View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5797-Insertion-6 (Length: 900)

Name: NF5797-Insertion-6
Description: NF5797
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5797-Insertion-6
NF5797-Insertion-6
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (8-794)||(38061995-38062793)
chr4 (8-577)||(38057890-38058459)
chr4 (8-580)||(38072215-38072787)
chr4 (8-603)||(38081277-38081872)
chr4 (10-577)||(38085719-38086295)
chr4 (790-900)||(38064194-38064306)
chr4 (8-262)||(37953867-37954121)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 680; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 680; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 794
Target Start/End: Original strand, 38061995 - 38062793
Alignment:
Q  8 agccaccaccactgaagtgtccaccaacacctacagtaggacaagcaccggcaggaaaaccaagatttcggctttttcggctaattgtgtagtaaagttc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38061995 agccaccaccactgaagtgtccaccaacacctacagtaggacaagcaccggcaggaaaaccaagatttcggctttttcggctaattgtgtagtaaagttc 38062094  T
Q  108 accaagtgttgcaccagattgaacccaagcagttcttttttctgcatctactgtaatttctctgaagtatgtgaaatcaatgatgacaaatgggacttca 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38062095 accaagtgttgcaccagattgaacccaagcagttcttttttctacatctattgtaatttctctgaagtatgtgaaatcaatgatgacaaatgggacttca 38062194  T
Q  208 gaaacataggaccgaccctcgaagtcgtggccgccgcttcggatgcaaatctgcaggccatggttttgggaacagattatggttgtttgaatttgggaaa 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38062195 gaaacataggaccgaccctcgaagtcgtggccgccgcttcggattcgaatctgcaggtcatgtctttgggaacagattatggttgtttgaatttgggaaa 38062294  T
Q  308 tatgtttaggtgtgataatgacaagaggtttcggtgttgttttggatgcaaatctgagattttgagcggtaaattggagtattgatgagtaagaggaatt 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38062295 tatgtttaggtgtgataatgacaagaggtttcggtgttgttttggatgcaaatctgagattttgagtggtaaattggagtattgatgagtaagaggaatt 38062394  T
Q  408 ggttttggtgtacacaagtttagacattgaagttgagttatgtgaataactatagagacattgtaggaaattttcttcatgtttagtagtatcaattgca 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38062395 ggttttggtgtacacaagtttagacattgaagttgagttatgtgaataactatagagacattgtaggaaattttcttcatgtttagtagtatcaattgca 38062494  T
Q  508 gaatatgtgaatgaaaataaaacagcaattagttcaataatcaaatatgatcttagaggaatcattttttgttggttatgttatgcatatgctgctagaa 607  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38062495 gaatatgtgaatgaaaagaaaacagcaattagtacaataatcaaatatgatcttagaggaatcattttttgttggttatgttatgcatatgctgctagaa 38062594  T
Q  608 aattaatttataaaagaatt----tctagtagtagtgtggataatagattaattaaattaaagcgtgctaattaaatc--------tagacaagtcgggc 695  Q
    ||||||||||||||| ||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||    
T  38062595 aattaatttataaaataatttctctctagtagtagtgtggataatagattaattaaattaaagcgtgctaattaaatctaatatggtagacaagtcgggc 38062694  T
Q  696 agggtatgagttcgttatcaactttacttcaaattggaaaataannnnnnngaaacttagttgtaaccaaatcatttgtgattaggttttgatctgggt 794  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  38062695 agggtatgagttcgttatcaactttacttcaaattggaaaataatttttttgaaacttagttgtaaccaaatcatttgtgattaggttttaatttgggt 38062793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 38058459 - 38057890
Alignment:
Q  8 agccaccaccactgaagtgtccaccaacacctacagtaggacaagcaccggcaggaaaaccaagatttcggctttttcggctaattgtgtagtaaagttc 107  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||  ||||  | ||||||||||||||| || ||||||||  ||||||||||||||||||    
