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||| |||    
T  42122713 ccatctgattctgattcatggttgaaccatgtgccctcctcactcttgttctccttgtcactcttctcttaggcggaccaccaaatatcatgacaagcca 42122812  T
Q  433 tctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaaacacaaatccacatccataaccaattgccactggtttccatctaaagccaaat 532  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| | ||||    
T  42122813 tctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcatattccaatcacaaatccacatccatatccaatcgccactggtttccatccaaatctaaat 42122912  T
Q  533 ttctcttcactccaaaagttgttggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttat 632  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | || |||| ||    
T  42122913 ttctcttcactccaagagttcttggctgaaggtggagaatgttgttcaggtccacatttttttgacaagggtaatccacataaccctgaatttccttcat 42123012  T
Q  633 aagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggt 732  Q
    | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||  |  |||||||||    
T  42123013 aggaatcatttgtaaatgtattgaactgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttatttgaaatatctaagacttcaagaaagcccaaattggt 42123112  T
Q  733 taattctgcaggaatcataycagtgagaatatttgacgagagatccaatgattccaagtttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagt 832  Q
    || |||||||||||||| | ||||||| |||||||| |||||||||||  |||||||||||| ||||| |   || ||||| |||||||||||| | |||    
T  42123113 tagttctgcaggaatcacatcagtgagcatatttgatgagagatccaaccattccaagtttgacaagtatccaattgattggggaataggaccattgagt 42123212  T
Q  833 ctgtyatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaat 891  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| ||||||| || || | ||| ||| ||||||||||    
T  42123213 ctgttatgggaaaggttaagccctatgagtgcatgtagctttccaatagcatttggaat 42123271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 261 - 891
Target Start/End: Original strand, 42116871 - 42117523
Alignment:
Q  261 aaacttattttaaacagaaagtaaaaa-ctaacacacaatagagaaaataaccagaataataaaactatgacatttgcaccatcttattc---------- 349  Q
    |||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||| ||||              
T  42116871 aaacttattttaagaagaaagtaaaaaactaacacacaatagagaaaataacaacaacaataaaactatgacatttgcaccatctgattctgattctgat 42116970  T
Q  350 --------atggttggaccattgtttctcctcactcttgttctcctattcactcttctcttaggatgaccaccaaatatcatcacaaaccatctaggctt 441  Q
            ||||||| ||||| ||| || |||| ||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  42116971 tctgattcatggttgtaccatggttccttctcattcttgttcttcttttcactcttctcttaggctgaccaccaaatatcatcacaatccatctaggctt 42117070  T
Q  442 tccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaaacacaaatccacatccataaccaattgccactggtttccatctaaagccaaatttctcttca 541  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||    
T  42117071 tccaattaaaaacataaaatatccaatgcctattccaatcacaaatccacatccatatccaattgccactgctttccatccaaatccaaatttctcttca 42117170  T
Q  542 ctccaaaa---gttgttggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaat 638  Q
    || |||||   |||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||||  |||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| || ||||    
T  42117171 ctgcaaaagctgttgttggctgaaattggagaatgatgttcaggtccacaaatctttgacaacggaaatccacataaacccaagtttcctttgtaggaat 42117270  T
Q  639 catttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattc 738  Q
    |||||| |||||||| ||| |||    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||  ||||||||||||||    
T  42117271 catttggaaatgtatcgaagtgcggctcttgaggtatttttcccactagatggttattggaaagattcaagacttgaagaaagtctaaattggttaattc 42117370  T
Q  739 tgcaggaatcataycagtgagaatatttgacgagagatccaatgattccaagtttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgtya 838  Q
    |||||| |||||| | || || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   |||||||  |||||| |||| || ||||||| |    
T  42117371 tgcagggatcataccggtaagcatatttgacgagagatccaatgattccaagtttgacaagtttcccatggatttgggaatatgaccggtgagtctgtta 42117470  T
Q  839 tgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaat 891  Q
    || ||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||| ||||||||||    
T  42117471 tgggaaaggttaagccctttgagtgcatggaggtctccaatagcatttggaat 42117523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 283 - 891
Target Start/End: Original strand, 42128052 - 42128665
Alignment:
