View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5794_2D_low_19 (Length: 299)

Name: NF5794_2D_low_19
Description: NF5794_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5794_2D_low_19
NF5794_2D_low_19
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (1-281)||(30417667-30417947)
chr5 (1-274)||(15802758-15803031)
chr5 (25-274)||(20838503-20838752)
chr5 (25-274)||(20812148-20812397)
chr5 (8-209)||(12599198-12599399)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (1-281)||(6905880-6906160)
chr3 (1-161)||(32411274-32411434)
[»] scaffold0468 (1 HSPs)
scaffold0468 (1-281)||(6220-6500)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (1-263)||(3407415-3407677)
chr8 (1-274)||(3391617-3391890)
chr8 (1-274)||(31175694-31175967)
chr8 (1-274)||(3314705-3314978)
chr8 (1-274)||(3364016-3364289)
chr8 (1-274)||(3398601-3398874)
chr8 (1-209)||(3286661-3286869)
chr8 (1-209)||(7164798-7165007)
chr8 (1-161)||(3267392-3267552)
chr8 (1-98)||(13787293-13787390)
chr8 (1-209)||(3262772-3262980)
chr8 (1-209)||(3374925-3375133)
chr8 (1-124)||(3325231-3325354)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-207)||(14767095-14767301)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-143)||(8371871-8372013)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 1 - 281
Target Start/End: Original strand, 30417667 - 30417947
Alignment:
Q  1 atgaaggattgtccaagtttgtccgaggtacacccgtccattggagatctcaataatcttcttctgataaattttaaggattgtacaagtcttggcaatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30417667 atgaaggattgtccaagtttgtccgaggtacacccgtccattggagatctcaataatcttcttctgataaattttaaggattgtacaagtcttggcaatc 30417766  T
Q  101 taccaagagagatctctcaattgatgtctgtgacaactctcatacttgatggttgttcaaacattactgaattggaagaagatgcagtgcaaatgaaatc 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30417767 taccaagagagatatctcaattgatgtctgtgacaactctcatacttgatggttgttcaaacattactgaattggaagaagatgtagtgcaaatgaaatc 30417866  T
Q  201 cttgacaactctaagggcagcaagaactggtatcaaaaaagtgcctttttccatagttagatcgaaaagcattgtctatat 281  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  30417867 cttgaaaactctaatggcagcaagaactggtatagaaaaagcacctttttccatagttagttcgaaaagcattgtttatat 30417947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 274
Target Start/End: Original strand, 15802758 - 15803031
Alignment:
Q  1 atgaaggattgtccaagtttgtccgaggtacacccgtccattggagatctcaataatcttcttctgataaattttaaggattgtacaagtcttggcaatc 100  Q
    ||||||||||||| |||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| ||||||    
T  15802758 atgaaggattgtcaaagtctgttggaggtacacccgtccattggagatctcaacaatcttcttctgataaatttgaaggactgtacgagtcttagcaatc 15802857  T
Q  101 taccaagagagatctctcaattgatgtctgtgacaactctcatacttgatggttgttcaaacattactgaattggaagaagatgcagtgcaaatgaaatc 200  Q
    | ||||||||||||| ||||||||   | |||| ||||||||| |||  |||||||||||| |||    |||| || ||||||  | |||||||| ||||    
T  15802858 tcccaagagagatctatcaattgagaacagtgaaaactctcatcctttctggttgttcaaagattgacaaattagacgaagatatattgcaaatggaatc 15802957  T
Q  201 cttgacaactctaagggcagcaagaactggtatcaaaaaagtgcctttttccatagttagatcgaaaagcattg 274  Q
    ||||| |||||||| ||||||||  ||| |  ||||| ||||||||||||| || || ||||| ||||||||||    
