View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5797-Insertion-11 (Length: 456)

Name: NF5797-Insertion-11
Description: NF5797
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5797-Insertion-11
NF5797-Insertion-11
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (42-456)||(26250837-26251251)
chr7 (44-456)||(26242389-26242801)
chr7 (43-452)||(26297441-26297850)
chr7 (65-456)||(26191257-26191648)
chr7 (277-455)||(26223525-26223703)
chr7 (277-455)||(26203887-26204065)
chr7 (43-340)||(26179191-26179488)
chr7 (49-456)||(19103295-19103702)
chr7 (43-453)||(26128562-26128972)
chr7 (65-353)||(26155298-26155586)
chr7 (43-453)||(26087776-26088187)
chr7 (43-453)||(26111564-26111975)
chr7 (381-456)||(26301803-26301878)
chr7 (67-217)||(26204125-26204275)
chr7 (67-217)||(26223763-26223913)
chr7 (42-119)||(26186571-26186648)
chr7 (45-180)||(26302070-26302205)
chr7 (278-340)||(26301904-26301966)
chr7 (382-455)||(26207428-26207501)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (45-453)||(44903245-44903653)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 387; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 42 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 26251251 - 26250837
Alignment:
Q  42 catgtgtcccctattcgcctttctttcatcatccttgttagcccaggctgaaactggtccgacactccatgatttgattccaattgtacttttacaaagc 141  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26251251 catgtgtcccctattcgcctttctttcatcatccttgttagcccaggcagaaactggtccgacactccatgatttgattccaattgtacttttacaaagc 26251152  T
Q  142 ttctcgtaatcattttcaatttcatgaaaactgttgtatggtgacccatagcttctttccgctgattcatacattggttcaaaaatggccttcatagcat 241  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26251151 ttctcgtaatcattttcaagttcatgaaaactgttgtatagtgacccatagcttctttctgctgattcatacattggttcaaaaatggccttcatagcat 26251052  T
Q  242 tgttttccaattcccaatcacaaagttgcagatgggtcatctcaattgtatgaggtaaacaaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattata 341  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26251051 tgttttccaattcccaatcacaaagttgctgacgggtcatctcaattgtatgaggtaaacaaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattata 26250952  T
Q  342 atggggtttatattttctaacaaaataaattccacattcggagaagtagcttgagctgcaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattct 441  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26250951 atggggtttatattttctaacaaaataaattgcacattcggagaagtagcttgagctgcaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattct 26250852  T
Q  442 acagtccaaggatac 456  Q
    |||||||||||||||    
T  26250851 acagtccaaggatac 26250837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 44 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 26242801 - 26242389
Alignment:
Q  44 tgtgtcccctattcgcctttctttcatcatccttgttagcccaggctgaaactggtccgacactccatgatttgattccaattgtacttttacaaagctt 143  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| ||    
T  26242801 tgtgtcccctattcgcctttcttttatcatccttgttagcccaggctgaaactggtccgacactccatgatttgattccgattgtagttttactaagatt 26242702  T
Q  144 ctcgtaatcattttcaatttcatgaaaactgttgtatggtgacccatagcttctttccgctgattcatacattggttcaaaaatggccttcatagcattg 243  Q
    ||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  26242701 ctcataatcactttcaagttcatgaaaactgttgtatagtgacccatagcttctttccgctgatacataatttggttcaaaaatggccgtcataacattg 26242602  T
Q  244 ttttccaattcccaatcacaaagttgcagatgggtcatctcaattgtatgaggtaaacaaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattataat 343  Q
     |||||  |||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26242601 gtttccctttcccagtcacaaagttgaagacgggtcatctcaactgtatgaggtaaacaaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattataat 26242502  T
Q  344 ggggtttatattttctaacaaaataaattccacattcggagaagtagcttgagctgcaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattctac 443  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  26242501 ggggtttatattttctaacaaaataaattccacagtcggagaagtagcttgagctgcaaaagtgaatccttggaatatttagttttgcagctgattccac 26242402  T