Q  283 aaaaactaacacacaatagagaaaataaccagaataataaaactatgacatttgcaccatcttattc------atggttggaccattgtttctcctcact 376  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||      ||||||| |||||     |||||||||    
T  42128052 aaaaactaatacacaatagagaaaataactagaacaataaaactatgacatttgcaccatctgattctgattcatggttgaaccatgtgccctcctcact 42128151  T
Q  377 cttgttctcctattcactcttctcttaggatgaccaccaaatatcatcacaaaccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattc 476  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42128152 cttgttctccttgtcactcttctcttaggctgaccaccaaatatcataacaagccatctagacttttcaattaaaaacatataatatccaatgcctattc 42128251  T
Q  477 caaacacaaatccacatccataaccaattgccactggtttccatctaaagccaaatttctcttcactccaaaagttgttggctga-aggtggagaatgtt 575  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||| |||||||| |  | |  ||  ||||  |    
T  42128252 caatcacaaatccacatccatatccaatcgccactggtttccatccaaatctaaatttctcttcactccaagagttgttgtcaaagaattgtggaat--t 42128349  T
Q  576 gttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtat 675  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  42128350 gttcaggtccacaattctttgacaagggaaatccacataaccccaagtttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaattgcggtccttgaggtat 42128449  T
Q  676 ttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataycagtgagaatatttgacgagaga 775  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||     ||||||| |||||||||||||||||| | ||||||| | |||||| ||||||    
T  42128450 ttctcccactagatggttatttgaaagatctaagacttcaagaaaacccaaattgcttaattctgcaggaatcacatcagtgagcacatttgatgagaga 42128549  T
Q  776 tccaatgattccaagtttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgtyatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctc 875  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||   |||||||  |||||||| ||| | ||| ||| ||| |||||||| || ||| | ||||| ||||| || |    
T  42128550 tccaaccattccaagtttgtcaagtttcccatggattttggaatagggccaatgagtttgttatgggaaaggttgagtcctattagtgcatgaagctcac 42128649  T
Q  876 ctatatcatttggaat 891  Q
    | | ||||||||||||    
T  42128650 caaaatcatttggaat 42128665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 300 - 870
Target Start/End: Complemental strand, 41618549 - 41617978
Alignment:
Q  300 agagaaaataaccagaataataaaa-ctatgacatttgcaccatcttattcatggttggaccattgtttctcctcactcttgttctcctattcactcttc 398  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| |||| |||| ||||| |||| |||||||||||  ||||   |||||||||||||||| |||||  ||||||||     
T  41618549 agagaaaataatcagaacaataaaaactatcacatctgcactatctaattcatggttgagccatgagttctcctcactcttgtgctccttgtcactcttt 41618450  T
Q  399 tcttaggatgaccaccaaatatcatcacaaaccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaaacacaaatccacatccata 498  Q
     |||||| ||||| ||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| | || |||||| |||||||||||  || | ||||||||||||    
T  41618449 gcttaggttgacctccaaccatcatcacaagccatctaggctttccaattaacaacacaaaacatccaaggcctattccaataaccattccacatccata 41618350  T
Q  499 accaattgccactggtttccatctaaagccaaatttctcttcactccaaaagttgttggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgac 598  Q
     ||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| || | | |||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  41618349 tccaatagccactggtttccatccaaatccaaatttctcttcactccaaaggttgttgggtggaagcggagaatgttgttcaggttcacatttctttgac 41618250  T
Q  599 aagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattgg 698  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||| |||| ||| || ||||| | |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |    
T  41618249 aagggaaatccgcataatcccaagtttccttcatatgagtcattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgag 41618150  T
Q  699 aaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataycagtgagaatatttgacgagagatccaatgattccaagtttgtcaa 798  Q
    |||||| ||| ||| ||| || ||||| |||| ||||||||| |||||| | | ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||    
T  41618149 aaagattcaatactccaataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaa 41618050  T
Q  799 gtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgtyatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaag 870  Q