T  15802958 cttgaaaactctaatggcagcaaatactagagtcaaacaagtgcctttttcgatcgtcagatcaaaaagcattg 15803031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 25 - 274
Target Start/End: Original strand, 20838503 - 20838752
Alignment:
Q  25 gaggtacacccgtccattggagatctcaataatcttcttctgataaattttaaggattgtacaagtcttggcaatctaccaagagagatctctcaattga 124  Q
    |||||||||| ||||||||| || ||||| ||| |  ||||||||||||| | ||| |||| |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  20838503 gaggtacaccagtccattggggacctcaagaatatcgttctgataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaagagagatctatcaattga 20838602  T
Q  125 tgtctgtgacaactctcatacttgatggttgttcaaacattactgaattggaagaagatgcagtgcaaatgaaatccttgacaactctaagggcagcaag 224  Q
    | || |||| |||||| || |||  |||||||||||| |||    ||||||||||||||  | |||||||| ||||||||||| ||||||  |||||||     
T  20838603 tatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagattgagaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaa 20838702  T
Q  225 aactggtatcaaaaaagtgcctttttccatagttagatcgaaaagcattg 274  Q
     |||||||||||| ||||||| | ||| ||||  ||||| ||||||||||    
T  20838703 tactggtatcaaacaagtgccctattcaatagcaagatcaaaaagcattg 20838752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 25 - 274
Target Start/End: Original strand, 20812148 - 20812397
Alignment:
Q  25 gaggtacacccgtccattggagatctcaataatcttcttctgataaattttaaggattgtacaagtcttggcaatctaccaagagagatctctcaattga 124  Q
    |||||||||| ||||||||| || ||||| ||| |  ||||||||||||| | ||| |||| |||||||| |||||| ||||||||||||| | ||||||    
T  20812148 gaggtacaccagtccattggggacctcaagaatatcgttctgataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaagagagatctataaattga 20812247  T
Q  125 tgtctgtgacaactctcatacttgatggttgttcaaacattactgaattggaagaagatgcagtgcaaatgaaatccttgacaactctaagggcagcaag 224  Q
    | || |||| |||||| || |||  |||||||||||| |||    | ||||||||||||  | |||||||| ||||||||||| ||||||  |||||||     
T  20812248 tatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagattgagaagttggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaa 20812347  T
Q  225 aactggtatcaaaaaagtgcctttttccatagttagatcgaaaagcattg 274  Q
     |||||||||||| ||||||| | ||| ||||  ||||| ||||||||||    
T  20812348 tactggtatcaaacaagtgccctattcaatagcaagatcaaaaagcattg 20812397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 8 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 12599399 - 12599198
Alignment:
Q  8 attgtccaagtttgtccgaggtacacccgtccattggagatctcaataatcttcttctgataaattttaaggattgtacaagtcttggcaatctaccaag 107  Q
    |||||||| ||||||  |||||| ||| ||||||||||||||| |  ||||| |||||| | ||||| ||||| ||||||||||||  |||||| ||| |    
T  12599399 attgtccatgtttgtatgaggtataccagtccattggagatcttaggaatctacttctgttgaatttcaaggactgtacaagtcttaccaatctcccacg 12599300  T
Q  108 agagatctctcaattgatgtctgtgacaactctcatacttgatggttgttcaaacattactgaattggaagaagatgcagtgcaaatgaaatccttgaca 207  Q
     ||||||| ||||||||   || ||| |||||| ||||||  |||||||||||| ||||   | |||||||||||   ||| || ||| |||||||||||    
T  12599299 ggagatctatcaattgaaaactttgaaaactcttatactttctggttgttcaaagattagcaagttggaagaagacatagtacagatggaatccttgaca 12599200  T
Q  208 ac 209  Q
    ||    
