View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5792_high_5 (Length: 538)

Name: NF5792_high_5
Description: NF5792
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5792_high_5
NF5792_high_5
[»] chr1 (19 HSPs)
chr1 (1-521)||(9241985-9242505)
chr1 (1-521)||(9364539-9365059)
chr1 (4-521)||(9337680-9338194)
chr1 (5-521)||(9466183-9466699)
chr1 (26-521)||(8927093-8927591)
chr1 (42-521)||(9300236-9300718)
chr1 (26-521)||(8939519-8940014)
chr1 (150-521)||(8962446-8962817)
chr1 (118-521)||(9257067-9257474)
chr1 (272-526)||(9125095-9125349)
chr1 (270-379)||(9236122-9236231)
chr1 (272-463)||(8861517-8861708)
chr1 (272-514)||(9069627-9069869)
chr1 (270-391)||(9377990-9378111)
chr1 (272-514)||(9085923-9086165)
chr1 (271-484)||(9437484-9437697)
chr1 (438-526)||(9106347-9106435)
chr1 (272-454)||(9495487-9495669)
chr1 (271-384)||(9420401-9420514)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-521)||(15909841-15910358)
[»] scaffold0690 (2 HSPs)
scaffold0690 (1-521)||(1748-2265)
scaffold0690 (1-322)||(4946-5269)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-521)||(9171645-9172165)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (327-521)||(27696175-27696369)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 465; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 521
Target Start/End: Original strand, 9241985 - 9242505
Alignment:
Q  1 ttgtattagttgtagttgttggtccgaaaggattagttggtacttttaacatgtccccctctccttgaagcatttgtatcacagatttcattgtcggacg 100  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  9241985 ttgtataagttgtagttgttggcccgaaaggattagttggtacttttaacatgtccccctctccttgaagtatttgtatcacaaatttcattgccggacg 9242084  T
Q  101 atgcaaagggtgccattggatacaccatagtcccacagttgccaacttttttggaattctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctcct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9242085 atgcaaagggtgccattggatacaccatagtcccacagttgccaatttttttggaattctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctcct 9242184  T
Q  201 tcttcaagcaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatattttcttcaccaactgttgtttttgtattctttcttcctccaaccatctccaaca 300  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9242185 ccttcaagcaaattgtggatccagtctggatactcaatttgtatattttcttcaccacctgttgtttttgtattctttcttcctccaaccatctccaaca 9242284  T
Q  301 ataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggtgccatgtagcctattgttcccttagccgc 400  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9242285 ataacataccgtaactgtatacatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggtgccatgtagcctactgttcccttagccgc 9242384  T
Q  401 agtcatggatacaatactttgatttttcgaacatatcttggccaaaccaaaatctgtaattttgggaatgaaattgtcatctaacaaaacattattagga 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9242385 agtcatggatacaatactttgatttttcgaacacatcttggccaaaccaaaatctgtaatttggggaatgaaattgtcatctaacaagacattattagga 9242484  T
Q  501 ttgatgtcaaagtgtagaatt 521  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  9242485 ttgatgtcaaagtgtagaatt 9242505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 417; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 9365059 - 9364539
Alignment:
Q  1 ttgtattagttgtagttgttggtccgaaaggattagttggtacttttaacatgtccccctctccttgaagcatttgtatcacagatttcattgtcggacg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9365059 ttgtattagttgtagttgttggtccgaacggattagtaggcacttttaacttgtccccctctccttgaagcatttgtatcacatatttcattgtcggacg 9364960  T
Q  101 atgcaaagggtgccattggatacaccatagtcccacagttgccaacttttttggaattctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctcct 200  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9364959 gtgcaaagggtgccattggatacaccatagtcccacagttgccaatttttttggaattctaaaatctccctcttcatcaatagggatatgtatatctcct 9364860  T
Q  201 tcttcaagcaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatattttcttcaccaactgttgtttttgtattctttcttcctccaaccatctccaaca 300  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9364859 ccttcaagcaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatattttcttcgccactaattgtttttgtattctttcttcctccaaccatttccaaca 9364760  T