Q  444 agtccaaggatac 456  Q
    |||||||||||||    
T  26242401 agtccaaggatac 26242389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 43 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 26297850 - 26297441
Alignment:
Q  43 atgtgtcccctattcgcctttctttcatcatccttgttagcccaggctgaaactggtccgacactccatgatttgattccaattgtacttttacaaagct 142  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||| |||| |    
T  26297850 atgtgtcccctattagcctttctttcatcatccttgttagcccaggctgaaactggtccgacactccatgacttgattccgattgtagttttaaaaagtt 26297751  T
Q  143 tctcgtaatcattttcaatttcatgaaaactgttgtatggtgacccatagcttctttccgctgattcatacattggttcaaaaatggccttcatagcatt 242  Q
    |||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  26297750 tctcataatcactttcaagttcatgaaaactgttgtatagtgacccatagcttctttccgctgattcatacattggttcaaaaatggccgtcatagcgtt 26297651  T
Q  243 gttttccaattcccaatcacaaagttgcagatgggtcatctcaattgtatgaggtaaacaaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattataa 342  Q
    |||||||  |||||||| |  ||| |||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26297650 gttttccctttcccaattatgaagctgcagacgtgtcatctcaatggtatgaggtaaacaaggaattgtaaatttctgtgtttcagaaactaaattataa 26297551  T
Q  343 tggggtttatattttctaacaaaataaattccacattcggagaagtagcttgagctgcaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattcta 442  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26297550 tggggtttatattttctaacaaaataaattgcacaataggagaagtagcttgagctgtaaaagtcaatccttggaatgtttagttttgcagctgattcca 26297451  T
Q  443 cagtccaagg 452  Q
    ||||||||||    
T  26297450 cagtccaagg 26297441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 65 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 26191648 - 26191257
Alignment:
Q  65 tttcatcatccttgttagcccaggctgaaactggtccgacactccatgatttgattccaattgtacttttacaaagcttctcgtaatcattttcaatttc 164  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||  ||||| | |||||||| ||||| || ||| |||| | |||    
T  26191648 tttcatcatcctttttagcccaagctgaaactggtcctacactccaagatttgatcccccttgtagtattacaaagtttctcatattcactttctagttc 26191549  T
Q  165 atgaaaactgttgtatggtgacccatagcttctttccgctgattcatacattggttcaaaaatggccttcatagcattgttttccaattcccaatcacaa 264  Q
    ||||||||| |||||| |||  ||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||  |||  |   || ||| ||||||  |  |||||||  |    
T  26191548 atgaaaactattgtatagtgtgccatagcttttttcctctgattcataaattggttcaaaataggctgtggcaggattcttttcccttaaccaatcagga 26191449  T
Q  265 agttgcagatgggtcatctcaattgtatgaggtaaacaaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattataatggggtttatattttctaacaa 364  Q
    |  |||||| ||||||||||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||  | | ||    
T  26191448 atctgcagaggggtcatctcaatggtatgaggaaaactaggaatagtaaatttctgtgtatcagaaactaaattatcatgaggcctatatttcatgataa 26191349  T
Q  365 aataaattccacattcggagaagtagcttgagctgcaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattctacagtccaaggatac 456  Q
    ||| ||   ||||   ||||||||| ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||    
T  26191348 aatgaaaggcacagctggagaagtaacttgagctataaaagtgaatccttggaatgtttagttttgcagctgcttccactgtccaaggatac 26191257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 277 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 26223703 - 26223525
Alignment:
Q  277 gtcatctcaattgtatgaggtaaacaaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattataatggggtttatattttctaacaaaataaattccac 376  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||  || |||    
T  26223703 gtcatctcaattgtatgaggcaaacaaggaacagtaaatttctgtgtatcagaaactaaattatcatgaggtctatactttctaacaaaatagcttgcac 26223604  T
Q  377 attcggagaagtagcttgagctgcaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattctacagtccaaggata 455  Q
    | | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  26223603 aattggagaagtagcttgagctgtaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattcaactgtccaaggata 26223525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 277 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 26204065 - 26203887
Alignment:
Q  277 gtcatctcaattgtatgaggtaaacaaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattataatggggtttatattttctaacaaaataaattccac 376  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||  |  |||    
T  26204065 gtcatctcaattgtatgaggcaaacaaggaacggtaaatttctgtgtatcagaaactaaattatcatgaggtctatactttctaacaaaatagctcgcac 26203966  T
Q  377 attcggagaagtagcttgagctgcaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattctacagtccaaggata 455  Q
    | | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  26203965 aattggagaagtagcttgagctgtaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattcaactgtccaaggata 26203887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 43 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 26179488 - 26179191
Alignment:
Q  43 atgtgtcccctattcgcctttctttcatcatccttgttagcccaggctgaaactggtccgacactccatgatttgattccaattgtacttttacaaagct 142  Q
    ||||||||||| || |||||| ||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||| | |||||| || |||||| | ||||  |  |    
T  26179488 atgtgtccccttttggcctttttttcaccatccttgttagtccaagctgaaactggtcctacactccaagttttgatccccattgtagtgttacttaatt 26179389  T
Q  143 tctcgtaatcattttcaatttcatgaaaactgttgtatggtgacccatagcttctttccgctgattcatacattggttcaaaaatggccttcatagcatt 242  Q
    | || |||||| |||||| |||||||||||| |||||| |||  ||||| ||||||| | |||||||| ||||||||||||||  |||      || |||    
T  26179388 tttcataatcactttcaagttcatgaaaactattgtatagtgttccataacttcttttctctgattcaaacattggttcaaaataggcagcggcaggatt 26179289  T
Q  243 gttttccaattcccaatcacaaagttgcagatgggtcatctcaattgtatgaggtaaacaaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattat 340  Q
     ||| |   |  |||||||  |||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26179288 ctttgcatgtaaccaatcaggaagttgcagaggagtcatctcaattgtatgaggaaaacaaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattat 26179191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 49 - 456
Target Start/End: Original strand, 19103295 - 19103702
Alignment:
Q  49 cccctattcgcctttctttcatcatccttgttagcccaggctgaaactggtccgacactccatgatttgattccaattgtacttttacaaagcttctcgt 148  Q
    |||||| | |||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||| ||| |||||||| || | |||| | |||| ||| ||  | |    
T  19103295 cccctactggcctttttttcatcatccttgttagccctagctgaaactggtcctacacaccaagatttgatccccaatgtagtcttaccaagttttacat 19103394  T
Q  149 aatcattttcaatttcatgaaaactgttgtatggtgacccatagcttctttccgctgattcatacattggttcaaaaatggccttcatagcattgttttc 248  Q
    ||||| |||| | |||||||||||| |||||| |||  ||||| ||||||| | |||||||| ||||||||||||||  |||  | | || ||| |||      
T  19103395 aatcactttccagttcatgaaaactattgtatagtgttccataacttcttttctctgattcaaacattggttcaaaataggcagtgacagaattctttgt 19103494  T
Q  249 caattcccaatcacaaagttgcagatgggtcatctcaattgtatgaggtaaacaaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattataatggggt 348  Q
       |  |||||||  ||| |||||| | ||||||||||| |||||||| |||| |||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||    
T  19103495 tcttaaccaatcaggaagctgcagaggagtcatctcaatggtatgaggcaaaccaggaaccgtaaatttctgcgtatcagaaactaaattattatgaggt 19103594  T
Q  349 ttatattttctaacaaaataaattccacattcggagaagtagcttgagctgcaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattctacagtcc 448  Q
     |||| ||  | | |||||  |   |||| | ||||||||||||||||||| || ||| ||| ||||||||   |||||||||||||| ||| || ||||    
T  19103595 ctatacttcatgataaaatggaaaacacagttggagaagtagcttgagctgtaatagtgaattcttggaatacctagttttgcagctgcttcgacggtcc 19103694  T
Q  449 aaggatac 456  Q
    ||| ||||    
T  19103695 aagcatac 19103702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 43 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 26128972 - 26128562
Alignment:
Q  43 atgtgtcccctattcgcctttctttcatcatccttgttagcccaggctgaaactggtccgacactccatgatttgattccaattgtacttttacaaagct 142  Q
    ||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| |||||||| || |  ||| | |||||||  |    
T  26128972 atgtgtcccctattccccttgttttcatcatccttgttagcccatgatgaaactggtcctacactccaagatttgatccccaaggtagtgttacaaatgt 26128873  T
Q  143 tctcgtaatcattttcaatttcatgaaaactgttgtatggtgacccatagcttctttccgctgattcatacattggttcaaaaatggccttcatagcatt 242  Q
    | || |||||| |||| | |||||||||||| ||| || |||  ||||| ||||||| |  ||||||||| |||| |||||||  |||  |   |  | |    
T  26128872 tttcataatcactttccagttcatgaaaactattgcatagtgttccataacttcttttctgtgattcataaattgcttcaaaataggcagtggcaaaact 26128773  T
Q  243 gttttccaattcccaatcacaaagttgcagatgggtcatctcaattgtatgaggtaaacaaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattataa 342  Q
     | |  |  |  ||||  |  ||| |||||| | |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26128772 ctgtgaccttatccaaaaaggaagctgcagaggagtcatctcaattgtatgaggcaaaccaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattatca 26128673  T
Q  343 tggggtttatattttctaacaaaataaattccacattcggagaagtagcttgagctgcaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattcta 442  Q
    |  ||| |||| ||  | | |||||    | |||| | |||||||||||||||||||  | | | ||| ||||||||   |||||||||||||| ||| |    
T  26128672 tttggtctatacttcatgataaaatgttctgcacagttggagaagtagcttgagctgttataatgaattcttggaatacctagttttgcagctgcttcga 26128573  T
Q  443 cagtccaagga 453  Q
    | |||||||||    
T  26128572 ccgtccaagga 26128562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 65 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 26155586 - 26155298
Alignment:
Q  65 tttcatcatccttgttagcccaggctgaaactggtccgacactccatgatttgattccaattgtacttttacaaagcttctcgtaatcattttcaatttc 164  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| | |||||| || || ||| | |||| ||| || || |||||| |||| | |||    
T  26155586 tttcatcatccttgttagcccatgatgaaactggtcctacactccaagttttgatccccatggtagtgttactaagtttttcataatcactttccagttc 26155487  T
Q  165 atgaaaactgttgtatggtgacccatagcttctttccgctgattcatacattggttcaaaaatggcctt--catagcattgttttccaattcccaatcac 262  Q
    ||||||||| |||||| |||  ||||| ||||||| |  ||||||||| |||| |||||||  |||  |  || | |  ||| | |  ||  ||||  |     
T  26155486 atgaaaactattgtatagtgttccataacttcttttctgtgattcataaattgcttcaaaataggcagtggcaaaactctgtgtccttat--ccaaaaag 26155389  T
Q  263 aaagttgcagatgggtcatctcaattgtatgaggtaaacaaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattataatggggtttata 353  Q
     ||| |||||| | ||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||    
T  26155388 gaagctgcagaggagtcatttcaattgtatgaggcaaaccaggaattgtaaatttgtgtgtatcagaaactaaattatcatgaggtctata 26155298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 43 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 26088187 - 26087776
Alignment:
Q  43 atgtgtcccctattcgcctttctttcatcatccttgttagcccaggctgaaactggtccgacactccatgatttgattccaattgtacttttacaaagct 142  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| | ||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| || |||||| |  | | ||| |    
T  26088187 atgtgtcccctattggcctttttttcatcattcttgttggtccaagctgaaactggccctacactccaagatttgatccccattgtagtgcttccaagtt 26088088  T
Q  143 tctcgtaatcattttcaatttcatgaaaactgttgtatggtgacccatagcttctttccgctgattcatacattggttcaaaaatggccttcatagcatt 242  Q
    | || |||||| |||| | |||||||||||| |||||| |||  ||||| ||  ||| | |||||||| | |||| |||||||  |||  |   ||  ||    
T  26088087 tttcataatcactttccagttcatgaaaactattgtatagtgttccataactaattttctctgattcaaaaattgtttcaaaataggcagtggcaggttt 26087988  T
Q  243 gttttccaattcccaatcacaaagttgca-gatgggtcatctcaattgtatgaggtaaacaaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattata 341  Q
     |||  |  |  ||||  |  ||| |||| || | ||||||||||||| |||||| || | |||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  26087987 ctttgtccttaaccaaaaaggaagctgcaggaggagtcatctcaattgaatgagggaatccaggaacagtaaatttctgtgtatcagaaaccaaattatc 26087888  T