T  12599199 ac 12599198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 133; Significance: 4e-69; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 6906160 - 6905880
Alignment:
Q  1 atgaaggattgtccaagtttgtccgaggtacacccgtccattggagatctcaataatcttcttctgataaattttaaggattgtacaagtcttggcaatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  6906160 atgaaggattgtccaagtttgtccgagatacacccgtccattggagttctcaagaagcttcttctgataaatttgaaggactgtacaagtcttggcaatc 6906061  T
Q  101 taccaagagagatctctcaattgatgtctgtgacaactctcatacttgatggttgttcaaacattactgaattggaagaagatgcagtgcaaatgaaatc 200  Q
    ||||||| ||||||| |||  |||| ||||||| ||||||||| |||  |||||||||||| |||    ||||||| ||||||  |||||||||||||||    
T  6906060 taccaagggagatctatcagctgatatctgtgaaaactctcattctttttggttgttcaaagattgacaaattggaggaagatatagtgcaaatgaaatc 6905961  T
Q  201 cttgacaactctaagggcagcaagaactggtatcaaaaaagtgcctttttccatagttagatcgaaaagcattgtctatat 281  Q
    |||||||||||||   |||||||  |||||  ||||| |||  || |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||    
T  6905960 cttgacaactctagttgcagcaaatactggcgtcaaacaagcacccttttccattgttagatcaaaaagcattgtgtatat 6905880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 32411434 - 32411274
Alignment:
Q  1 atgaaggattgtccaagtttgtccgaggtacacccgtccattggagatctcaataatcttcttctgataaattttaaggattgtacaagtcttggcaatc 100  Q
    ||||||||||||||||  ||||| ||  |||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  || ||    
T  32411434 atgaaggattgtccaaacttgtctgatatacaccagtccattggaaatctcaatagtcttcttctgataaatttgaaggactgtacaagtcttaacagtc 32411335  T
Q  101 taccaagagagatctctcaattgatgtctgtgacaactctcatacttgatggttgttcaaa 161  Q
    | ||||   |||| | ||||||||  ||| ||| ||||||||| |||  ||||||||||||    
T  32411334 tcccaaagaagatatatcaattgaaatctttgaaaactctcatcctttctggttgttcaaa 32411274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0468 (Bit Score: 117; Significance: 1e-59; HSPs: 1)
Name: scaffold0468
Description:

Target: scaffold0468; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 6500 - 6220
Alignment:
Q  1 atgaaggattgtccaagtttgtccgaggtacacccgtccattggagatctcaataatcttcttctgataaattttaaggattgtacaagtcttggcaatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6500 atgaaggattgtccaagtttgtccgaggtacacccgtccataggagtgctcaagaatattcttctgattaatttgaaggattgtacaagtcttggcaatc 6401  T
Q  101 taccaagagagatctctcaattgatgtctgtgacaactctcatacttgatggttgttcaaacattactgaattggaagaagatgcagtgcaaatgaaatc 200  Q
    ||||||| ||||||| |||  |||| ||||||| |||||| || |||  |||||||||||| ||     ||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  6400 taccaagggagatctatcagctgatatctgtgaaaactcttatcctttttggttgttcaaagatcgacaaattggaagaagatatagtgcaaatgaaatc 6301  T
Q  201 cttgacaactctaagggcagcaagaactggtatcaaaaaagtgcctttttccatagttagatcgaaaagcattgtctatat 281  Q
     ||||| ||| ||   |||||||  ||||| |||||| |||  || ||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||    
T  6300 tttgacgactttagttgcagcaaatactggcatcaaacaagcacccttttccatatttagatcaaaaagcattgtgtatat 6220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 3407677 - 3407415
Alignment:
Q  1 atgaaggattgtccaagtttgtccgaggtacacccgtccattggagatctcaataatcttcttctgataaattttaaggattgtacaagtcttggcaatc 100  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||  ||||    