Q  301 ataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggtgccatgtagcctattgttcccttagccgc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  9364759 ataacataccgtaactgtatatatcagacttataagagacattaccaaagtttcttgaaaaaacttcaggtgccatgtagcctaatgttcccttagctgc 9364660  T
Q  401 agtcatggatacaatactttgatttttcgaacatatcttggccaaaccaaaatctgtaattttgggaatgaaattgtcatctaacaaaacattattagga 500  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  9364659 agtcatggatacgatactttgattttttgaacatatcttggccaaaccaaaatctgtaattttgggagtgaaattgtcatctaacaagacattatgagga 9364560  T
Q  501 ttgatgtcaaagtgtagaatt 521  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  9364559 ttgatgtcaaagtgtagaatt 9364539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 9338194 - 9337680
Alignment:
Q  4 tattagttgtagttgttggtccgaaaggattagttggtacttttaacatgtccccctctccttgaagcatttgtatcacagatttcattgtcggacgatg 103  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9338194 tattagttgtagttgttggtccaaacggattagtaggcacttttaacttgtccccctctccttggagcatttgcatcacagatttcattgtcggacgatg 9338095  T
Q  104 caaagggtgccattggatacaccatagtcccacagttgccaacttttttggaattctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctccttct 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  9338094 caaagggtgccattggatacaccatagtcccacagttgccaatttttttggaattctaaaatctccgtcttcatcaatagggatttgtatctctccttc- 9337996  T
Q  204 tcaagcaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatattttcttcaccaactgttgtttttgtattctttcttcctccaaccatctccaacaata 303  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9337995 --aagcaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatattttcttcgccactaattgtttttgtattctttcttcctccaaccatttccaacaata 9337898  T
Q  304 acataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggtgccatgtagcctattgttcccttagccgcagt 403  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  9337897 acataccgtaactgtatatatcagacttataagagacattaccaaagtttcttgaaaaaacttcaggtgccatgtagcctaatgttcccttagctgcagt 9337798  T
Q  404 catggatacaatactttgatttttcgaacatatcttggccaaaccaaaatctgtaattttgggaatgaaattgtcatctaacaaaacattattaggattg 503  Q
    ||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  9337797 catggatacgacactttgattttttgaacatatcttggccaaaccaaaatctgtaattttgggagtgaaattgtcatctaacaagacattatgaggattg 9337698  T
Q  504 atgtcaaagtgtagaatt 521  Q
    ||||||||||||||||||    
T  9337697 atgtcaaagtgtagaatt 9337680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 5 - 521
Target Start/End: Original strand, 9466183 - 9466699
Alignment:
Q  5 attagttgtagttgttggtccgaaaggattagttggtacttttaacatgtccccctctccttgaagcatttgtatcacagatttcattgtcggacgatgc 104  Q
    |||||||| |||||| || || ||||||||  | || ||||||||| |||| || || ||||| |||||||||||||||| |||||| |  |||||||||    
T  9466183 attagttgaagttgtaggcccaaaaggattgctggggacttttaacttgtctccatcaccttgtagcatttgtatcacagttttcatggatggacgatgc 9466282  T
Q  105 aaagggtgccattggatacaccatagtcccacagttgccaacttttttggaattctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctccttctt 204  Q
    | ||| ||||| ||||| ||||  ||||| ||| | ||||  ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  |||    
T  9466283 ataggttgccactggatgcaccgaagtccaacaatcgccattttttttggaatcctgaaatctccctcttcgtcaatagggatttgtatgtctccccctt 9466382  T
Q  205 caagcaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatattttcttcaccaactgttgtttttgtattctttcttcctccaaccatctccaacaataa 304  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||   |||||||| ||||||||||||    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  9466383 caagcaaatcgtggatccaatctggatatagaacttgtaaattttcttcacctgtggttgtgtttgtattctttcttcctgcaaccatctccaacaacaa 9466482  T
Q  305 cataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggtgccatgtagcctattgttcccttagccgcagtc 404  Q
    |||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||| || || || |||    
T  9466483 cataccataactatatatatcagacttatatgagacattcccgaagtttctagaaaaaacttcgggtgccatgtagcctaacgttcctttggctgcggtc 9466582  T
Q  405 atggatacaatactttgatttttcgaacatatcttggccaaaccaaaatctgtaattttgggaatgaaattgtcatctaacaaaacattattaggattga 504  Q
