View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5801-Insertion-2 (Length: 638)

Name: NF5801-Insertion-2
Description: NF5801
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5801-Insertion-2
NF5801-Insertion-2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (9-638)||(45460941-45461574)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 494; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 494; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 638
Target Start/End: Complemental strand, 45461574 - 45460941
Alignment:
Q  9 tttccccttaaataaatataaataaata----caagtggtatcctttgatcagtgccctgcagccagcaacaataggaatagaggtaggatccacatctt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||||||||||    
T  45461574 tttccccttaaataaatataaataaataaatacaagtggtatcctttgatcagtgccctgcagccatcaacaatat--atagaggtaggatccacatctt 45461477  T
Q  105 tttcagtgcaactttcatcgtgcggtgccctgaaagtgaaagctacgtcaaagtaatttactattagtatacacggaattaatgcttcaaaaagtgtcct 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45461476 tttcagtgcaactttcatcgtgcggtgccctgaaagtgaaagctacgtcaaagtaatttactattagtatacacggaattaatgcttcaaaaagtgtcct 45461377  T
Q  205 atcctttaatgacatacaggacccnnnnnnn-gtgtaattcttacatcatcatattaataatt-gatggatgatatga----------attgataggtgt 292  Q
    || |||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||          ||||||||||||    
T  45461376 atgctttaatgacatacaggacccttttttttgtgtaattcttacatcatcatattaataatttgatggatgatatgatatgatatgaattgataggtgt 45461277  T
Q  293 ccctgacaagtatctgtagagaatatcatagtaatatatatgttactttccttacattaattcaatcatgtttgtgtgttacaggagcaggactggtgaa 392  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45461276 ccctgacaagtatctgtagagaatatcatagtaatatatatgttactttccttacatt----caatcatgtttgtgtgttacaggagcaggactggtgaa 45461181  T
Q  393 gcttcaagatgatgtacaaacttgtggatatgaagatgtacaagtgatgtgggaaatgttacagaaaactgaaactgaacttgttgacaaccaccataag 492  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45461180 gcttcaagatgatgtacaaacttgtggatatgaagatgtacaagtgatgtgggaaatgttacagaaaactgaaactgaacttgttgacaaccaccataag 45461081  T
Q  493 cgcaagcaactgcctttctggagactctttgtatgctccaactccaactccaaccatactaaagcttcgtcgcaatcttcaaatcagacttaaaaaccaa 592  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45461080 cgcaagcaactgcctttctggagactctttgtatgctccaactc------caaccatactaaagcttcgtcgcaatcttcaaatcagacttaaaaaccaa 45460987  T
Q  593 acacaaatttaatactttacaaataagccagcattgcagtgctagt 638  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45460986 acacaaatttaatactttacaaataagccagcattgcagtgctagt 45460941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University