View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF5786-Insertion-4 (Length: 769)
Name: NF5786-Insertion-4
Description: NF5786
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5786-Insertion-4 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 673; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 673; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 767
Target Start/End: Complemental strand, 49290217 - 49289459
Alignment:
| Q |
8 |
tatacctagtgccataatctctaagattaactcaacattgcctctctatataatatataaccaaaaaaggtcaacttattattattaagtagatttgtgt |
107 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49290217 |
tatacctagtgccataatctctaagattaactcaacattgcctctctctata-tatataaccaaaaaaggtcaacttattattattaagtagatttgtgt |
49290119 |
T |
|
| Q |
108 |
gagcctg---gtgagattaaagccaaagagcaccagcttttt-aagcattggaattaaggaacggttaagatgaagactcataacttgattggctccacc |
203 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49290118 |
gagcctgctggtgagattaaagccaaagagcaccagcttttttaagcattggaattaaggaacggttaagatgaagactcataacttgattggctccacc |
49290019 |
T |
|
| Q |
204 |
aacaagctcaccaccaatgaaaacagttggaacagatggagaagaaccaagtcttgaaataagtgcttgttcaatctctctccctcttggtatctcatca |
303 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49290018 |
aacaagctcaccaccaatgaaaacagttggaacagatggagaagaaccaagtcttgaaataagtgcttgttcaatctctctccctcttggtatctcatca |
49289919 |
T |
|
| Q |
304 |
agttcatatactgctggattcacaccaaagtcacaaaatagtgtctttattgtatgactcatgcaacatgaactcttgctgaatatcaccactggccttt |
403 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49289918 |
agttcatatactgctggattcacaccaaagtcacaaaatagtgtctttattgtatgactcatgcaacatgaactcttgctgaatatcaccactggccttt |
49289819 |
T |
|
| Q |
404 |
ctgaaaccatctttgttactctctccatnnnnnnnnnnnnatgtcaaatgtggaaaatgttggttgatatgtgaggaatgtgtgttagttatacttgaag |
503 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49289818 |
ctgaaaccatctttgttactctctccat----tatatataatgtcaaatgtggaaaatgttggttgatatgtgaggaatgtgtgttagttatacttgaag |
49289723 |
T |
|
| Q |
504 |
ttttggtgtgttgtttgttgagttaataagccaaacgtcgcatgcttatataggggtttttgaacggaagaaattaaggcttgttgttgggaaagaaaag |
603 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
49289722 |
ttttggtgtgttgtttgttgagttaataagccaaacgtggcatgcttatataggggtttttgaagggaagaaattaaggcttgttgttggaaaagaaaag |
49289623 |
T |
|
| Q |
604 |
tagaaaagtggagaatcgtcgattagatatttgggtcactttcaaaatcattgaaagtgattcatcaattaagtccacttttactactagctagtacaaa |
703 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49289622 |
tagaaaagtggagaatcgtcgattagatatttgggtcactttcaaaatcattgaaagtgattgatcaattaagtccacttttactactagctagtacaaa |
49289523 |
T |
|
| Q |
704 |
cgattatattcttcatccatgcattgattgattgcatgcatgcatacggaacaaatcaagacaa |
767 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49289522 |
cgattatattcttcatccatgcattgattgattgcatgcatgcatacggaacaaatcaagacaa |
49289459 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 673; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 767
Target Start/End: Complemental strand, 49297168 - 49296410
Alignment:
| Q |
8 |
tatacctagtgccataatctctaagattaactcaacattgcctctctatataatatataaccaaaaaaggtcaacttattattattaagtagatttgtgt |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49297168 |
tatacctagtgccataatctctaagattaactcaacattgcctctctatata-tatataaccaaaaaaggtcaacttattattattaagtagatttgtgt |
49297070 |
T |
|
| Q |
108 |
gagcctg---gtgagattaaagccaaagagcaccagcttttt-aagcattggaattaaggaacggttaagatgaagactcataacttgattggctccacc |
203 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49297069 |
gagcctgctggtgagattaaagccaaagagcaccagcttttttaagcattggaattaaggaacggttaagatgaagactcataacttgattggctccacc |
49296970 |
T |
|
| Q |
204 |
aacaagctcaccaccaatgaaaacagttggaacagatggagaagaaccaagtcttgaaataagtgcttgttcaatctctctccctcttggtatctcatca |
303 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49296969 |
aacaagctcaccaccaatgaaaacagttggaacagatggagaagaaccaagtcttgaaataagtgcttgttcaatctctctccctcttggtatctcatca |
49296870 |
T |
|
| Q |
304 |
agttcatatactgctggattcacaccaaagtcacaaaatagtgtctttattgtatgactcatgcaacatgaactcttgctgaatatcaccactggccttt |
403 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49296869 |
agttcatatactgctggattcacaccaaagtcacaaaatagtgtctttattgtatgactcatgcaacatgaactcttgctgaatatcaccactggccttt |
49296770 |
T |
|
| Q |
404 |