    || || ||  ||||| |||||||||| || ||||| |||||||| || ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  9466583 atagacactgtacttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtgaaattctcatctaacaagacattatgaggattga 9466682  T
Q  505 tgtcaaagtgtagaatt 521  Q
    |||||||||| ||||||    
T  9466683 tgtcaaagtgaagaatt 9466699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 26 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 8927591 - 8927093
Alignment:
Q  26 gaaaggattagttggtacttttaacatgtccccctctccttgaagcatttgtatcacagatttcattgtcggacgatgcaaagggtgccattggatacac 125  Q
    ||||||||| || || ||||||||  |||| ||||||||||||||||| || | ||||| |||||| | ||| |||||||  | |||||| || || |||    
T  8927591 gaaaggattggtgggaacttttaatttgtctccctctccttgaagcatctgcaccacagttttcatggacggccgatgcacggagtgccactgaatgcac 8927492  T
Q  126 catagtcccacagttgccaacttttttggaattctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctccttcttcaagcaaattgtggatccagt 225  Q
    || ||||| ||| |||| |  ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| | ||  |||||  ||||||| |||   |||||||| |    
T  8927491 caaagtccgacaattgctagtttttttgcaattctacaatctccctcttcatcaattgggatatatacgtctccaccttcaagtaaaccatggatccaat 8927392  T
Q  226 ctggatactcaacttgtatattttcttcaccaactgt---tgtttttgtattctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatat 322  Q
    ||||||||  |||||| | ||||||||| ||| | ||   |||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||    
T  8927391 ctggatacagaacttggaaattttcttcgccaccagtagttgttttagtattctttcttcctccaaccatctctagcaacaacataccgtagctgtatat 8927292  T
Q  323 atcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggtgccatgtagcctattgttcccttagccgcagtcatggatacaatactttga 422  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| | || |||||||| |||||| | || |||    
T  8927291 atcagacttataagagacattcccaaagtttcgagaaaaaacttcaggtgccatgtaacctaatgttcccctggctgcagtcatcgatacagtgctatga 8927192  T
Q  423 tttttcgaacatatcttggccaaaccaaaatctgtaattttgggaatgaaattgtcatctaacaaaacattattaggattgatgtcaaagtgtagaatt 521  Q
    ||||| || || | ||| || ||||| || || |  ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||||| |||||||| ||||||    
T  8927191 tttttagagcacagcttcgctaaaccgaagtccgatatttttggaatgaaattgtcatctaacaagacattgtggggattgatatcaaagtgaagaatt 8927093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 42 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 9300718 - 9300236
Alignment:
Q  42 acttttaacatgtccccctctccttgaagcatttgtatcacagatttcattgtcggacgatgcaaagggtgccattggatacaccatagtcccacagttg 141  Q
    ||||||| | |||| ||||||||||| | |||||| | ||||| |||||| | ||||||||||| ||| ||||| || || ||||||| ||||||| |||    
T  9300718 acttttagcttgtctccctctccttgtaacatttgcaacacagttttcatggacggacgatgcataggttgccactgaatgcaccataatcccacaattg 9300619  T
Q  142 ccaacttttttggaattctaaaatctccct---cttcatcaatagggatttgtatatctccttcttcaagcaaattgtggatccagtctggatactcaac 238  Q
    |||  ||||||| |||||| |||||  |||   ||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||  ||| |||||||||| ||||||||   |||    
T  9300618 ccattttttttgcaattctgaaatcatcctgttcttcatctatagggatttgtatgtctcctccttcaactaaactgtggatccaatctggatataaaac 9300519  T
Q  239 ttgtatattttcttcaccaactgttgtttttgtattctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcggacttataagag 338  Q
    ||||  | || ||||||     ||||| || | |||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||    
T  9300518 ttgtggacttccttcacttgtggttgtgttcgaattcttccttcccccaaccatctccagcaacaacatgccataactatatatatcggacttataagag 9300419  T
Q  339 acatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggtgccatgtagcctattgttcccttagccgcagtcatggatacaatactttgatttttcgaacatatct 438  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| || ||||| ||||| |||| | |||||||||||||||| || ||||    
T  9300418 acattcccaaagtttctagaaaaaacttcgggtgccatgtatcctaatgttcctttggccgcggtcatagatatagtactttgatttttcgagcacatct 9300319  T
Q  439 tggccaaaccaaaatctgtaattttgggaatgaaattgtcatctaacaaaacattattaggattgatgtcaaagtgtagaatt 521  Q
    | |||||||| || ||||||||||| ||  | ||||||||||| | ||| || |||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  9300318 tagccaaaccgaagtctgtaatttttggggttaaattgtcatcgatcaagacgttatgaggattgatgtcaaagtgaagaatt 9300236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 26 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 8940014 - 8939519
