View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5786-Insertion-2 (Length: 1039)

Name: NF5786-Insertion-2
Description: NF5786
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5786-Insertion-2
NF5786-Insertion-2
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (430-984)||(2758241-2758794)
chr4 (8-229)||(2759014-2759249)
chr4 (652-867)||(2762285-2762507)
chr4 (576-836)||(2767897-2768149)
chr4 (243-333)||(2758891-2758981)
chr4 (814-947)||(17262425-17262558)
chr4 (876-927)||(2767845-2767896)
chr4 (682-794)||(17261968-17262082)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (652-782)||(17795072-17795201)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (849-969)||(13798508-13798628)
chr8 (700-796)||(13798376-13798472)
chr8 (739-859)||(28503095-28503220)
chr8 (739-859)||(28510653-28510778)
chr8 (652-733)||(28506424-28506505)
chr8 (879-937)||(28503017-28503075)
chr8 (879-937)||(28510575-28510633)
[»] scaffold0123 (1 HSPs)
scaffold0123 (675-748)||(12954-13027)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (808-947)||(13313248-13313389)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 455; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 455; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 430 - 984
Target Start/End: Complemental strand, 2758794 - 2758241
Alignment:
Q  430 gatgaagtttgactaaaatgtttaggttgacactttnnnnnnntgaattatatattttactaccactatataaattaagaaattacnnnnnnnatagtac 529  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||       | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||    
T  2758794 gatgaagtttgactaaaatatttaggttgacactttcaaaaaataaattacatattttactaccactatataaattaagaaattactttttttatagtac 2758695  T
Q  530 aactgtttattggaaaaaactttagttgagagaacaatattcgattaaaaggtttgcgaaagtgtgattttctaaaatcttttgaaagattatttgactg 629  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2758694 aactgtttattggaaaaaaatttagttgagagaacaatattcgattaaaaggtttgcgaaagtgtgattttctaaaatcttttggaagattatttgactg 2758595  T
Q  630 ttgaatttatgcccaccgttaaaatgataaaagctaaacaatgcaataataccaattcaatatcaacaagaaattcaactatgaattgtattatgattaa 729  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2758594 ttgaatttatgcccaccgttaaaatgataaaagctaaacaatgcaataataccaattcaatatgaacaagaaattcaactatgaattgtattatgattaa 2758495  T
Q  730 tcaagagtcaatacactaatcaacttacaaaattataactatctcaaaccaaacctattgataaacacacaactagaaatattaacaacttgatatatgg 829  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2758494 tcaagagtcaatacactaatcaacttacaaaattataactatctcaaaccaaacctattgataaacacacaactagaaatattaacaacttgatatatgg 2758395  T
Q  830 atggattattgacaatttaattgccaagatgaattgtgattgaatagagtgtttatagatctcaatcaagtagcaactaagattagatttatacaaagta 929  Q
    ||||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2758394 atggatta--aacaatttaattaccaagatgaattgtgattgaatagagtgtttatggatctcaatcaagtagcaactaagattagatttatacaaagta 2758297  T
Q  930 atcaatcactatcatatgattcctaaaacattcaataa-ttcatgtatccagataa 984  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2758296 atcaatcactatcatatgattactaaaacattcaataatttcatgtatccagataa 2758241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 8 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 2759249 - 2759014
Alignment:
Q  8 ttgtagaggtggtaaatatggtgaagcttagagagaaagaggagaatgagctaaacatgaacggaaaatgcaacatgggagatggcatttgtaaacaagg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||    
T  2759249 ttgtagaggtggtaaatatggtgaagcttagagagaaagtggagaatgagctaaacatgaacggaaaatgcaacatgggagatggcatttgt----aagg 2759154  T
Q  108 tggaaatcatatttatgtgtggtgagatgggagctaat------------------aaagggttacaattgagagatgcgaacgaggcagataacatgca 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2759153 tggaaatcatatttatgtgtggtgagatgggagctaataaacggagctctgcgagaaaagggttacaattgagagatgcgaacgaggcagataacatgca 2759054  T
Q  190 tttgaccacgattgagagatggagggcaaaaattaagtga 229  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2759053 tttgaccacaattgagagatggagggcaaaatttaagtga 2759014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 652 - 867
Target Start/End: Complemental strand, 2762507 - 2762285
Alignment:
Q  652 aatgataaaagctaaacaat--gcaataataccaattcaatatcaacaagaaattcaactatgaattgtattatgattaatcaagagtcaatacactaat 749  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  2762507 aatgataaaagctaaacaatatgcaacaataccaattcaatatgaacaagaaattcaactatgaattgtattatgattaatcaagagccaatacgctaat 2762408  T
