View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5798-Insertion-2 (Length: 929)

Name: NF5798-Insertion-2
Description: NF5798
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5798-Insertion-2
NF5798-Insertion-2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-929)||(39590891-39591821)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (315-493)||(44345603-44345781)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 783; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 783; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 929
Target Start/End: Complemental strand, 39591821 - 39590891
Alignment:
Q  8 atttgcaaaagggagaaacaatgttagagaagcttgcaaagtaactaggtatcaaaacctttgtatgcgctcgctagcaccgttctctaacagtgctgga 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  39591821 atttgcaaaagggagaaacaatgttagagaagcttgcaaagtaactaggtatcaaaacctttgtatgcgctcgctagcaccgttctcttacagtgctgga 39591722  T
Q  108 agaggccctagcaagtgggcaagggctggagtgtcggtgacaatcggtgaagttaagaatgtccaagcatatctcgcaaacttaactagacacgggcgtt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  39591721 agaggccctagcaagtgggcaagggctggagtgtcggtgacaatcggtgaagttaagaatgtccaagcatatctcacaaacttaactagacacgggcgtt 39591622  T
Q  208 taagaggaagaaataaagttgcactattagattgtgtcgagactattgcagatgcccttgatgagcttcatagatcactgaatgtgctcagaaggcttag 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39591621 taagaggaagaaataaagttgcactattagattgtgtcgagactattgcagatgcccttgatgagcttcatagatcactgaatgtgctcagaaggcttag 39591522  T
Q  308 tagaaggacatttggtacccagatgggggaccttaatacatggataagtgcagcactcacagatcaagatacttgccttgatgggtttcaaggcgaaaac 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39591521 tagaaggacatttggtacccagatgggggaccttaatacatggataagtgcggcactcacagatcaagatacttgccttgatgggtttcaaggcgaaaac 39591422  T
Q  408 ggtaggaaaattcaattgctgcaaaatagggttctcaaagcctattatataaccagtaacgctctagctcttgtcagtaaacttgccactacaggtctag 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39591421 ggtaggaaaattcaattgctgcaaaatagggttctcaaagcctattatataaccagtaacgctctagctcttgtcagtaaacttgccactacaggtctag 39591322  T
Q  508 gaagcatttctgatccatagaacttctatgatagaagttatatgtgaaatatttccccaagaagctaaaataggctgttagtaggagggtaactgattag 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39591321 gaagcatttctgatccatagaacttctatgatagaagttatatgtgaaatatttccccaagaagctaaaataggctgttagtaggagtgtaactgattag 39591222  T
Q  608 gtttgtgatactcctctcagatacttcacatgcattattcttctgcttcgagttctctgcttttgagaaacactatgagagtttagtctctaaagtgaga 707  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39591221 gtttgtgatgctcctctcagatacttcacatgcattattcttctgcttcgagttctctgcttttgagaaacactatgagagtttagtctctaaagtgaga 39591122  T
Q  708 ttcatttgat--------ttcggtagctaaaaataatactccgtatatgtttgagttattcatttggatcaattagtaccattatggtg-ttgctcta-- 796  Q
    ||||||||||        ||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||      
T  39591121 ttcatttgatttcttttcttcggtagctaaaaataata----gtatatgtttgagttattcatttggatcaattagtaccattatggtgtttgctctatt 39591026  T
Q  797 -tannnnnnnnnnngaaggcaatcattcgcgatatgcaagcaatcctttaagtctgagtcctcatcttatttcatttctatcttccgagtctttgatttt 895  Q
     |            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  39591025 ttttttttttttttgaaggcaatcattcgcgatatgcaagcaatcctttaagtctgagtcctcatcttatttcatttctatcttccgagtctttga-ttt 39590927  T
Q  896 ctatctgcatg-aaataaatg-tattttaacatcgc 929  Q
    |||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  39590926 ctatctacatgaaaataaatgttattttaacatcgc 39590891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000004; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 315 - 493
Target Start/End: Original strand, 44345603 - 44345781
Alignment:
Q  315 acatttggtacccagatgggggaccttaatacatggataagtgcagcactcacagatcaagatacttgccttgatgggtttcaaggcgaaaacgg-tagg 413  Q
    |||||| |||| || |||||||| || || |||||||| |||||||| || ||  || |||| || ||||||||||||||| |||| ||||||||  | |    
T  44345603 acatttagtacacaaatgggggatctcaacacatggattagtgcagctcttactaatgaagacacatgccttgatgggtttgaagg-gaaaacggagaag 44345701  T
Q  414 aaaattcaattgctgcaaaatagggttctcaaagcctattatataaccagtaacgctctagctcttgtcagtaaacttgc 493  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||   || |  | ||| ||||| |||||||| || |||||||||| |||||||||    
T  44345702 aaaattaaattgctgcaaaataaggttaagaacgtgtcttacataacaagtaacgcacttgctcttgtcaataaacttgc 44345781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University