    ||||  || |||||||||||||||||| || ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  41618049 gtttcctacggattgaggaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaag 41617978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 278 - 870
Target Start/End: Complemental strand, 41572929 - 41572339
Alignment:
Q  278 aaagtaaaaactaacacacaatagagaaaataaccagaataataaaactatgacatttgcaccatcttattcatggttggaccattgtttctcctcactc 377  Q
    |||| ||||||||||||| ||  |||||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||  ||||   ||||||||||||    
T  41572929 aaaggaaaaactaacacagaa--gagaaaataatcagaacaataaaactatcacatctgcaccatctaattcatggttgagccatgaattctcctcactc 41572832  T
Q  378 ttgttctcctattcactcttctcttaggatgaccaccaaatatcatcacaaaccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattcc 477  Q
    || | |||||  | ||||||  |||||| ||||| ||||  |||||||||| |||||||||||||||  |||| |||| | || |||||| |||||||||    
T  41572831 ttatcctccttgtaactctttgcttaggttgacctccaaccatcatcacaagccatctaggctttccggttaacaacacaaaacatccaaggcctattcc 41572732  T
Q  478 aaacacaaatccacatccataaccaattgccactggtttccatctaaagccaaatttctcttcactccaaaagttgttggctgaaggtggagaatgttgt 577  Q
    ||  || | |||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| || | | ||||||||||||    
T  41572731 aataaccattccacatccatatccaatagccactggtttccatccaaatccaaatttctcttcactccaaaggttgttgggtggaagcggagaatgttgt 41572632  T
Q  578 tccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtattt 677  Q
    || ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||| ||| || ||||| | |||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  41572631 tcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcataatcccaagtttccttcatatgagtcattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtattt 41572532  T
Q  678 ctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataycagtgagaatatttgacgagagatc 777  Q
    ||||||| ||||||||||  ||||||| ||| ||| ||| || ||||| |||| ||||||||| |||||| | | ||||||| ||||||||||| |||||    
T  41572531 ctcccactagatggttatgagaaagattcaatactccaataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatc 41572432  T
Q  778 caatgattccaagtttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgtyatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaag 870  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||  || |||||||||||||||||| || ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  41572431 caatgattccatgtttgacaagtttcctacggattgaggaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaag 41572339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 169; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 583 - 891
Target Start/End: Complemental strand, 41714165 - 41713857
Alignment:
Q  583 tccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctccc 682  Q
    |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  41714165 tccacaattcttggacaagggaaatccacataaccccaagtttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaactgctttccttgaggtatttctccc 41714066  T
Q  683 acaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataycagtgagaatatttgacgagagatccaatg 782  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||  || |||||||||||| | | ||||||||  | ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  41714065 acaagatggttattagaaagatccaagacttcaagaaagtccaaattggttaactttacaggaatccgaccagtgagcatatttgacgagagatccaatg 41713966  T
Q  783 attccaagtttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgtyatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatc 882  Q
    ||||||||||| ||||||||   |||||||| |||||  ||||||| ||| ||| || |||||||||||||||||||||  | ||||| ||||| ||| |    
T  41713965 attccaagtttatcaagtttcccatggattggggaatgtgaccagtgagtttgttatatgaaaggttaagccctttgagatcatgaagctctccaataac 41713866  T
Q  883 atttggaat 891  Q
    || ||||||    
T  41713865 atctggaat 41713857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 160; E-Value: 7e-85
Query Start/End: Original strand, 8 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 34241746 - 34241583
Alignment:
Q  8 atgaagtataataacacagaatcaaaaactctaactccattttcatcctgggaaatccaaaacatgaatgaaatgctcatgctgctgcctgctagtgttg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34241746 atgaagtataataacacagaatcaaaaactctaactccattttcatcctggaaaatccaaaacatgaatgaaatgctcatgctgctgcctgctagtgttg 34241647  T