Alignment:
Q  26 gaaaggattagttggtacttttaacatgtccccctctccttgaagcatttgtatcacagatttcattgtcggacgatgcaaagggtgccattggatacac 125  Q
    ||||||||| || || ||||||||  |||| ||||||||||||||||| || | |||||||||||| | ||| |||||||  | |||||| || || |||    
T  8940014 gaaaggattggtgggaacttttaatttgtctccctctccttgaagcatctgaaccacagatttcatggacggtcgatgcacggagtgccactgaatgcac 8939915  T
Q  126 catagtcccacagttgccaacttttttggaattctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctccttcttcaagcaaattgtggatccagt 225  Q
    || ||||| ||| | || |  || |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||  |||||  ||||||  |||   |||||||| |    
T  8939914 caaagtccgacaatcgctagtttctttgcaattctaaaatctccctcttcatcaattgggatatatacgtctccaccttcaaataaaccatggatccaat 8939815  T
Q  226 ctggatactcaacttgtatattttcttcaccaactgttgtttttgtattctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatc 325  Q
    ||||||||   ||||| | ||||||||||||      ||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||| |||||||||||    
T  8939814 ctggatacaatacttgaaaattttcttcacctgtgactgtcttagtattctttcttcctccaaccatctccagcagcaacataccgtagctgtatatatc 8939715  T
Q  326 ggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggtgccatgtagcctattgttcccttagccgcagtcatggatacaatactttgattt 425  Q
     ||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||  |||||| | || || ||||| |||||  |||||||||||    
T  8939714 agacttataagagacattcccaaagtttcgagaaaaaacttcaggtgccatgtaccctaaagttcccctggctgcggtcattgatactgtactttgattt 8939615  T
Q  426 ttcgaacatatcttggccaaaccaaaatctgtaattttgggaatgaaattgtcatctaacaaaacattattaggattgatgtcaaagtgtagaatt 521  Q
    || || || | ||| || ||||| || ||||  ||||| |||| ||||||||||||||| || |||||||  |||||||| || ||||| ||||||    
T  8939614 ttggagcacagcttagctaaaccgaagtctgatatttttggaacgaaattgtcatctaataatacattatgtggattgatatcgaagtgaagaatt 8939519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 150 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 8962817 - 8962446
Alignment:
Q  150 tttggaattctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctccttcttcaagcaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatatttt 249  Q
    |||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  |||||| ||||  ||||||||| |||||||||  |||||| | |||||    
T  8962817 tttgcaattctataatctccatcttcatcaatagggatatgtatatctcccccttcaaacaaaccgtggatccaatctggatacaaaacttgaaaatttt 8962718  T
Q  250 cttcaccaactgttgtttttgtattctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaa 349  Q
    ||||| |      ||| || ||||||||||||||||| |||||||||| ||  ||||| || || ||||||||||| || |||||||||||||| |||||    
T  8962717 cttcatctgtgactgtcttagtattctttcttcctccgaccatctccagcagcaacattccatagctgtatatatcagatttataagagacattcccaaa 8962618  T
Q  350 atttctagaaaaaacttcaggtgccatgtagcctattgttcccttagccgcagtcatggatacaatactttgatttttcgaacatatcttggccaaacca 449  Q
     |||| |||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || || | |||||| ||||||    
T  8962617 gtttcgagaaaatacttcaggtgccatgtatcctaatgttcccctagccgcagtcatcgatacaatagtttgatttttggagcacaacttggctaaacca 8962518  T
Q  450 aaatctgtaattttgggaatgaaattgtcatctaacaaaacattattaggattgatgtcaaagtgtagaatt 521  Q
    || ||||  ||||| ||| | ||||||||||||||||| | ||| |  |||||||| ||||| || ||||||    
T  8962517 aagtctgatatttttggagtaaaattgtcatctaacaagatattgtgcggattgatatcaaaatgaagaatt 8962446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 118 - 521
Target Start/End: Original strand, 9257067 - 9257474
Alignment:
Q  118 ggatacaccatagtcccacagttgccaacttttttggaattctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctccttcttcaagcaaattgtg 217  Q
    |||| ||||| ||||||||  ||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| ||| || ||| |||||||  |||    
T  9257067 ggatgcaccaaagtcccacgattgccaattttttcgcaattctaaaatctccctcttcatctatagcgatatgtatttcttctcctttaagcaaaccgtg 9257166  T
Q  218 gatccagtctggatactcaacttgtatattttcttcaccaactgttgtttttgtattctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactg 317  Q
    |||||| ||||||||   |||||| |  |||||||||      ||||  ||||||||||||||||||||||| || ||||| |  || ||||| || ||     