Q  750 caacttacaaaattataactatctcaaaccaaacct-----attgataaacacacaactagaaatattaacaacttgatatatggatggattattgacaa 844  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||     |   | || |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2762407 caacttacaaaactataactatctcaaaccaaacctgataaacacaaaagcacacaactaaaaatattaacaacttgatatatgaatggattattgacaa 2762308  T
Q  845 tttaattgccaagatgaattgtg 867  Q
     ||||||||||||| ||||||||    
T  2762307 gttaattgccaagaggaattgtg 2762285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 576 - 836
Target Start/End: Complemental strand, 2768149 - 2767897
Alignment:
Q  576 aaaaggtttgcgaaagtgtgattttctaaaatcttttgaaagattatttgactgttgaatttatgcccaccgttaaaatgataaaagctaaacaatgcaa 675  Q
    |||||||||| | ||||||| ||||||||||||| ||| || || || ||||| ||||||||||||| |   || |||||||||||| ||||||||||||    
T  2768149 aaaaggtttgtggaagtgtggttttctaaaatctcttggaaaatgatatgactattgaatttatgcc-atgatttaaatgataaaagataaacaatgcaa 2768051  T
Q  676 taa-taccaattcaatatcaacaagaaattcaactatgaattgtattatgattaatcaagagtcaatacactaatcaacttacaaaattataactatctc 774  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||            ||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  2768050 taaataccaattcaatat-aacaagaaattcaattacgaattgtattatgattaatcaag------------aatcaacttac-aaactataactatctc 2767965  T
Q  775 aaaccaaacctattgat------aaacacacaactagaaatattaacaacttgatatatggatggatt 836  Q
    ||| |||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||    
T  2767964 aaagcaaacctattgataaacacaaacacacaactagaaatattaacaatttgatacatgaatggatt 2767897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 243 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 2758981 - 2758891
Alignment:
Q  243 gagatagagagagaggggtttagagggtaatccaaaataacaaaagatgggggaattcatagtctgtggatatcaagaagtagtgacggag 333  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  2758981 gagagagagagagaggggtttagagggtaatccaaaataacaaaagatgggggaattcatattttgtggatatcaagaagtagtgacggag 2758891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 814 - 947
Target Start/End: Original strand, 17262425 - 17262558
Alignment:
Q  814 acaacttgatatatggatggattattgacaatttaattgccaagatgaattgtgattgaatagagtgtttatagatctcaatcaagtagcaactaagatt 913  Q
    ||||||||||| ||| |   ||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||  |  || | |||||    
T  17262425 acaacttgatacatgaaataattatggacaagttaattgtcaagatgaaatgtgattgaattgagtttttatagatctaaatcaatgaaaaattgagatt 17262524  T
Q  914 agatttatacaaagtaatcaatcactatcatatg 947  Q
    || |||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  17262525 aggtttatacaaaataataaatcactatcatatg 17262558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 876 - 927
Target Start/End: Complemental strand, 2767896 - 2767845
Alignment:
Q  876 gagtgtttatagatctcaatcaagtagcaactaagattagatttatacaaag 927  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||| | |||||||||||||||||||    
T  2767896 gagtgtttatagatctcaatgaagaagcaaatgagattagatttatacaaag 2767845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 682 - 794
Target Start/End: Original strand, 17261968 - 17262082
Alignment:
Q  682 caattcaatatcaacaagaaattcaactatgaattgtattatgattaatcaagagtcaatacac-taatcaacttac-aaaattataactatctcaaacc 779  Q
    ||||||||||| || ||||||| ||||||| ||||||| |||||| |||||| |||  |||||| |||||||   || |||||||| ||||| | |||||    
T  17261968 caattcaatataaataagaaatccaactataaattgtaatatgatcaatcaaaagttgatacacttaatcaaagcacaaaaattatgactattttaaacc 17262067  T
Q  780 aaacctattgataaa 794  Q
    |||| ||||| ||||    
T  17262068 aaacatattgttaaa 17262082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 63; Significance: 8e-27; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 652 - 782
Target Start/End: Original strand, 17795072 - 17795201
Alignment:
Q  652 aatgataaaagctaaacaatgcaataataccaattcaatatcaacaagaaattcaactatgaattgtattatgattaatcaagagtcaatacactaatca 751  Q
    |||||||| || |||| ||||  ||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||  |    
T  17795072 aatgataagagataaataatgtgataatactaattcaatatgaagaagaaattcaactatgaattgtattatgattaatcaaaattcaatacactaa-aa 17795170  T
Q  752 acttacaaaattataactatctcaaaccaaa 782  Q
    | |||||||| ||||||||||| || |||||    
T  17795171 atttacaaaactataactatctaaagccaaa 17795201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 61; Significance: 1e-25; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 849 - 969
Target Start/End: Original strand, 13798508 - 13798628
Alignment:
Q  849 attgccaagatgaattgtgattgaatagagtgtttatagatctcaatcaagtagcaactaagattagatttatacaaagtaatcaatcactatcatatga 948  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||||| ||| || |||||||||||||| |||| |||      