Q  342 atggggtttatattttctaacaaaataaattccacattcggagaagtagcttgagctgcaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattct 441  Q
    ||| ||| |||| ||  | | |||||    | |||| | ||||||||||||||||||| || ||| ||| ||||||||   |||||||||||||| |||     
T  26087887 atgaggtctatacttcatgataaaatgttctgcacagttggagaagtagcttgagctgtaatagtgaattcttggaatacctagttttgcagctgcttcg 26087788  T
Q  442 acagtccaagga 453  Q
    || |||||||||    
T  26087787 accgtccaagga 26087776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 43 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 26111975 - 26111564
Alignment:
Q  43 atgtgtcccctattcgcctttctttcatcatccttgttagcccaggctgaaactggtccgacactccatgatttgattccaattgtacttttacaaagct 142  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| | ||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| || |||||| |  | | ||| |    
T  26111975 atgtgtcccctattggcctttttttcatcattcttgttggtccaagctgaaactggccctacactccaagatttgatccccattgtagtgcttccaagtt 26111876  T
Q  143 tctcgtaatcattttcaatttcatgaaaactgttgtatggtgacccatagcttctttccgctgattcatacattggttcaaaaatggccttcatagcatt 242  Q
    | || |||||| |||| | |||||||||||| |||||| |||  ||||| ||  ||| | |||||||| | |||| |||||||  |||  |   ||  ||    
T  26111875 tttcataatcactttccagttcatgaaaactattgtatagtgttccataactaattttctctgattcaaaaattgtttcaaaataggcagtggcaggttt 26111776  T
Q  243 gttttccaattcccaatcacaaagttgca-gatgggtcatctcaattgtatgaggtaaacaaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattata 341  Q
     |||  |  |  ||||  |  ||| |||| || | ||||||||||||| |||||| || | |||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  26111775 ctttgtccttaaccaaaaaggaagctgcaggaggagtcatctcaattgaatgagggaatccaggaacagtaaatttctgtgtatcagaaaccaaattatc 26111676  T
Q  342 atggggtttatattttctaacaaaataaattccacattcggagaagtagcttgagctgcaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattct 441  Q
    ||| ||| |||| ||  | | |||||    | |||| | ||||||||||||||||||| || ||| ||| ||||||||   |||||||||||||| |||     
T  26111675 atgaggtctatacttcatgataaaatgttctgcacagttggagaagtagcttgagctgtaatagtgaattcttggaatacctagttttgcagctgcttcg 26111576  T
Q  442 acagtccaagga 453  Q
    || |||||||||    
T  26111575 accgtccaagga 26111564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 381 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 26301878 - 26301803
Alignment:
Q  381 ggagaagtagcttgagctgcaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattctacagtccaaggatac 456  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||||    
T  26301878 ggagaagtagcttgagctgtaaaagtacatcctcggaatgttcagttttgaagctgattcaactgtccaaggatac 26301803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 67 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 26204275 - 26204125
Alignment:
Q  67 tcatcatccttgttagcccaggctgaaactggtccgacactccatgatttgattccaattgtacttttacaaagcttctcgtaatcattttcaatttcat 166  Q
    ||||| || ||||||  ||| |||||||| ||||| | |||||| |||||||| || |||||| |||||| ||| ||||| |||||| |||| | |||||    
T  26204275 tcatcgtctttgttaatccatgctgaaaccggtcctatactccaagatttgatccctattgtagttttaccaagtttctcataatcactttctagttcat 26204176  T
Q  167 gaaaactgttgtatggtgacccatagcttctttccgctgattcatacattg 217  Q
    ||||||| |||||| |||  ||| ||||||||| | |||||||| ||||||    
T  26204175 gaaaactattgtatagtgttccaaagcttcttttctctgattcaaacattg 26204125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 67 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 26223913 - 26223763
Alignment:
Q  67 tcatcatccttgttagcccaggctgaaactggtccgacactccatgatttgattccaattgtacttttacaaagcttctcgtaatcattttcaatttcat 166  Q
    ||||| || ||||||  ||| |||||||| ||||| | |||||| |||||||| || |||||| |||||| ||| ||||| |||||| |||| | |||||    
T  26223913 tcatcgtctttgttaatccatgctgaaaccggtcctatactccaagatttgatccctattgtagttttaccaagtttctcataatcactttctagttcat 26223814  T
Q  167 gaaaactgttgtatggtgacccatagcttctttccgctgattcatacattg 217  Q
