View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5794_1D_high_1 (Length: 831)

Name: NF5794_1D_high_1
Description: NF5794_1D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5794_1D_high_1
NF5794_1D_high_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (16-831)||(23333032-23333847)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 764; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 764; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 831
Target Start/End: Complemental strand, 23333847 - 23333032
Alignment:
Q  16 ggacatcacgaagttgaccgataaaattgtgtgccagaatgcagctgaagcagtactcccccaaagaggttgataagtttgttttatgtaattttttgct 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23333847 ggacataacgaagttgaccgataaaattgtgtgccggaatgcagctgaagcagtactccccccaagaggttgataagtttgttttatgtaattttttgct 23333748  T
Q  116 gttttgatatattgtgtcatgatttaccaggaaaaatgtacacattgtcgttacctcaggaactgttgttcgtgttgctgatgagctttcccttcaagag 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23333747 gttttgatatattgtgtcatgatttaccaggaaaaatgtacacattgtcgttgcctcaggaactgttgttcgtgttgctgatgagctttcccttcaagag 23333648  T
Q  216 atgcgattgctgaatacatattatgcagagcttgagaccgcaactgtaagtgattttttatatgtcaactgctttctgatgaaacaatcattataatatg 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  23333647 atgcgattgctgaatacatattatgcagagcttgagaccgcaactgtaagtgattttttatatgtcaactgctttctgatggaacaatcattataatatg 23333548  T
Q  316 ctgaattacgttggacaaaatccctaattcaaatgatttcgttggcttgcttaatgtcgtcattacgaagatgcgcacgacagggcataagataaattgc 415  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  23333547 ctgacttacgttggacaaaatccctaattcaaatgatttcgttggcttgcttaatgtcgtcattacgaagatgcgcacgatggggcataagataaattgc 23333448  T
Q  416 gaacattttaggagtttgcctctagctatgtgtaatactcccaaaaagtataacaaatttgcaaccagtgtggtggattctttttggactgccgtatttt 515  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  23333447 gaacattttaggagtttgcctctagctatgtgtaatactcccaaaaggtataacaaatttgcaaccagtgtggtggattctttttggactgctgtatttt 23333348  T
Q  516 ttcttatggagtctttctatcttgaccattaaaattaagctgagcaccagattttaattaaccaacgtaaattttgcagcattaattaactcaaaaaggt 615  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23333347 ttcttatggagtctttctgtcttgaccattaaaattaagctgagcaccagattttaattaaccaacgtaaattttgcagcattaattaactcaaaaaggt 23333248  T
Q  616 ttgcgtggaaaatagatgtttgttcttctctattttgctggccacatgttgttttgaatattaggcgatggttttaatttggctacttttggaatgtaat 715  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  23333247 ttgcgtggaaaatagatgtttgttcttctctattttgctggccacatgttgttttgaatattaggcgatggttttaatttggctacttttggaaagtaat 23333148  T
Q  716 gctacgaagacttatttgtttcttggtgcattttctgaaagttatacaatacttacgctgatatttcttggttgtcaagttaggatcaagactgtcaatt 815  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23333147 gctatgaagacttatttgtttcttggtgcattttctgaaagttatacaatacttacgctgatatttcttggttgtcaagttaggatcaagactgtcaatt 23333048  T
Q  816 atcattcatgctatgt 831  Q
    ||||||||||||||||    
T  23333047 atcattcatgctatgt 23333032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University