T  9257167 gatccaatctggatatagaacttgaaagttttcttcatttgtggttggatttgtattctttcttcctccaacaatttccaatagcaatataccatagcta 9257266  T
Q  318 tatatatcggacttataa----gagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggtgccatgtagcctattgttcccttagccgcagtcatggataca 413  Q
    |||||||| |||||||||    |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||  | || |||||||| |||| |    
T  9257267 tatatatcagacttataattaagagacattaccaaagtttctagaaaaaacttcgggtgccatgtatcctaatgttcctctcgctgcagtcatagatata 9257366  T
Q  414 atactttgatttttcgaacatatcttggccaaaccaaaatctgtaattttgggaatgaaattgtcatctaacaaaacattattaggattgatgtcaaagt 513  Q
     ||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||| ||||||||| ||  | ||||||||||| | ||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  9257367 gtactttgattttttgagcacatcttagccaaaccaaaatttgtaatttttggggttaaattgtcatcgatcaagacattatgaggattgatgtcaaagt 9257466  T
Q  514 gtagaatt 521  Q
    | ||||||    
T  9257467 gaagaatt 9257474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 272 - 526
Target Start/End: Original strand, 9125095 - 9125349
Alignment:
Q  272 attctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggt 371  Q
    |||||| | |||||||||||  |||| ||| ||||| || ||||| || ||||| ||||||  ||| ||||||||||||||||  || ||||||||||||    
T  9125095 attcttgcgtcctccaaccaattccagcaacaacatcccataactataaatatcagacttacgagaaacatttccaaaatttcgtgacaaaacttcaggt 9125194  T
Q  372 gccatgtagcctattgttcccttagccgcagtcatggatacaatactttgatttttcgaacatatcttggccaaaccaaaatctgtaattttgggaatga 471  Q
    ||||| || || |  |||||  ||||||||||||||||||||| |||   ||| || |||||||  ||||| |  ||||| |||| |||||| ||| |||    
T  9125195 gccatatatcccaaggttcctctagccgcagtcatggatacaacactaacattctttgaacataatttggcgagtccaaagtctgaaatttttggagtga 9125294  T
Q  472 aattgtcatctaacaaaacattattaggattgatgtcaaagtgtagaatttgatg 526  Q
    |  ||||||||| ||||||||| | ||| |||||||||||||| |||||| ||||    
T  9125295 aggtgtcatctagcaaaacattgtgagggttgatgtcaaagtgaagaattggatg 9125349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 270 - 379
Target Start/End: Original strand, 9236122 - 9236231
Alignment:
Q  270 gtattctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcag 369  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||| |||||||| || ||||| || ||||||||||    
T  9236122 gtattctttcttccaccaaccatctcaagcaacaacataccgtagctataaatatcagacttataagaaacatttccgaagtttctcgagaaaacttcag 9236221  T
Q  370 gtgccatgta 379  Q
    |||| |||||    
T  9236222 gtgcaatgta 9236231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 272 - 463
Target Start/End: Original strand, 8861517 - 8861708
Alignment:
Q  272 attctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggt 371  Q
    ||||||||| ||||||||||| || | ||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||  ||| ||||| ||||||||||| || | |||||||||     
T  8861517 attctttctccctccaaccatttctagcaacaacattccgtaactgtaaatatctgacttaagagacacattcccaaaatttcttgatagaacttcaggc 8861616  T
Q  372 gccatgtagcctattgttcccttagccgcagtcatggatacaatactttgatttttcgaacatatcttggccaaaccaaaatctgtaatttt 463  Q
    |||||||| || |  ||||||||||| || |||||||| ||||  ||  |||| || |||||||  ||||| | ||||||||| | ||||||    
T  8861617 gccatgtatcccaaggttcccttagcagctgtcatggacacaacgctaagattcttggaacataatttggcgagaccaaaatccgaaatttt 8861708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 272 - 514
Target Start/End: Original strand, 9069627 - 9069869
Alignment:
Q  272 attctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggt 371  Q
    ||||||||||||||||||||| || | ||| ||||| || |||||||||||||| ||||||  ||| |||||||||||||||| ||| |  ||||| |||    
T  9069627 attctttcttcctccaaccatttctagcaacaacattccataactgtatatatcagacttaagagaaacatttccaaaatttcgagacactacttcgggt 9069726  T
Q  372 gccatgtagcctattgttcccttagccgcagtcatggatacaatactttgatttttcgaacatatcttggccaaaccaaaatctgtaattttgggaatga 471  Q
    ||||| || || |  |||||| |||| || |||||||| || |||||  |||| || | |||||  ||||| |  ||||| || | |||||| ||| |||    
T  9069727 gccatatatcccaaggttcccctagcagctgtcatggacactatactaagattcttggcacataatttggcgagcccaaagtcagaaatttttggagtga 9069826  T
Q  472 aattgtcatctaacaaaacattattaggattgatgtcaaagtg 514  Q
