View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF5801_low_2 (Length: 419)
Name: NF5801_low_2
Description: NF5801
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5801_low_2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 316; Significance: 1e-178; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 38 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 27886106 - 27885756
Alignment:
| Q |
38 |
tacaaaaatggaaagaattataatcattcggtggacataacaatatagtttttcatgatagtgcataaatttgcatgaactcaacattgtaaatatatta |
137 |
Q |
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| T |
27886106 |
tacaaaaatggaaagaattataagcattcggtggacataagaatatagtttttcatgatagtgcatcaattcgcatgaactcaacattgtaaatatatta |
27886007 |
T |
|
| Q |
138 |
ttaattaaagtttataagcatatcttattcttgttgatatattctacagaatatatatggttattaggaggagaactatatagttattatttatgaagat |
237 |
Q |
| |
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|
| T |
27886006 |
ttaattaaagtttataagcatatcttattcttgttgatatattctacagaatatatattgttattaggaggagaactatatagatattatttatgaagat |
27885907 |
T |
|
| Q |
238 |
atcattataggcttagtgatgaccatcaggtacaatgccatcattatttccaatatgcgcaccttcacggcactatccaccaagaattggaccaagaagt |
337 |
Q |
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|
| T |
27885906 |
atcattataag-ttagtgatgaccatcaggtacaatgccatcattatttccaatatgcgcaccttcacggcactatccaccaagaattggaccaagaagt |
27885808 |
T |
|
| Q |
338 |
ggaccaacaataggcagtgcttccacgatgccaccaagcagtcctctaccag |
389 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27885807 |
ggaccaacaataggcagtgcttccacgatgccaccaagcagtcctctaccag |
27885756 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 38 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 27980139 - 27979789
Alignment:
| Q |
38 |
tacaaaaatggaaagaattataatcattcggtggacataacaatatagtttttcatgatagtgcataaatttgcatgaactcaacattgtaaatatatta |
137 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27980139 |
tacaaaaatggaaagaattataatcattcggtggacataagaatatagtttttcatgatagtgcatcaatttgcatgaactcaacattgtaaatatatta |
27980040 |
T |
|
| Q |
138 |
ttaattaaagtttataagcatatcttattcttgttgatatattctacagaatatatatggttattaggaggagaactatatagttattatttatgaagat |
237 |
Q |
| |
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|
| T |
27980039 |
ttaattaaagtttataggcatatcttattcttgttgatatattctacagaatatatatggttattaggaggagaactatatagatattatttatgaagat |
27979940 |
T |
|
| Q |
238 |
atcattataggcttagtgatgaccatcaggtacaatgccatcattatttccaatatgcgcaccttcacggcactatccaccaagaattggaccaagaagt |
337 |
Q |
| |
|
||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27979939 |
atcattataag-ttagtgatgaccatcaggtacaatgccatcattatttccaatatgcgcaccttcacggcactatccaccaagaattggaccaagaagt |
27979841 |
T |
|
| Q |
338 |
ggaccaacaataggcagtgcttccacgatgccaccaagcagtcctctaccag |
389 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27979840 |
ccaccaacaacaggcagtcctcccacgagaccaccaagcagtcctctaccag |
27979789 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 38 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 28037441 - 28037091
Alignment:
| Q |
38 |
tacaaaaatggaaagaattataatcattcggtggacataacaatatagtttttcatgatagtgcataaatttgcatgaactcaacattgtaaatatatta |
137 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28037441 |
tacaaaaatggaaagaattataatcattcggtggacataagaatatagtttttcatgatagtgcatcaatttgcatgaactcaacattgtaaatatatta |
28037342 |
T |
|
| Q |
138 |
ttaattaaagtttataagcatatcttattcttgttgatatattctacagaatatatatggttattaggaggagaactatatagttattatttatgaagat |
237 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
28037341 |
ttaattaaagtttataggcatatcttattcttgttgatatattctacagaatatatatggttattaggaggagaactatatagatattatttatgaagat |
28037242 |
T |
|
| Q |
238 |
atcattataggcttagtgatgaccatcaggtacaatgccatcattatttccaatatgcgcaccttcacggcactatccaccaagaattggaccaagaagt |
337 |
Q |
| |
|
||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28037241 |
atcattataag-ttagtgatgaccatcaggtacaatgccatcattatttccaatatgcgcaccttcacggcactatccaccaagaattggaccaagaagt |
28037143 |
T |
|
| Q |
338 |
ggaccaacaataggcagtgcttccacgatgccaccaagcagtcctctaccag |
389 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28037142 |
ccaccaacaacaggcagtcctcccacgagaccaccaagcagtcctctaccag |
28037091 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 39 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 27968018 - 27967669
Alignment:
| Q |
39 |
acaaaaatggaaagaattataatcattcggtggacataacaatatagtttttcatgatagtgcataaatttgcatgaactcaacattgtaaatatattat |
138 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27968018 |
acaaaaatggaaagaattataatcattcggtggacataagaatatagtttttcatgatagtgcatcaatttgcatgaactcaacattgtaaatatattat |