T  38058459 agccaccgccactgatgtgtccaccaacacctatagtaggacattcaccacccggaaaaccaagattttggttttttcggtaaattgtgtagtaaagttc 38058360  T
Q  108 accaagtgttgcaccagattgaacccaagcagttcttttttctgcatctactgtaatttctctgaagtatgtgaaatcaatgatgacaaatgggacttca 207  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| || || |||||| ||||||||  |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||    
T  38058359 accaattgttgcaccagattgaacccaagctgtcctgttttctacatctacttcaatttctctgaagtttgtgagatcaaggatgataaatgggacttca 38058260  T
Q  208 gaaacataggaccgaccctcgaagtcgtggccgccgcttcggatgcaaatctgcaggccatggttttgggaacagattatggttgtttgaatttgggaaa 307  Q
    |||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||| | ||||||||||   ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38058259 gaaacataggaccgaccctcaaaatcatggccaccgcttcggattcgaatctgcaggttgtggatttgtgaacagattatggttgtttgaatttgggaaa 38058160  T
Q  308 tatgtttaggtgtgataatgacaagaggtttcggtgttgttttggatgcaaatctgagattttgagcggtaaattggagtattgatgagtaagaggaatt 407  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  38058159 tctgtttaggtgtgataatgaaaagaggtttaggtgttgtgttggatgcaaatctgagattttgagttgtaaatttgagtatcgatgagtaagaggaatt 38058060  T
Q  408 ggttttggtgtacacaagtttagacattgaagttgagttatgtgaataactatagagacattgtaggaaattttcttcatgtttagtagtatcaattgca 507  Q
    ||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| || |||||||||||| |    
T  38058059 ggttttggtgtacacaacttcagagattgaagttgagttatgtgaataactatagagacattcaaggaaattttcttcatgtgtactagtatcaattgaa 38057960  T
Q  508 gaatatgtgaatgaaaataaaacagcaattagttcaataatcaaatatgatcttagaggaatcatttttt 577  Q
    ||| ||||  |||||||||| | ||||||||||  |||| | ||||||||  ||||||| ||||||||||    
T  38057959 gaagatgtatatgaaaataagagagcaattagtagaatagtaaaatatgagtttagaggcatcatttttt 38057890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 245; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 8 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 38072787 - 38072215
Alignment:
Q  8 agccaccaccactgaagtgtccaccaacacctacagtaggacaagcaccggcaggaaaaccaagatttcggctttttcggctaattgtgtagtaaagttc 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||| ||||||||| ||  ||||||| ||  |||| |||||||||||||    
T  38072787 agccaccaccactgaagtgtccaccaacacctacagtaggacaaacacctccagggaaaccaagagttttgcttttttgggcaattttgtagtaaagttc 38072688  T
Q  108 accaagtgttgcaccagattgaacccaagcagttcttttttctgcatctactgtaatttctctgaagtatgtgaaatcaatgatgacaaatgggacttca 207  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||   |||| |||| |||| ||||| ||||||||| ||||| || || |      
T  38072687 accaagggttgcaccagattgaacccaagcagttctgttttctacatctacatcaattcctctaaagtttgtgagatcaatgattacaaaaggaacattt 38072588  T
Q  208 gaaacataggaccgaccctcgaagtcgtggccgccgcttcggatgcaaatctgcaggccatggttttgggaacagattatggttgtttgaatttgggaaa 307  Q
    |||||| ||||  ||||||||||||||||||| || || || || | ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  38072587 gaaacaaaggagagaccctcgaagtcgtggccaccactacgaattcgaatttgcatgccatggtgttgggaacagattatggctgtttgaatatgggaaa 38072488  T
Q  308 tatgtttaggtgtgataatgacaagaggtttcggtgttgttttggatgcaaatctgagattttgagcggtaaattggagtattgatgagtaagaggaatt 407  Q
    | ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||   |||| |||||||||||| ||||||   | ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38072487 tttgtgtaggtgtgataatgacaaggggttttggtgtttcattggttgcaaatctgaggttttgaattgaaaatttgagtattgatgagtaagaggaatt 38072388  T
