View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5800-Insertion-1 (Length: 901)

Name: NF5800-Insertion-1
Description: NF5800
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5800-Insertion-1
NF5800-Insertion-1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (9-901)||(43366018-43366906)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 748; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 748; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 901
Target Start/End: Complemental strand, 43366906 - 43366018
Alignment:
Q  9 atttccgccatctccgtctgccttctccttcttttcatcatgctctctctcttcgctccttccccttttattgtaaatgctcttcatccttctacttcaa 108  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366906 atttcctccatctccgtctgccttctctttcttttcatcatgctctctctcttcgctccttccccttttattgtaaatgctcttcatccttctacttcaa 43366807  T
Q  109 ttacattcctcattccattctgctgctgtgtgtaactttgattgtatttcaggataatgatttggttaaatctcgtttagattctcatcagcaatcccca 208  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366806 ttacattcctcattccattttgctgctgtgtgtaactttgattgtatttcaggataatgatttggttaaatctcgtttagattctcatcagcaatcccca 43366707  T
Q  209 tttcacattccggtaatcaaacaatgttctcaccttcnnnnnnnatgcattttttgttatgttgctaatatcttccttttgtttcttcgaatttgaagac 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366706 tttcacattccggtaatcaaacaatgttctcacctt---tttttattcattttttgttatgttgctaatatcttccttttgtttcttcgaatttgaagac 43366610  T
Q  309 aagtgaaggtacttacaagcatgatctatggaattcgaggaactcgcagcttttctctgcctgcagtaatgccggtgtcaactttgcaagtaaacttcat 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366609 aagtgaaggtacttacaagcatgatctatggaattcgaggaactcgcagcttttctctgcctgcagttatgccggtgtcaactttgcaagtaaacttcat 43366510  T
Q  409 cctagactcctagctagtccttttttcatctcatcaatttaattttgattgagtgtatttatttatatttctaattgttgcagaggctaatagcaaaact 508  Q
    |||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366509 cctagactcctag----tccttttttcatctcatcaatttaattttgattgagtgtatttatttatatttctaattgttgcagaggctaatagcaaaact 43366414  T
Q  509 catccggaccgatacttgttaatcgcaaccagtggaggcttaaatcaacagagaacaggggtaagctaagcttctttattaatgaactgtggcatttgtt 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366413 catccggaccgatacttgttaatcgcaaccagtggaggcttaaatcaacagagaacaggggtaagctaagcttctttattaatgaactgtggcatttgtt 43366314  T
Q  609 tgtttttgcaatccttttgatcaaata----aatataaaggaaggagttcagtgaggttaaagtattacttggaatatgtatatctttctttatgtaacc 704  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366313 tgtttttgcaatccttttgatcaaataaataaatataaaggaaggagttcagtgaggttaaagtattacttggaatatgtatatctttctttatgtaacc 43366214  T
Q  705 aaattgttttatttaagcatgaatagttcttccatttcattagtagacataattgcattctgagtactaaatataactatgctgcaatctaaaacatg-g 803  Q
    || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||      
T  43366213 aattttttttatttaagcatgaatagttcttccatttcattagtagacataattgcattctgagtact-aatataactatgctgcaatctaaaacatgta 43366115  T
Q  804 atatgtaatatgctatacttttattttcatagagtgggacggt-gtcatttgcaaaaaagtataggatgaaatttcytacccaataattataggtctgc 901  Q
    |||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  43366114 atatgtaatatgctataacttta-tttcatagagtgggaccctggtcatttgcaaaaaagtataggatgaaatttc-tacccaataattataggtctgc 43366018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University