Q  108 gactttctgggcatttcagtttgtgtacttgtaaaactcaattttgtactgattaaattagatg 171  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34241646 gactttctgggcatttcagtttgtgtacttgtaaaactcaattttgtactgattaaattagatg 34241583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 127; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 241 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 41714465 - 41714170
Alignment:
Q  241 agattgtcacactcacatcaaaacttattttaaacagaaagtaaaaactaacacacaatagagaaaataaccagaataataaaactatgacatttgcacc 340  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |    |||||||| |   ||||| ||| || || |||  |||||||| ||||||||||||    
T  41714465 agattgtcacactcacatcaaa-cttattttaaacacaagg----aactaacaaag--tagaggaaaaaatcacaattctaaaactacgacatttgcacc 41714373  T
Q  341 atcttattcatggttggaccattgtttctcctcactcttgttctcctattcactcttctcttaggatgaccaccaaatatcatcacaaaccatctaggct 440  Q
    ||   ||||||||||| ||||||| | ||||||| |||||||||||   ||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  41714372 attcgattcatggttgaaccattggtcctcctcattcttgttctccctgtcactattctcttaggctgaccaccaaatatcatgacaagccatctaggct 41714273  T
Q  441 ttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaaacacaaatccacatccataaccaattgccactggtttccatctaaagccaaatttctcttc 540  Q
    |||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||| |    
T  41714272 ttccgatcaaaaacatgtaatacccaatgcctattccaatcacaaatccacatccatatccaattgccactgctttccatccaaatccaaatttctctgc 41714173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 725 - 891
Target Start/End: Original strand, 41443970 - 41444136
Alignment:
Q  725 aaattggttaattctgcaggaatcataycagtgagaatatttgacgagagatccaatgattccaagtttgtcaagtttagtatggattgaggaataggac 824  Q
    ||||||||||| |||| ||||||| || ||||||| |||||||| |||||||||| |||||| | |||| |||| |||   | |||||||||||| | ||    
T  41443970 aaattggttaactctgtaggaatcctaccagtgagcatatttgaggagagatccattgattcgatgtttatcaaatttccaaaggattgaggaatcgcac 41444069  T
Q  825 cagttagtctgtyatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaat 891  Q
    |||| ||| | |  || |||||||| || ||| ||| ||| ||||| || || ||| ||||||||||    
T  41444070 cagtaagtttattgtgggaaaggttgagtcctatgattgcatgaagctcaccaataacatttggaat 41444136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 121 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 34234388 - 34234338
Alignment:
Q  121 tttcagtttgtgtacttgtaaaactcaattttgtactgattaaattagatg 171  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| || | ||||||||    
T  34234388 tttctgtttgtgtacttgcaaaactcaattttgtactaataagattagatg 34234338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 295; Significance: 1e-165; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 264 - 887
Target Start/End: Original strand, 11117294 - 11117930
Alignment:
Q  264 cttattttaaacagaaagtaaaaa-ctaacacacaatagagaaaataaccagaataataaaactatgacatttgcaccatcttattc------atggttg 356  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||  |||||| |||| |  | ||||||||||||||||||||||||||| ||||      ||| |||    
T  11117294 cttattttaaacagaaagtaaaaaaccaacacccaacggagaaagtaactacgacaataaaactatgacatttgcaccatctgattctgattcatgtttg 11117393  T
Q  357 gaccattgtttctcctcactcttgttctcctattcactcttctcttaggatgaccaccaaatatcatcacaaaccatctaggctttccaattaaaaacat 456  Q
     |||||     ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  11117394 aaccatgtgcgctcctcactcttgttctccttgtcactcttctcttaggctgaccaccaaatatcatgacaagccatctaggctttccaattaaaaacat 11117493  T
Q  457 ataatatccaatgcctattccaaacacaaatccacatccataaccaattgccactggtttccatctaaagccaaatttctcttcactccaaaag------ 550  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||| ||||| ||          
T  11117494 ataatatccaatgcttattccaatcacaaatccacatgcatatccaattgccactgctttccatccaaatccaaatttctcttcattccaagaggaagag 11117593  T
Q  551 ttgttggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatg 650  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | || |||| ||| ||||||||||||||||    
T  11117594 ttgttggctgaaggtggagaatgttgttcaggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccctgaatttccttcataggaatcatttgtaaatg 11117693  T
Q  651 tattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcat 750  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||||||  |  ||||||||||||||||||||||||||     
T  11117694 tattgaattgctttccttgaggtatttctcccactagatggttatttgaaatatctaagacttcaagaaagcccaaattggttaattctgcaggaatcac 11117793  T