Q  408 ggttttggtgtacacaagtttagacattgaagttgagttatgtgaataactatagagacattgtaggaaattttcttcatgtttagtagtatcaattgca 507  Q
    |||||| |||||||||| |||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||   | | ||||||||||||    
T  38072387 ggtttttgtgtacacaactttagagattgaagttatgttatgtgaataactatagagacattgaaggaaattatcttcatgaggacttgtatcaattgca 38072288  T
Q  508 gaatatgtgaatgaaaataaaacagcaattagttcaataatcaaatatgatcttagaggaatcattttttgtt 580  Q
     || |||| |||||||||  ||  || |||||| ||||  |||||||| | | |||||| |||||||||||||    
T  38072287 aaagatgtaaatgaaaatgcaattgctattagtacaattgtcaaatataagcgtagaggcatcattttttgtt 38072215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 8 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 38081872 - 38081277
Alignment:
Q  8 agccaccaccactgaagtgtccaccaacacctacagtaggacaagcaccggcaggaaaaccaagatttcggctttttcggctaattgtgtagtaaagttc 107  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||| || || ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38081872 agccgccaccactgaaatgtccaccaacacctattgtaggacaagcaccagctgggaaagcaagatttcggcttttttggctaattgtgtagtaaagttc 38081773  T
Q  108 accaagtgttgcaccagattgaacccaagcagttcttttttctgcatctactgtaatttctctgaagtatgtgaaatcaatgatgacaaatgggacttca 207  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| |||||||   ||||||  |||||| | ||| ||||||||  |||||||| | |||     
T  38081772 accaagtgttgcaccagactgaacccaagcagttctgctttctacatctacatcaatttccttgaagtttatgagatcaatgacaacaaatggaatttct 38081673  T
Q  208 gaaacataggaccgaccctcgaagtcgtggccgccgcttcggatgcaaatctgcaggccatggttttgggaacagattatggttgtttgaatttgggaaa 307  Q
    |||||||||||  | ||||| ||||| ||||| || || ||| | | |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||     
T  38081672 gaaacataggataggccctcaaagtcatggcccccactacgggttcgaatctggaggccatgattttgggaacaaattatggctgtttgaatatgggaag 38081573  T
Q  308 tatgtttaggtgtgataatgacaagaggtttcggtgttgttttggatgcaaatctgagattttgagcggtaaattggagtattgatgagtaagaggaatt 407  Q
      | |  ||||||||| |||||||| ||||| |||||| | | |||||||||||| ||||||||||  ||||||| ||||| || ||||||||||| |||    
T  38081572 gttctagaggtgtgatgatgacaagtggttttggtgttttgtaggatgcaaatcttagattttgagttgtaaatttgagtactggtgagtaagagggatt 38081473  T
Q  408 ggttttggtgtacacaagtttagacattgaagttgagttatgtgaataactatagagacattgtaggaaattttcttcatgtttagtagtatcaattgca 507  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| || |||||||   || ||||||||||||||    
T  38081472 ggttttggtgtacacaactttagagattgaagttgagttatgtgaataactagaaagacattgaaggaagttatcttcataagtattagtatcaattgca 38081373  T
Q  508 gaatatgtgaatgaaaataaaacagcaattagttcaataatcaaatatgatcttagaggaatcattttttgttggttatgttatgcatatgctgct 603  Q
    ||| |||   |||||||||||| |||||| ||| ||| |  ||||||||| |||||||| |||||||| | || || ||||| |||||||| ||||    
T  38081372 gaagatgcatatgaaaataaaatagcaataagtgcaacagacaaatatgagcttagaggcatcattttgttttagtaatgttgtgcatatgatgct 38081277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 10 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 38086295 - 38085719
Alignment:
Q  10 ccaccaccactgaagtgtccaccaacacctacagtaggacaagcaccggcaggaaaaccaagatttcggctttttcggctaattgtgtagtaaagttcac 109  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||  ||||| ||||||||| ||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  38086295 ccaccaccactgaagtgtcccccaacacctacagtaggacaaacacttgcagggaaaccaagagttttgcttttttggctaattgcgtagtaaagttcac 38086196  T