T  3407677 atgaaggattgtcaaagtttatccgacatacacccgtccattggagatctcaagaatcttcttctcataaatttgaaggattgtgcaagtcttgttaatc 3407578  T
Q  101 taccaagagagatctctcaattgatgtctgtgacaactctcatacttgatggttgttcaaacattactgaattggaagaagatgcagtgcaaatgaaatc 200  Q
    | ||||||||||||| || |||||  || |||| ||||||||| |||  |||||||||||| |||    ||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  3407577 tcccaagagagatctatcgattgagatcagtgaaaactctcatcctttctggttgttcaaagattgtcaaattggaagaagatatagtgcaaatgaaatc 3407478  T
Q  201 cttgacaactctaagggcagcaagaactggtatcaaaaaagtgcctttttccatagttagatc 263  Q
    ||||||||||||||  |||| ||   ||||| ||||| ||||||||||||| || ||||||||    
T  3407477 cttgacaactctaattgcagaaaatgctggtgtcaaacaagtgcctttttcgattgttagatc 3407415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 3391890 - 3391617
Alignment:
Q  1 atgaaggattgtccaagtttgtccgaggtacacccgtccattggagatctcaataatcttcttctgataaattttaaggattgtacaagtcttggcaatc 100  Q
    ||||||||||||| |||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||| ||||||    
T  3391890 atgaaggattgtcaaagtctgttggaggtacacccgtccattggagatctcaagaatcttcttctgttaaatttgaaggactgtacgagtcttagcaatc 3391791  T
Q  101 taccaagagagatctctcaattgatgtctgtgacaactctcatacttgatggttgttcaaacattactgaattggaagaagatgcagtgcaaatgaaatc 200  Q
    | ||||||||||||| ||||||||   | |||  ||||||||| |||  |||||||||||| |||    ||||||||||||||  |||||||||| ||||    
T  3391790 tcccaagagagatctatcaattgagaacagtggaaactctcatcctttctggttgttcaaagattgacaaattggaagaagatatagtgcaaatggaatc 3391691  T
Q  201 cttgacaactctaagggcagcaagaactggtatcaaaaaagtgcctttttccatagttagatcgaaaagcattg 274  Q
    |||||||||||||| ||||||||  |||||  ||||| ||   || ||||| ||||| ||||| ||||||||||    
T  3391690 cttgacaactctaatggcagcaaatactggagtcaaacaaccaccattttcgatagtgagatcaaaaagcattg 3391617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 274
Target Start/End: Original strand, 31175694 - 31175967
Alignment:
Q  1 atgaaggattgtccaagtttgtccgaggtacacccgtccattggagatctcaataatcttcttctgataaattttaaggattgtacaagtcttggcaatc 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  31175694 atgaaggattgtcaaagtttgtccgaggtgcacacgtccattggagatctcaagaatcttcttttgataaattttaaggactgtacaagtcttggcaatc 31175793  T
Q  101 taccaagagagatctctcaattgatgtctgtgacaactctcatacttgatggttgttcaaacattactgaattggaagaagatgcagtgcaaatgaaatc 200  Q
    | |||| |||| ||| | || |||  || |||| || |||||| |||  |||||||||||  |||    ||||||||||||||  | |||||||| ||||    
T  31175794 tcccaaaagaggtctataaagtgagatcagtgaaaagtctcattctttctggttgttcaatgattgacaaattggaagaagatatattgcaaatggaatc 31175893  T
Q  201 cttgacaactctaagggcagcaagaactggtatcaaaaaagtgcctttttccatagttagatcgaaaagcattg 274  Q
    |||||||||| |||  |||||||  |||||||||||| ||||||| | ||| ||||  ||||| ||||||||||    
T  31175894 cttgacaactttaattgcagcaaatactggtatcaaacaagtgccctattcaatagcaagatcaaaaagcattg 31175967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 274
Target Start/End: Original strand, 3314705 - 3314978
Alignment:
Q  1 atgaaggattgtccaagtttgtccgaggtacacccgtccattggagatctcaataatcttcttctgataaattttaaggattgtacaagtcttggcaatc 100  Q
    ||||| ||||||| ||||||||  || |||||| ||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||| | ||||    
T  3314705 atgaaagattgtcaaagtttgtttgaagtacactcgtccattggagatctcaagaagcttctcctgataaatttcaaggactgtacaagtcttagaaatc 3314804  T