Q  751 aycagtgagaatatttgacgagagatccaatgattccaagtttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgtyatgtgaaaggtta 850  Q
    |   || |  |||||||| || |||||||| |||||||||| || |||||||  |||||| |  |||||| ||||||| ||||||| | | ||||| |||    
T  11117794 actggttaacatatttgatgaaagatccaaagattccaagtatgccaagtttcctatggagttgggaatatgaccagtaagtctgttacgggaaagatta 11117893  T
Q  851 agccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttg 887  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||    
T  11117894 agccctttgagtgcatgaagctctccaatagcatttg 11117930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 283; Significance: 1e-158; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 376 - 870
Target Start/End: Original strand, 8522379 - 8522873
Alignment:
Q  376 tcttgttctcctattcactcttctcttaggatgaccaccaaatatcatcacaaaccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctatt 475  Q
    |||||| || || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522379 tcttgtccttcttttcactctcctcttaggctgaccaccaaatatcatgacaagccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctatt 8522478  T
Q  476 ccaaacacaaatccacatccataaccaattgccactggtttccatctaaagccaaatttctcttcactccaaaagttgttggctgaaggtggagaatgtt 575  Q
    |||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||  |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8522479 ccaatcacaaatccacatccgtatccaattgccactggtttccatccaaattcaaacttctcttcactgcaaaagttgttggctgaaggtgcagaatgtt 8522578  T
Q  576 gttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtat 675  Q
    |||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||||  ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8522579 gttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacataaatccaagtttccttcataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccctgaggtat 8522678  T
Q  676 ttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataycagtgagaatatttgacgagaga 775  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||   |||||||| | | || |  |||||||| || |||    
T  8522679 ttctcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaatcacatcggttaacatatttgaggaaaga 8522778  T
Q  776 tccaatgattccaagtttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgtyatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaag 870  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||  ||||||||  |||||| |||| || ||||||| ||| ||||||||||||||| ||| ||| |||||    
T  8522779 tccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttgggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattgcatgaag 8522873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 270; Significance: 1e-150; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 241 - 891
Target Start/End: Complemental strand, 11995353 - 11994699
Alignment:
Q  241 agattgtcacactcacatcaaaacttattttaaacagaaagtaaaaactaacacacaatagagaaaataaccagaat----aataaaactatgacatttg 336  Q
    ||||| ||||||||| |||||| ||||||| ||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     ||||| |||| ||||||||    
T  11995353 agattatcacactcagatcaaa-cttatttaaaatacaaggtaaaaactaacacacaatagagaaaataaccacaaacaacaataagactaagacatttg 11995255  T
Q  337 caccatcttattcatggttggaccattgtttctcctcactcttgttctcctattcactcttctcttaggatgaccaccaaatatcatcacaaaccatcta 436  Q
         ||| ||||||||||| ||||| ||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11995254 at---tctgattcatggttgcaccatggttcctactcactcttgttctccttttcactcttcttttaggctgaccaccaaatatcatcacaagccatcta 11995158  T
Q  437 ggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaaacacaaatccacatccataaccaattgccactggtttccatctaaagccaaatttct 536  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  11995157 ggctttccaattaaaaacatacaatatccgaggcctattccaatcacaaatccacatccatatccaattgccactggtttccatccaaatccaaatttct 11995058  T
Q  537 cttcactccaaaa---gttgttggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttata 633  Q
    |||||||| ||||   |||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||  |||    
T  11995057 cttcactcgaaaagctgttgttgggtgaaggtggagaacgttgttcaggtccgcacttctttgacaagggaaattcacataactccaagtttcctacata 11994958  T
Q  634 agaatcatttgtaaatgtat-tgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggt 732  Q
     |||||||||| |||||| |  ||| || |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||  || || ||| |||||  |  |||||||||    