    |    |||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||    
T  9069827 aggaatcatctaacaaaacattgcgagggttgatgtcaaagtg 9069869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 270 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 9378111 - 9377990
Alignment:
Q  270 gtattctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcag 369  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| | ||| || || ||||| || || ||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||| || ||||||||||    
T  9378111 gtattctttctacctccaaccatctctagcaacaatattccgtagctataaatatcagacttgtaagaaacatttccgaagtttcttgagaaaacttcag 9378012  T
Q  370 gtgccatgtagcctattgttcc 391  Q
    |||| |||||||| | ||||||    
T  9378011 gtgcaatgtagcccaatgttcc 9377990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 272 - 514
Target Start/End: Original strand, 9085923 - 9086165
Alignment:
Q  272 attctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggt 371  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| | ||| ||||| || ||||| || ||||| ||||||  ||| ||||| ||||||||||  || |||||||||||     
T  9085923 attcttccttccaccaaccatctctagcaacaacatcccataactataaatatcagacttaagagaaacattcccaaaatttcgtgacaaaacttcaggc 9086022  T
Q  372 gccatgtagcctattgttcccttagccgcagtcatggatacaatactttgatttttcgaacatatcttggccaaaccaaaatctgtaattttgggaatga 471  Q
    ||||| || || |  |||||| |||| || |||||||| || | |||   ||| || |||||||  ||||| |  ||||| |||| |||||| ||| |||    
T  9086023 gccatatatcccaaggttcccctagcagctgtcatggacactacactaatattcttggaacataatttggcgagtccaaagtctgaaatttttggagtga 9086122  T
Q  472 aattgtcatctaacaaaacattattaggattgatgtcaaagtg 514  Q
    |  | ||||||| ||||||||| | ||| || |||||||||||    
T  9086123 aggtttcatctagcaaaacattgtgagggttaatgtcaaagtg 9086165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 271 - 484
Target Start/End: Original strand, 9437484 - 9437697
Alignment:
Q  271 tattctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcagg 370  Q
    |||| ||||||||||||||||| || | || |||||| || ||||| ||||| || |  ||||| || ||||||||||| || || ||||| ||||||||    
T  9437484 tattttttcttcctccaaccatttcaagcagtaacatcccataactatatatgtcagctttatacgatacatttccaaagttcctcgaaaacacttcagg 9437583  T
Q  371 tgccatgtagcctattgttcccttagccgcagtcatggatacaatactttgatttttcgaacatatcttggccaaaccaaaatctgtaattttgggaatg 470  Q
    ||| ||||| ||||  || ||  | || ||||| |  || ||  | ||||||||||| ||||| |  || |||||||||||||| |||||||| ||||      
T  9437584 tgcaatgtaacctaaagtccctcttgcggcagttactgacactttgctttgatttttagaacacaatttcgccaaaccaaaatcagtaatttttggaaca 9437683  T
Q  471 aaattgtcatctaa 484  Q
    || |||||||||||    
T  9437684 aacttgtcatctaa 9437697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 438 - 526
Target Start/End: Original strand, 9106347 - 9106435
Alignment:
Q  438 ttggccaaaccaaaatctgtaattttgggaatgaaattgtcatctaacaaaacattattaggattgatgtcaaagtgtagaatttgatg 526  Q
    ||||| ||||||||||||| || ||| ||  |||| |||||||||  ||||||||| | ||| |||||||||||||| |||||| ||||    
T  9106347 ttggcaaaaccaaaatctgaaacttttggcgtgaatttgtcatcttgcaaaacattgtgagggttgatgtcaaagtgaagaattggatg 9106435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 272 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 9495669 - 9495487
Alignment:
Q  272 attctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggt 371  Q
    ||||| |||||| || |||||||| | ||| ||||| ||  |||| || | ||| ||||| || || ||||||||||| || ||||| |||||||| |||    
T  9495669 attctgtcttcccccgaccatctctagcaacaacattccaaaactataaacatcagacttgtacgacacatttccaaagttcctagagaaaacttctggt 9495570  T
Q  372 gccatgtagcctattgttcccttagccgcagtcatggatacaatactttgatttttcgaacatatcttggccaaaccaaaatc 454  Q
    || ||||| || || || ||| ||||||| |||||||| ||   ||||||||  || ||||| | ||| |||| |||||||||    
T  9495569 gctatgtaaccaatagtccccctagccgcggtcatggaaaccgcactttgatcctttgaacaaagcttagccagaccaaaatc 9495487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 271 - 384
Target Start/End: Original strand, 9420401 - 9420514
Alignment:
Q  271 tattctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcagg 370  Q
    |||| ||||||||||||||||| || |  | |||||| || ||||| ||||| || |  ||||| || ||||||||||| || || ||||| ||||||||    