Q  101 taccaagagagatctctcaattgatgtctgtgacaactctcatacttgatggttgttcaaacattactgaattggaagaagatgcagtgcaaatgaaatc 200  Q
    | ||||||||||||| ||||||||  || |||| |||| |||| |||  |||||||||||| |||    ||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  3314805 tcccaagagagatctatcaattgacatcggtgaaaactttcattctttctggttgttcaaagattgaaaaattggaagaagatatagtgcaaatgaaatc 3314904  T
Q  201 cttgacaactctaagggcagcaagaactggtatcaaaaaagtgcctttttccatagttagatcgaaaagcattg 274  Q
     |||||||| ||||  ||||||| ||||||| ||||| |||| |||||||| || |||| ||| |||| |||||    
T  3314905 attgacaaccctaattgcagcaaaaactggtgtcaaacaagttcctttttcgattgttaaatcaaaaaacattg 3314978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 274
Target Start/End: Original strand, 3364016 - 3364289
Alignment:
Q  1 atgaaggattgtccaagtttgtccgaggtacacccgtccattggagatctcaataatcttcttctgataaattttaaggattgtacaagtcttggcaatc 100  Q
    ||||||||||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||    
T  3364016 atgaaggattgtcaaagtttgctggaggtacacccgtccattggagatctcaagaatcttcttatgttaaatttgaaggactgtacgagtcttggcaatc 3364115  T
Q  101 taccaagagagatctctcaattgatgtctgtgacaactctcatacttgatggttgttcaaacattactgaattggaagaagatgcagtgcaaatgaaatc 200  Q
    | ||||||||||||| ||||||||     |||  ||||||||| |||  |||||||||||| |||    ||||||||||||||  |||||||||| ||||    
T  3364116 tcccaagagagatctatcaattgagaagagtggaaactctcatcctttctggttgttcaaagattgacaaattggaagaagatatagtgcaaatggaatc 3364215  T
Q  201 cttgacaactctaagggcagcaagaactggtatcaaaaaagtgcctttttccatagttagatcgaaaagcattg 274  Q
    |||||||||||||| ||||||||  |||||  ||||| ||   || ||||| ||||| ||||| ||||||||||    
T  3364216 cttgacaactctaatggcagcaaatactggagtcaaacaaccaccattttcgatagtgagatcaaaaagcattg 3364289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 3398874 - 3398601
Alignment:
Q  1 atgaaggattgtccaagtttgtccgaggtacacccgtccattggagatctcaataatcttcttctgataaattttaaggattgtacaagtcttggcaatc 100  Q
    |||||||| ||||| || ||||| |||||||||| ||||||||| || ||||| | |||  ||||||||||||| | ||| ||||||||||||| |||||    
T  3398874 atgaaggactgtccgagcttgtctgaggtacaccagtccattggggacctcaagagtctcgttctgataaatttgagggactgtacaagtcttgccaatc 3398775  T
Q  101 taccaagagagatctctcaattgatgtctgtgacaactctcatacttgatggttgttcaaacattactgaattggaagaagatgcagtgcaaatgaaatc 200  Q
    | ||||||||||||| ||||||||  || |||| |||||||||  ||  |||||||||||| |||    ||||||||||||||  | |||||||| ||||    
T  3398774 tcccaagagagatctatcaattgaaatcagtgaaaactctcattatttctggttgttcaaagattgacaaattggaagaagatatattgcaaatggaatc 3398675  T
Q  201 cttgacaactctaagggcagcaagaactggtatcaaaaaagtgcctttttccatagttagatcgaaaagcattg 274  Q
    ||||||||||||||  |||||||  |||||| ||||| |||| |||||||| || |||||||| ||||||||||    
T  3398674 cttgacaactctaattgcagcaaatactggtgtcaaacaagttcctttttcgattgttagatcaaaaagcattg 3398601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 3286869 - 3286661
Alignment:
Q  1 atgaaggattgtccaagtttgtccgaggtacacccgtccattggagatctcaataatcttcttctgataaattttaaggattgtacaagtcttggcaatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| || ||||||| ||||| |||| | ||||| ||||||    
T  3286869 atgaaggattgtccaagtttgtctgaggtacacccatccattggagatctcaataaacttcttatgttaaatttgaaggactgtataggtcttagcaatc 3286770  T