T  11994957 tgaatcatttgaaaatgtctcggaactgttttcctcgaggtatttctcccactagatggttattggaaaagtctaaaactgcaagaaagcccaaattggt 11994858  T
Q  733 taattctgcaggaatcataycagtgagaatatttgacgagagatccaatgattccaagtttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagt 832  Q
    ||||| ||| ||||||| | ||||||| |||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||||   |||||||  |||||||||||| | |||    
T  11994857 taattttgctggaatcacatcagtgagcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttgggaataggaccaatgagt 11994758  T
Q  833 ctgtyatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaat 891  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| | ||||| ||||| ||  | ||| ||||||||||    
T  11994757 ctgttatgggaaaggttaagccctataagtgcttgaagctcatcaataacatttggaat 11994699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 276 - 891
Target Start/End: Original strand, 12247609 - 12248230
Alignment:
Q  276 agaaagtaaaaactaacacacaatagagaaaataaccagaataataaaactatgacatttgcaccat------cttattcatggttggaccattgtttct 369  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |   ||| ||||||  ||||||      || ||||||||||| ||||| ||| ||    
T  12247609 agaaggtaaaaactaacacacaatagagaaaataaccacaacaaga---ctacgacattgccaccatttgattctgattcatggttgcaccatggttcct 12247705  T
Q  370 cctcactcttgttctcctattcactcttctcttaggatgaccaccaaatatcatcacaaaccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatg 469  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |    
T  12247706 actcactcttgttctccttttcactcttcttttaggctgaccaccaaatatcatcacaagccatctaggctttccaattaaaaacatacaatatccgagg 12247805  T
Q  470 cctattccaaacacaaatccacatccataaccaattgccactggtttccatctaaagccaaatttctcttcactccaaaagttgttggc---tgaaggtg 566  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||| | || ||||||||| |||||     |||||||     
T  12247806 cctattccaatcacaaatccacatccatatccaattgccaccggtttccatccaaatccaaatttcgcgtcgctccaaaagctgttgttaagtgaaggtt 12247905  T
Q  567 gagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttcc 666  Q
    |||||| |||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||  ||| |||||||||| |||||| | ||| || |||||    
T  12247906 gagaatattgttcaggtccacacttctttgacaagggaaatccacataactccaagtttcctacatatgaatcatttgaaaatgtctcgaactgttttcc 12248005  T
Q  667 ttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataycagtgagaatattt 766  Q
    | |||||||||||||||| ||||||||||||||||  || || ||| |||||  |  |||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||| ||||||    
T  12248006 tcgaggtatttctcccactagatggttattggaaaagtctaaaactgcaagaaagcccaaattggttaattttgctggaatcacatcagtgagcatattt 12248105  T
Q  767 gacgagagatccaatgattccaagtttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgtyatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgt 866  Q
    || ||||||||||   ||||||||||||||||||||   |||||||  |||||||||||| | ||||||| ||| ||||||||||||||| | ||||| |    
T  12248106 gatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttgggaataggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaagccctataagtgctt 12248205  T
Q  867 gaagttctcctatatcatttggaat 891  Q
    |||| ||  | ||| ||||||||||    
T  12248206 gaagctcatcaataacatttggaat 12248230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 389 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 32682495 - 32682381
Alignment:
Q  389 ttcactcttctcttaggatgaccaccaaatatcatcacaaaccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaaacacaaatc 488  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32682495 ttcactcttctcttaggatgaccaccaattatcatcacaagccatctaggctttccaattaaaaacataaagtatccaatgcctattccaatcacaaatc 32682396  T
Q  489 cacatccataaccaa 503  Q
    |||||||||| ||||    
T  32682395 cacatccatatccaa 32682381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 419 - 643
Target Start/End: Complemental strand, 9423506 - 9423281
Alignment:
Q  419 atcatcacaaaccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaaacacaaatccacatccataaccaattgccactggtttcc 518  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||| | |||| || |||||| |||| |||||| ||| | |||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  9423506 atcatcacaggccatctaggctttccaattaacagcatacaacatccaaggccttttccaagcaccattccacatccatatccaattgccactgatttcc 9423407  T
Q  519 atctaaagccaaatttctcttcactccaa---aagttgttggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataa 615  Q