    ||||||| |||||| |||  ||| ||||||||| | |||||||| ||||||    
T  26223813 gaaaactattgtatagtgttccaaagcttcttttctctgattcaaacattg 26223763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 42 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 26186648 - 26186571
Alignment:
Q  42 catgtgtcccctattcgcctttctttcatcatccttgttagcccaggctgaaactggtccgacactccatgatttgat 119  Q
    |||||||||||||||  ||||  |||||||||||||||||||| | | |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26186648 catgtgtcccctattacccttcttttcatcatccttgttagccaatgatgaaactggtcctacactccatgatttgat 26186571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 45 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 26302205 - 26302070
Alignment:
Q  45 gtgtcccctattcgcctttctttcatcatccttgttagcccaggctgaaactggtccgacactccatgatttgattccaattgtacttttacaaagcttc 144  Q
    |||||||||||  | ||| |||||||| | ||||||||||||  | ||||||||||| ||| |||| ||||||||||| |||||  ||| || ||| |||    
T  26302205 gtgtcccctatgagtcttgctttcatccttcttgttagcccaaacagaaactggtcctacattccaagatttgattcccattgttgtttgactaagtttc 26302106  T
Q  145 tcgtaatcattttcaatttcatgaaaactgttgtat 180  Q
     | |||||| |||||| |||||||||||| ||||||    
T  26302105 acataatcactttcaagttcatgaaaactattgtat 26302070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 278 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 26301966 - 26301904
Alignment:
Q  278 tcatctcaattgtatgaggtaaacaaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattat 340  Q
    ||||||||||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26301966 tcatctcaattgtatgaggcaaaccagcaatagtaaatttctgtgtatcagaaaccaaattat 26301904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 382 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 26207501 - 26207428
Alignment:
Q  382 gagaagtagcttgagctgcaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattctacagtccaaggata 455  Q
    |||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||   ||||||||||||||||| || ||||| |||||    
T  26207501 gagaagtagcttgagctgtaatagtaaagccttggaatgccgagttttgcagctgattccactgtccatggata 26207428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 118; Significance: 5e-60; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 45 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 44903653 - 44903245
Alignment:
Q  45 gtgtcccctattcgcctttctttcatcatccttgttagcccaggctgaaactggtccgacactccatgatttgattccaattgtacttttacaaagcttc 144  Q
    ||||||||||||  |||| | ||||||| ||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| || || || || |||||| |||||| ||  |||    
T  44903653 gtgtcccctattgcccttccgttcatcacccttgttagcccaagttgaaactggtcctacactccaagacttaatccccattgtagttttactaactttc 44903554  T
Q  145 tcgtaatcattttcaatttcatgaaaactgttgtatggtgacccatagcttctttccgctgattcatacattggttcaaaaatggccttcatagcatt-g 243  Q
    || |||||| |||||| |||||||||||| ||| ||  || |||||| |||||| || | |||||| | ||||||||||||  |||  |   |||||| |    
T  44903553 tcataatcactttcaagttcatgaaaactattgcatattgtcccataacttcttgcctccgattcaaaaattggttcaaaataggctgtggcagcatttg 44903454  T
Q  244 ttttccaattcccaatcacaaagttgcagatgggtcatctcaattgtatgaggtaaacaaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattataat 343  Q
    |  |||    ||||||| | ||| |||||| || |||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| || ||    
T  44903453 tagtcctca-cccaatcgcgaagctgcagacggctcatctcaatggtatgaggcaaacaaggaatagtaaacttctgtgtatcagaaactaaatgatcat 44903355  T
Q  344 ggggtttatattttctaacaaaataaattccacattcggagaagtagcttgagctgcaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattctac 443  Q
    | ||| |||| |||||||||||||||  | |||| | ||||||||||||||||||| || | |||| ||| |||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  44903354 gaggtctatactttctaacaaaataacatgcacaattggagaagtagcttgagctgtaataataaagcctaggaatgcttagttttgcagctgattccac 44903255  T
Q  444 agtccaagga 453  Q
    ||||||||||    
T  44903254 agtccaagga 44903245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University