ctgaaaccatctttgttactctctccatnnnnnnnnnnnnatgtcaaatgtggaaaatgttggttgatatgtgaggaatgtgtgttagttatacttgaag |
503 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49296769 |
ctgaaaccatctttgttactctctccat----tatatataatgtcaaatgtggaaaatgttggttgatatgtgaggaatgtgtgttagttatacttgaag |
49296674 |
T |
|
| Q |
504 |
ttttggtgtgttgtttgttgagttaataagccaaacgtcgcatgcttatataggggtttttgaacggaagaaattaaggcttgttgttgggaaagaaaag |
603 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
49296673 |
ttttggtgtgttgtttgttgagttaataagccaaacgtggcatgcttatataggggtttttgaagggaagaaattaaggcttgttgttggaaaagaaaag |
49296574 |
T |
|
| Q |
604 |
tagaaaagtggagaatcgtcgattagatatttgggtcactttcaaaatcattgaaagtgattcatcaattaagtccacttttactactagctagtacaaa |
703 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49296573 |
tagaaaagtggagaatcgtcgattagatgtttgggtcactttcaaaatcattgaaagtgattgatcaattaagtccacttttactactagctagtacaaa |
49296474 |
T |
|
| Q |
704 |
cgattatattcttcatccatgcattgattgattgcatgcatgcatacggaacaaatcaagacaa |
767 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49296473 |
cgattatattcttcatccatgcattgattgattgcatgcatgcatacggaacaaatcaagacaa |
49296410 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 477; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 116 - 678
Target Start/End: Complemental strand, 49303788 - 49303232
Alignment:
| Q |
116 |
tgagattaaagccaaagagcaccagcttttt-aagcattggaattaaggaacggttaagatgaagactcataacttgattggctccaccaacaagctcac |
214 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49303788 |
tgagattaaagccaaagagcaccagcttttttaagcattggaattaaggaacggttaagatgaagactcataacttgattggctccaccaacaagctcac |
49303689 |
T |
|
| Q |
215 |
caccaatgaaaacagttggaacagatggagaagaaccaagtcttgaaataagtgcttgttcaatctctctccctcttggtatctcatcaagttcatatac |
314 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49303688 |
caccaatgaaaacagttggaacagatggagaagaaccaagtcttgaaataagtgcttgttcaatctctctccctcttggtatctcatcaagttcatatac |
49303589 |
T |
|
| Q |
315 |
tgctggattcacaccaaagtcacaaaatagtgtctttattgtatgactcatgcaacatgaactcttgctgaatatcaccactggcctttctgaaaccatc |
414 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49303588 |
tgctggattcacaccaaagtcacaaaatagtgtctttattgtatgactcatgcaacatgaactcttgctgaatatcaccactggcctttctgaaaccatc |
49303489 |
T |
|
| Q |
415 |
tttgttactctctccatnnnnnnnnnnnnatgtcaaatgtggaaaatgttggttgatatgtgaggaatgtgtgttagttatacttgaagttttggtgtgt |
514 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49303488 |
tttgttactctctccat----tatatataatgtcaaatgtggaaaatgttggttgatatgtgaggaatgtgtgttagttatacttgaagttttggtgtgt |
49303393 |
T |
|
| Q |
515 |
tgtttgttgagttaataagccaaacgtcgcatgcttatataggggtttttgaacggaagaaattaaggcttgttgttgggaaagaaaagtagaaaagtgg |
614 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49303392 |
tgtttgttgagttaataagccaaacgtggcatgcttatataggggtttttgaagggaagaaattaaggc---ttgttgggaaagaaaagtagaaaagtgg |
49303296 |
T |
|
| Q |
615 |
agaatcgtcgattagatatttgggtcactttcaaaatcattgaaagtgattcatcaattaagtc |
678 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
49303295 |
agaatcgtccattagatatttgggtcattttcaaaatcgttgaaagtgattgatcaattaagtc |
49303232 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 65; Significance: 4e-28; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 169 - 407
Target Start/End: Original strand, 6567878 - 6568113
Alignment:
| Q |
169 |
ttaagatgaagactcataacttgattggctccaccaacaagctcaccaccaatgaaaacagttggaacagatggagaagaaccaagtcttgaaataagtg |
268 |
Q |
| |
|
||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||| || | | || || ||| ||| ||| |
|
|
| T |
6567878 |
ttaaggtgaaggctcataacttcattagctccaccaacaagctcaccaccaatgaacacagcaggcacagaagggttacatcctagccttaaaa---gtg |
6567974 |
T |
|
| Q |
269 |
cttgttcaatctctctccctcttggtatctcatcaagttcatatactgctggattcacaccaaagtcacaaaatagtgtctttattgtatgactcatgca |
368 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||| || || || || ||||| |||| |||||| |
|
|
| T |
6567975 |
cttgttcaatgtctctccctccactcatctcatcaagttcatgaacttctggattcactccaaagtcactgaagagggttttgattgtgtgacacatgca |
6568074 |
T |
|
| Q |
369 |
acatgaactcttgctgaatatcaccactggcctttctga |
407 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |
|
|
| T |
6568075 |
acaactactcttgctgaatatcaccactgacctctctga |
6568113 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University