    ||| ||| ||||||||||||||| | |||   || ||||||| ||||| || ||||| | |||  |||||||||||| || ||||||| ||||  |||||    
T  9423406 atccaaatccaaatttctcttcattgcaatataatttgttgggtgaagttgtagaatttcgtttaggtccacatttcatttacaagggaaatc--cataa 9423309  T
Q  616 ccccaagttccctttataagaatcattt 643  Q
    |||| |||| |||| |||| ||||||||    
T  9423308 cccccagtttccttcataaaaatcattt 9423281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 273 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 32682557 - 32682495
Alignment:
Q  273 aacagaaagtaaaaactaacacacaatagagaaaataaccagaataataaaactatgacattt 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||    
T  32682557 aacagaaagtaaaaactaacacacaatagagaaaataagcacaacaataagactatgacattt 32682495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 527 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 32682384 - 32682349
Alignment:
Q  527 ccaaatttctcttcactccaaaagttgttggctgaa 562  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  32682384 ccaaatttctcttcactccgaaagttgttggctgaa 32682349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 346 - 891
Target Start/End: Complemental strand, 25523881 - 25523333
Alignment:
Q  346 attcatggttggaccattgtttctcctcactcttgttctcctattcactcttctcttaggatgaccaccaaatatcatcacaaaccatctaggctttcca 445  Q
    |||||||| || |||||  || ||||||| |||||| ||  | |||||  |||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  25523881 attcatggctgtaccatgattcctcctcattcttgtcctttttttcacctttctcttaggctgaccgccaaatatcatcacaagccatctaggctttcca 25523782  T
Q  446 attaaaaacatataatatccaatgcctattccaaacacaaatccacatccataaccaattgccactggtttccatctaaagccaaatttctcttcactcc 545  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||| |||| ||| |||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  25523781 actaaaaacatacaatatccaatgcctattccaatcagaaatccacatccatatccaattaccaccggtatccatccaaatccaaatttctcttcactcc 25523682  T
Q  546 aaaagtt---gttggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatt 642  Q
    |||||||   ||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||    
T  25523681 aaaagtttttgttgggtgaaggtggagaatgttgttcaagtccacatctctttgacaagggaaatccacataaccccaagtttccttcataggaatcatt 25523582  T
Q  643 tgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgca 742  Q
    ||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| || ||||||||||  ||| |||||||||||||| |||    
T  25523581 tgtaaatgtgttgaattgctttcctctaggtatttctcccaccaaatggttattggaaagattcatgacttcaagaaagtttaaattggttaattccgca 25523482  T
Q  743 ggaatcataycagtgagaatatttgacgagagatccaatgattccaagtttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgtyatgtg 842  Q
    ||||||| | | || |  |||||    || |||||||  |||||||||| ||||||||||  ||||||||  |||||| |||| || |||||||  || |    
T  25523481 ggaatcacaccggttaacatattcagggaaagatccagagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttgggaatatgaccggtaagtctgttgtggg 25523382  T
Q  843 aaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaat 891  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  25523381 aaaggttaagccctttgagtgcatgaagctctccaatagcatttggaat 25523333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 706 - 891
Target Start/End: Original strand, 24140436 - 24140621
Alignment:
Q  706 caagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataycagtgagaatatttgacgagagatccaatgattccaagtttgtcaagtttagt 805  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||   | || |  |||||||| || |||| ||| |||||||||| |||||| |||       
T  24140436 caagacttcaagactgttcatattggttaattccgaaggaatcacgccggttaacatatttgatgaaagattcaaagattccaagtatgtcaactttccg 24140535  T
Q  806 atggattgaggaataggaccagttagtctgtyatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaat 891  Q
    |||||||| |||||| ||||||| ||||||| ||| |||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  24140536 atggattggggaatatgaccagtaagtctgttatgggaaaggttaatccctttgagtgcatgaagctctccgatagcatttggaat 24140621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 264 - 301
Target Start/End: Original strand, 30021068 - 30021105
Alignment:
Q  264 cttattttaaacagaaagtaaaaactaacacacaatag 301  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  30021068 cttattttaaatagaaggtaaaaactaacacacaatag 30021105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University