T  13798508 attgacaagatgaattgtgattgaattgagtgtttgtagatctcaatcaagaagcaattgagattaggtttgtaaaaagtaatcaatcattatcgtatat 13798607  T
Q  949 ttcctaaaacattcaataatt 969  Q
    |  ||||||||||||||||||    
T  13798608 taactaaaacattcaataatt 13798628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 700 - 796
Target Start/End: Original strand, 13798376 - 13798472
Alignment:
Q  700 aaattcaactatgaattgtattatgattaatcaagagtcaatacactaatcaacttacaaaattataactatctcaaaccaaacctattgataaaca 796  Q
    ||||| || |||||||||| |||||||||||||| | |||||||| ||| ||| |||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  13798376 aaatttaagtatgaattgttttatgattaatcaaaattcaatacaataaacaatttacaaaactataactatctcatgccaaacctattgataaaca 13798472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 739 - 859
Target Start/End: Complemental strand, 28503220 - 28503095
Alignment:
Q  739 aatacactaatcaacttacaaaattataactatctcaaaccaaacctattgataaaca------cacaactagaaatattaacaacttgatatatggatg 832  Q
    |||||||||| ||| |||||||| || |||||| |||| ||||||||||| |||||||      ||| ||| |||| ||||||| ||||||||||| |||    
T  28503220 aatacactaaacaa-ttacaaaactaaaactatatcaagccaaacctattcataaacaaaagcacactacttgaaagattaacaccttgatatatgaatg 28503122  T
Q  833 gattattgacaatttaattgccaagat 859  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||    
T  28503121 gattattgacaaattaattgccaagat 28503095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 739 - 859
Target Start/End: Complemental strand, 28510778 - 28510653
Alignment:
Q  739 aatacactaatcaacttacaaaattataactatctcaaaccaaacctattgataaaca------cacaactagaaatattaacaacttgatatatggatg 832  Q
    |||||||||| ||| |||||||| || |||||| |||| ||||||||||| |||||||      ||| ||| |||| ||||||| ||||||||||| |||    
T  28510778 aatacactaaacaa-ttacaaaactaaaactatatcaagccaaacctattcataaacaaaagcacactacttgaaagattaacaccttgatatatgaatg 28510680  T
Q  833 gattattgacaatttaattgccaagat 859  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||    
T  28510679 gattattgacaaattaattgccaagat 28510653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 652 - 733
Target Start/End: Complemental strand, 28506505 - 28506424
Alignment:
Q  652 aatgataaaagctaaacaatgcaataataccaattcaatatcaacaagaaattcaactatgaattgtattatgattaatcaa 733  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||||| ||||||| ||||| | |||||||||||||    
T  28506505 aatgataagagataaacaatgcaataataacaattcaatatgattaagaaatccaactataaattggactatgattaatcaa 28506424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 879 - 937
Target Start/End: Complemental strand, 28503075 - 28503017
Alignment:
Q  879 tgtttatagatctcaatcaagtagcaactaagattagatttatacaaagtaatcaatca 937  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| | || | |  |||||||||||||||||||||    
T  28503075 tgtttatagatctcaatcaagaagcaattgagctcatgtttatacaaagtaatcaatca 28503017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 879 - 937
Target Start/End: Complemental strand, 28510633 - 28510575
Alignment:
Q  879 tgtttatagatctcaatcaagtagcaactaagattagatttatacaaagtaatcaatca 937  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| | || | |  |||||||||||||||||||||    
T  28510633 tgtttatagatctcaatcaagaagcaattgagctcatgtttatacaaagtaatcaatca 28510575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0123 (Bit Score: 54; Significance: 2e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0123
Description:

Target: scaffold0123; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 675 - 748
Target Start/End: Complemental strand, 13027 - 12954
Alignment:
Q  675 ataataccaattcaatatcaacaagaaattcaactatgaattgtattatgattaatcaagagtcaatacactaa 748  Q
    ||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  13027 ataatactaattcaatatgaataagaaattcaactatgaattgtattatgattaatcaaaattcaatacactaa 12954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 808 - 947
Target Start/End: Complemental strand, 13313389 - 13313248
Alignment:
Q  808 atattaacaactt-gatatatg-gatggattattgacaatttaattgccaagatgaattgtgattgaatagagtgtttatagatctcaatcaagtagcaa 905  Q
    ||||||||||||| |||||||| || | ||||||||||| |||||| | |||||| | ||||||| | | || ||| ||| |||||||||||   |  ||    
T  13313389 atattaacaactttgatatatgagaagaattattgacaagttaatttctaagatgtaatgtgatttatttgaatgtgtattgatctcaatcattgattaa 13313290  T
Q  906 ctaagattagatttatacaaagtaatcaatcactatcatatg 947  Q
     ||||||||||||||| |||| |||||||||||  |||||||    
T  13313289 ttaagattagatttatgcaaaataatcaatcacattcatatg 13313248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University