Q  110 caagtgttgcaccagattgaacccaagcagttcttttttctgcatctactgtaatttctctgaagtatgtgaaatcaatgatgacaaatgggacttcaga 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| | | ||| || |  |||||||||||||| | ||| ||||||||  |||||||| ||||||||    
T  38086195 caagtgttgcaccagattgaacccatgcagtttttttgtgtacatttatttcaatttctctgaagtttatgagatcaatgacaacaaatggaacttcaga 38086096  T
Q  210 aacataggaccgaccctcgaagtcgtggccgccgcttcggatgcaaatctgcaggccatggttttgggaacagattatggttgtttgaatttgggaaata 309  Q
     ||||| ||| ||||||| |||||||| |||||||| || || | |||||||||||  |||| ||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||||     
T  38086095 gacataagacagaccctcaaagtcgtgaccgccgctgcgaattcgaatctgcaggctgtggtattgggaacaaattacggttgcttgaatatgggaaatt 38085996  T
Q  310 tgtttaggtgtgataatgacaagaggtttcggtgttgttttggatgcaaatctgagattttgagcggtaaattggagtattgatgagtaagaggaattgg 409  Q
    | |  |||||||| ||| ||||| ||||| |||||| | |||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||| ||| || |||||||    
T  38085995 tctagaggtgtgacaattacaagtggttttggtgttttgttggttgcaaatctgagattttgagttgaaaattggagtattgatgtgtatgatgaattgg 38085896  T
Q  410 ttttggtgtacacaagtttagacattgaagttgagttatgtgaataactatagagacattgtaggaa---attttcttcat--gt----ttagtagtatc 500  Q
     |||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||   ||| |||||||  ||     |||||||| |    
T  38085895 ctttggtgtacacaactttagagattgaagtggagttatgtgaatagctatagagacattgaaggaagctattatcttcattagtagtagtagtagtacc 38085796  T
Q  501 aattgcagaatatgtgaatgaaaataaaacagcaattagttcaataatcaaatatgatcttagaggaatcatttttt 577  Q
    |||||| ||| |||| ||||||||||||| |||||||||| |||||  ||| ||||| | |||| | ||||||||||    
T  38085795 aattgctgaagatgtaaatgaaaataaaatagcaattagtacaatagacaagtatgagcctagatgcatcatttttt 38085719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 790 - 900
Target Start/End: Original strand, 38064194 - 38064306
Alignment:
Q  790 tgggtaggtgacaacatactattcagtg-agtgcacactttcacgctgtggttttttgtttt--ggctttgagaagctaataatgttgacatgtgattgt 886  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |  ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  38064194 tgggtaggtgacaacatactattcagtggagtgcacactttcacgctgtggttttttgttttttgcttttgaga-gctaataatgttgacatgtgattgt 38064292  T
Q  887 ggcagtgatgaatg 900  Q
    ||||||||| ||||    
T  38064293 ggcagtgataaatg 38064306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 8 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 37954121 - 37953867
Alignment:
Q  8 agccaccaccactgaagtgtccaccaacacctacagtaggacaagcaccggcaggaaaaccaagatttcggctttttcggctaattgtgtagtaaagttc 107  Q
    |||| ||||||||||   |||| | ||||||||| ||||| |||  ||| ||||| || |||||| ||  ||||||| |||||||| ||||  |||||||    
T  37954121 agccgccaccactgataagtccgctaacacctacggtagggcaaatacctgcagggaagccaagagttttgcttttttggctaattttgtacaaaagttc 37954022  T
Q  108 accaagtgttgcaccagattgaacccaagcagttcttttttctgcatctactgtaatttctctgaagtatgtgaaatcaatgatgacaaatgggacttca 207  Q
     |||   ||||| ||   ||||||||| ||| |||| |||||| ||||||||   | |||||  | || | | | ||||||||  |||||||| ||||||    
T  37954021 gccagcagttgcccctccttgaacccatgcacttctcttttctacatctacttggacttctcgaaggtttataagatcaatgacaacaaatggaacttca 37953922  T
Q  208 gaaacataggaccgaccctcgaagtcgtggccgccgcttcggatgcaaatctgca 262  Q
    |||||||||||| |||| ||| |||||||||| || |||||||| | ||||||||    
T  37953921 gaaacataggacagaccttcgtagtcgtggccaccacttcggattcgaatctgca 37953867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University