Q  101 taccaagagag-atctctcaattgatgtctgtgacaactctcatacttgatggttgttcaaacattactgaattggaagaagatgcagtgcaaatgaaat 199  Q
    | |||| |||| |||| |||| |||  ||| |||  |||||||| |||  |||||||||||| |||    | |||||||||||   |||||| ||| |||    
T  3286769 tcccaa-agagtatctatcaactgaaatctttgaacactctcatcctttctggttgttcaaagattgacaagttggaagaagacatagtgcagatggaat 3286671  T
Q  200 ccttgacaac 209  Q
    ||||||||||    
T  3286670 ccttgacaac 3286661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 7165007 - 7164798
Alignment:
Q  1 atgaaggattgtccaagtttgtccgaggtacacccgtccattggagatctcaataatcttcttctgataaattttaaggattgtacaagtcttggcaatc 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||| ||| |||| || |||||||| ||||| |||||||||||| ||||||    
T  7165007 atgaaagattgtccaagtttgtccgaggtgcatcagtccattggagatctcaagaatgttctactaataaatttgaaggactgtacaagtcttagcaatc 7164908  T
Q  101 taccaagagagatctctcaa-ttgatgtctgtgacaactctcatacttgatggttgttcaaacattactgaattggaagaagatgcagtgcaaatgaaat 199  Q
    | |||||  | |||| |||| ||||  ||  ||| ||||||||| |||  |||||||||||| ||| |  | |||||||||||   | |||| |||||||    
T  7164907 tcccaaggaatatctatcaagttgaaatcattgaaaactctcatcctttctggttgttcaaagattgcctagttggaagaagacataatgcagatgaaat 7164808  T
Q  200 ccttgacaac 209  Q
    ||||||||||    
T  7164807 ccttgacaac 7164798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 3267552 - 3267392
Alignment:
Q  1 atgaaggattgtccaagtttgtccgaggtacacccgtccattggagatctcaataatcttcttctgataaattttaaggattgtacaagtcttggcaatc 100  Q
    |||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||| | ||| |  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||    
T  3267552 atgaaggactgtccaagcttgtctgaggtacaccagtcaattgggggtctgaggaatcttcttctgataaatttgaaagattgtacaagtcttagcaatc 3267453  T
Q  101 taccaagagagatctctcaattgatgtctgtgacaactctcatacttgatggttgttcaaa 161  Q
    | ||||   ||||   |||||||| |||| |||||||||||||  ||  ||||||||||||    
T  3267452 tcccaaagaagataaatcaattgaagtctttgacaactctcatcatttctggttgttcaaa 3267392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 98
Target Start/End: Original strand, 13787293 - 13787390
Alignment:
Q  1 atgaaggattgtccaagtttgtccgaggtacacccgtccattggagatctcaataatcttcttctgataaattttaaggattgtacaagtcttggcaa 98  Q
    ||||| ||||||||| ||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||| | |||| ||||||| ||||    
T  13787293 atgaacgattgtccatgtttgtctgagatacacccttccattggagatctcaataatattcatctgataaatttgaagaactgtataagtcttagcaa 13787390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 3262980 - 3262772
Alignment:
Q  1 atgaaggattgtccaagtttgtccgaggtacacccgtccattggagatctcaataatcttcttctgataaattttaaggattgtacaagtcttggcaatc 100  Q
    |||||| |||||||| | |||||  ||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| | |||||||||| ||||| |||| |||||||   ||||    
T  3262980 atgaagaattgtccatgcttgtctaaggtacaccagtccattggagatctcaatcgtcttcatatgataaatttgaaggactgtagaagtcttcaaaatc 3262881  T
Q  101 taccaagagagatctctcaattgatgtctgtgacaactctcatacttgatggttgttcaaacattactgaattggaagaagatgcagtgcaaatgaaatc 200  Q
    | ||||   | || |  |||||||  ||| ||| |||||||||||||  |||||| ||||| |||    |||||||||||||   |||||| ||| ||||    
T  3262880 tcccaaagaatatataccaattgaaatctttgaaaactctcatactttctggttgctcaaagattgacaaattggaagaagacatagtgcagatggaatc 3262781  T
