View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5795-Insertion-4 (Length: 849)

Name: NF5795-Insertion-4
Description: NF5795
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5795-Insertion-4
NF5795-Insertion-4
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (11-848)||(33520251-33521088)
chr1 (504-577)||(15637786-15637859)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 738; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 738; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 848
Target Start/End: Complemental strand, 33521088 - 33520251
Alignment:
Q  11 aggtatcaatcccatgataactattcagtctattgcatattgtgttgccaagagaattgcactgattctgagaatgaaatagagtttgttgtttctttgt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33521088 aggtatcaatcccatgataactattcagtctattgcatattgtgttgccaagagaattgcactgattctgagaatgaaatagagtttattgtttctttgt 33520989  T
Q  111 tctctctttcaaacaattatatcttctggtgtagttgattggtgctaaaagcgtcccttaatttaatagttgtttgtaactttgaattgtaaagcagtaa 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  33520988 tctctctttcaaacaattatatcttctggggtagttgattggtgctaaaagcatcctttaatttaatagttgtttgtaactttgaattgtaaagcagtga 33520889  T
Q  211 ataagtgatgattatcatgatggtggttttcccttttttgagttaacattcttgattttccattatgttagtcatttacaccagaaacatattaggnnnn 310  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  33520888 ataagtgatgattatcattatggtggttttcccttttttgagttaacattcttgattttccattatgttagtcatttacaccagaaacatattaggaaaa 33520789  T
Q  311 nnntgtggtttattctatgatttgttctcattcaactagttcaattgacacttatttctttccttgttgtttacattttacaatagatcaaatagaatca 410  Q
       |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33520788 aaatgtggtatattctctgatttgttctcattcaactagttcaattgacacttatttctttccttgttgattacattttacaatagatcaaatagaatca 33520689  T
Q  411 agcctgtaatagctgaaactagtttaacataacagaaatagatgataacacatgttataggaatggaactcttaatagtcagaatctgtctctcgaaatg 510  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33520688 agcctgtaatagctgaaactagtttaacataacagaaatagatgataacacatgttataggaatggaattcttaatagtcagaatctgtctctcgaaatg 33520589  T
Q  511 gtaacggaactgtcttcactgctcggtaatggccgacattatttagatgctcattttccaacctgttgagaaaataacaaagttcttgagtcattctgtg 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  33520588 gtaacggaactgtcttcactgctcggtaatggccgacattattcagatgctcattttccaacctgatgagaaaataacaaatttcttgagtcattctgtg 33520489  T
Q  611 attttgttcgctatttagcaaattttaaggaccaatctctaagaatctaaaaggttttaatatgataat-aaatgcacctgtagaaattccagtgccctc 709  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33520488 attttgttcactatttaacaaattttaaggaccaatctctaagaatctaaaaggttttaagatgataataaaatgcacctgtagaaattccagtgccctc 33520389  T
Q  710 ttcgaataacttcaagtgcagccaacaaaaattctagtagtcgcgattgaacatgtccgactttgaaatgcatgatagtctcaacccatgtcaccctcaa 809  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33520388 ttcgaataacttcaagtgcagccaacaaaaattctagtagtcgcgattgaacatgtccgactttgaaatgcatgatagtctcaacccatgtcaccctcaa 33520289  T
Q  810 aacaatgtttaaggcctgcaatcccaacatcactctctg 848  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  33520288 aacaatgtttaaggcctgcaat-ccaacatcactctctg 33520251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 504 - 577
Target Start/End: Original strand, 15637786 - 15637859
Alignment:
Q  504 cgaaatggtaacggaactgtcttcactgctcggtaatggccgacattatttagatgctcattttccaacctgtt 577  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  15637786 cgaaagggtaatggaactgtcttcactgctctgtaatgaccaacattgtttagatgctcattctccaacctgtt 15637859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University