View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5788-Insertion-5 (Length: 653)

Name: NF5788-Insertion-5
Description: NF5788
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5788-Insertion-5
NF5788-Insertion-5
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-653)||(5161352-5161997)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 546; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 546; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 653
Target Start/End: Original strand, 5161352 - 5161997
Alignment:
Q  8 acattcatatccacctttacataaaaaatgcataatggagaggaatgagttgagggacggatatagcataagctcactcccatgccgtgcgagatatgaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5161352 acattcatatccacctttacataaaaaatgcataatggagaggaatgagttgagggacggatatagcataagctcactcccatgccgtgcgagatatgaa 5161451  T
Q  108 acactctctcaccatagaaggcaccctttttcaaagtctacttttactttctatagtttggaaattttgttcctccagatatgtgcttttggtaaatcgt 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5161452 acactctctcaccatagaaggcaccctttttcaaagtctacttttactttctatagtttggaaattttgttcatccagatatgtgcttttggtaaatcgt 5161551  T
Q  208 gcaatacaaatgtataatttcagaaaatgaactggaaagcaatgtcttgctttttgcttctacctattgggaatggattatctttgttgatgagagaatg 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5161552 gcaatacaaatgtataatttcagaaaatgaactggaaagcaatgtcttgctttttgcttctacctattgggaatggattatctttgttgatgagagaatg 5161651  T
Q  308 gtggaatctacacaattgaataaaaaaggtgagttttagatatgacaaagtttaaggatgagattgatgacatgacacattagagaacatgagagnnnnn 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         
T  5161652 gtggaatctacacaattgaataaaaaaggtgagttttagatatgacaaagtttaaggatgagattgatgacatgacacattagagaacatgagagaaaaa 5161751  T
Q  408 nntggagattgcattatatatgcagtgttggggtgcgaatccgtatttcccacttattcaccttaaaaggtgagatttcaatcattggactacttaac-n 506  Q
      ||||||||||||||||||||| ||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  5161752 aatggagattgcattatatatgcggtg-tcgggttcgaatccgtatttcccacttattcaccttaaaaggtgagatttcaatcattggactacttaacaa 5161850  T
Q  507 nnnnnnnttaatttctttaaaatggaattaatctataaacatctattacaattttttgtttagattgtctgctagagcttatggaaacaactaatgacag 606  Q
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  5161851 aaaaaaattaatttctttaaaatggaattaatctataaacatctattacagttttttttttggactgtctgctagagcttatggaaacaactaatgatag 5161950  T
Q  607 gtctttgttcatgtgtcgattgaccggtcatattcgctggaactgtt 653  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5161951 gtctttgttcatgtgtcgattgaccgatcatattcgctggaactgtt 5161997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University