View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5794_2D_low_1 (Length: 1021)

Name: NF5794_2D_low_1
Description: NF5794_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5794_2D_low_1
NF5794_2D_low_1
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (180-1004)||(30737111-30737919)
chr6 (30-187)||(30736901-30737065)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 656; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 656; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 180 - 1004
Target Start/End: Original strand, 30737111 - 30737919
Alignment:
Q  180 tttgatcacatgtgcaagtttagtcaaataaagatctacacgatacatgaatctagactctatggaagcatctctatgctaggattcaacaaggcatctc 279  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |    
T  30737111 tttgttcacatgtgcaagtttagtcaaataaagatctacacgatacatgaatctaaactctatggaagcatctctatgctaggattcaacaaggaatggc 30737210  T
Q  280 tctacatctggttgaacagaagttgcgttccccacaacggcaagtgcatccattcagtccaaggaatggcatcaagtagaaacaatggctaagaaatctg 379  Q
      | |||         |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30737211 a-tccatt--------cagaagttgcgttccccacaacggcaggtgcatcaattcagtccaaggaatggcatcaagtagaaacaatggctaagaaatctg 30737301  T
Q  380 agtcatgtaatcgatcctctgatggaacaattgttcctctaattcaataatgaagggaagatcaaggttcctctaccccatcattggtttaattcagtaa 479  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  30737302 agtcatgtaatcgatcctctgatggaacaattgttcctctaattcaataatgaagggaagatcaaggttcctctaccccatcattggtttaattcaggaa 30737401  T
Q  480 aaaccaagtcgagcatttgtagaaaaatgcctggtctcgaatgttttaaatacatccgagccaacttacatctctcgatgtaaacactatgcaatgaatt 579  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||| ||||||||    
T  30737402 aaaccaagtcgagcatttgtagaaaaatgcctggtctcgaatgttttaaatacatccgagccaacttacat--------gtaaacactatggaatgaatt 30737493  T
Q  580 catcattgaagcaaggacacaaaatctattggaagcctccaatacaaaagaagcatcatagatgttttatatacatc-atgttaaattatgccttgaccc 678  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |    
T  30737494 catccttgaagcaaggacacgaaatctattggaagcctccaatacaaaagaagtatcatagatgttttatatacatccatgttaacttatgccttgactc 30737593  T
Q  679 aagcataataagtcatgtctgtgaagatccttcactcagatatcagattcctccacttcagcatagagaaagactctatttaagtgtgtcaaatttgcat 778  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  30737594 aagcataataagtcatgtctgtgaagatccttcactcatatatcagactcgtccacttcagcatagagaaagcctctatttaagtgtgtcaaatttacat 30737693  T
Q  779 caagaaataccttcttgataaatgcacaaacttgttgagattactacgtactcaatacaaaggaaaaatttccttttcaaaataaaaaaccctacaaaat 878  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30737694 caagaaataccttcttgataaatgcagaaacttgttgagattactacgtactcaatacaaaggaaaaatttcctcttcaaaataaaaaaccctacaaaat 30737793  T
Q  879 ttgtaggtactactccttccaatatggaaactctggttacatttcgagcctgatcctctcttgttataataacctggataaaatgatctttgaaaatcca 978  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30737794 ttgtaggtactactccttccaatatggaaactctggttacatttcgagcctgatcctctcttgttataataacctggataaaatgatctttgaaaatcca 30737893  T
Q  979 cttcttcaattaacttcaatcccaca 1004  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  30737894 cttcttcaattaacttcaatcccaca 30737919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 30 - 187
Target Start/End: Original strand, 30736901 - 30737065
Alignment:
Q  30 cgaattacttacaaagagaaacccaaaatctcaggttagctagccctcatagtgaacatgtaattttcttaacaaattgcttgactcagtaacagtagaa 129  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30736901 cgaattacttacaaagagaaacccaaaatctcaggttagctagctctcttagtgaacatgtaattttcttaacaaattgcttgactcagtaacagtagaa 30737000  T
Q  130 aatcataaacatgtaagaaccaaatagtttct-------attcttttacattgatgttttgatca 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||       ||||| ||||||||||||||||||||    
T  30737001 aatcataaacatgtaagaaccaaatagttcctatggacaattctcttacattgatgttttgatca 30737065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University