T  9420401 tattttttcttcctccaaccatttcaagaagtaacatcccataactatatatgtcagctttatacgatacatttccaaagttcctcgaaaacacttcagg 9420500  T
Q  371 tgccatgtagccta 384  Q
    ||| ||||| ||||    
T  9420501 tgcaatgtaaccta 9420514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 375; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 521
Target Start/End: Original strand, 15909841 - 15910358
Alignment:
Q  1 ttgtattagttgtagttgttggtccgaaaggattagttggtacttttaacatgtccccctctccttgaagcatttgtatcacagatttcattgtcggacg 100  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| || ||    
T  15909841 ttgtcttagttttagttgttggtccgaaaggatttgttggtacttttaacttgtccgcctctgcttgaagcatttttatcacagatttcattgttggtcg 15909940  T
Q  101 atgcaaagggtgccattggatacaccatagtcccacagttgccaacttttttggaattctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctcct 200  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| || || || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15909941 atgtaaagggtgccattggatacaccacagaccgacggttgccaatttttttggaattctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctcct 15910040  T
Q  201 tcttcaagcaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatattttcttcaccaactgttgtttttgtattctttcttcctccaaccatctccaaca 300  Q
    ||   || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15910041 tc---aaacaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatgttttcatcaccacttgttgtttttgtattctttcttcctccaaccatctccaaca 15910137  T
Q  301 ataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggtgccatgtagcctattgttcccttagccgc 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |    
T  15910138 ataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggtgccatgtagcctaatgttcccttagctac 15910237  T
Q  401 agtcatggatacaatactttgatttttcgaacatatcttggccaaaccaaaatctgtaattttgggaatgaaattgtcatctaacaaaacattattagga 500  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||| | ||||| ||||    
T  15910238 agtcatggatacattactttgatttttcgaacacatcttagccaaaccaaaatctgtgattttgggagtgaaattgtcatctagcaagatattatgagga 15910337  T
Q  501 ttgatgtcaaagtgtagaatt 521  Q
    |||||||||||||||| ||||    
T  15910338 ttgatgtcaaagtgtaaaatt 15910358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0690 (Bit Score: 371; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0690
Description:

Target: scaffold0690; HSP #1
Raw Score: 371; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 2265 - 1748
Alignment:
Q  1 ttgtattagttgtagttgttggtccgaaaggattagttggtacttttaacatgtccccctctccttgaagcatttgtatcacagatttcattgtcggacg 100  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  2265 ttgtcttagttttagttgttggtccgaaaggatttgttggtacttttaacttgtccgcctctgcttgaagcatttttatcacagatttcattgtcggtcg 2166  T
Q  101 atgcaaagggtgccattggatacaccatagtcccacagttgccaacttttttggaattctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctcct 200  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| || || || |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2165 atgtaaagggtgccattggatacaccacagaccgacggttgccaatttttttggaattctaaaatctctctcttcatcaatagggatttgtatatctcct 2066  T
Q  201 tcttcaagcaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatattttcttcaccaactgttgtttttgtattctttcttcctccaaccatctccaaca 300  Q
    ||   || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2065 tc---aaacaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatgttttcatcaccacttgttgttttcgtattctttcttcctccaaccatctccaaca 1969  T
Q  301 ataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggtgccatgtagcctattgttcccttagccgc 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |     
T  1968 ataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggtgccatgtagcctaatgttcccttagctgt 1869  T
Q  401 agtcatggatacaatactttgatttttcgaacatatcttggccaaaccaaaatctgtaattttgggaatgaaattgtcatctaacaaaacattattagga 500  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||| | ||||| ||||    
T  1868 agtcatggatacattactttgatttttcgaacacatcttagccaaaccaaaatctgtgattttgggagtgaaattgtcatctagcaagatattatgagga 1769  T
Q  501 ttgatgtcaaagtgtagaatt 521  Q
    |||||||||||||||| ||||    
T  1768 ttgatgtcaaagtgtaaaatt 1748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0690; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 5269 - 4946
