View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5781_high_2 (Length: 674)

Name: NF5781_high_2
Description: NF5781
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5781_high_2
NF5781_high_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (51-659)||(44632200-44632828)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 531; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 531; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 51 - 659
Target Start/End: Complemental strand, 44632828 - 44632200
Alignment:
Q  51 atgcgtaactttgtctaaaataaatcactttaaccttgttgaatcgta-----------ctattataatatgatttagatgaattgaagatgtcatttgg 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||           ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  44632828 atgcgtaactttgtctaaaataaatcactttaaccttgtcgaattgtatattgtaatgactattataatatgatttcgatgaattgaagatgtcatttgg 44632729  T
Q  140 ctttttgaattgttaagtaagataatttgtaattcattgatgtttcatatcaatgaaattttattaatatattggttaattggataatgaattaggttta 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44632728 ctttttgaattgttaagtaagataatttgtaattgattgatgtttcatatcaatgaaattttattaatatattggttaattggataatgaattaggttta 44632629  T
Q  240 tgttccaaaattggatgatcctagctcaaggacatttgaacggtgctctacagatacatttaacatcaacggaccatgtacatacccgatatgctatctg 339  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44632628 tgttccaaaattggatgatcctagctcaaggacatttgaacggtgctctacagatacatttaacatcaacggaccatgtacatacccgatatgctatctg 44632529  T
Q  340 tatttatacaggtctggatacgatggttggaaaccagagagtgtgacagtatatacccataactaccaacctgctacattttactacaatgcttttatcc 439  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44632528 tatttatacaggtccggatacgatggttggaaaccagagagtgtgacagtatatacccataactaccaacctgctactttttactacaatgcttttatcc 44632429  T
Q  440 ctaatggtgtttggtatggttttgattattgtcgtggttacttaccctccactgctac---------tgctgctgctgcactctagtgtagttgatcttc 530  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44632428 ctaatggtgtttggtatggttttgattattgtcgtggttacttaccctccactgctactgctactgctgctgctgctgcactctagtgtagttgatcttc 44632329  T
Q  531 ttagtttatgaataagataataatgtagttttccaactgtgaaaccctctgttatatgcgggattagtggtccttctataagcccttcttttacatggaa 630  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  44632328 ttagtttatgaataagataataatgtagttttccaactgtgaaaccctctgttatatgcgggattagtggtccttctataagcccttcttttatatggaa 44632229  T
Q  631 atgtttgtttgtaggttttactgtctgtg 659  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  44632228 atgtttgtttgtaggttttactgtctgtg 44632200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University