Q  201 cttgacaac 209  Q
    |||||||||    
T  3262780 cttgacaac 3262772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 1 - 209
Target Start/End: Original strand, 3374925 - 3375133
Alignment:
Q  1 atgaaggattgtccaagtttgtccgaggtacacccgtccattggagatctcaataatcttcttctgataaattttaaggattgtacaagtcttggcaatc 100  Q
    |||||| ||| |||| ||||||  |||||||||| |||||||||||| || |  ||||| |||||| | ||||| || || ||||||||||||  |||||    
T  3374925 atgaagaattatccatgtttgtatgaggtacaccagtccattggagaccttaggaatctacttctgttgaatttcaaagactgtacaagtcttaccaatc 3375024  T
Q  101 taccaagagagatctctcaattgatgtctgtgacaactctcatacttgatggttgttcaaacattactgaattggaagaagatgcagtgcaaatgaaatc 200  Q
    | ||||| | ||||| ||| ||||    | ||| |||||| ||||||  |||||||||||| ||||   | |||||||||||   | |||| ||| ||||    
T  3375025 tcccaagggtgatctatcatttgaaacttttgaaaactcttatactttctggttgttcaaagattaacaagttggaagaagacataatgcagatggaatc 3375124  T
Q  201 cttgacaac 209  Q
    |||||||||    
T  3375125 cttgacaac 3375133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 3325354 - 3325231
Alignment:
Q  1 atgaaggattgtccaagtttgtccgaggtacacccgtccattggagatctcaataatcttcttctgataaattttaaggattgtacaagtcttggcaatc 100  Q
    |||||| ||||| | | ||||| ||||||  ||| |||||||||||||||||| || |||||| || | ||||| ||||| ||| |||||||| | ||||    
T  3325354 atgaagaattgttccaatttgttcgaggtggaccagtccattggagatctcaagaaccttcttttgttgaatttgaaggactgtgcaagtcttagaaatc 3325255  T
Q  101 taccaagagagatctctcaattga 124  Q
    | ||| | ||||||| ||||||||    
T  3325254 tcccaggggagatctatcaattga 3325231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 75; Significance: 1e-34; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 14767301 - 14767095
Alignment:
Q  1 atgaaggattgtccaagtttgtccgaggtacacccgtccattggagatctcaataatcttcttctgataaattttaaggattgtacaagtcttggcaatc 100  Q
    ||||||||||||| |||||| ||| | ||||| | |||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||  ||||    
T  14767301 atgaaggattgtcaaagtttatccaacgtacatcagtccattggagatctcaagaatgttcttctcataaatttgaaggactgtacaagtcttgaaaatc 14767202  T
Q  101 taccaagagagatctctcaattgatgtctgtgacaactctcatacttgatggttgttcaaacattactgaattggaagaagatgcagtgcaaatgaaatc 200  Q
    | ||||||||||||| ||||||||  ||| ||| ||||||||| |||   || |||||||| |||    ||||||||||||||   ||||||||| ||||    
T  14767201 tcccaagagagatctatcaattgaaatctttgaaaactctcatcctttccggctgttcaaagattgacaaattggaagaagatattgtgcaaatggaatc 14767102  T
Q  201 cttgaca 207  Q
    |||||||    
T  14767101 cttgaca 14767095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 71; Significance: 4e-32; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 8372013 - 8371871
Alignment:
Q  1 atgaaggattgtccaagtttgtccgaggtacacccgtccattggagatctcaataatcttcttctgataaattttaaggattgtacaagtcttggcaatc 100  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||| || |||||  ||||    
T  8372013 atgaaggattgtcaaagtctgtccaacgtacacccgtccattggagatctcaagaatcttcttctcataaatttaaaggactgtataattcttgaaaatc 8371914  T
Q  101 taccaagagagatctctcaattgatgtctgtgacaactctcat 143  Q
    | ||||||||||||| ||||||||  || |||| |||||||||    
T  8371913 tcccaagagagatctatcaattgaaatcggtgaaaactctcat 8371871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University