Alignment:
Q  1 ttgtattagttgtagttgttggtccgaaaggattagttggtacttttaacatgtccccctctccttgaagcatttgtatcacagatttcattgtcggacg 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | | ||||    
T  5269 ttgtattggttgtagttgttggttcgaacagattagttggtacttttaatttgtccccctctccgtgaagcatttgtatcagagatttcatcgccagacg 5170  T
Q  101 atgcaaagggtgccattggatacaccatagtcccacagttgccaactttt-----ttggaattctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatat 195  Q
    || || |||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||| ||||     |||||  ||||||||| || ||||||||||||||||||  ||| |    
T  5169 attcatagggtgccataggatacaacatagtctcacagttgccaaattttaatttttggatatctaaaatccccgtcttcatcaatagggattattatct 5070  T
Q  196 ctccttcttcaagcaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatattttcttcaccaactgttgtttttgtattctttcttcctccaaccatctc 295  Q
    |||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5069 ctccttc---aagcaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatattttcttcaccaccgtttgtttttgtattctttcttcctccaaccatctc 4973  T
Q  296 caacaataacataccgtaactgtatat 322  Q
    || |||||||||| ||||  |||||||    
T  4972 cagcaataacatatcgtatatgtatat 4946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 9172165 - 9171645
Alignment:
Q  1 ttgtattagttgtagttgttggtccgaaaggattagttggtacttttaacatgtccccctctccttgaagcatttgtatcacagatttcattgtcggacg 100  Q
    ||||||||| || |||||| |||||  |||| || |  || |||| |||| |||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||||| | ||||||    
T  9172165 ttgtattagatgaagttgtaggtccataagggtttgaaggaacttgtaacttgtctccatctccttgcagcatttgcatcacagttttcatagacggacg 9172066  T
Q  101 atgcaaagggtgccattggatacaccatagtcccacagttgccaacttttttggaattctaaaatctccctcttcatcaatagggatttgtatatctcct 200  Q
    ||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||  ||||||| ||||| | |||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||    
T  9172065 atgcataggttgccattggatgcaccaaagtcccacgattgccaattttttcgcaattctaaaatctccctcatcatctattgggatttgtatttctcct 9171966  T
Q  201 tcttcaagcaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatattttcttcaccaactgttgtttttgtattctttcttcctccaaccatctccaaca 300  Q
     ||||||||||| |||||||||| |||||||||  |||||| | ||||||||||      ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| |    
T  9171965 ccttcaagcaaactgtggatccaatctggatacagaacttgaaaattttcttcatttgtggttgtgtttgtattctttcttcctccaacaatttccaata 9171866  T
Q  301 ataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggtgccatgtagcctattgttcccttagccgc 400  Q
      |||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||  | || ||    
T  9171865 gcaacataccatagctatatatatcagacttataagagacattcccaaaatttctagaaaaaacttcgggtgccatgtatcctaatgttcctctggctgc 9171766  T
Q  401 agtcatggatacaatactttgatttttcgaacatatcttggccaaaccaaaatctgtaattttgggaatgaaattgtcatctaacaaaacattattagga 500  Q
    |||||| |||| | ||||||||||||| || || | ||| |||||||| || ||||||||||| ||  |||||||||||||||  || || |||| ||||    
T  9171765 agtcattgatatagtactttgattttttgagcacaacttagccaaaccgaagtctgtaatttttggggtgaaattgtcatctagtaagacgttatgagga 9171666  T
Q  501 ttgatgtcaaagtgtagaatt 521  Q
    || ||||||||||| ||||||    
T  9171665 ttaatgtcaaagtgaagaatt 9171645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 327 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 27696369 - 27696175
Alignment:
Q  327 gacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggtgccatgtagcctattgttcccttagccgcagtcatggatacaatactttgatttt 426  Q
    |||||||| || ||| | ||||| ||||||||||| || || || || |||||||| |  |||||| ||||||  ||||| || |||||||||   | ||    
T  27696369 gacttataggatacaatgccaaagtttctagaaaatacctctggcgcaatgtagcccaaagttcccctagccgtggtcattgacacaatacttctttctt 27696270  T
Q  427 tcgaacatatcttggccaaaccaaaatctgtaattttgggaatgaaattgtcatctaacaaaacattattaggattgatgtcaaagtgtagaatt 521  Q
    | ||||| |  || |||||||||||||| | |||||||||  |||||||||| |||| ||| || |||| ||| ||||| ||||| || ||||||    
T  27696269 tggaacaaagttttgccaaaccaaaatcagaaattttgggtgtgaaattgtcgtctagcaatacgttatgaggtttgatatcaaaatggagaatt 27696175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University