View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5792-Insertion-1 (Length: 830)

Name: NF5792-Insertion-1
Description: NF5792
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5792-Insertion-1
NF5792-Insertion-1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (6-830)||(32169350-32170183)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 664; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 664; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 830
Target Start/End: Complemental strand, 32170183 - 32169350
Alignment:
Q  6 cagtgctcccttgggtcaagaatgttaacgttacaatgtctgcgcagcctgcaaaaccgttattcgcagaacaacttccagcaggtctacagacaatttc 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32170183 cagtgctcccttgggtcaagaatgttaacgttacaatgtctgcgcagcctgcaaaaccgttattcgcagaacaacttccagcaggtctacagacaatttc 32170084  T
Q  106 aaatattatcgctgtatccagttgcaaggtgaatctcctcatcatatattagtcatattaaagttgtttgcgataatttcagctgctttcttgtgaatat 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  32170083 aaatattatcgctgtatccagttgcaaggtgaatctcctcatcatatattagtcatattaaagttgtttgcaataatttcagctgctttcttgtcaatat 32169984  T
Q  206 tttttccat-----------ttactcctgttgaatttaaagactttgtcgtatctaattgaacgaaacagatcatttatatagcaccggattattttaca 294  Q
    |||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32169983 tttttccataaatttgtgctttactcctgttgaatttaaagactttgtcgtatctaaatgaacgaaacagatcatttatatagcaccggattattttaca 32169884  T
Q  295 tttagtttatgtaacnnnnnnnnnnnnnnnngtccttgtaaagacattatatataaggtatattaaatgcctttgaagaatgcttctgaaaaacaataca 394  Q
    |||||||||||||||                |||| ||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32169883 tttagtttatgtaacttttgttttgtttttcgtccctgtaaagacattacatttaagttatattaaatgcctttgaagaatgcttctgaaaaacaataca 32169784  T
Q  395 accatattgttccaaccatacttgctatttgtaactattagttaatctaattaccatgatttgcatttcgtgtcatgaatcattattgaatttcgtcaaa 494  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  32169783 accatattgttccaaccatgcttgctatttggaactattagttaatctaattaccatgatttgcatttcgtgtcatgaatcgttattgaatttcgtcaaa 32169684  T
Q  495 atcaaaatttgcagggcggtgtaggaaaatcaacagtagcagtaaaccttgcttatactttggccgatatgggagctagagttggtatatttgatgctgt 594  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  32169683 atcaaaatttgcagggcggtgtaggaaaatcaacagtagcagtaaaccttgcttatactttggccgatatgggagctagagttggtatatttgatgctga 32169584  T
Q  595 tatttacggtccaagcttaccaactatggtttctccggaaaatagaatattagaaatggtaacatatgataaaccattttgttttcaaatatgtaattta 694  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32169583 tatttacggtccaagcttaccaactatggtttctccggaaaatcgaatattagaaatggtaacatatgataaaccattttgttttcaaatatgtaattta 32169484  T
Q  695 gtgaagtacnnnnnnncacaattgtttgagtgttactgcagaatccagaaaaagaagaccataattccaactgaatacatgggagtcaagttggtttctt 794  Q
    |||||||||       || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32169483 gtgaagtac-aaaaaacataattgtttgagtgttactgcagaatccag-aaaagaagaccataattccaactgaatacatgggagtcaagttggtttctt 32169386  T
Q  795 ttggatttgctggacaaggacgtgccataatgcgtg 830  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32169385 ttggatttgctggacaaggacgtgccataatgcgtg 32169350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University