27967919 |
T |
|
| Q |
139 |
taattaaagtttataagcatatcttattcttgttgatatattctacagaatatatatggttattaggaggagaactatatagttattatttatgaagata |
238 |
Q |
| |
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||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27967918 |
taattaaagtttataggcatatcttattcttgttgatatattctacagaatatatatggttattaggaggagaactatatagatattatttatgaagata |
27967819 |
T |
|
| Q |
239 |
tcattataggcttagtgatgaccatcaggtacaatgccatcattatttccaatatgcgcaccttcacggcactatccaccaagaattggaccaagaagtg |
338 |
Q |
| |
|
|||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27967818 |
tcattataag-ttagtgatgaccatcaggtacaatgccatcattatttccaatatgcgcaccttcacggcactatccaccaagaattggaccaagaagtc |
27967720 |
T |
|
| Q |
339 |
gaccaacaataggcagtgcttccacgatgccaccaagcagtcctctaccag |
389 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27967719 |
caccaacaacaggcagtcctcccacgagaccaccaagcagtcctctaccag |
27967669 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 39 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 28025004 - 28024655
Alignment:
| Q |
39 |
acaaaaatggaaagaattataatcattcggtggacataacaatatagtttttcatgatagtgcataaatttgcatgaactcaacattgtaaatatattat |
138 |
Q |
| |
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|
|
| T |
28025004 |
acaaaaatggaaagaattataatcattcggtggacataagaatatagtttttcatgatagtgcatcaatttgcatgaactcaacattgtaaatatattat |
28024905 |
T |
|
| Q |
139 |
taattaaagtttataagcatatcttattcttgttgatatattctacagaatatatatggttattaggaggagaactatatagttattatttatgaagata |
238 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28024904 |
taattaaagtttataggcatatcttattcttgttgatatattctacagaatatatatggttattaggaggagaactatatagatattatttatgaagata |
28024805 |
T |
|
| Q |
239 |
tcattataggcttagtgatgaccatcaggtacaatgccatcattatttccaatatgcgcaccttcacggcactatccaccaagaattggaccaagaagtg |
338 |
Q |
| |
|
|||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28024804 |
tcattataag-ttagtgatgaccatcaggtacaatgccatcattatttccaatatgcgcaccttcacggcactatccaccaagaattggaccaagaagtc |
28024706 |
T |
|
| Q |
339 |
gaccaacaataggcagtgcttccacgatgccaccaagcagtcctctaccag |
389 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28024705 |
caccaacaacaggcagtcctcccacgagaccaccaagcagtcctctaccag |
28024655 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 38 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 27944764 - 27944583
Alignment:
| Q |
38 |
tacaaaaatggaaagaattataatcattcggtggacataacaatatagtttttcatgatagtgcataaatttgcatgaactcaacattgtaaatatatta |
137 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27944764 |
tacaaaaatggaaagaattataagcattcggtggacataagaatatagtttttcatgatagtgcatcaattcgcatgaactcaacattgtaaatatatta |
27944665 |
T |
|
| Q |
138 |
ttaattaaagtttataagcatatcttattcttgttgatatattctac-agaatatatatggttattaggaggagaactatat |
218 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27944664 |
ttaattaaagtttataagcatatcttattcttgttgatatattctacgagaatatatatagttattaggaggagaactatat |
27944583 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 40 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 27873265 - 27873127
Alignment:
| Q |
40 |
caaaaatggaaagaattataatcattcggtggacataacaatatagtttttcatgatagtgcataaatttgcatgaactcaac------attgtaaatat |
133 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |
|
|
| T |
27873265 |
caaaaatggaaagaattataatcatccggtggacataagaacatagtttttcatgatagtgcatcaatttgcatgaacttaacattgtaattgtaaatat |
27873166 |
T |
|
| Q |
134 |
attattaattaaagtttataagcatatcttattcttgtt |
172 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27873165 |
attattaattaaagtttataatcatatcttattcttgtt |
27873127 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 221 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 27872701 - 27872590
Alignment:
| Q |
221 |
ttattatttatgaagatatcattataggcttagtgatgaccatcaggtacaatgccatcattatttccaatatgcgcaccttcacggcactatccaccaa |
320 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27872701 |
ttattatttatgaagatatcattataggcttggtgatgaccatgagatacaacgccgtcattatttccaatatgcccaccttcacggcactatccaccaa |
27872602 |
T |
|
| Q |
321 |
gaattggaccaa |
332 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |
|
|
| T |
27872601 |
gaattggaccaa |
27872590 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 222 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 27858540 - 27858499
Alignment:
| Q |
222 |
tattatttatgaagatatcattataggcttagtgatgaccat |
263 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
27858540 |
tattatttatgaagatatcattatagatttagtgatgaccat |
27858499 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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